摘要 通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征(单链断裂)III,IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究,已通过E coli dna Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA coletidylyclase ind of DNA)的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端,而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。 该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA,而核酸内切酶VI也是如此,而核酸内切酶III具有不同的切口机制。 t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性,该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA,对聚合酶的启动活性低。 通过与核酸内切酶VI的额外孵育,可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性,并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。 这些结果表明,核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶(分别作用于撤离和放射性的DNA)产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕,并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5' 然而,核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。 这些结果表明,在DNA中肾上腺素/III,IV和VI的连核III,IV和VI的作用。通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征(单链断裂)III,IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究,已通过E coli dna Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA coletidylyclase ind of DNA)的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端,而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。 该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA,而核酸内切酶VI也是如此,而核酸内切酶III具有不同的切口机制。 t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性,该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA,对聚合酶的启动活性低。 通过与核酸内切酶VI的额外孵育,可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性,并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。 这些结果表明,核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶(分别作用于撤离和放射性的DNA)产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕,并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5' 然而,核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。 这些结果表明,在DNA中肾上腺素/III,IV和VI的连核III,IV和VI的作用。通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征(单链断裂)III,IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究,已通过E coli dna Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA coletidylyclase ind of DNA)的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端,而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。 该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA,而核酸内切酶VI也是如此,而核酸内切酶III具有不同的切口机制。 t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性,该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA,对聚合酶的启动活性低。 通过与核酸内切酶VI的额外孵育,可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性,并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。 这些结果表明,核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶(分别作用于撤离和放射性的DNA)产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕,并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5' 然而,核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。 这些结果表明,在DNA中肾上腺素/III,IV和VI的连核III,IV和VI的作用。通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征(单链断裂)III,IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究,已通过E coli dna Polymerase I(DNA Polymerase I(DNA coletidylyclase ind of DNA)的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端,而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA,而核酸内切酶VI也是如此,而核酸内切酶III具有不同的切口机制。t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性,该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA,对聚合酶的启动活性低。通过与核酸内切酶VI的额外孵育,可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性,并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。这些结果表明,核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶(分别作用于撤离和放射性的DNA)产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕,并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5'然而,核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。这些结果表明,在DNA中肾上腺素/III,IV和VI的连核III,IV和VI的作用。我们使用T4 UV核酸内切酶的结果表明,T4紫外核酸内切酶对辐照DNA的切口涉及在嘧啶二聚体的5'一半处的糖基键的裂解,又涉及磷酸二二聚体的裂解,又是磷酸二酯键的裂解,最初连接了两个核位核位核苷酸的两个核苷酸。他们还暗示糖基键在磷酸酯键之前切割。
