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World File Search System霉菌病
Covid-19 Delta 变异株引起的毛霉菌病病例系列
引文：Abdulkadir Sahin、Atakan Sarıgul、Merve Zeynep Koday、Hazal Altunok。Covid-19 Delta 变体引起的毛霉菌病病例系列。《医学和临床病例报告杂志》1(12)。
人工智能在侵袭性霉菌感染诊断中的应用：开发自动组织学鉴定系统以区分曲霉菌和毛霉菌
背景：通常需要进行组织病理学鉴定，因为真菌培养的敏感性不足以进行准确诊断。另一方面，病理诊断，尤其是霉菌的病理诊断，即使由经验丰富的病理学家进行，也常常不准确。在区分毛霉菌病和曲霉病时尤其如此，这两种病有不同的药物选择和医疗管理。根据潜在疾病的严重程度或诱发因素，疾病很容易在短时间内变得严重。因此，正确的诊断极其重要，应委托给病理学家。目的：开发一种基于人工智能 (AI) 的霉菌感染自动组织学诊断系统，以支持一般病理学家的诊断，特别是区分曲霉菌和毛霉菌。方法：我们使用两个指标作为诊断系统；即独立菌丝的角度和每个菌丝的曲折度。结果和结论：我们分别从曲霉病和毛霉菌病的标准病例中收集了 147 个和 67 个图像样本。所有图像均通过自动识别两种指标成功分析。数据二维图生成的阈值曲线划分的独立区域清楚地包括了从曲霉菌和毛霉目病例中获得的测试数据。本研究证明了我们新开发的基于人工智能的诊断系统的实用性。其实际应用还需要进一步研究。关键词：人工智能方法、曲霉菌、侵袭性霉菌感染、毛霉目、Python
危险因素和长期预后，用于共同感染无结核分枝杆菌肺疾病和慢性肺曲霉菌病：日本的多中心观察性研究
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侵入性真菌疾病：全面评论
侵入性真菌疾病（IFD）代表了全球医疗系统的重大负担，在诊断，治疗和预防方面构成了重大挑战。真菌本质上无处不在，可以成为机会性病原体，尤其是在免疫系统疲软的个体中。IFD近几十年来一直在增加，这主要是由于免疫功能低下的患者数量增加，例如患有HIV/AIDS的患者，接受化学疗法，器官移植受者和接受延长皮质类固醇治疗的个体。此外，医疗技术的进步，包括侵入性程序和广谱抗菌剂使用，促进了IFD的不断增长的发生率。在地理上，特定真菌病原体的患病率各不相同。念珠菌物种是全球IFD的最常见原因，白色念珠菌是主要物种。曲霉物种，包括曲曲霉，在环境中很普遍，并引起侵入性的曲霉菌病，尤其是在免疫功能低下的个体中。与IFD有关的其他真菌包括Neoformans，组织浮游生物和粘膜种类。
表型标记，分子突变和免疫微环境作为真菌病和/或SEZARY综合征患者的新疗法的靶标
原发性皮肤淋巴瘤包括在皮肤中起源于稀有淋巴细胞增生性疾病，其中最常见的亚型是霉菌病的菌丝（MF）。该疾病的治疗方法是基于皮肤指导的疗法最终与早期阶段的生物反应改良剂相关联的，而在患有晚期阶段的患者中，可以使用几种治疗策略，包括单声道和/或多种化学疗法和多聚疗法以及骨髓移植。近年来，特定标记物（表型，免疫学和分子）的识别导致了多项研究的发展（包括两项随机的III期试验）。这些研究的结果正在将我们的治疗策略改进一种个性化的治疗方法，在这种方法中，患者的临床特征和肿瘤可能性 - 近代血液阶段都被考虑与特定标记物的表达一起考虑（即CD30阳性表达用于使用Brentux- Imab Vedotin）。本综述将提供与MF病原体和疾病进化有关的主要表型，分子和免疫学标记的综合情景，这可能代表了这种疾病中创新有效治疗的靶标。
瞄准公牛的眼睛：靶向抗真菌的抗真菌，用dectin装饰的脂质体
在全球范围内，有数百万人患有威胁生命的浸润性真菌疾病，例如念珠菌病，曲霉菌病，隐球菌病，肺类肺炎肺炎肺炎（PCP）和粘膜菌病。这些疾病的死亡率通常超过40％。每年治疗这些侵入性真菌疾病的年度费用超过数十亿美元。除了AIDS患者外，在免疫受损的个体或干细胞或器官移植或医疗设备的植入后，侵入性真菌的风险越来越多地发现。当前的抗真菌药物疗法无法应对挑战，因为（1）在安全剂量下，它们没有提供足够的真菌清除以防止感染再次出现； （2）大多数人通过扩展使用而变得有毒； （3）耐药的真菌分离株正在出现； （4）在过去的20年中，仅批准了一类新的抗真菌药物用于临床用途。dectisomes代表了药物递送的新设计，可大大提高药物疗效。抗真菌剂专门针对病原体所在的位置。相对于未靶向的脂质体药物，dectisomes显示出与白色念珠菌，新近加密型新近群体的结合和杀死的数量级增加，并且在体外和烟曲霉在体外和烟曲霉的效果上也增加了。dectisomes有可能引入新的抗真菌药物治疗范式。
毒素-Agritrop
