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World File Search System共表达
使用300 mt/m梯度系统在体内扩散MRI
精神分裂症的多基因结构暗示了与突触功能有关的几个分子途径。但是，尚不清楚多基因风险如何通过这些途径转化为综合症。使用张量分解，我们分析了来自358个个体的死亡后脑脑部细胞的基因共表达。我们确定了一组主要在尾状核中表达的基因，并与精神分裂症的临床状态和遗传风险相关，这些基因表现出了多巴胺能选择性。这组基因解析的精神分裂症的较高多基因风险评分预测纹状体中的多巴胺合成更大，奖励性抗性期间的纹状体激活更大。这些结果将多巴胺连接的遗传风险变化转化为纹状体中长期以来与精神分裂症病理生理学有关的体内神经化学和血液动力学表型。
免疫相关的基因预后指数，用于预测结直肠癌患者的预后
方法：分别从癌症基因组图集（TCGA）和基因表达综合（GEO）数据库中获取CRC患者的RNA序列数据和临床信息，分别是培训和验证集。免疫相关的基因数据是从Inmport和IntedB数据库中获得的。加权基因共表达网络分析（WGCNA）用于鉴定与免疫相关的基因。然后使用COX回归方法构建了IRGPI。基于IRGPI的中位风险评分，患者可以分为高风险和低风险组。为了进一步研究免疫学差异，进行了基因集变异分析（GSVA）研究。此外，使用施加和相关功能分析的免疫细胞用于识别差异免疫细胞亚群和相关功能途径。
crispr删除SVA逆转录座子在TRPV1/TRPV3属基因间区域的顺式调节元件
摘要：正弦 - vntr- Alu（SVA）逆转录子是仅在灵长类动物基因组中存在的可转座元素（TES）的子类。te插入可以作为顺式调节元素（CRES）选择；但是，使用生物信息学方法和报告基因测定法证明了SVA的调节潜力。这项研究的目的是证明通过CRISPR（群集间隔间隔短的腔粒重复序列）的SVA顺式调节活性），并随后测量直接对局部基因表达的影响。我们识别了17染色体上的一个区域，该区域富含人类特异性SVA。在该区域的比较基因表达分析揭示了多个人体组织中TRPV1和TRPV3的共表达，这在小鼠中未观察到，这突出了两种物种之间的关键调节差异。此外，TRPV1和TRPV3编码序列之间的基因间区域包含位于TRPV3启动子和TRPV1 3'端的上游的人类特定的SVA插入，该插入trpv1的3'端，强调了该SVA作为研究其潜在的CIS -CIS-候选者对这两种基因的候选者。首先，我们生成了SVA报告基因构建体，并证明了它们在HEK293细胞中的转录调节活性。然后，我们设计了一种双目标CRISPR策略，以促进整个SVA序列的删除，并生成编辑的HEK293克隆细胞系，其中包含纯合和杂合SVA缺失。在编辑的纯合∆ SVA克隆中，我们观察到TRPV1和TRPV3 mRNA表达的显着降低，与未经编辑的HEK293相比。此外，我们还观察到杂合∆ SVA克隆中mRNA表达水平的变异性增加。总体而言，在具有SVA缺失的编辑的HEK293中，我们观察到对TRPV1和TRPV3的共表达的中断。在这里，我们提供了人类特异性SVA的示例，其原位调节活性，支持SVA逆转座子的作用，是物种特异性基因表达的贡献者。
通过中心基因网络分析和连接图谱预测肝内胆管癌新型候选药物
摘要：肝内胆管癌 (ICC) 是一种恶性肿瘤，需要有效的全身治疗。基于基因表达谱的分析可以有效筛选潜在候选药物，作为 ICC 患者的新疗法。从基因表达综合 (GEO) 和癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库下载了 ICC 和正常胆管上皮细胞的 RNA 表达谱。使用基因本体 (GO) 和京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 数据库完成差异表达基因 (DEG) 的功能注释和富集通路分析。通过 WGCN 分析 (WGCNA) 构建加权基因共表达网络 (WGCN)。