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World File Search System免疫沉淀
定量顺序染色质免疫沉淀，一种分析体内基因组区域蛋白共占蛋白的共占者的方法
顺序染色质免疫沉淀（SEQCHIP）是一种程序，其中甲醛交联，来自活细胞的蛋白质– DNA复合物受到了两个具有不同特异性抗体的顺序免疫侵蚀。seqchip已被定性地解决，是否可以同时在体内同时同时同时同时占领DNA。在这里，我们扩展了早期的工作，并描述了以定量方式执行和解释Seqchip实验的理论和实际考虑因素。我们提供了一个详细的实验程序，用于设计和执行SEQCHIP实验以及这三个可能结果的实验示例：完全共同占领，没有共占领和部分共同占领。在某些部分共同占领的情况下，Seqchip中免疫沉淀的顺序会强烈影响结果。我们在实验上确认了一个定量参数，该参数提供了在给定DNA区域上两种蛋白的同居量的度量，并提供了有关如何解释Seqchip实验结果的信息。我们对Seqchip数据的定量处理大大扩展了该技术在体内阐明分子机械的实用性。
神经科学研究技术指南
信号转导和细胞内信号转导简介 298 研究蛋白质的基本工具 300 抗体的制备和使用 300 纯化蛋白质 302 免疫沉淀 (IP) 304 研究蛋白质表达 30 蛋白质印迹 (WB) 306 酶联免疫吸附试验 (ELISA) 308 放射免疫测定 (RIA) 310 免疫组织化学 (IHC) 312 免疫电子显微镜 (IEM) 312 报告蛋白 312 研究蛋白质 - 蛋白质相互作用 313 免疫共沉淀 (Co-IP) 313 蛋白质亲和层析 313 酵母双杂交试验 314 研究翻译后修饰 317 PTM 特异性试验 317 PTM 特异性抗体 320 研究蛋白质-DNA 相互作用 321 电泳迁移率分析 (EMSA) 323 染色质免疫沉淀 (ChIP) 325 荧光素酶分析 327 结论 328 推荐阅读和参考文献 328
M. SC。 ＆P。G.文凭 /证书课程入学信息手册< / div>动物学系参考。否：zool./ddj/日期：21 ...
M.Sc. 在生物化学 /生物信息学 /生物技术 /生命科学 /微生物学或任何其他生物科学学科中，公认的大学和对生物信息学工具和技术的了解至少为60％。 理想的：在HPLC，SDS-PAGE，IEF，WESTER WESTER，免疫沉淀，MALDI TOF，X射线晶体学，NMR光谱，冷冻EM，毛细管电泳以及蛋白质结构鉴定研究经验的一年至两年的研究经验。M.Sc.在生物化学 /生物信息学 /生物技术 /生命科学 /微生物学或任何其他生物科学学科中，公认的大学和对生物信息学工具和技术的了解至少为60％。理想的：在HPLC，SDS-PAGE，IEF，WESTER WESTER，免疫沉淀，MALDI TOF，X射线晶体学，NMR光谱，冷冻EM，毛细管电泳以及蛋白质结构鉴定研究经验的一年至两年的研究经验。
有丝分裂检查点激酶BUB1是腺样囊性癌中MYB的直接且可起作的靶标
缩写ACC，腺样囊性癌；芯片，染色质免疫沉淀； CHIP-SEQ，染色质免疫沉淀测序； dab，二氨基苯甲胺； dox，多西环素； EV，空矢量； FDR，错误发现率； GFP，绿色荧光蛋白；去，基因本体论； GSEA，基因集富集分析； HEGF，人类表皮生长因子； Mac，基于模型的芯片序列分析； MBS，MYB绑定站点； NES，归一化富集评分； NSG，正常的唾液腺； p adj，p值调整； PDX，患者衍生的异种移植物； penstrep，青霉素 - 链霉素； RLU，相对光单元； RMA，强大的多阵列平均值； RNA-seq，RNA测序； RT-QPCR，实时定量PCR； siRNA，小干扰RNA； TMA，组织微阵列； TSS，转录开始站点；谁，世界卫生组织； XPDX，Xenostart患者衍生的异种移植物。