摘要：patulin是一种主要由真菌膨胀物合成的次生代谢产物，该代谢物在苹果上负责蓝色霉菌病。后者在后阶段非常容易受到真菌感染的影响。全年都要处理要生产组成的苹果，这意味着在受控大气下需要长时间存储。P。膨胀能够在整个过程中感染苹果，并且可以在最终产品中检测到patulin。在本研究中，有455个苹果（有机和传统生长），注定要产生“黄金美味”的组成部分，并在多个后的阶段进行了采样。分析了苹果样品的patulin含量，并使用实时PCR定量膨胀。patulin的结果显示两种栽培技术之间没有显着差异。但是，确定了两个临界控制点：在运输前，苹果在环境温度下的长期存储和甲板存储。此外，通过应用元法编码方法研究了各个步骤中真菌和细菌的附生微生物群的改变。Alpha和Beta多样性分析强调了长期存储的效果，导致细菌和真菌对苹果的多样性增加，并在不同的后步骤中显示了微生物群落的显着差异。不同的网络分析显示了种类内的关系。观察到多对真菌和细菌竞争关系。在膨胀和多种真菌和细菌物种之间也观察到阳性相互作用。这些网络分析为水果疾病生物防治的进一步真菌和细菌相互作用分析提供了基础。
jata_s@yahoo.com
研究指南博士 - （当前注册为02，完成为05）； B.Tech / B.Sc.（19/04） - 完成； M. Tech/M.Sc。（14） - 完成。奖项和奖学金1。M.Sc的全印度入学考试考试。生物技术（1999），由新德里的Jawaharlal Nehru大学（JNU）进行。 2。 1999-2001在M. Sc期间授予了研究生奖学金。 生物技术系（DBT）的生物技术，政府科学技术部。 印度，印度。 3。 科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。 4。 2004-2006授予CSIR高级研究员，5。 从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。。 6。 从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。 7。 “最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。 通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。生物技术（1999），由新德里的Jawaharlal Nehru大学（JNU）进行。2。1999-2001在M. Sc期间授予了研究生奖学金。 生物技术系（DBT）的生物技术，政府科学技术部。 印度，印度。 3。 科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。 4。 2004-2006授予CSIR高级研究员，5。 从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。。 6。 从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。 7。 “最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。 通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。1999-2001在M. Sc期间授予了研究生奖学金。生物技术系（DBT）的生物技术，政府科学技术部。印度，印度。 3。 科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。 4。 2004-2006授予CSIR高级研究员，5。 从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。。 6。 从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。 7。 “最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。 通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。印度，印度。3。科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。4。2004-2006授予CSIR高级研究员，5。从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。6。从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。7。“最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G.），印度。（海报）， *通讯作者）8。'奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。9。从DST提供Jata Shankar，Raman Thakur，Shanu Hoda，Shraddha Tiwari，Pooja Vijayaraghavan的旅行赠款。蛋白质组谱为曲霉的发芽和继发代谢物的生物合成提供了分子见解。