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通过图形发现功能性microRNA靶向药物 -
Arash Keshavarzi Arshadi A，♰，Milad Salem B，♰，Heather Karner C，D，E，F，F，♰，Kristle Garcia，C，C，D，E，Abolfazl Arab C，De，Jiann Shiun Yuan B，Jiann Shiun Yuan B和Hani Goodarzi Goodarzi c，d，e e biriidies fortiride fortiride fortiride fortiride fortiride fortiriide of biret froreide of indrenter frolriiday美国佛罗里达州奥兰多市奥兰多市佛罗里达州佛罗里达州佛罗里达州佛罗里达大学计算机工程系，美国佛罗里达州奥兰多市，美国c泌尿外科系，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，加利福尼亚州旧金山，美国d Helen Diller家族综合癌症中心，加利福尼亚大学，旧金山，加利福尼亚州，加利福尼亚州，美国加利福尼亚州，美国弗朗西斯科大学，美国弗朗西斯科州，美国弗朗西斯科州，弗朗西斯科州。美国加州大学旧金山大学，美国加利福尼亚州旧金山分校的美国f bakar计算健康科学研究所。我们提出了Ribostrike，这是一个深度学习框架，可识别针对特定microRNA的小分子。为了证明其功能，我们将其应用于已知的乳腺癌驱动因素MicroRNA-21（miR-21）。为了确保所选分子仅靶向miR-21，而不是其他microRNA，我们还针对DICER进行了反屏幕，DICER是一种参与MicroRNA生物发生的酶。此外，我们使用辅助模型来评估毒性并选择最佳候选者。使用来自各种来源的数据集，我们筛选了一个900万个分子的池，并确定了8个，其中3个在报告基因测定和RNA测序实验中均显示出抗MIR-21的活性。在乳腺癌的小鼠模型中也测试了其中之一，从而大大降低了肺转移。这些结果表明，核糖有效筛选癌症中的microRNA靶向化合物的能力。
功能性经济市场区域 (FEMA) 分析
2.2. 北部边缘 该地区通常被称为布里斯托尔北部边缘，就业集中度也很高，主要就业区位于布里斯托尔帕克威主要火车站和帕奇威当地火车站周围、阿兹特克西站（约占所有工作岗位的 7%）和菲尔顿周围（约占所有工作岗位的 5%）。北部边缘地区的就业主要集中在制造业（南格洛斯特郡 62% 的制造业岗位）、信息和通信业（65% 的信息和通信业岗位）以及金融和保险业（73% 的金融和保险业岗位）3。北部边缘是具有国际重要性的航空航天和先进工程集群，也是英国最大的航空航天集群。占用者包括世界 15 家主要航空航天公司中的 14 家，其中包括空中客车、劳斯莱斯和 GKN。
靶向具有功能性催产素受体的神经元
稿件标题 第 1 页 2 1. 稿件标题 3 靶向具有功能性催产素受体的神经元： 4 一组用于催产素受体可视化和操作的新型简单敲入小鼠系 5 6 2. 缩写标题 7 靶向具有功能性催产素受体的神经元 8 9 3. 所有作者姓名和所属机构的列表 10 Yukiko U. Inoue 1 、Hideki Miwa 2 、Kei Hori 1 、Ryosuke Kaneko 3 、Yuki Morimoto 1 、Eriko Koike 1 、11 Junko Asami 1 、Satoshi Kamijo 2 、Mitsuhiko Yamada 2 、Mikio Hoshino 1 、Takayoshi Inoue 1 12 13 1 国立神经科学研究所生物化学和细胞生物学系、国立神经病学和精神病学中心 14 、小平、东京187-8502，日本 15 2 日本国立精神卫生研究所神经精神药理学系，国家神经病学和精神病学中心，小平，东京 187-8553，日本 17 3 大阪大学前沿生物科学研究生院综合生物学实验室 KOKORO 生物学组，大阪吹田 565-0871，日本 19 20 4. 