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用于控制蛋白质相互作用的深度学习管道
LPDI 的从头蛋白质结合剂之一（红色）与蛋白质 Bcl2（蓝色）结合，与 FDA 批准的药物 Venetoclax（米色）复合 © LPDI EPFL 作者：Celia Luterbacher 2023 年，由 Bruno Correia 领导的工程学院和生命科学学院蛋白质设计和免疫工程联合实验室 (LPDI) 的科学家发表了一篇 […]
来源:ΑΙhubLPDI 的一种从头蛋白质结合剂（红色）与蛋白质 Bcl2（蓝色）结合，与 FDA 批准的药物 Venetoclax（米色）复合 © LPDI EPFL
LPDI 的一种从头蛋白质结合剂（红色）与蛋白质 Bcl2（蓝色）结合，与 FDA 批准的药物 Venetoclax（米色）复合 © LPDI EPFL作者：Celia Luterbacher
作者：Celia Luterbacher2023 年，由 Bruno Correia 领导的工程学院和生命科学学院蛋白质设计与免疫工程联合实验室 (LPDI) 的科学家发表了一种深度学习流程，用于设计与治疗靶点相互作用的新蛋白质。 MaSIF 可以快速扫描数百万种蛋白质，根据分子的化学和几何表面特性确定分子之间的最佳匹配，从而使科学家能够设计出在细胞调节和治疗中发挥关键作用的新型蛋白质-蛋白质相互作用。
LPDI 已发布 MaSIF一年半后，该团队报告了这项技术的一项令人兴奋的进展。他们使用 MaSIF 设计了新型蛋白质结合剂，以与已知的涉及治疗药物或激素等小分子的蛋白质复合物相互作用。由于这些结合的小分子会诱导这些蛋白质-药物复合物的表面特性（“新表面”）发生细微变化，因此它们可以充当“开”或“关”开关，以精细控制细胞功能，如 DNA 转录或蛋白质降解。
该团队报告“我们的想法是设计一种相互作用，让小分子导致两种蛋白质结合在一起。 “一些方法专注于筛选此类小分子，但我们希望设计一种能够与特定蛋白质-药物复合物结合的新型蛋白质，”LPDI 科学家兼共同第一作者 Anthony Marchand 说道。
如果您可以使用小分子开关精确控制细胞疗法的时空活动，那么您就可以真正提高治疗的安全性和有效性。– Stephen Buckley，LPDI EPFL
– Stephen Buckley，LPDI EPFL