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World File Search System凋亡
坏死性到凋亡信号轴是炎症性肠病的基础
摘要。在测序相似序列的混合物时，重建单倍型很重要。长阅读测序可以将遥远的等位基因连接到分解类似的单倍型，但是处理误差需要专门的技术。我们提出了Devider，这是一种用于单倍序列（例如病毒或基因）的算法。Devider使用在信息性等位基因的字母表上使用序列到图形对准的位置de bruijn图，以提供与各种长阅读测序技术兼容的快速组装启发的方法。在包含七个HIV菌株的合成纳米孔数据集上，Devider恢复了97％的单倍型内容的97％，即下一个最佳方法的86％，同时服用<4分钟和1 GB的存储器，以> 8000×覆盖范围。基准对抗微生物耐药性（AMR）基因的合成混合物的基准测试表明，分离器恢复了83％的单倍型，比下一个最佳方法高23个百分点。在实际PACBIO和NANOPORE数据集上，Devider在几秒钟内概括了先前已知的结果，从而消除了具有> 10个菌株的细菌群落和HIV-1共感染数据集。我们使用Devider来研究富含AMR基因的长读牛肠元素的宿主内多样性，发现TET（Q）Tetracycline抗性基因具有13种不同的单倍型，具有> 18，000倍覆盖量和6个单倍型的cfxa2 beta-beta-beta-lacta-lacta-lacta-lacta抗体基因。我们发现了这些AMR基因单倍型的清晰重组块，展示了Devider揭示异质混合物生态信号的能力。
E2F-1 与 Akt1 之间的潜在相互作用导致 CDDP 诱导三阴性乳腺癌细胞凋亡
针对 TNBC 的靶向治疗。2 用于治疗 TNBC 的策略之一是铂类化疗药物，例如顺式二氨二氯铂 (CDDP)。3 尽管只有一小部分 TNBC 患者对 CDDP 敏感，但由于化学耐药性导致治疗失败，其抗癌作用有限。4 人们在了解与 TNBC 化疗耐药有关的分子途径方面做出了相当大的努力。我们和其他研究小组已经表明，TNBC 细胞可以通过几种机制对 CDDP 产生耐药性，包括通过切除修复机制修复 DNA 或通过细胞周期促凋亡或抗凋亡蛋白的失调。4-7 靶向失调的细胞凋亡以缓解 TNBC 细胞的持续增殖，从而避免细胞周期进展，是一种克服化疗耐药性的有吸引力的方法。在人类癌症中，在细胞周期和细胞凋亡中发挥重要作用的两种关键蛋白质经常被激活/失调，它们是 E2F-1 和 Akt1。
runx2（与RUNT相关的转录因子2）将DNA损伤响应与血管平滑肌细胞的成骨重编程和凋亡联系起来
通信：凯瑟琳·S·沙纳汉（Catherine M. Shanahan），博士，詹姆斯·布莱克中心（James Black Center），125 Coldharbour Land，London SE5 SE5 9NU，英国，电子邮件Cathy.shanahan@kcl.ac.ac.uk；或Andrew M. Cobb，BHF研究卓越中心，心血管医学与科学学院，伦敦国王学院，英国詹姆斯黑人中心，电子邮件andrew.cobb@kcl.ac.uk https://www.ahajournals.org/doi/suppl/10.1161/atvbaha.120.315206。有关资金和披露的来源，请参见第1356页。©2020作者。动脉硬化，血栓形成和血管生物学代表美国心脏协会，Inc。发表。这是根据Creative Commons归因许可条款的开放访问文章，该条款允许在任何媒介中使用，分发和复制，前提是适当地引用了原始作品。
电针调节的miR-214表达，以防止软骨细胞凋亡并通过靶向骨关节炎大鼠的BAX和TRPV4来减轻疼痛
hc =健康对照； OC =口腔癌； OSCC =口腔鳞状细胞癌； OSMF =口服粘膜纤维化； op = oropharynx; HNSCC =头颈鳞状细胞癌； PML =预先病变； 8-OHDG = 8-羟基氧鸟苷； kif1a =运动蛋白家庭成员1a; EDNRB =内皮素受体B型; timp3 =金属蛋白酶3的组织抑制剂3; pCQAP = PC2谷氨酰胺/Q-富蛋白； PCR =聚合酶链反应； DAPK1 =与死亡相关的蛋白激酶1； OSMF =口服粘膜纤维化； RT-QMSP =实时定量甲基化特异性PCR；磷酸src =磷酸化src; TC =舌头癌； MSP =甲基化特异性PCR; maspin =乳腺丝氨酸蛋白酶抑制剂陷阱=端粒酶重复放大方案； mgmt =甲基鸟氨酸-DNA-甲基转移酶； raASF1A =含含域的含有域的蛋白； Med15 =介体复合体亚基15
