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World File Search System分类学
Motus：分类分类学组成，转录活性和微生物群落的应变种群
Motu Profiler或Short Motus是一种软件工具，可以从分类学组成，代谢活性成员的丰富性以及菌株群体的多样性方面对微生物群落的生产。为此，它维护了单拷贝系统发育标记基因序列的数据库，该数据库被用作参考，简短读取的元基因组和元文字读数被映射为识别和定量微生物分类群。在这里，我们描述了两个基本协议中最常见的MOTU剖面用例。其他支持协议提供有关其安装和深入指南的信息，以调整其设置，以增加或降低检测和量化分类单元的严格度，以及用于自定义输出文件格式。提供了解释分析结果的指南，以及有关独特功能，方法学细节和工具的开发历史的其他信息。©2021作者。Wiley Perigonicals LLC发布的当前协议。
结合了细胞遗传学和分子方法，用于分类学验证和诸如源自不同起源
Cyril Falentin，A，†，Hadj-Arab，†，Feldia Aissiou B，Claudia Bartoli A，Giuseppe Bazan C，Carvalho的巴斯克国家，Laur'ene Gay，The Virgin Mary和iLardius的圣母玛利亚。 Barbara Pipan Sylvain是Mathieu Tiret A，Imen Tlili D，Marie-Haw Wagner。
在极端，与天文学相关的缺氧地点蓬勃发展的完整微生物群落的分类学和功能分析
方法：在MASE项目（太空探索的火星类似物）中，我们选择了代表性的缺氧类似环境（多年冻土，盐矿，酸性湖泊和河流，硫磺弹簧），以对其微生物群落进行全面分析。我们通过基于丙嗪的扩增子和shot弹枪元基因组测序评估了完整细胞的微生物组谱，并补充了广泛的培养工作。结果：从微生物组分析中对MASE部位蓬勃发展的完整微生物群落检索到的信息，加上31种模型微生物的分离以及15个高质量基因组的15种模型微生物的分离，使我们能够观察到原理途径，与中度环境相比，在MASE位点上阐明了特定的微生物功能。微生物的特征是令人印象深刻的机制来承受物理和化学压力。我们的所有分析级别揭示了微生物群落对复杂有机物的强烈和无所不在的依赖性。此外，我们确定了一个在所有地点蓬勃发展的34个多生物群的极端耐药性世界。
中国的Bambusicolous miscopathogens，有关分类学多样性，新型物种，致病性和新见解的最新信息
Bambusicolous mycopathogens in China with an update on taxonomic diversity, novel species, pathogenicity, and new insights Yang CL 1,# , Xu XL 1,2,# , Zeng Q 1,# , Liu LJ 1 , Liu F 1 , Deng Y 1 , Wang FH 1 , Sun QR 1 , Jeewon R 3,8 , Hyde KD 4,5 , Jayawardena RS 4 , Mckenzie EHC 6 , Wanasinghe DN 7,9 , Liu YG 1,* , Xiao QG 2 , Han S 1 , Yang H 1 , Li SJ 1 , Liu L 1 , and Xie JL 1 1 Key Laboratory of National Forestry & Grassland Administration on Forest Resources Conservation and Ecological Safety in the Upper Reaches of the Yangtze River, College of Forestry, Sichuan Agricultural University, Chengdu 611130，四川，中国2林业研究所，成都农业与林业科学学院，成都611130，四川，中国3号健康科学系，毛里求斯科学系，毛里求斯大学，毛里求特大学，réduius80837，Mauritius 4 chian 4 chian fungal the fungal the fungal fungal fungal luuang raang raang raang raang raang ra ruang ra fuuang， 5植物学和微生物学系，科学学院，国王沙特大学，P.O。Box 22452, Riyadh 11495, Saudi Arabia 6 Landcare Research New Zealand, Private Bag 92170, Auckland Mail Centre, Auckland 1142, New Zealand 7 Honghe Center for Mountain Futures, Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Honghe County 654400, Yunnan, China 8 Department of Zoology, College of Science, King沙特大学框2455，Riyadh 11495，沙特阿拉伯框2455，Riyadh 11495，沙特阿拉伯
