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World File Search System阻遏物
1 TetR 型阻遏物的发散定向进化...
图 1 RolR 诱变、选择和半自动化高通量筛选工作流程。a. 全构象的 RolR 二聚体（PDB：3AQT），以及配体结合口袋的结构，其中残基 D149 为黑色，间苯二酚为青色，5Å 内选择用于诱变的 19 个残基为橙色，5Å 和 8Å 之间的残基为紫色。b. 组合活性位点饱和度测试 (CAST) 的笛卡尔结合口袋图。c. 六个氨基酸组组成了要用于诱变的 19 个残基。d. 生物传感器 TetA 双重选择的原理，使用 NiCl 2 对转录抑制能力进行负向选择，使用四环素对目标配体进行正向选择。e. 半自动化高通量筛选。在第 1 天，为每个候选分子挑选约 500 个菌落。第二天，使用声学液体处理器将 IPTG 和小分子分配到 384 孔板中。生长的菌落被稀释并分配到 384 个孔板中，使用液体处理工作站测试传感器的不同状态。第三天，荧光
CRISPR工具自己
Horizon Discovery在创建我们的DCAS9-SAL1-SDS3合并之前测试了许多阻遏物构造。while the current Crispri systems are based on DCAS9-KRAB variants (Gilbert et al., 2013, Yeo et al., 2018, Moghadam et al., 2020, AleraSool et al., 2020), the new S'sl1-Sds3 repression system, a covalently linked to the DCAS9 protein, effectively inhibits the transcription of the target gene.参与染色质和基因静音重塑的蛋白质（Alland等人 2002）。 结果是一个功能广泛的阻遏物，它降低了基因表达，但不会停用它。2002）。 结果是一个功能广泛的阻遏物，它降低了基因表达，但不会停用它。2002）。结果是一个功能广泛的阻遏物，它降低了基因表达，但不会停用它。
编辑 γ 珠蛋白阻遏物结合位点可恢复胎儿血红蛋白合成并纠正镰状细胞病表型
镰状细胞病 (SCD) 是由成人血红蛋白 (Hb) 链中的单个氨基酸变化引起的，这种变化会导致 Hb 聚合和红细胞 (RBC) 镰状化。导致胎儿 珠蛋白在成年期产生的突变共同遗传，胎儿 Hb 的遗传性持续性 (HPFH) 降低了 SCD 的临床严重程度。HBG 珠蛋白启动子中的 HPFH 突变会破坏阻遏物 BCL11A 和 LRF 的结合位点。我们使用 CRISPR-Cas9 通过产生插入和缺失来模拟 HBG 启动子中的 HPFH 突变，从而导致已知和推定的阻遏物结合位点的破坏。编辑患者来源的造血干/祖细胞 (HSPC) 中的 LRF 结合位点可导致 珠蛋白去阻遏和镰状表型的纠正。用靶向 LRF 结合位点的 gRNA 处理的 HSPC 异种移植在重新植入 HSPC 方面表现出较高的编辑效率。这项研究确定了 LRF 结合位点是基因组编辑治疗 SCD 的有力靶点。
预组装 Cas9 核糖核蛋白介导的基因缺失鉴定了灰盖菇中的碳分解代谢阻遏物及其靶基因
