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World File Search System共表达
用于临床异种器官移植的TKO/hCD55/hTM/hEPCR基因修饰猪的生成和评估
结果：在 6GE 猪中确认 GGTA1、CMAH 和 B4GALNT2 完全敲除。hCD55 和 hTM 的表达分别比人类高约 7 倍和 13 倍，而 hEPCR 水平与人类相当。体外，与野生型 pAEC 相比，6GE pAEC 与人类 IgM 和 IgG 的结合显著降低（IgG p<0.01，IgM p<0.0001）。与 TKO/hCD55 pAEC 类似，与 TKO pAEC 相比，6GE pAEC 的补体介导细胞毒性显著降低（p<0.001）。与 WT（p<0.0001）、TKO（p<0.01）和 TKO/hCD55/hTM 猪（p<0.05）相比，6GE 猪中 hTM 和 hEPCR 的共表达导致与人类全血共培养时凝血酶-抗凝血酶 (TAT) 复合物水平显著下降。病理生理分析表明，6GE 猪肾脏和肝脏与人类免疫和凝血系统具有良好的相容性。然而，与其他基因编辑猪相比，6GE 猪对感染的敏感性增加，而 TKO/hCD55 猪在一般环境中饲养时被认为是安全的。
重组人FGF-8A无载体
描述FGF-8属于成纤维细胞生长因子（FGF）家族，并且在细胞生长，胚胎发生和肿瘤发生中起重要作用。在人（A，B，E，F）中FGF-8的四种亚型和通过mRNA的替代剪接产生的小鼠（A-H）中的八种同工型。比较人和小鼠，FGF-8A和FGF-8B显示出相同的序列同源性。FGF-8B是主要形式，并与FGF-8A共表达。同工型在胚胎发生过程中具有不同的生物学功能。在产前阶段，FGF-8的正常发育需要各种器官（包括四肢和中枢神经系统）。FGF-8A和8B蛋白的明显导致大脑发育中的命运确定失调。此外，首先将FGF-8从SC-3小鼠乳腺癌细胞克隆，并被发现是响应雄激素刺激而诱导的。同工型FGF-8B对FGF受体具有最高的亲和力，比FGF-8A阐明了更强的转化能力。FGF-8B在人前列腺和乳腺癌标本和细胞系中检测到。FGF-8F与食管癌的预后有关。FGF-8E突变与促性腺激素释放激素（GNRH）的缺乏有关。
在不牺牲特异性的情况下在生菜中建立有效的基因组编辑系统
CRISPR/Cas9 基因组编辑系统的效率在许多作物中仍然有限。利用强启动子来提高 Cas9 的表达水平是提高编辑效率的常用方法。然而，这些策略也增加了脱靶突变的风险。在这里，我们开发了一种新策略，利用内含子介导增强 (IME) 辅助的 35S 启动子来驱动 Cas9 和 sgRNA 在单个转录本中，通过适度增强 Cas9 和 sgRNA 的表达来提高编辑效率。此外，我们开发了另一种策略来富集高表达 Cas9 /sgRNA 的细胞，通过共表达发育调控基因 GRF5 ，这已被证明可以提高转化效率，并且来自这些细胞的转基因植物也表现出增强的编辑效率。该系统将莴苣（Lactuca sativa）中三个目标的基因组编辑效率从 14–28% 提高到 54–81%，且脱靶编辑效率没有增加。因此，我们建立了一种新的基因组编辑系统，该系统大大提高了目标编辑效率，且没有明显增加脱靶效应，可用于表征莴苣和其他作物中的目标基因。
pembrolizumab在...
