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整个基因组对魔术种群的重新陈述和表型，用于高分辨率的鹰嘴豆
鹰嘴豆（Cicer Arietinum L.）是第二大重要的谷物豆科植物，主要是在残留的土壤水分上种植的，尤其是在撒哈拉以南非洲和南亚的半干旱地区。在全球范围内，它以1,456万公顷的公顷生长，每年产量为1476万吨（FAO-Stat，2018）。这是亚洲和非洲数百万人饮食中蛋白质，矿物质，纤维和维生素的重要来源。鹰嘴豆产生受到多种非生物和生物胁迫的不利影响（Roorkiwal等，2020）。在过去的二十年中，基因组学的进步为理解复杂性状的遗传学提供了更大的见解。在几种农作物物种中剖析定量性状基因座（QTL）的最常见方法是使用源自两国杂交的种群（Varshney等，2015）。在鹰嘴豆的情况下，已经使用二元映射种群绘制了几种生物和非生物应力以及农业面部性的特征（Barmukh等，2021; Jha等，2021; Jha等，2021; Mallikarjuna et al。，2017; Paul et al。 Al。，2020年； Varshney等人，2019年；
整个基因组测序（WGS）
b ioinformitic c of a nalysis WGS报告包括：•质量控制和测序指标（FASTQC）•过滤以关注变体•全面识别更改，包括单核苷酸变化（SNV）（SNV），插入和缺失（INDELS）（INDELS）（INDELS）•与种类和躯体变异的工作相关的变化范围•分离的变异范围•分离的变化范围•均分离范围，以•分离范围。在遗传或疾病相关样品之间进行比较，以鉴定基因和途径中的共享或新颖变异•其他分析可以评估变异的潜力改变蛋白质结构，功能，动力学或表达
评估SARS-COV-2整个基因组测序的微型Illumina DNA制备方案
由SARS-COV-2引起的全球大流行增加了对可扩展测序和诊断方法的需求，尤其是对于基因组监测。尽管下一代测序已经实现了大规模的基因组监测，但是在某些设置中对SARS-COV-2进行测序的能力受到测序套件的成本和测序库的耗时准备的限制。我们比较了使用标准Illumina DNA Prep Kit协议获得的测序结果，成本和转折时间与三个修改的协议，具有更少的清理步骤和不同的试剂量（全卷，半体积，第十卷）。，我们在每个协议下处理了47个样本的一次运行，并比较了产率和平均序列覆盖率。四种不同反应的顺序成功率和质量如下：完整反应为98.2％，第十个反应为98.0％，完整的快速反应为97.5％，半反应为97.1％。结果，序列质量的均匀性表明库不受协议变化的影响。测序的成本降低了大约七倍，准备图书馆所花费的时间从6.5小时减少到3小时。使用微型化体积获得的测序结果显示出与使用制造商所述的全容量获得的结果相比。该协议的适应性代表了SARS-COV-2测序的低成本，简化的方法，该方法可用于快速，更经济地生成基因组数据，尤其是在资源约束的设置中。
1发育小鼠脑的空间转录表揭示了2个基因表达的时间动力学和3个claustrum的异质性4 5 6 7 y
14†同样贡献了这项工作15 *相应的作者16 16 17 Abstract 19 20 20在哺乳动物脑皮质的发展过程中，许多神经元在六层结构中排列了21个，并带有内而外的时装，形成了新皮层和线22 Neural Circits。此过程包括细胞增殖，分化，迁移和23个成熟，并由精确的遗传调节支持。要理解在细胞和分子水平上的24个过程的序列，有必要通过基因表达来表征25种基本解剖结构。然而，在26个成年大脑中建立的标记有时在胎儿大脑中的行为不同，在27个发育过程中积极变化。空间转录组从组织切片上图案的每个28个斑点产生全基因组基因表达谱，从新鲜切片中捕获RNA分子，并在保留空间信息的同时，从新鲜冻结的切片中捕获了RNA分子和29个启用测序分析。但是，对该数据的更深入的30理解需要计算估计，包括与31个单细胞转录组数据的集成以及单细胞群集级别上斑点的聚合。这种分析在生物标志物发现中的32应用才刚刚开始，其33在发育中的胎儿大脑中的应用很大程度上没有探索。在这项研究中，我们对发育中的小鼠脑进行了34个空间转录组分析，以研究发育过程中基因表达的35个时空调节。我们的数据驱动38分析确定了脉络丛，梨状皮层，丘脑，39和claustrum的新型分子标记。41 42 43使用这些数据，我们36进行了一项综合研究，其中包括公开可用的小鼠数据集，成人大脑的37个空间转录组和胎儿脑的单细胞转录组。此外，我们揭示了胚胎40 claustrum的内部结构由异质细胞种群组成。