作者贡献 21 YUI、HM 和 RK 设计了实验。YUI、HM、KH、RK、YM、EK、JA 和 SK 22 进行了实验。YUI、HM、KH、RK、MY、MH 和 TI 分析并讨论了 23 结果。YUI、HM 和 TI 撰写了手稿。所有作者都已阅读并同意手稿的最终版本。 25 26 5. 通讯地址：Yukiko U. Inoue (yinn3@ncnp.go.jp) 和 Takayoshi 27 Inoue (tinoue@ncnp.go.jp) 28 29 6. 图表数量，5 30 7. 表格数量，0 31 8. 多媒体数量，2 32 9. 摘要字数，266 33 10. 意义陈述字数，124 34 11. 引言字数，840 35 12. 讨论字数，1,218 36 37 13. 致谢 38 本研究得到日本学术振兴会 KAKENHI 资助，资助编号为 16K10004、17H05967、19H04922，39 20K06467 给 YUI，18KK0442、19K08033 给 HM，17H05937、19H04895、20H02932 给 RK。这项工作还得到了 NCNP 神经和精神疾病院内研究经费（1-1、30-9、3-9）给 HM、MY、MH 和 TI 以及日本医疗研究和开发机构 (AMED) 大编号 JP21wm0425005 给 MH、21ek0109490h0002 给 TI 的支持。 43 本研究中使用的病毒载体由 AMED 的综合神经技术疾病研究 (Brain/MINDS) 脑图谱项目提供，资助编号为 45 JP20dm0207057 和 46 JP21dm0207111。作者感谢 NCNP 生物化学和细胞生物学系所有实验室成员的支持。47 48 14. 利益冲突 49
功能性 BOLD MRI (fMRI) 序列设置
在本文中，我们将回顾 fMRI BOLD 采集的设置。PBS 研究人员主要使用梯度回波 (GE) 回波平面成像 (EPI) 单次激发序列进行 fMRI BOLD 采集。我们也安装了相同的序列，但 CMRR 也对其进行了高度可定制的 WIP。因此，我们拥有通用的西门子版本和相同序列的多功能 CMRR 版本。使用 CMRR BOLD 序列，我们还可以采集多回波 fMRI 数据，这些数据可以用 TEDANA 或 fMRIprep 进行预处理。CMRR 序列还能够采集可用于失真校正的 fMRI 向上闪烁向下闪烁数据，其中 AFNI 具有内置算法来处理此类数据。下面将提到如何选择这些选项的参数。
PRAGMA：交互式构建功能性脑分区
神经影像学研究的一个主要目标是绘制人脑图谱，以便识别和描绘具有功能意义的区域并阐明它们在认知行为中的作用。这些大脑区域通常由图谱表示，这些图谱可以捕捉大群体的一般趋势。尽管对于神经影像学专家来说不可或缺，但群体层面的图谱并不能捕捉功能组织中的个体差异。在这项工作中，我们提出了一种交互式可视化方法 PRAGMA，它允许领域专家从已建立的图谱中得出特定于扫描的分区。PRAGMA 具有用户驱动的分层聚类方案，用于定义不同粒度的时间相关分区。可视化设计支持用户决定如何执行聚类，即何时扩展、折叠或合并分区。这是通过一组链接和协调的视图来实现的，这些视图用于了解用户当前的层次结构、评估集群内的变化以及将分区与已建立的图谱相关联。我们通过与四位神经影像领域专家进行的用户研究来评估 PRAGMA 的有效性，我们的结果表明 PRAGMA 具有探索个性化和特定状态的大脑分区的潜力，并提供有趣的
消费级功能性近红外光谱的验证