摘要 Cre1 是一种重要的转录因子，可调节碳分解代谢抑制 (CCR)，在真菌中广泛保守。cre1 基因已在几种子囊菌中得到广泛研究，而其在担子菌物种中基因表达调控的作用仍不太清楚。在这里，我们鉴定了 Coprinopsis cinerea 并研究了 cre1 的作用，Coprinopsis cinerea 是一种可以有效降解木质纤维素植物废物的担子菌模型蘑菇。我们使用一种基于 PCR 扩增的分裂标记 DNA 盒以及体外组装的 Cas9 引导 RNA 核糖核蛋白 (Cas9 RNPs) 的快速有效的基因缺失方法来生成 C. cinerea cre1 基因缺失菌株。两个独立的 C. cinerea cre1 突变体的基因表达谱显示碳水化合物代谢、植物细胞壁降解酶 (PCWDE)、质膜转运蛋白相关基因和几种转录因子编码基因等显著失调。我们的研究结果支持以下观点：与子囊菌中的报告一样，C. cinerea 的 Cre1 通过多种基因的联合调节来协调 CCR，包括 PCWDE、正向调节 PCWDE 的转录因子和可以导入可诱导 PWCDE 表达的单糖的膜转运蛋白。有些矛盾的是，虽然与其他伞菌一致，但与木质素降解相关的基因在 cre1 突变体中大多下调，表明它们受到的调节与其他 PCWDE 不同。基因缺失方法和此处提供的数据将扩展我们对担子菌中 CCR 的了解，并为与植物生物质降解相关的基因提供功能假设。
四环素和氯霉素暴露会降低对tigecycline的敏感性，以及在大肠杆菌和克雷伯斯氏菌肺炎的Acrab-tolc外排泵调节剂中的遗传变化
Tigecycline（TGC），第三代四环素被认为是针对多药抗性细菌的最后防御。最近对TGC的抗药性率提高了，动物细菌中的人限制药物构成了重大的全球健康挑战。已经提议过度使用第一代四环素（TET）和动物中的苯酚与TGC耐药性发展有关。在当前的研究中，我们旨在确定四环素（TET）和氯霉素（CHL）过度暴露对TGC敏感性的影响。k的TET和CHL敏感的分离株。肺炎E和E。大肠杆菌分别暴露于四环素和氯霉素的浓度，直到观察到TET和CHL MIC的4倍。使用盘扩散和肉汤稀释方法测试了几种抗菌剂的易感性变化。编码主要ACRAB调节剂的基因的遗传改变，包括ACRR（ACRAB的阻遏物），RAMR（RAMA的阻遏物），SOXR（Soxs的阻遏物）（SOXS）。肺炎和LON（MARA的蛋白水解降解），Marr（Mara的阻遏物），ACRR和SOXR。大肠杆菌。使用逆转录 - 定量聚合酶链反应（RT-QPCR）方法测量ACRB的表达水平。对两种抗生素的细菌过度暴露（15至40个选择周期）显着降低了E的TET耐药性（R）和E的CHL-R变体的敏感性。大肠杆菌（n = 6）和k。肺炎（n = 6），包括几组抗体，包括Tigecycline（分别为4-16次和8-64次）和喹诺酮。约有58％的变异（n = 7）在Acrab调节剂中带有遗传改变，包括RAMR（移率突变/基因座缺失），MARR（L33R，A70T，G15S，G15S氨基酸取代）和LON（L630F，L630F，LON，LON，FRAMESHIFT变化），这些变化与Acrivbb upnculation相关。我们的研究证明了氯霉素和四环素暴露在选择突变体中的能力，这些突变体揭示了Tigecycline抗性/降低的敏感性，主要是由主动排出机制介导的。在某些菌株中未改变的ACRB表达水平表明其他外排泵或基于非效能的机制在多抗生素耐药表型的发展中的贡献。
大肠杆菌中的 CRISPR-Cas：受 H-NS、LeuO 的调节……
