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Deposcope：使用大语言模型
噬菌体（噬菌体）是感染细菌的病毒。其中许多产生了称为解聚酶的特定酶，以分解外部多糖结构。由于其固有的序列多样性，这些解聚酶的准确注释和域的识别是具有挑战性的。因此，我们提出了Deposcope，这是一种机器学习工具，将微调的ESM-2模型与卷积神经网络相结合，以精确地识别分解序列及其酶促域。为了实现这一目标，我们从Inphared Phage基因组数据库中策划了一个数据集，创建了一个多糖 - 脱落域数据库，并应用了顺序过滤器来构建一个高质量的数据集，该数据集随后用于训练解镜。我们的工作是与氨基酸级预测进行序列级预测的第一种方法，以进行准确的去聚合物ASE检测和功能域鉴定。以这种方式，我们认为Deposcope可以极大地增强我们对噬菌体宿主相互作用的理解。
通过 CRISPR / Cas9D10A 切口酶生成两种 Nr2e3 小鼠模型的数据
NR2E3 编码一个孤儿核受体，该受体在光感受器中起转录激活剂和抑制剂的双重功能，是视锥细胞命运抑制以及视杆细胞分化和体内平衡所必需的。该基因突变会导致色素性视网膜炎 (RP)、增强型 S 视锥综合征 (ESCS) 和 Goldmann-Favre 综合征 (GFS)。据报道，一种 Nr2e3 异构体包含所有 8 个外显子，第二种 — 以前未报道 — 较短的异构体仅跨越前 7 个外显子，其功能仍然未知。在这篇数据文章中，我们通过使用 CRISPR/Cas9-D10A 切口酶靶向 Nr2e3 的外显子 8 设计并生成了两种新型小鼠模型，以剖析这两种异构体在 Nr2e3 功能中的作用并阐明 NR2E3 突变引起的不同疾病机制。这种策略产生了几个经过修饰的等位基因，改变了最后一个外显子的编码序列，从而影响了转录因子的功能域。等位基因 27 是 27 bp 的框内缺失，消除了二聚化域，而等位基因 E8（外显子 8 的完全缺失）只产生了缺乏二聚化和抑制域的短同种型。两者的形态和功能改变
淀粉样蛋白的下一个基因序列分析...
摘要：本研究探讨了淀粉样蛋白前体样蛋白2。该蛋白质构成了阿尔茨海默氏病神经病理学的关键成分。我们利用与结构生物信息学方法配对的下一代测序中的数据，以仔细检查有关E2域结构完整性的突变和功能域。阿尔茨海默氏病，淀粉样蛋白前体蛋白（APP）家族在生物学和疾病中的重要性得到了广泛认可。在本研究中确定了APLP2自主折叠E2结构域的晶体结构，并将其与其旁系同源物应用程序和APLP2进行了比较，后者总体上显示出强大的结构相似性。通过Python Molecular图形咨询了有关蛋白质组学3D样品5TPT的晶体学信息，以显示B-因子计算和极性接触映射。和pdbsum来评估模型的质量。在此方面，通过分析蛋白质的分类来获得功能注释，以了解APLP2在神经退行性过程中的作用。关键字：淀粉样蛋白前体样蛋白2（APLP2）; E2域；阿尔茨海默氏病； B因子分析；冷冻分析；模型评估；蛋白质签名数据库；结构分析简介
基因组替换为感光变体揭示生长锥的发育需要 EB1
摘要 分析动态细胞内生物过程的一个挑战是缺乏足够快速且特异性的方法来扰乱细胞内蛋白质活动。我们之前通过在功能域之间插入蓝光控制的蛋白质二聚化模块，开发了微管加末端追踪蛋白 EB1 的光敏变体。在这里，我们描述了一种先进的方法，可以在单个基因组编辑步骤中用这种光敏变体替换内源性 EB1，从而使这种方法可以在人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 和 hiPSC 衍生的神经元中使用。我们证明，在发育中的皮质神经元中，急性和局部光遗传学 EB1 失活会诱导生长锥周围微管解聚，随后导致神经突回缩。此外，前进的生长锥会被蓝光照射区域排斥。这些表型与神经元 EB1 同源物 EB3 无关，揭示了 EB1 介导的微管末端相互作用在神经元形态发生和神经突引导中的直接动态作用。
卫生技术简报2024年5月
finerenone（kerendia）是矿物皮质激素受体（MR）的非甾体类，选择性拮抗剂，它被醛固酮和皮质醇激活，并调节基因转录。2 MR由三个功能域组成：N末端结构域； DNA结合域；和C末端配体结合结构域。3与MR结合的预烯酮会导致特定的受体配体复合物，该复合物阻断了与促炎和促纤维化介体表达有关的转录共激活剂的募集。2已证明可以抑制特定的纤维化心脏基因，这些心脏基因受埃铂和螺内酯的有效调节，从而在左心室中产生明显更强的抗纤维化作用。3冠酮目前正在临床发展中，用于治疗LVEF≥40％的成年人的心力衰竭。在第三阶段临床试验（Finearts-HF，NCT04435626）中，患者每天或匹配的安慰剂接受了10、20或40毫克固酮片剂的10、20或40毫克。1
寻找并切割转移 (FiCAT) 哺乳动物基因组工程
虽然存在多种用于小等位基因基因组编辑的技术，但仍然缺乏用于在哺乳动物基因组中靶向整合大 DNA 片段的强大技术。在这里，我们开发了一种基因传递工具 (FiCAT)，它结合了 CRISPR-Cas9（发现模块）的精确度和工程化 piggyBac 转座酶（切割和转移模块）的有效载荷转移效率。FiCAT 结合了 Cas9 DNA 扫描和靶向 DNA 的功能以及 piggyBac 供体 DNA 处理和转移能力。PiggyBac 功能域经过工程设计，可提高靶向整合率，同时减少脱靶事件。我们展示了在细胞（人类（Hek293T、K-562）和小鼠（C2C12））和小鼠肝脏体内有效传递和可编程插入小型和大型有效载荷。最后，我们通过生成 394,000 个变体的靶向多样性并进行 4 轮进化，开发出更高效的 FiCAT 版本。在这项工作中，我们开发了一种在哺乳动物基因组中精确、有效地靶向插入多千碱基 DNA 片段的方法。
HYPK控制N- ...