综合分类学之旅揭示马来西亚水域海洋鱼类多样性、新记录和隐蔽物种
本研究采用 DNA 条形码和形态学鉴定相结合的综合方法，阐明了马来西亚半岛 (PM) 专属经济区 (EEZ) 海洋鱼类的物种多样性。我们的重点是南海 PM 东海岸进行的底栖调查。我们重新评估了 16 个目和 41 个科的 93 个假定物种（92 个条形码形态种）的 475 个标本的多样性，其中包括两个 IUCN 易危物种。总共有两个物种 - Saurida isarankurai 和 Oxyurichthys auchenolepis - 作为新记录呈现，三个物种 - Nemipterus balinensoides、Gymnothorax reevesii 和 Synodus hoshinonis - 作为马来西亚水域的第一批基于标本的记录。细胞色素 c 氧化酶亚基 I ( COI ) 序列分析划定了 95 个一致的分子操作分类单位 ( MOTU )，超过了形态多样性。有趣的是，条形码分析显示，在一种形态上已鉴定的鱼类物种内存在几种 MOTU，种内和种间的遗传分歧均超过 2%，这表明物种群内存在相当大的种内遗传分歧，或者我们的数据集内存在形态上隐蔽的物种。这些发现凸显了物种划界的复杂性和遗传方法的价值。我们的研究为了解马来西亚半岛东海岸的海洋鱼类多样性提供了宝贵的见解，并通过 DNA 条形码增进了我们对生态系统的遗传多样性、分布和保护需求的理解。通过将 DNA 条形码与形态学相结合，我们为未来制定马来西亚海洋生物多样性保护和管理战略的研究提供了一个全面的框架。本研究生成的遗传条形码数据库的扩展将促进未来的分子分类学研究。
动物学和森林昆虫学
课程内容描述 系统学和分类学原理。无脊椎动物：与林业有关的主要群体的形态学、分类学和生物学。脊椎动物：鱼类、两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的自然历史、形态学、分类学和生物学。与林业有关的物种识别。与林业有关。不同目昆虫的形态学和生物学。与林业有关的主要昆虫物种的形态学、生物学和识别。要涵盖的主题列表 单元 1. 动物学概论：一般原理和动物地理学 单元 2. 系统学：门类和基础知识 单元 3. 昆虫的形态学、解剖学、生理学 单元 4. 昆虫的分类学 单元 5. 无翅目和古翅目 单元 6. 直翅目 单元 7. 半翅目 单元 8. 内翅目 I：脉翅目、鞘翅目、长翅目和鳞翅目 单元 9. 内翅目 II：双翅目、毛翅目、蚤目和膜翅目 单元 10. 森林昆虫学：森林害虫和昆虫数量下降 单元 11. 非昆虫无脊椎动物 单元 12. 脊椎动物的分类学和进化 单元 13. 脊椎动物的形态学、解剖学、生理学 单元 14. 无颌目、板鳃类和硬骨鱼类
微生物：一种用于微生物代谢组学数据的分类学知情质谱搜索工具
©2024作者。开放访问。本文是根据Creative Commons归因4.0国际许可证的许可，该许可允许以任何媒介或格式的使用，共享，适应，分发和复制，只要您适当地归功于原始作者和来源，就可以提供与Creative Commons许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：// creativecommons。org/licenses/by/4.0/。
人类肠道微生物组的分类学和代谢发展跨越生命阶段：全球核元素调查
摘要人类肠道微生物群是一个动态的微生物群落，在整个生命周期内都会发生变化。为了彻底研究整个人类生命中微生物群的可能波动，我们对涵盖整个人类寿命的不同年龄段的健康粪便样本进行了汇总分析。我们的研究综合了来自79项公开研究的数据和来自意大利队列的新粪便样品，即帕尔马微生物群项目，从而通过shot弹枪元基因组方法进行了6,653个样品。这种方法允许对肠道菌群的物种级分类学重建以及对整个人类生命跨度的代谢潜力的研究。从分类学的角度来看，我们的发现以物种水平的准确性确认和详细介绍，肠道微生物群的微生物丰富性在生命的第一阶段逐渐增加，在青春期变得相对稳定。此外，该分析还确定了代表不同年龄段的潜在核心微生物群，揭示了与年龄相关的细菌模式以及在整个生命周期中相对丰度而不是遗传和损失的微生物群的连续重排。此外，shot弹枪的方法还提供了对人肠道微生物组功能贡献的见解。宏基因组分析显示与功能年龄相关的差异，尤其是在碳水化合物和纤维代谢中，这表明微生物组组装与饮食的共同进化。此外，我们确定了维生素合成（例如硫胺素和烟酸）与早期生命之间的相关性，这表明微生物组在人类生理学中的潜在作用，特别是在宿主神经和免疫系统的功能中。
引用：Vega-Arce G.“通过元基因组分析对墨西哥患者的3种细菌分类分配的比较”。ACTASCIEN
5。Kim S.等。 “使用分类学分配的微生物组数据进行分层结构化组件分析”。 EEE/ACM交易对计算生物学和生物信息学的交易19（2022）：1302-1312。Kim S.等。“使用分类学分配的微生物组数据进行分层结构化组件分析”。EEE/ACM交易对计算生物学和生物信息学的交易19（2022）：1302-1312。