图1。（a）患者1，伴侣和肿瘤组织的DNA的部分电遗迹图。短串联重复基因座D21S11，D7S820（显示）的肿瘤的基因分型（显示）显示了一个非母质等位基因（固体峰），代表对伴侣对肿瘤基因组的贡献。两个母体等位基因（开放峰）都存在于肿瘤DNA中，较低的开放峰（左）代表肿瘤切片中母体细胞的污染，而较高的开放峰（右）代表了肿瘤基因组的母体贡献，加上肿瘤切片中母体细胞的少量污染。（b）血清HCG在治疗开始时的时间绘制。阴影带代表化学和免疫疗法的持续时间；一个。低剂量EP； b。 EP/EMA与IT MTX； c。 TE/TP; d。 HDCT; e。 EP; f。宝石尖； Pembro，Pembrolizumab（箭头显示治疗日期）。 有关治疗方案的摘要，请参见表S2。 （C-F）肿瘤免疫景观的多重免疫组织化学。 （c）PDL1和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的表达激活/耗尽标记PD1和CD56表达天然杀伤细胞的表达； （d）CD4，PD1，FOXP3（共表达CD4）和CD8的TIL表达； （E-G）HLA-G，HLA-A和MHC-II的肿瘤表达。 后三个标记是PDL1表达以鉴定肿瘤细胞的。 在包括内皮细胞和淋巴细胞在内的非癌细胞上可见正常的HLA-A/MHC-II表达，条为50 µm。 错误条代表与平均值的一个标准偏差。低剂量EP； b。 EP/EMA与IT MTX； c。 TE/TP; d。 HDCT; e。 EP; f。宝石尖； Pembro，Pembrolizumab（箭头显示治疗日期）。有关治疗方案的摘要，请参见表S2。（C-F）肿瘤免疫景观的多重免疫组织化学。（c）PDL1和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的表达激活/耗尽标记PD1和CD56表达天然杀伤细胞的表达； （d）CD4，PD1，FOXP3（共表达CD4）和CD8的TIL表达； （E-G）HLA-G，HLA-A和MHC-II的肿瘤表达。后三个标记是PDL1表达以鉴定肿瘤细胞的。在包括内皮细胞和淋巴细胞在内的非癌细胞上可见正常的HLA-A/MHC-II表达，条为50 µm。错误条代表与平均值的一个标准偏差。（H）在包括肿瘤三分之一的三个区域的tils进行了数字和手动计数，平均比例正常于CD8 T细胞。
树突状细胞1型控制癌症中三级淋巴样结构的形成，维持和功能
酪氨酸磷酸化是一种重要的翻译后修饰，可调节多细胞生物中许多生化信号网络的作品。迄今为止，在人类蛋白质中观察到了46,000种酪氨酸，但对大多数这些位点的功能和调节知之甚少。为了测试磷酸化的作用，主要挑战是产生重组磷酸蛋白。 mu-对酸性氨基酸的标记通常无法复制磷酸化的酪氨酸残基的大小和电荷，而合成氨基酸掺入的成本很高，产量相对较低。 在这里，我们展示了一种方法，灵感来自于如何通过二次焦油互动来发现细胞中的天然玫瑰氨酸激酶，从而增强了酪氨酸激酶的先天催化特异性，而无需过多。 我们设计了用于多种方法的多种方法，用于在大肠杆菌中产生高产量的磷酸蛋白产物。 在这里，我们测试磷酸化作为靶向相互作用（SH3-聚丙烯序列）的函数的函数，该磷酸化是跨不同特异性山脉激酶的不同反应方法。 该系统提出了一种廉价且可拖动的系统，用于产生磷蛋白和磷酸肽，我们演示了如何用于测试EGFR和PD-1靶标的抗体特异性。 这种方法是通过体外反应和共表达方法的灵活性来增强重组蛋白上的重组蛋白的共同作用的一种概括方法。 我们将其称为SISA-KIT，用于信号启发的合成增强激酶工具包。主要挑战是产生重组磷酸蛋白。mu-对酸性氨基酸的标记通常无法复制磷酸化的酪氨酸残基的大小和电荷，而合成氨基酸掺入的成本很高，产量相对较低。在这里，我们展示了一种方法，灵感来自于如何通过二次焦油互动来发现细胞中的天然玫瑰氨酸激酶，从而增强了酪氨酸激酶的先天催化特异性，而无需过多。我们设计了用于多种方法的多种方法，用于在大肠杆菌中产生高产量的磷酸蛋白产物。在这里，我们测试磷酸化作为靶向相互作用（SH3-聚丙烯序列）的函数的函数，该磷酸化是跨不同特异性山脉激酶的不同反应方法。该系统提出了一种廉价且可拖动的系统，用于产生磷蛋白和磷酸肽，我们演示了如何用于测试EGFR和PD-1靶标的抗体特异性。这种方法是通过体外反应和共表达方法的灵活性来增强重组蛋白上的重组蛋白的共同作用的一种概括方法。我们将其称为SISA-KIT，用于信号启发的合成增强激酶工具包。
用于真菌中多基因途径多重和预校准表达的多顺反子系统