橙皮苷通过细胞凋亡和炎症信号介导机制抑制口腔癌细胞生长：体外和计算机模拟分析的证据
利用 MTT 测定法，揭示了橙皮苷的剂量依赖性细胞毒作用，显著的 IC50 值表明其对细胞增殖具有强效抑制作用。与这些发现 (p<0.05) 相辅相成的是，qRT-PCR 分析证明了橙皮苷对 KB 细胞系内关键分子靶标的调节影响。橙皮苷治疗导致 TNF- α 、白细胞介素-1β (IL-1- β )、IL- 6、活化 B 细胞的核因子 κ 轻链增强子 (NF- κ B) 和 B 细胞淋巴瘤 2 (Bcl-2) mRNA 表达水平显著降低 (p<0.05)，突出了其在细胞增殖、迁移和炎症过程中的抑制作用。同时，橙皮苷促进了 BAX mRNA 的表达 (p<0.05)，表明细胞死亡增加。分子对接模拟进一步揭示了橙皮苷和靶蛋白之间强大的结合亲和力，表明其有可能破坏口腔癌细胞的细胞功能和炎症信号通路。
细胞凋亡与癌症关系的系统评价
细胞死亡途径最早由罗伯特·霍维茨在研究秀丽隐杆线虫等低等生物的细胞命运时发现，这最终帮助他获得了 2002 年诺贝尔生理学或医学奖。人们对细胞死亡机制有很多了解，包括从细胞内部和免疫系统 [1] 。其中最重要的一种机制是细胞凋亡，这是一种程序性细胞死亡，可有效清除受损细胞，例如在发育过程中或脱氧核糖核酸 (DNA) 损伤后 [2] 。细胞凋亡的一个重要特征是它从根本上通过一种叫做半胱天冬酶的丝氨酸蛋白酶亚型发挥作用，半胱天冬酶是一种半胱氨酰蛋白酶，可以通过蛋白水解裂解不同的细胞核和细胞质成分。这些胱天蛋白酶由11个成员组成，分为三大组，其中第二组（胱天蛋白酶2、3、7）和第三组（胱天蛋白酶6、8、9、10）参与细胞凋亡。胱天蛋白酶最终依靠不同的信号通路导致细胞的破坏[3]。细胞凋亡的发病机制复杂，涉及两种主要信号通路：外在和内在。两者都会激活效应凋亡胱天蛋白酶，最终导致细胞凋亡特征性的形态和生化改变[4,5]。决定细胞是否凋亡的最重要因素之一是促凋亡和抗凋亡蛋白调节剂之间的平衡。在癌前病变中，DNA损伤可诱导细胞凋亡以清除潜在的有害细胞，从而阻止肿瘤生长。相反，凋亡的紊乱会导致细胞增殖不受控制、癌症发展以及癌症对药物疗法的耐药性 [6]。癌细胞通常会过度表达不同的蛋白质，这些蛋白质在抵抗细胞凋亡的级联反应中起着重要作用。癌细胞诱导的多种机制将它们从程序性细胞死亡中拯救出来，尤其是通过抗凋亡分子的过度表达 [7]。事实上，大多数凋亡信号研究依赖于 B 细胞淋巴瘤 2 同源性 3 (BH3) 蛋白 [8]。促存活和促死亡的 BH3 蛋白之间存在平衡。当这种平衡偏向促死亡的 BH3 蛋白时，往往会发生细胞凋亡，但是当它偏向促存活蛋白时，就会导致存活信号的激活，从而导致癌症等病理状况。
细胞凋亡与癌症关系的系统评价
细胞死亡途径最早由罗伯特·霍维茨在研究秀丽隐杆线虫等低等生物的细胞命运时发现，这最终帮助他获得了 2002 年诺贝尔生理学或医学奖。人们对细胞死亡机制有很多了解，包括从细胞内部和免疫系统 [1] 。其中最重要的一种机制是细胞凋亡，这是一种程序性细胞死亡，可有效清除受损细胞，例如在发育过程中或脱氧核糖核酸 (DNA) 损伤后 [2] 。细胞凋亡的一个重要特征是它从根本上通过一种叫做半胱天冬酶的丝氨酸蛋白酶亚型发挥作用，半胱天冬酶是一种半胱氨酰蛋白酶，可以通过蛋白水解裂解不同的细胞核和细胞质成分。这些胱天蛋白酶由11个成员组成，分为三大组，其中第二组（胱天蛋白酶2、3、7）和第三组（胱天蛋白酶6、8、9、10）参与细胞凋亡。胱天蛋白酶最终依靠不同的信号通路导致细胞的破坏[3]。细胞凋亡的发病机制复杂，涉及两种主要信号通路：外在和内在。两者都会激活效应凋亡胱天蛋白酶，最终导致细胞凋亡特征性的形态和生化改变[4,5]。决定细胞是否凋亡的最重要因素之一是促凋亡和抗凋亡蛋白调节剂之间的平衡。在癌前病变中，DNA损伤可诱导细胞凋亡以清除潜在的有害细胞，从而阻止肿瘤生长。相反，凋亡的紊乱会导致细胞增殖不受控制、癌症发展以及癌症对药物疗法的耐药性 [6]。癌细胞通常会过度表达不同的蛋白质，这些蛋白质在抵抗细胞凋亡的级联反应中起着重要作用。癌细胞诱导的多种机制将它们从程序性细胞死亡中拯救出来，尤其是通过抗凋亡分子的过度表达 [7]。事实上，大多数凋亡信号研究依赖于 B 细胞淋巴瘤 2 同源性 3 (BH3) 蛋白 [8]。促存活和促死亡的 BH3 蛋白之间存在平衡。当这种平衡偏向促死亡的 BH3 蛋白时，往往会发生细胞凋亡，但是当它偏向促存活蛋白时，就会导致存活信号的激活，从而导致癌症等病理状况。
