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揭开元动力学的面纱：初学者掌握 PLUMED 的指南（第 1 部分，共 3 部分）
揭开元动力学的面纱掌握 PLUMED 的初学者指南（第 1 部分，共 3 部分）DALL-E 生成的封面图片在计算化学和分子动力学 (MD) 中，理解复杂系统有时需要进行超出 MD 引擎或 VMD 可视化所提供的分析。我个人从事生物分子的原子模拟，它们非常庞大。由于计算这些大型模拟框中每个原子的轨迹非常复杂，通常我无法看到超过 1 或 2 微秒的轨迹，这是许多 MD 运行的一致上限。这意味着，虽然传统 MD 非常适合查看在短于该时间内发生的过程的轨迹波动，但对于需要更长时间的过程呢？存在一种强大的技术来查看这些过程，称为元动力学，而 PLUMED 因其与 GROMACS 引擎的无缝集成而成为该领域的领先工具。在本系列文章中，我们将从理论、代码和语法方面加深对元动力学的理解，最终目标是能够为您想要更好地观察的任何事物生成复杂的元动力学模拟！本文将特别介绍概念和一些正确安装 PLUMED 和快速运行的通用代码。本文假设读者已经熟悉一些分子动力学 (MD) 引擎并可以生成系统
来源:走向数据科学开始使用 PLUMED
安装：
安装说实话，这有点烦人，需要将其修补到您的 MD 引擎中。如果您对 GROMACS 作为您的 MD 引擎不感兴趣，这里有一个指向 plumed 主页的链接，因为您需要自行完成安装：
否则，以下是如何安装它们并正确修补它们。如果您没有安装任何命令，请按照所有这些命令操作，但如果已经安装并运行 GROMACS，请忽略它。这些命令应在您的终端/命令行中逐个执行。
#下载 GROMACSwget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2021.2.tar.gztar xfz gromacs-2021.2.tar.gzcd gromacs-2021.2#安装并获取 GROMACSmkdir buildcd buildcmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ONmakesudo make installsource /usr/local/gromacs/bin/GMXRC#下载 PLUMEDwget https://github.com/plumed/plumed2/releases/download/v2.7.1/plumed-2.7.1.tgztar xfz plumed-2.7.1.tgzcd plumed-2.7.1#安装 PLUMED./configure --prefix=/usr/local/plumedmakesudo make install#补丁 GROMACScd gromacs-2021.2plumed patch -p#重新构建 GROMACScd buildcmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_PLUMED=onmakesudo make install#检查安装gmx mdrun -plumed#下载 GROMACSwget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2021.2.tar.gztar xfz gromacs-2021.2.tar.gzcd gromacs-2021.2#安装并获取 GROMACSmkdir buildcd buildcmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ONmakesudo make installsource /usr/local/gromacs/bin/GMXRC#下载PLUMEDwget https://github.com/plumed/plumed2/releases/download/v2.7.1/plumed-2.7.1.tgztar xfz plumed-2.7.1.tgzcd plumed-2.7.1#安装PLUMED./configure --prefix=/usr/local/plumedmakesudo make install#补丁GROMACScd gromacs-2021.2plumed patch -p#重新构建GROMACScd buildcmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_PLUMED=onmakesudo make install#检查安装gmx mdrun -plumed
基本配置：
基本配置