消费级神经技术产品已经问世几十年了。这些产品中的大多数都基于脑电图 (EEG)，而脑电图 (EEG) 是一项对噪声敏感的技术。另一种选择是功能性近红外光谱 (fNIRS)，这是一种不断发展的神经成像技术，能够实时测量大脑的血流动力学活动。FNIRS 已成功通过功能性磁共振成像 (fMRI) 验证。最近，瑞典公司 Mendi 推出了一款微型无线消费级 fNIRS。本研究旨在比较 Mendi fNIRS 与成熟的实验室 fNIRS 设备对大脑活动的测量结果。19 名参与者（年龄 18-53 岁）进行了两次 Stroop 测试，同时测量了额极（布罗德曼 10 区）的氧合情况。首先，在实验室环境中使用 Biopac 的 fNIRS 设备进行测试，几周后，在家庭环境中使用 Mendi 设备重复该测试。对数据的初步分析显示，两种设备的测量结果具有良好的一致性。在群体层面，相关性为 0.81。这些中期结果需要通过更可靠的分析和后续研究来证实，但 Mendi 设备有望在群体层面提供有效的大脑活动测量，并且该设备很可能用于实验室外的研究。
脑和功能性近红外光谱的频域技术
本文回顾了频域近红外光谱 (FD-NIRS) 的基本原理，该技术依赖于强度调制光源和相位敏感光学检测，以及它在大脑中的非侵入性应用。连续波 NIRS (CW-NIRS) 的仪器更简单，数据分析更直接，几乎所有当前用于大脑 NIRS 的商用仪器都采用了 CW 技术。然而，FD-NIRS 提供的数据具有更丰富的信息内容，可以补充或超越 CW-NIRS 的功能。一个例子是 FD-NIRS 能够测量组织的绝对光学特性（吸收系数和散射系数），从而测量脑组织中氧合血红蛋白和脱氧血红蛋白的绝对浓度。本文回顾了文献中报道的动物模型和新生儿、婴儿、儿童和成人人脑的此类光学特性和血红蛋白浓度的测量值。我们还回顾了 FD-NIRS 在功能性脑研究中的应用，这些研究侧重于脑活动的较慢血流动力学反应（时间尺度为秒）和与神经元激活相关的较快光学信号（时间尺度为 100 毫秒）。FD-NIRS 数据功能的另一个例子与强度和相位数据所具有的不同敏感度区域有关。我们报告了利用此功能来最大限度地提高非侵入性光学信号对脑组织相对于更浅表的脑外组织（头皮、颅骨等）的灵敏度的最新进展。我们认为，后一种能力是 FD-NIRS 极具吸引力的品质，它补充了绝对光学测量，并可能导致非侵入性光学传感脑领域取得重大进展。
调整功能性微生物合成社区的策略
自然生态系统藏有大量的分类学微生物，这对植物生长和健康很重要。土壤微生物及其复杂的相互作用的大量多样性使确定对生命支持功能重要的主要参与者可以为植物提供重要的挑战，包括增强对（a）生物应激因素的耐受性。设计简化的微生物合成群落（Syncoms）有助于降低这种复杂性，从而揭示特定微生物组功能的分子和化学基础和相互作用。尽管已经成功地使用了Syncom来剖析微生物相互作用或再现微生物组相关的表型，但这些社区的组装和重建通常是基于通用的丰度模式或分类的认同，并共同出现的，但仅由功能特征提供了很少的信息。在这里，我们回顾了有关设计功能性阴谋的最新研究，以揭示共同的原理并讨论社区设计的多维方法。我们提出了一种基于与微生物菌株的高通量实验测定和其功能能力的计算基因组分析的集成，以定制功能性触体设计的策略。
调整功能性微生物合成社区的策略
自然生态系统藏有大量的分类学微生物，这对植物生长和健康很重要。土壤微生物及其复杂的相互作用的大量多样性使确定对生命支持功能重要的主要参与者可以为植物提供重要的挑战，包括增强对（a）生物应激因素的耐受性。设计简化的微生物合成群落（Syncoms）有助于降低这种复杂性，从而揭示特定微生物组功能的分子和化学基础和相互作用。尽管已经成功地使用了Syncom来剖析微生物相互作用或再现微生物组相关的表型，但这些社区的组装和重建通常是基于通用的丰度模式或分类的认同，并共同出现的，但仅由功能特征提供了很少的信息。在这里，我们回顾了有关设计功能性阴谋的最新研究，以揭示共同的原理并讨论社区设计的多维方法。我们提出了一种基于与微生物菌株的高通量实验测定和其功能能力的计算基因组分析的集成，以定制功能性触体设计的策略。