习惯性每日摄入油炸食品会通过 NOTCH1 触发的细胞凋亡增加心力衰竭的跨代遗传风险
油炸食品在西方饮食模式中非常普遍。西方饮食与患心血管疾病的高风险存在不利联系。心力衰竭 (HF) 是一种心血管疾病亚型，是一种发病率和死亡率都很高的全球流行病。然而，长期食用油炸食品与 HF 发病之间的因果关系仍不清楚。我们的基于人群的研究表明，经常食用油炸食品与 HF 风险增加 15% 密切相关。因果关系可能归因于油炸食品中的丙烯酰胺饮食暴露。进一步的横断面研究表明，丙烯酰胺暴露与 HF 风险增加有关。此外，我们发现并证明长期接触丙烯酰胺可能会诱发斑马鱼和小鼠的 HF。从机制上讲，我们揭示了丙烯酰胺由于线粒体功能障碍和代谢重塑而引起心脏能量代谢紊乱。此外，丙烯酰胺暴露通过抑制NOTCH1-磷脂酰肌醇3-激酶/AKT信号传导诱导心肌细胞凋亡。此外，丙烯酰胺暴露可能影响生命早期的心脏发育，并且丙烯酰胺暴露的不利影响通过DNA甲基转移酶1（DNMT1）引起的表观遗传变化对下一代构成威胁。在本研究中，我们从基于人群的观察到实验验证，揭示了油炸食品和丙烯酰胺作为一种典型的食品加工污染物对HF的不利影响和潜在机制。总之，这些结果在流行病学和机制上为揭示丙烯酰胺引发HF的机制提供了强有力的证据，并强调了减少油炸食品消费对降低HF风险的重要性。
通过丙酸糖醇结合诱导铁凋亡诱导...
丙酸丙酸酯（CP）最初由美国食品药品监督管理局（FDA）批准，用于治疗由于其抗炎症特性而导致的湿疹和牛皮癣等皮肤状况，已成为在Keap-1中以突变为特征的肺癌中的肺癌症的有前途的候选者，在Keap-1中，负责为n ragencultator n n nrf-2 [2] [2] [2] [2]。NRF-2的上调与肺癌患者的预后不良有关，影响了大约三分之一的非小细胞肺癌（NSCLC）。此外，暴露于辐射还激活了NRF-2导致放射线[3,4]。针对NRF-2的小分子抑制剂在使癌细胞对化学疗法的敏感性方面表现出了希望，这表明它们作为放射疗法的佐剂潜力[5]。因此，在当前研究中，CP与辐射相结合，以评估其对Keap-1突变体肺癌细胞敏感的潜力。用CP抑制NRF-2并暴露于辐射促进的铁凋亡诱导，从而增强了NSCLC细胞的放射敏性[6]。铁凋亡，一种由铁内脂质过氧化物诱发的非凋亡细胞死亡的铁依赖性形式，是
ZBP1通过诱导RIPK3介导的坏死性和RIPK1激酶活性非依赖性凋亡引起炎症
Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在抗病毒免疫和炎症反应的调节中具有重要功能。ZBP1通过直接参与和激活RIPK3诱导坏死性，但是，ZBP1诱导炎症的机制，尤其是RIPK1的作用以及不可用的RIPK1和细胞死亡依赖性信号的作用仍然难以捉摸。在这里，我们表明ZBP1通过诱导RIPK3介导的坏死作用和RIPK1-Caspase-8介导的角质细胞中的RIPK3介导的坏死性凋亡引起皮肤炎症。ZBP1通过触发角质形成细胞坏死性诱导的FADD诱导小鼠诱导TNFR1非依赖性皮肤肿瘤。此外，小鼠表皮中C末端截短的组成性活性ZBP1（ZBP1CA）的转基因表达导致皮肤炎症，这仅通过消除RIPK3-MLKL依赖性坏死而部分抑制，并通过Mlklkl和Caspase-8的合并效率完全预防。重要的是，ZBP1CA诱导了caspase-8介导的皮肤肿瘤，依赖于rhim依赖但激酶活性与无关的RIPK1信号传导。此外，ZBP1CA诱导的皮肤中的炎性细胞因子产生被完全阻止了对ZBP1的细胞死亡 - 独立的独立促启动功能的凋亡和坏死性抑制。共同表明，ZBP1通过激活坏死性和RIPK1激酶活性非依赖性细胞凋亡而诱导炎症。