核糖体系的N末端乙酰转移酶A（NATA）乙酰酸盐含量为52％的拟南芥中可溶性蛋白。N末端的这种共同翻译稳定稳定的胞质植物蛋白。进化保守的亨廷顿酵母伴侣K（HYPK）促进了植物学中的NATA活性，但在体外，其N末端螺旋A 1抑制了人NATA活性。为了解剖体内Hypk蛋白结构域的调节功能，我们在遗传学工程师CRISPR-CAS9突变体表达了缺乏所有功能域（HYPK-CR1）的催眠片段（HYPK-CR1）或内部删除的HYPK trunct trunct truncing Helix A 1但仍保留了C-term-Nal ubiquitin-cripied（uba-crain-cripied（uba））。我们发现，Hypk的UBA结构域对于以器官特定方式稳定NATA复合物至关重要。HYPK的N末端，包括Helix A 1，对于从各种氨基酸开始的底物上的NATA活性至关重要。因此，在Hypk n末端内仅删除42个氨基酸会导致植物蛋白质组的实质性不稳定，并且较高的耐受性降低了干旱胁迫。
全基因组鉴定和生物信息学分析高蓝莓
摘要：生长素反应因子（ARFS）是调节生长素期反应基因表达的转录因子家族。在这里，我们对四倍体蓝莓（vocinium corymbosum cv。“ draper”）基因组序列。物理和化学特性，系统发育进化，基因结构，保守基序，染色体位置以及蓝莓ARF基因的顺式作用元素。在其基因组中发现了总共70个蓝莓ARF基因（VCARF），可以分为六个亚家族。VCARF基因在40个染色体上分布不均匀，并观察到编码长度从162到1117氨基酸的蛋白质序列。其外显子数量从2到22。VCARF启动子区域包含与光信号传导，有氧代谢，植物激素，压力和细胞周期调节相关的多个功能域。在蓝莓中发现的VCARF基因的家庭成员多于以前研究的植物，这可能是由于全基因组复制和/或串联复制的发生。vCARF表达模式，并观察到VCARF3，VCARF4，VCARF14，VCARF37和VCARF52都起着重要作用。vcarf3和vcarf4似乎充当阻遏物，而VCARF14则是公司和软质量品种之间果实差异的重要因素。
茎分生组织的细胞间通讯
大多数被子植物的茎尖分生组织 (SAM) 呈圆锥形，由高度组织化的细胞层和功能域组成（111）（图 1）。最外层（L1）产生表皮组织，下一层（L2）产生表皮下组织和配子。L1 和 L2 都通过垂周细胞分裂保持为离散的细胞层，由此形成垂直于分生组织表面的新细胞壁，而子细胞则留在其原始层中。因此，从遗传学上讲，L1 和 L2 是克隆。体细胞突变由子细胞遗传，子细胞将保留在同一细胞层中，从而产生嵌合植物组织。分生组织较深区域的细胞形成第三层（L3）。在这里，细胞分裂的方向性较差，L3 产生大部分植物茎组织、维管系统和植物叶片的内层。包括花分生组织在内的新器官原基的生成发生在外周区 (PZ) 中分生组织的侧面，而分生组织的中心由中心区 (CZ) 中未分化且很少分裂的干细胞组成。SAM 和花分生组织 (FM) 具有相同的一般结构，但有一个重要区别：FM 中的干细胞用于
生物信息学分析L-天冬酰胺酶结构（枯草芽孢杆菌），中嗜（Kibdelosporangium）和嗜热（Thermoco
抽象背景：L-天冬酰胺酶在治疗急性淋巴细胞白血病（ALL）方面用作抗癌药。此外，它在医学，食品和制药行业中广泛应用。方法：源自枯草芽孢杆菌的L-天冬酰胺酶的核苷酸和氨基酸序列最佳7613，kibdelosporangium sp。MJ126-NF4和kodakarensis kod1是从GenBank和NCBI数据库中获得的。使用Clustalw 1.83进行了浮雕水的成对序列比对。使用瑞士模型软件进行了研究的不同L-天冬酰胺酶分子的二级和三级蛋白质结构的预测。此外，使用Prosite软件分析了源自三种细菌的L-天冬酰胺酶的蛋白质结构域。使用蛋白质PI计算器（http：// isoelectric.ovh.org/）预测理论等电点（PI），分子量和氨基酸组成。结果：尽管三种细菌菌株中L-天冬酰胺酶的结构差异，但其功能特征没有差异，包括分子量，PI和功能域。结论：分析结构差异并找到功能相似性可用于设计具有较高稳定性和生物半衰期的药物。我们的分析表明，具有不同结构的蛋白质可能具有相似的功能特征，这证明了密码子使用假设。关键字：天冬酰胺酶，淋巴细胞白血病，生物信息学