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使用基于保守模型的优化设计细胞类型的启动子序列
基因疗法有可能通过将治疗性遗传货物传递给疾病相关细胞来治疗疾病。对其广泛使用的一种局限性是缺乏较短的调节序列或启动子，该序列会差异地诱导靶细胞中传递的遗传货物的表达，从而最大程度地减少其他细胞类型的副作用。这种细胞类型特异性的启动子很难使用现有方法发现，需要手动策划或访问来自靶向和未靶向细胞的启动子驱动表达的大型数据集。基于模型的优化（MBO）已成为一种以自动化方式设计生物学序列的有效方法，最近已用于启动子设计方法。但是，这些方法仅使用昂贵的大型培训数据集进行了测试，并专注于为明显不同的细胞类型设计启动子，从而忽略了与与具有相似调节特征的紧密相关细胞类型设计启动子相关的复杂性。因此，我们引入了一个综合框架，用于利用MBO以数据有效的方式设计启动子，重点是发现类似细胞类型的启动子。我们将保守的目标模型（COM）用于MBO，并突出显示了实际的考虑因素，例如改善序列多样性，估算模型不确定性的最佳实践，并选择用于实验验证的最佳序列集。使用三种相对相似的血液癌细胞系（Jurkat，K562和THP1），我们表明我们的方法在实验验证了设计的序列后发现了许多新型细胞型特异性启动子。对于K562细胞，我们发现了一个启动子，该启动子的细胞类型特异性比最初用于训练模型的最初数据集高75.85％。
芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌作为替代性健康和化学启动子，可与cyprinid水产养殖物种合成脂肪植物
体操运动员人民（APA）：Norby，R。J.，Loader，N.，Menoral，C.，Ulah，Smith，Smith，Smith，A.木材生物质产生森林体重不足的二氧化碳。气候变化，14（9），983-988。 https://doi.org/10
新型合成诱导启动子在缺乏基因表达的水缺陷应激中具有转基因杨树中具有绿色组织特异性的基因表达
和3 0区域进行了六聚体，以生成两个较短的合成启动子，Syn3-10b-1（5 0：GTTAACTTCA）和Syn3-10B-2（3 0：GGGCCTGTGG）。将这些启动子的活性与植物中的Syn3进行了比较。syn3和syn3-10b-1在瞬态的农业固定的烟草本nipiana benthamiana叶片中特异性诱导了3天。在稳定的转基因杨树中，Syn3作为本构启动子呈现，但在叶片中的活性最高。SYN3-10B-1在水功率条件下对绿色组织的诱导比模拟对照更强。因此，包含5 0序列的Syn3序列的合成启动子赋予了组织特异性的细胞和水的诱导性转基因杨树，而3 0序列则没有。因此，我们在杨树工程工具包中添加了两个新的合成启动子：Syn3-10B-1，一种绿色组织特异性和水应力诱导的启动子，以及Syn3，Syn3，Syn3，绿色组织预定的构成构成启动子。
核因子y-A3b与单个花桁架启动子结合，并调节番茄的开花时间
开花时间的控制对于生殖成功至关重要，并且对农作物中种子和果实产量以及其他重要的农业特征具有重大影响。核因子Y（NF -ys）是形成异三聚体蛋白复合物的转录因子，以调节各种生物过程所需的基因表达，包括植物中的开花时间控制。据我们所知，尚无关于促进植物早期开花表型的单个NF-YA亚基突变体的报道。在这项研究中，我们确定了编码NF-Y转录因子家族成员的SLNF-YA3B，是调节番茄开花时间的关键基因。NF-YA3B的敲除导致番茄的早期开花表型，而NF-YA3B的过表达延迟了转基因番茄植物的开花。NF-YA3B被证明在酵母三杂化测定中与多个NF-YB/NF-YC异二聚体形成异三聚体蛋白复合物。生化证据表明，NF -YA3B直接与单个花桁架（SFT）启动子的CCAAT顺式元素结合以抑制其基因表达。这些发现发现了NF-YA3B在调节番茄开花时间中的关键作用，并且可以应用于农作物中开花时间的管理。