第5届国际分析蛋白质组学大会（V ICAP 2017）。 3 rd - 2017年7月6日| Caparica |葡萄牙（口头邀请）专业机构的成员：美国过敏，哮喘和免疫学学院（AAAAI），国际人类和动物真菌学学会（ISHAM）终身会员；印度免疫学协会（LM/IIS/530/12/16）生命会员：印度真菌学会（LM-21-16）期刊的临时审稿人NO = 40对NCBI GenBank数据库（总数= 1000）贡献（总= 1000）登录号：Isocitrate lyase（Isocitrate Lyase（Isocitrate）（AY5223574）核苷型核苷型（AY523574）核苷diphosate Kinase Kinasse（AY523574）233 （AY289197）热休克蛋白（AY551909硫胺素生物合成，蛋白质（AY792973））鸟苷酸激酶AY523574）多泛素（AY817687） BM037654 BQ079382，BQ276244，BM378043- BM378045，BM500121- BM500124第5届国际分析蛋白质组学大会（V ICAP 2017）。3 rd - 2017年7月6日| Caparica |葡萄牙（口头邀请）专业机构的成员：美国过敏，哮喘和免疫学学院（AAAAI），国际人类和动物真菌学学会（ISHAM）终身会员；印度免疫学协会（LM/IIS/530/12/16）生命会员：印度真菌学会（LM-21-16）期刊的临时审稿人NO = 40对NCBI GenBank数据库（总数= 1000）贡献（总= 1000）登录号：Isocitrate lyase（Isocitrate Lyase（Isocitrate）（AY5223574）核苷型核苷型（AY523574）核苷diphosate Kinase Kinasse（AY523574）233 （AY289197）热休克蛋白（AY551909硫胺素生物合成，蛋白质（AY792973））鸟苷酸激酶AY523574）多泛素（AY817687） BM037654 BQ079382，BQ276244，BM378043- BM378045，BM500121- BM500124
微生物群和复发性妊娠损失（RPL）
摘要：复发性妊娠丧失（RPL）影响1-2％的女性，其触发因素尚不清楚。几项研究表明，阴道，子宫内膜和肠道菌群可能在RPL中起作用。局部菌群中乳酸乳杆菌的数量减少与局部（阴道和子宫内膜）炎症反应和免疫细胞激活的增加有关，从而导致妊娠丧失。炎症反应可能是由革兰氏阴性细菌，脂多糖（LPS），病毒感染，霉菌病或亚型（肿瘤生长）触发的。由微生物群产生的细菌结构和代谢产物可能参与免疫细胞调节，并可能负责免疫细胞活化和分子模仿。肠道微生物群代谢产物可能会增加循环促炎性淋巴细胞的量，进而将其迁移到阴道或子宫内膜组织中。局部促炎性TH1和TH17亚群，局部Treg和耐受性NK细胞的减少对妊娠丧失的增加负责。局部微生物群可以调节局部炎症反应，从而增加妊娠成功。分析局部和肠道微生物群可能需要表征某些RPL患者。尽管尚未证明口服益生菌可以改变阴道或子宫内膜微生物群，但其产生的代谢产物可能使患者受益。乳酸乳杆菌将移植到阴道中可能会增强所需的免疫耐受性反应，以达到正常的妊娠。尚未充分研究激素刺激和孕激素对妊娠早期妊娠对菌群的影响，在该领域需要进行更多的研究。精心设计的临床试验需要确定RPL中微生物群调制的益处。
通过农杆菌介导的基因转移获得的编辑植物的分子表征综合方法
摘要 农杆菌介导的基因转移——实际上是基因改造植物最常用的方法——可能导致植物基因组中整合多个 T-DNA 拷贝，以及形成由改造细胞和野生型细胞组成的嵌合组织。因此，对转化株系进行分子表征是一种很好的做法，可以选出最好的株系进行进一步研究。如今，有几种定量和半定量技术可用于估计转基因植物中 T-DNA 的拷贝数 (CN)。在本研究中，我们比较了基于 (1) 实时聚合酶链式反应 (qPCR)、(2) 液滴数字 PCR (ddPCR) 和 (3) 下一代测序 (NGS) 的三种方法，对葡萄编辑株系进行分子表征。这些株系含有通过 CRISPR/Cas9 技术获得的敲除突变，该突变与植物对两种重要的葡萄霉菌病的易感性有关。根据我们的结果，qPCR 和 ddPCR 的输出在准确性方面基本一致，尤其是对于低 CN 值，而 ddPCR 的结果比 qPCR 更精确。关于 NGS 分析，用这种方法检测到的 CN 通常与 qPCR 和 ddPCR 计算的 CN 不一致，并且 NGS 无法区分十个品系中的三个的整合点。尽管如此，NGS 方法可以肯定地识别 T-DNA 截断或串联/倒置重复的存在，从而提供有关转基因整合资产的独特和相关信息。此外，Cas9 和单向导 RNA (sgRNA) 的表达分析以及靶位点的测序增加了与 CN 数据相关的新信息。这项工作通过报告葡萄编辑品系的实际案例研究，探讨了最先进的诊断技术在早期选择合适的转基因材料方面的优缺点。结果可能对开发新转基因品系的科学家和负责转基因控制的实验室都感兴趣。