分析了 DEG 和共表达基因模块中的关键基因以生成蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络。研究了筛选出的十大枢纽基因与ICC患者总生存期和无病生存期之间的关联。进行连接图（cMap）分析以利用枢纽基因识别ICC的潜在药物。从1287个GSE-DEG，8183个TCGA-DEG和1226个混合模块基因的重叠基因中共选出151个关键基因。分析蛋白质-蛋白质相互作用共发现10个感兴趣的枢纽基因（CTNNB1，SPP1，COL1A2，COL3A1，SMAD3，SRC，VCAN，PKLR，GART，MRPS5）。使用 cMap 筛选出对 ICC 具有潜在疗效的候选药物包括三种酪氨酸激酶抑制剂（达沙替尼、NVP-BHG712、替凡替尼）、两种大麻素受体激动剂（棕榈酰乙醇酰胺、花生四烯酸酰胺）、两种抗生素（莫西沙星、阿莫西林）、一种雌激素受体激动剂（左炔诺孕酮）、一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶抑制剂（MK-2206）和其他小分子。通过网络和 PPI 分析，我们能够识别出治疗 ICC 的潜在药物。新基因表达谱的识别和相关药物筛选可能会加速识别治疗 ICC 的潜在新药物疗法。
o r i g i n a l r e s a r c h c h生物信息学和综合实验方法，用于识别和验证共表达的与铁毒相关的gen
目的：骨关节炎（OA）是全世界最常见的关节疾病，是老年人的残疾和慢性疼痛的主要原因。FROFROPTOSOS。是一种以异常的铁代谢和活性氧累积为特征的程序性细胞死亡。但是，它在OA中的作用尚不清楚。方法：为了确定来自OA患者的关节软骨和滑膜样品共表达的螺旋病标志物，进行了硅分析中进行分析。分析了签名基因，并使用ROC曲线预测模型对结果进行了评估。签名基因和铁凋亡表型。使用QRT-PCR确定来自OA患者的样品中非编码RNA的表达水平。CERNA网络分析结果已使用双葡聚糖酶测定确认。结果：JUN，ATF3和CDKN1A被鉴定为OA-和铁铁相关的签名基因。GSEA分析表明，这些基因在免疫和炎症反应中的富集以及氨基酸代谢。cibersort算法在软骨中显示T细胞与这些特征基因之间的负相关性，并且在滑膜中呈正相关。此外，RP5-894D12.5和FAM95B1通过竞争性结合与miR-1972，miR-665和miR-181a-2-3p来调节JUN，ATF3和CDKN1A的表达。此外，在小鼠和人OA滑膜和软骨组织中，JUN，ATF3和CDKN1A表达都被下调。在体内，在OA软骨和滑膜中都下调了GPX4。然而，GPX4和GSH被下调，而在患者OA软骨和滑膜样品中，亚铁离子被上调，表明铁铁蛋白酶与OA的发病机理有关。QRT-PCR恶魔表明，MiR-1972，RP5-894D12.5和FAM95B1在OA组织中差异表达。通过双速度左右分析证实了MiR-1972与JUN之间的相互作用，以及RP5-894D12.5，MiR-1972和JUN之间的CERNA调节机制。结论：这项研究确定JUN，ATF3和CDKN1A可能是关节滑膜炎和OA的诊断生物标志物和治疗靶标。此外，我们的发现表明RP5-894D12.5/miR-1972/jun是OA中潜在的CERNA调节轴，从而深入了解了铁毒性和OA之间的联系。关键词：骨关节炎，铁毒炎，滑膜炎，生物信息学，JUN，ATF3，CDKN1A，GPX4
形式、功能、思维：什么无法计算（什么可以计算）
Stuart A. Newman * 纽约医学院，纽约瓦尔哈拉 10595 美国 ____________________________________________________________________________________ 摘要 本文使用发育生物学和认知领域的例子，详细研究了计算和动态系统模型对生物体的适用性。发育形态发生取决于发育组织固有的物质特性，这是一种非计算方式，但细胞分化利用染色质可修改的记忆库和类似程序的函数调用，通过后生动物独有的发育基因共表达系统，具有准计算基础。多吸引子动力学模型被认为不适用于发展的整体特性，并且有人认为，与计算主义一样，动态主义同样不适合解释认知现象。有人提议将大脑和其他神经组织视为具有固有属性的新型可兴奋物质，从而能够增强整个生命之树中基于细胞的基础认知能力。