使用整个基因组进行关联研究... - DR-NTU
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一个基因组还是数千个基因组？群体基因组学和脱靶风险
使用 SpCas9 核酸酶进行 ONE-seq 脱靶分析的结果 a，群图显示五个先前分析的 SpCas9 gRNA 的 ONE-seq 核酸酶分数。每个圆圈代表一个单独的 ONE-seq 文库成员。彩色圆圈代表先前确认的真正脱靶位点。未显示 ONE-seq 核酸酶分数低于 0.001 的位点。n/a，未在先前发表的 CIRCLE-seq 研究中进行验证。b，维恩图比较了 ONE-seq、CIRCLE-seq 和 Digenome-seq（空心彩色圆圈）提名先前由 GUIDE-seq（实心紫色圆圈）验证的真正脱靶位点的能力。所有被视为由 ONE-seq 验证的位点的 ONE-seq 核酸酶分数均 >0.01。
赋予IPSC衍生的墨水细胞具有多个基因编辑，以提高持久性和抗肿瘤功效
这种常见祖细胞库的关键特征是：敲除β2微球蛋白的敲除，以消除HLA-I表达（CD8 T细胞逃避）； CIITA敲除消除HLA-II表达（CD4 T细胞逃避）； HLA-E和HLA-G（NK细胞逃避）的敲击蛋白； IL-15/IL-15RA的敲击素以增强墨水持久性；单纯疱疹病毒酪氨酸激酶（HSV-TK）作为Ganciclovir响应性安全开关； psma胞外域的敲击蛋白可以使细胞追踪；高亲和力CD16的敲击蛋白与治疗性抗体结合时增强ADCC； NKG2D的敲击蛋白通过识别胁迫配体来增强肿瘤杀死； NKG2A和CD70的敲除可能增强细胞适应性/功能。工程的共同祖先将为多个墨水产品候选者提供起始材料。
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[1] H. Ramp，T。J. Clark，B。D. Hauer，C。Doolin，K。C. Balram，K。Srinivasan和J. P. Davis，《从3D微波炉从3D微波腔到电信的波长转导，使用Piezoeleelectric oporyicalical Crystals，应用物理学Letters Letters Letters Letters 116，（202020202020）。[2] M. Schatzl, F. Hackl, M. Glaser, P. Rauter, M. Brehm, L. Spindlberger, A. Simbula, M. Galli, T. Fromherz, and F. Schäffler, Enhanced Telecom Emission from Single Group- IV Quantum Dots by Precise CMOS-Compatible Positioning in Photonic Crystal Cavities , ACS Photonics 4 , 665 (2017).[3] J. Morville，S。Kassi，M。Chenevier和D. Romanini，快速，低噪声，模式，逐示，通过二极管激光自锁定的自锁，应用物理学B：激光器和光学80、1027（2005）。[4] O. Painter，R。K. Lee，A。Scherer，A。Yariv，J。D. O'Brien，P。D. Dapkus和I. Kim，二维光子波段缺陷模式激光，科学284，1819（1999）。[5]