它。因此,如果像mtDNA这样的圆形DNA具有m识别(限制)位点,则该酶在消化后将其分散成M段。限制位点的数量和位置随核苷酸序列而变化。相比,两个DNA序列的相似性越高,裂解模式越接近。因此,可以通过比较限制位点的位置来估计两个同源DNA之间的核苷酸取代的数量。同样,可以从两个或分类的DNA片段的比例中估算核苷酸取代的数量。Upholt(8)研究了这两个问题,但他的锻炼并不一般,似乎涉及一些错误。fur-hoverore,upholt不关注种群中DNA序列的异质性明显高度(5)。当研究紧密相关的物种之间的遗传差异时,有必要消除这种异质性的作用。本文的目的是开发一个更严格的DNA遗传差异数学模型,并提出了一种统计方法,用于分析限制酶研究的数据。在前四个部分中,我们要么假设人群中没有多态性,要么仅考虑一对生物(个体)之间的遗传差异。在第五部分中将删除无多态性的假设。
噬菌体FD,FL和OX174是已知的最小病毒之一。它们属于具有单链圆形DNA作为其遗传物质(1-4)的一组良好特征的副觉。他们的DNA的分子量约为2 x 106,仅包含有限数量的基因。fd和fl是丝状噬菌体,在血清学和遗传上相关。ox174是一个显然与丝状噬菌体无关的球形噬菌体。dev> deNhardt和Marvin(5)通过DNA-DNA杂交进行了表明,尽管这两种类型的噬菌体(即丝状和球形)在每种类型的DNA之间没有检测可检测的同源性,尽管在每种类型内部都有很高的同源性。最近,已经推出了一种相对较快的分馏和序列大嘧啶寡核苷酸的技术。已经确定了9-20个基碱残基的FD DNA中长嘧啶裂纹的序列(6)。在本报告中,提出了来自FL和OX174 DNA的大嘧啶产物的序列。将这些序列与先前从FD DNA获得的序列进行了比较。
。CC-BY 4.0 国际许可,根据 提供(未经同行评审认证)是作者/资助者,他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者,此版本于 2020 年 6 月 9 日发布。;https://doi.org/10.1101/2020.06.09.141705 doi:bioRxiv 预印本
1 加州大学伯克利分校分子与细胞生物学系;美国加利福尼亚州伯克利市;2 加州大学创新基因组学研究所;3 加州大学伯克利分校加州定量生物科学研究所 (QB3);4 加州大学伯克利分校霍华德休斯医学研究所;美国加利福尼亚州伯克利市;5 加州大学伯克利分校地球与行星科学系;6 加州大学洛杉矶分校分子、细胞和发育生物学系;7 加州大学伯克利分校计算生物学中心;8 加州大学洛杉矶分校霍华德休斯医学研究所;9 格拉德斯通研究所;美国加利福尼亚州旧金山市;10 格拉德斯通-加州大学旧金山分校基因组免疫学研究所; 11 劳伦斯伯克利国家实验室分子生物物理和综合生物成像部;美国加利福尼亚州伯克利市;12 加利福尼亚大学伯克利分校化学系;美国加利福尼亚州伯克利市;
图2。MLH1-PMS1的固有ATPase活性失去了PCNA刺激。(a)TLC ATPase分析测量了线性4.3 kb DNA上由MLH1-PMS1水解的ATP量。灰色条代表完整的线性4.3 kb DNA(n = 3),蓝色条代表了线性的4.3 kb DNA,具有4个单链断裂(n = 3)。底物。灰色和蓝色条带有对角线,代表了包含PCNA的实验(n = 3)。(b)灰色条代表在4.3 kb放松,无迹线的圆形DNA上水解的ATP百分比(n = 3),蓝色条代表圆形的4.3 kb DNA,其中包含4个迹线(n = 3)。4.3 kb PBR322。使用nt.bstnbi进行单链断裂。(c)MLH1-PMS1在完整DNA上与包含单链断裂的DNA的ATPase活性模型。
摘要:对流感的治疗至关重要的是使用抗病毒药,例如Oseltamivir(Tamiflu)和Zanamivir(Relenza);但是,对于这些治疗剂而言,抗病毒药抗性正成为越来越多的问题。RNA依赖性RNA聚合酶酸性N末端(PA N)核酸内切酶是流感病毒复制机制的关键成分,是一个抗病毒靶标,最近经批准Baloxavir Marboxil(BXM)经过验证。尽管BXM取得了临床成功,但BXM表现出对抗性突变的敏感性,特别是PA n的I38T,E23K和A36 V突变体。为了更好地了解这些突变对BXM抗性的影响并改善了更健壮的治疗剂的设计,本研究研究了蛋白质 - 抑制剂与两个抑制剂的关键差异,以及I38T,E23K和A36 V突变体。通过使用两种生物物理方法测量与PA N结合的变化来评估抑制剂结合的差异。用野生型和突变形式的Pa n晶体学确定了两个不同抑制剂的结合模式。总的来说,这些研究对这些突变体的抗病毒抗性机理有了一些深入的了解。■简介流感病毒导致疾病的重大负担,仅在2018/19季节,在美国造成了约3550万例,500,000例住院和35,000例死亡。1个儿童和老年人群特别容易受到复杂的流感病例,占住院和死亡的最大百分比。3,42在19009年大流行期间,非药物干预措施(NPI),例如在家中订单,掩盖,社会疏远和增加的消毒措施在公共场所实现,以防止SARS-COV-2的传播。这也导致全球流感感染在2020/21和2021/22季节中大大减少,这对流感疫苗的年度重新印象产生了影响。重新制作在很大程度上取决于循环菌株的先前传染病季节的数据,以预测即将到来的流感季节最有效的疫苗组成。3因此,预测最佳2022/23疫苗的数据较少,这解释了2022/23季节观察到的流感的实质性复苏。
NIMH,授予/奖励号:U01MH101719,R01MH085953,U01MH119741-01,U01MH119758; NIH,赠款/奖励号:U54HD079125,R01MH107018,U01MH101724,U01MH119738,5U01MH119737-04,R01 MH064824,R01 MH064824,R01MH129636,R01MH129636,K01271MH1127744.11MH1174 HH1174 HH174H HH174 HER RESR R.R0144,R01MH1174 HH1194 HER RESR RES RIS。 R01AG058854-02,R01MH116147-04;创新药品计划2联合承诺,赠款/奖励号:777394,115300; Wellcome Trust临床研究培训奖学金,赠款/奖励编号:102003/Z/13/Z;汤米神经精神研究中心;惠康信托战略奖“定义”; MRC,赠款/奖励号:MR/L011166/1,MR/N022572/1,MR/T033045/1; Fondecyt,赠款/奖励号:192064,1211411,1171014; Sickkids精神病学助理发育心理病理学主席;欧洲委员会赠款,赠款/奖励号:QLGU-CT-2001 - 01081; NWO-VENI赠款,赠款/奖励号:2006-916.76.048;荷兰大脑基金会,赠款/奖励号:15F07(2).55
此过程描述了如何用各种限制性核酸内切酶消化纯化的质粒DNA。使用各种缓冲液和盐条件,将质粒DNA切成各种长度DNA片。然后,可以使用E-Gel功率SNAP电泳和SAP-23132 Chemidoc MP Imaging Imaging Systems使用E-Gel Power Snap Extrophoresis和SP-23132 Chemidoc Imaging Systems使用E-Gel Power Snap Systems和SEOP-23132 ChemIdoc Imaging Systems,并具有来自Bio-Rad的Image Lab touch软件。限制性核酸内切酶识别短的DNA序列,然后在识别序列内或附近的特定位点上裂解双链DNA。限制性核酸内切酶将DNA裂解为离散片段是分子生物学中最基本的过程之一。基本协议描述了如何为任何酶和缓冲液条件切割DNA。这些包括用一个以上的内切酶消化给定的DNA样品,并用相同的内切酶消化多个DNA样品。