再生响应元件Careg监测MULLER GLIA在MNU诱导的斑马鱼视网膜损伤后的激活
fi g u r e 4皮肤DEG具有比皮肤DSG更大的基因共表达连通性，但DSGS的表达更高。（a）小提琴图显示了转录组，DSG和DEG中所有基因的总连通性（ktotal）值的分布。（b）小提琴图显示了转录组，DSG和DEG中所有基因的基因表达值的分布。表达值以每百万（TPM）的转录本为标准化。为了视觉清晰度，在“所有基因”类别中的表达值超过200 tpm的635个异常值不包括在图中。两者均为DSG和DEG的六个基因均不包括在任何分析中。在这两个图中，中间的白色钻石代表分布的中值，每个成对比较的置换测试的结果均显示为星号（*p <.05; *** p <.001; **** p <.0001）或ns（不重要）。
第二届 DZG 慕尼黑日
10. 夜间高温暴露与中风风险 | 何成（DZHK） 11. 增强的legumain活性将前颗粒蛋白缺乏与额颞叶变性的TDP-43病理联系起来 | Maria-Teresa Mühlhofer（DZNE） 12. 由LMP1-TRAF6复合物直接介导的Epstein-Barr病毒驱动的B细胞淋巴瘤 | Fabian Giehler（DZIF） 13. 小鼠和人脑中前脉冲抑制和精神分裂症基因的共表达 | Lillian Garrett（DZPG） 14. TREM2：从靶标识别到翻译 | Kai Schlepckow（DZNE） 15. 免疫介导的松果体失神经支配是心脏病睡眠障碍的基础 | Karin Ziegler（DZHK） 16. 解剖肌肉中基于Treg的免疫代谢串扰 | Maike Becker (DZD) 17. 肝脏免疫变阻器调节慢性 HBV 感染中的 CD8 T 细胞免疫 | Hannah Wintersteller (DZIF)
在植物转化，再生和基因...
图1：旨在评估P ESR1驱动基因158激活的基因构建体的实验验证。烟草芽片段用159个农杆菌（GV3101）转化，其中包含cmylcv :: ruby（a）和p在esr1 :: ruby 160（b）显示有限或没有愈伤组织形成。虽然35s :: AtWind1 - 161 AteSr1 :: Ruby（c）的共表达显示出更大的愈伤组织形成和ATESR1 162启动子的激活。（d）愈伤组织形成的定量分析，如区域所示（MM 2）。Explants 163用CAMV 35S :: AtWind1转换出来，显示出大约3-4倍的愈伤组织形成。164（e）在ATESR1启动子下方的IPT等发育调节基因及其165通过ATWIND1激活的表达诱导了快速的愈伤组织诱导，并形成了芽根尖分生组织，166个导致了phytohormone-fime Hormone培养基中的De从头寄生虫的诱导。167
适体的应用改善了基于 CRISPR 的植物端粒实时成像
开发活体成像技术以提供染色质在活细胞中如何组织的信息对于解释生物过程的调节至关重要。在这里，我们展示了基于 CRISPR/Cas9 的活体成像技术的改进。在这种方法中，sgRNA 支架与 RNA 适体融合，包括 MS2 和 PP7。当死 Cas9 (dCas9) 与嵌合 sgRNA 共表达时，标记 MS2 和 PP7 适体的荧光外壳蛋白 (tdMCP-FP 和 tdPCP-FP) 被招募到目标序列中。与之前使用 dCas9:GFP 的工作相比，我们表明，使用基于适体的 CRISPR 成像构建体，瞬时转化的本氏烟的端粒标记质量得到了改善。标记受适体拷贝数的影响，受启动子类型的影响较小。相同的结构不适用于稳定转化植物和根中的重复标记。RNP 复合物与其靶 DNA 的持续相互作用可能会干扰细胞过程。