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所有样本中都包含分析,并且提供了RAW HIFI读取数据,以供客户更喜欢进行自己的分析。PACBIO HIFI全长16S数据使用QIIME2和DADA2进行质量过滤,并“将”“变形”到高质量扩增子单个变体(ASV)。ASV分类采用两种方法:针对基因组分类学数据库(GTDB R207)的共识一致性分类(使用VSEARZERCH)高一致性,以及使用三个数据库的基于贝叶斯的基于机器学习的分类(DADA2),使用三个数据库:GTDB R207,SILVA R207,SILVA RRNA DATABASE(v138)由核糖体数据库项目(RDP)补充,以更好地分类低充足的ASV。

服务指南PACBIO REVIO 16S

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