合成生物学需要高效的系统来支持多个基因的良好协调共表达。在这里，我们发现了一个 9 bp 核苷酸序列，它能够在酵母和丝状真菌中实现高效的多顺反子基因表达。将多顺反子表达与多路复用、无标记、基于 CRISPR/Cas9 的基因组编辑相结合，我们开发了一种称为 HACKing（通过将基因破解到基因组中实现高效和可访问的系统）的策略，用于组装多基因途径。HACKing 允许通过将每种酶的翻译与在所需发酵条件下具有预定丰度的宿主蛋白质的翻译联系起来来预先校准每种酶的表达水平。我们通过快速构建高效的酿酒酵母细胞工厂来验证 HACKing，这些细胞工厂表达 13 种生物合成基因，并产生模型内源性（1,090.41 ± 80.92 mg L − 1 角鲨烯）或异源性（1.04 ± 0.02 mg L − 1 mogrol）萜类化合物产品。因此，HACKing 满足了合成生物学对真菌途径工程的可预测性、简单性、可扩展性和速度的需求，以获得有价值的代谢物。
质粒
工程细菌基因组或克隆为细菌人造染色体（BAC）的外源DNA取决于辅助质粒的使用，这些质粒的用法将所需的工具暂时输送到细菌中以进行修饰。完成了一项挑剔的作用后，需要固化辅助质粒。为了使这种有效的质粒通过条件扩增子维持或携带反选择标记。在这里，我们描述了可以通过化学诱导或抑制来维持或治愈的新条件质粒。我们的方法基于携带Ori6Kγ起源的质粒的依赖性，其复制起源于蛋白质的存在。基于ORI6Kγ的质粒是严格调控的条件构建体，但通常需要特殊的大肠杆菌菌株才能进行操作。为了避免这种情况，我们将π蛋白表达放在共表达的条件阻遏物的控制下。通过给药或去除化学物质来调节质粒的维护与迄今为止应用的任何其他条件扩增子完全兼容。在这里，我们描述了诱导位点特定重新组合的方法为例。但是，可以使用相同的策略来为基因组编辑方法（例如λred重组酶或CRISPR/CAS成分）的任何其他瞬时成分构建合适的辅助质粒。
阿尔茨海默氏病的遗传和零星形式的空间和单核转录组分析
阿尔茨海默氏病（AD）的发病机理取决于环境和可遗传的因素，其分子病因仍然不清楚。在这里，我们提出了对后期发作的零星AD和唐氏综合症（DSAD）的空间转录组（ST）和单核转录组调查。研究DSAD提供了一个机会，可以增强我们对AD转录组的理解，并可能弥合遗传小鼠模型和零星AD之间的差距。我们确定了可能是皮质层依次限定病理积累的转录组变化。空间共表达网络分析揭示了短暂性和区域限制的疾病过程，包括在皮质上层层中失调的神经胶质炎症程序，与AD遗传风险和淀粉样蛋白相关的过程有关。细胞 - 细胞通信分析在信号网络失调中进一步上下文化了该基因程序。最后，我们从淀粉样蛋白AD鼠标模型中生成了ST数据，以识别具有构象上下文的淀粉样蛋白淀粉样蛋白 - 淀粉样蛋白转录组的变化。
用于生物研究的基因编码生物发光葡萄糖指示剂
还使用特异性引物插入了 MglB (D236A) 中的突变。通过重叠 PCR 连接每个扩增片段，并通过热融合法亚克隆到线性化质粒中 [14]。所选载体为用于细菌表达的 pRSET B、用于哺乳动物表达的 pcDNA3 和用于植物表达的 pRI201_AN。将叶绿体定位信号、核酮糖二磷酸羧化酶小链 1A (RBCS1a) [15] 序列通过 Gly-Gly-Ser-Gly-Gly 接头融合在 LOTUS-Glc 和 LOTUS-Glc (D236A) 的 N 末端。为了共表达 miniSOG2 和 LOTUS-Glc，我们将 LOTUS-Glc 和 miniSOG2 与可自裂解的 P2A 肽连接起来 [16]。使用热休克法对大肠杆菌 (E. coli) 菌株 XL10-Gold 进行转化，并在 2 mL LB 培养基中用 0.1 mg/ml 氨苄青霉素在 37 ◦ C 下培养单个菌落过夜。通过碱性-SDS 裂解从收集的细菌沉淀中进行小规模 DNA 制备。使用 BigDye Terminator v1.1 循环测序试剂盒 (Thermo Fisher Scientific) 通过染料终止子循环测序确认质粒序列。LOTUS-Glc 及其变体的 DNA 序列显示在注释 S1 中。
通过生物信息学分析鉴定 2 型糖尿病和多囊卵巢综合征的关键基因和分子通路
摘要。– 目的：2 型糖尿病 (T2DM) 和多囊卵巢综合征 (PCOS) 是常见的内分泌系统疾病。然而，在转录组水平上对 T2DM 和 PCOS 的分子机制研究仍然很少。因此，我们旨在通过生物信息学分析揭示 T2DM 和 PCOS 之间潜在的共同遗传和分子途径。材料与方法：我们从美国国家生物技术信息中心的基因表达综合 (GEO) 数据库下载了 T2DM 和 PCOS 的 GSE10946 和 GSE18732 数据集。对这些数据集进行综合差异和加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 以筛选共同基因。随后进行功能富集和疾病基因关联分析，构建转录因子 (TF)-基因和TF-miRNA-基因调控网络，最终确定相关的靶向药物。结果：我们鉴定了T2DM和PCOS的共同基因（BIRC3，DEPTOR，TNNL3，ADRA2A）。通路富集分析显示共同基因在平滑肌收缩，通道抑制剂活性，细胞凋亡和肿瘤坏死因子 (TNF) 信号通路中富集。SP7，KLF8，HCFC1，IRF1和MLLT1等TF在TF调控网络中起关键作用。奥利司他被指出是一种重要的基因靶向药物。