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新方法跟踪基因表达变化以揭示细胞命运决策
本质上，生物体体内的所有细胞都具有相同的遗传蓝图或基因组，但是在细胞中任何给定时间积极表达的基因集确定它将是哪种细胞及其功能。随着时间的流逝，单个细胞中基因表达的速度如何可以提供有关细胞如何变得更专业化的洞察力，但是当前的测量方法受到限制。宾夕法尼亚州立大学和耶鲁大学研究人员开发的一种新方法结合了细胞中的空间信息以及在不同时间处理的细胞中的数据，从而提高了研究人员了解基因表达变化的细微差别的能力。
来源:英国物理学家网首页本质上，生物体体内的所有细胞都具有相同的遗传蓝图或基因组，但是在细胞中任何给定时间积极表达的基因集确定它将是哪种细胞及其功能。随着时间的流逝，单个细胞中基因表达的速度如何可以提供有关细胞如何变得更专业化的洞察力，但是当前的测量方法受到限制。宾夕法尼亚州立大学和耶鲁大学研究人员开发的一种新方法结合了细胞中的空间信息以及在不同时间处理的细胞中的数据，从而提高了研究人员了解基因表达变化的细微差别的能力。
描述该方法的论文称为Spvelo，发表在《基因组生物学》杂志上。它计算RNA速度，该速度描述了转录过程中变化的方向和速率，这是基因表达的一步，涉及复制遗传密码。
基因组生物学。 基因组生物学在基因表达期间，DNA首先被转录为信使RNA（mRNA），后者携带将用于生产蛋白质的遗传密码。但并非所有mRNA序列都使用。它必须首先经历一个称为剪接的过程，该过程删除了未携带编码信息的名为内含子的片段，并将剪接重新拼接在一起。然后可以将剪接的mRNA翻译成蛋白质序列。
蛋白质序列除了一次处理多批次外，Spvelo还包含了来自细胞的重要空间信息。
空间信息 神经网络 基因表达 速度 更多信息： doi：10.1186/s13059-025-03701-8