染色质结构可能在恶性疟原虫的全基因组分析中引入系统性偏差
摘要背景：人类疟原虫恶性疟原虫中异染色质的维持、调节和动态变化因其在互斥毒力基因表达和关键发育调节因子沉默中的调节作用而受到越来越多的关注。染色质免疫沉淀后测序 (ChIP-seq) 等全基因组分析的出现有助于了解染色质组成；然而，即使在模型生物中，ChIP-seq 实验也容易受到由潜在染色质结构引起的内在实验偏差的影响。方法：我们进行了一项对照 ChIP-seq 实验，重新分析了之前发表的 ChIP-seq 数据集，并比较了不同的分析方法，以表征恶性疟原虫全基因组分析的偏差。结果：我们发现用于 ChIP-seq 标准化的输入对照样本中的异染色质区域在整个恶性疟原虫基因组的测序覆盖率方面系统性地代表性不足。这种代表性不足，加上非特异性或低效的免疫沉淀，可能导致在这些区域识别出假富集和峰值。我们观察到，在特定和有效的 ChIP-seq 实验中，背景水平也会出现这种偏差。我们进一步报告了不同的读取映射方法如何扭曲高度相似的亚端粒区域和毒力基因家族中的测序覆盖率。为了改善这些问题，我们讨论了可用于表征真正的染色质相关蛋白的正交方法。结论：我们的结果强调了染色质结构对寄生虫全基因组分析的影响以及谨慎的必要性
上调 lncRNA CACNA1G-AS1 通过下调 p53 加剧结直肠癌进展
摘要 目的：探讨长链非编码RNA（lncRNA）CAC-NA1G-AS1通过介导p53调控结直肠癌（CRC）细胞增殖和侵袭能力，从而影响CRC进展的作用。患者与方法：首先测定CRC组织和邻近正常组织中的CACNA1G-AS1水平。检测不同肿瘤分期CRC患者的CACNA1G-AS1水平。评估CACNA1G-AS1影响HCT116和SW480细胞增殖和侵袭能力的变化。分析CACNA1G-AS1的亚细胞分布。通过Western印迹、RNA免疫沉淀（RIP）和染色质免疫沉淀（ChIP）技术检测CAC-NA1G-AS1与EZH2的相互作用，最终探究CACNA1G-AS1靶基因的生物学功能。结果：CACNA1G-AS1在结直肠癌组织中表达上调，而癌旁正常组织中CACNA1G-AS1表达水平维持在较高水平，且在Ⅲ-Ⅳ期结直肠癌患者中仍高于Ⅰ-Ⅱ期患者。敲低CACNA1G-AS1后，HTC116和SW480细胞的增殖和侵袭能力降低。CACNA1G-AS1主要分布在细胞核中。此外，CACNA1G-AS1被证实与EZH2存在相互作用。敲低CACNA1G-AS1或EZH2可上调p53水平，降低EZH2对p53的募集能力。最终，p53敲低可部分逆转CACNA1G-AS1对HCT116细胞增殖能力的调控作用。结论：CACNA1G-AS1通过与EZH2形成致癌复合物下调p53水平，从而增强CRC细胞的增殖和侵袭能力。
PRC1 凝聚物的扩散破坏了多梳染色质结构域和环
多梳抑制复合物 1 (PRC1) 强烈影响 3D 基因组组织，介导目标基因座的局部染色质压缩和聚集。几种 PRC1 亚基能够在体外通过液-液相分离形成生物分子凝聚物，并且在细胞中标记和过表达时也是如此。在这里，我们使用可以破坏液体状凝聚物的 1,6-己二醇来检查内源性 PRC1 生物分子凝聚物对 PRC1 结合基因座的局部和染色体范围聚集的作用。使用成像和染色质免疫沉淀，我们表明，PRC1 介导的目标基因组基因座（在不同长度范围内）的染色质压缩和聚集可以通过向小鼠胚胎干细胞中添加并随后去除 1,6-己二醇来可逆地破坏。多梳结构域和簇的解压缩和分散不能完全归因于 1,6-己二醇处理后染色质免疫沉淀检测到的 PRC1 占有率降低，因为添加 2,5-己二醇对结合有类似的影响，尽管这种酒精不会干扰 PRC1 介导的 3D 聚类，至少在亚兆碱基和兆碱基尺度上不会。这些结果表明 PRC1 分子之间的弱疏水相互作用可能在多梳介导的基因组组织中发挥作用。