Unveiling Metadynamics: A Beginner’s Guide to Mastering PLUMED (Part 1 of 3)
揭开元动力学的面纱掌握 PLUMED 的初学者指南（第 1 部分，共 3 部分）DALL-E 生成的封面图片在计算化学和分子动力学 (MD) 中，理解复杂系统有时需要进行超出 MD 引擎或 VMD 可视化所提供的分析。我个人从事生物分子的原子模拟，它们非常庞大。由于计算这些大型模拟框中每个原子的轨迹非常复杂，通常我无法看到超过 1 或 2 微秒的轨迹，这是许多 MD 运行的一致上限。这意味着，虽然传统 MD 非常适合查看在短于该时间内发生的过程的轨迹波动，但对于需要更长时间的过程呢？存在一种强大的技术来查看这些过程，称为元动力学，而 PLUMED 因其与 GROMACS 引擎的无缝集成而成为该
Unveiling Metadynamics. Unlock the power of metadynamics with… | by Don Robert Stimpson | Jun, 2024
开始使用 PLUMED 安装：说实话，这有点烦人，需要将其修补到您的 MD 引擎中。如果您对 GROMACS 作为您的 MD 引擎不感兴趣，这里有一个指向 plumed 主页的链接，因为您需要自己安装：否则，这里是如何安装它们以及帖子揭开元动力学的面纱。用……解锁元动力学的力量 | 作者：Don Robert Stimpson | 2024 年 6 月首次出现在 AI Quantum Intelligence 上。
