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“ Pocketome”：研究地图跨物种的蛋白质结合位点的宇宙
蛋白质通过与其他分子的物理相互作用，特别是细胞中存在的小分子（例如代谢产物）来执行许多不同的功能。这些相互作用发生在蛋白质表面上不同结合口袋上。
来源:英国物理学家网首页蛋白质通过与其他分子的物理相互作用，特别是细胞中存在的小分子（例如代谢产物）来执行许多不同的功能。这些相互作用发生在蛋白质表面上不同结合口袋上。
来自Max Planck分子植物生理研究所的科学家对所有结合口袋（“ Pocketome”）进行了系统的调查，从不同的生活王国中散发出11种不同的物种，以探索在各自的物种中发现蛋白质数量的结合口袋数量的多样性和缩放行为。
使用Alphafold数据库和复杂的计算袋检测工具使用超过220,000个AI预测的蛋白质结构，生物信息学家Hanne Zillmer和Dirk Walther在11种中鉴定了近100,000个潜在的结合位点。
蛋白质他们比较并聚集了这些地点内部和跨物种，构建了结合位点及其相关特征的全局“地图”。在分析的蛋白质组织中，包括人，小鼠，酵母，肠道细菌和线虫种类，以及水稻和玉米等关键作物物种。该论文发表在《 PLOS计算生物学》杂志上。
已发布“基于AI的基于AI的蛋白质结构的可用性现在可以实现前所未有的结构研究的广度和深度。”学生Hanne Zillmer。
“我们期望更多的蛋白质将意味着相互作用位点的多样性，”生物信息学教授沃尔瑟博士说，但相反，进化似乎在设计完全新的结合位点时受到限制，或者，对根本新的互动模式的需求有限。”
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