CRISPR-Cas 适应性免疫系统存在于许多细菌和古细菌中，可保护细菌免受噬菌体和质粒等 DNA 入侵。这些系统的基因组成和基因组结构非常灵活和复杂。CRISPR-Cas 系统分为 2 类、6 种类型和 33 种亚型，尽管这个数字尚不确定，研究仍在进行中。所有 CRISPR-Cas 系统都经过了彻底研究，以便更好地了解 CRISPR 免疫机制，使其可用作基因组编辑和其他生物技术应用的工具。然而，CRISPR-Cas 系统的调控也非常复杂，目前仍未完全了解；它必须提供最佳保护，而不会给宿主带来有害后果。在本综述中，我们概述了大肠杆菌中 CRISPR-Cas 系统 1 类 IE 型的调控，重点介绍了温度在调节 CRISPR-Cas 活性中的作用，以及关键调节剂 H-NS 和 StpA 阻遏物与 LeuO 抗阻遏物在调节 cas 基因表达中的相互作用以及 HtpG 分子伴侣在维持 Cas3 功能水平中的相互作用。
ETTIN-生长素直接相互作用控制雌蕊发育过程中染色质的状态
摘要动物体内的激素信号传导通常涉及直接转录因子-激素相互作用，从而调节基因表达。相比之下，植物激素信号传导最常见的是基于通过转录阻遏物的降解来解除阻遏。最近，我们发现了一种植物激素生长素的非典型信号传导机制，其中生长素直接影响非典型生长素反应因子 (ARF) ETTIN 对靶基因的活性，而无需蛋白质降解。在这里，我们表明 ETTIN 直接结合生长素，导致与 TOPLESS/TOPLESS-RELATED 家族的辅阻遏蛋白分离，随后组蛋白乙酰化并诱导基因表达。这种机制让人想起动物激素信号传导，因为它影响对靶基因的调节活性，并提供了植物中 DNA 结合激素受体的第一个例子。虽然生长素通过促进 Aux/IAA 阻遏物的降解间接影响典型的 ARF，但 ETTIN-生长素直接相互作用允许以可立即逆转的方式在抑制和去抑制染色质状态之间切换。
噬菌体 - 含量可诱导的染色体岛武器竞赛设计了dutpases的抑制剂
摘要STL是金黄色葡萄球菌致病岛（SAPIS）的主要阻遏物，靶向噬菌体编码的蛋白质来进行过度加压，并同步SAPI和辅助噬菌体生命周期。为了激活其循环，一些SAPI STL靶向噬菌体二聚体和噬菌体三聚体dutpass（DUT）作为抗压迫剂，它们是结构上无关的蛋白质，这些蛋白质对噬菌体执行相同的功能。SAPI的阻遏物与噬菌体诱导剂之间的这种紧密联系对STL进行了进化优化，从而允许与无关生物体的DUT相互作用。在这项工作中，我们通过与原型Sapibov1 STL的结构与原型和真核生物三聚合物进行了结构来表征这种复杂的专业化机制。与结核分枝杆菌和智人的杂膜复合物显示了STL的分子策略，以靶向来自不同王国的三聚体。我们的结构结果证实了三聚体在STL结合中的五个催化基序的参与，包括通过拥抱STL来增加因素的C末端活跃基序V。在有机硅和体外分析中，单次DUT支持STL认识到第三个DUT家族的能力，并确认该蛋白在不同王国的生活中是一种普遍的DUT抑制剂。
REST靶向人类唐氏综合症大脑和神经细胞中的JAK – Stat和HIF-1信号通路
摘要：唐氏综合症（DS）是最常见的染色体21（HSA21）非整倍性的染色体障碍，其特征是智力障碍和寿命降低。转录阻遏物，阻遏物元件1沉默转录因子（静止）是表观遗传调节剂，是神经元和神经胶质基因表达的关键调节剂。在这项研究中，我们鉴定并研究了靶标基因在人脑组织，大脑器官和神经细胞中的作用。基因表达数据集由人类脑组织，脑组织，NPC，神经元和星形胶质细胞的健康对照和DS样品产生，从基因本体论（GEO）和序列读取存档（SRA）数据库中获取。在所有数据集上进行差异表达分析，以在DS和对照组之间产生差异表达基因（DEG）。靶向的DEG进行了功能本体，途径和网络分析。我们发现，跨多个不同大脑区域，年龄和神经细胞类型的JAK-Stat和HIF-1信号通路富含DS中的REST靶向DEG。我们还鉴定了涉及神经系统发育，细胞分化，脂肪酸代谢和DS脑中炎症的重新定位的DEG。基于发现，我们建议将休息作为关键调节剂，并且是一个有前途的治疗靶标，以调节DS脑中的稳态基因表达。