遗传变异分类:挑战与进步

来自 Invitae 的 Yuya Kobayashi 解释了科学家在对序列变体进行分类时面临的困难,并讨论了创新方法如何帮助克服这些困难。

来源:The Scientist

遗传变异是人类多样性的基础,它使得身高、眼睛颜色或血型等特征存在差异。一些序列变异也会导致遗传疾病,包括镰状细胞性贫血、囊性纤维化和 III 型粘多糖贮积症。然而,科学家通常很难确定哪些变异导致了病理状况。

在本期创新聚焦中,Invitae 的临床基因组科学家 Yuya Kobayashi 讨论了临床遗传学家如何对变异进行分类和重新分类,以及人工智能 (AI) 如何帮助改进基因检测。

Yuya Kobayashi
Yuya Kobayashi,博士高级项目经理变异分类系统邀请

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Yuya Kobayashi,博士 Yuya Kobayashi ,博士

用于对遗传变异进行分类的一般框架是什么?

用于对遗传变异进行分类的一般框架是什么?

2015 年,美国医学遗传学和基因组学学会 (ACMG) 和分子病理学协会 (AMP) 发布了分类生殖系遗传变异的联合共识指南。1 这些建议被称为 ACMG 指南,为临床遗传学家提供了一种标准化方法,以确定是否有足够的证据将变异归类为致病性或良性。

发布的联合共识指南 1

ACMG 指南建立了三个参数。首先,它定义了要考虑的证据类型。其次,它确定了每条证据的价值或权重,以及如何将它们组合起来以达到五个分类等级之一:致病性、可能致病性、意义不明确的变异 (VUS)、可能良性或良性。最后,指南为每一个等级指定了目标置信阈值,以 90% 的置信度作为将变异分类为可能致病性或可能良性的阈值。

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