核因子y-A3b与单个花桁架启动子结合，并调节番茄的开花时间
开花时间的控制对于生殖成功至关重要，并且对农作物中种子和果实产量以及其他重要的农业特征具有重大影响。核因子Y（NF -ys）是形成异三聚体蛋白复合物的转录因子，以调节各种生物过程所需的基因表达，包括植物中的开花时间控制。据我们所知，尚无关于促进植物早期开花表型的单个NF-YA亚基突变体的报道。在这项研究中，我们确定了编码NF-Y转录因子家族成员的SLNF-YA3B，是调节番茄开花时间的关键基因。NF-YA3B的敲除导致番茄的早期开花表型，而NF-YA3B的过表达延迟了转基因番茄植物的开花。NF-YA3B被证明在酵母三杂化测定中与多个NF-YB/NF-YC异二聚体形成异三聚体蛋白复合物。生化证据表明，NF -YA3B直接与单个花桁架（SFT）启动子的CCAAT顺式元素结合以抑制其基因表达。这些发现发现了NF-YA3B在调节番茄开花时间中的关键作用，并且可以应用于农作物中开花时间的管理。
在大米中高夜温度压力下差异表达基因的启动子中的保守域：如何找到它们，它们能告诉我们什么？
抽象作物植物对压力的反应涉及基因表达模式的变化。这种基因调节的复杂过程取决于顺式和反式作用成分的存在。理解与植物对胁迫反应相关的基因表达变化的关键步骤之一始于鉴定差异表达基因（DEGS）启动子中“保守域”的鉴定。保守域可以通过为转录因子提供结合位点在基因调节中起关键作用。在这项研究中，我们旨在确定149摄氏度的启动子中的顺式调节元件（CRE），这些元素在两个水稻品种的转录组分析中被鉴定出来：cypress and Lagrue。这两个水稻品种根据其承受热应激的能力，在高夜晚（HNT）下分别表现良好。可以预期，受Hnt应力向上或向下调节的DEG要么在其启动子中表现出一组共享的CRE，要么在特定DEG模式中共有多态模式，其识别可以帮助理解植物对压力的各种反应。将使用多种计算方法来找到与水稻中HNT应力有关的顺式作用元件 /转录激活基序。这些信息将在机器学习算法中利用，以开发针对繁殖目的操纵基因的预测模型，例如提高谷物质量和产量，从而增强了水稻植物对高夜间温度的韧性，并为水稻作物的整体适应性做出了贡献。
阿霉素会改变活性启动子周围基因组的空间组织
成年干细胞对于组织更新和再生很重要。然而，在大多数成人系统中，干细胞如何采用不同的功能状态并支持空间构造的组织结构仍然难以捉摸。在这里，我们阐述了成年斑马鱼大脑中神经干细胞的多样性，该器官以明显的分区和高再生能力为特征。我们将解剖大脑区域的单细胞转录组与大量平行的谱系跟踪和体内RNA代谢标记结合在一起，以分析时空中神经干细胞的调节。我们检测到了大量的神经干细胞，其中一些亚型仅限于单个大脑区域，而其他亚型则在整个大脑中被发现。全球干细胞状态与神经源分化有关，不同的态与增殖和非增殖性分化有关。我们的工作揭示了成人干细胞组织的原理，并为神经干细胞亚型的功能操纵建立了资源。
番茄果实外果皮优先启动子的鉴定及在遗传工程中的应用
番茄 ( Solanum lycopersicum ) 是一种全球性种植的作物，具有巨大的经济价值。外果皮决定了番茄果实的外观，并在收获前和收获后保护其免受各种生物和非生物挑战。然而，目前还没有番茄外果皮特异性启动子，这阻碍了基于外果皮的基因工程。在这里，我们通过 RNA 测序和逆转录-定量 PCR 分析发现番茄基因 SlPR10 ( PATHOGENESIS RELATED 10 ) 在外果皮中大量表达。由 2087-bp SlPR10 启动子 ( pSlPR10 ) 表达的荧光报告基因主要在 Ailsa Craig 和 Micro-Tom 品种的转基因番茄植株的外果皮中检测到。该启动子进一步用于番茄中 SlANT1 和 SlMYB31 的转基因表达，它们分别是花青素和角质层蜡质生物合成的主要调节因子。pSlPR10 驱动的 SlANT1 表达导致花青素在外果皮中积累，赋予果实抗灰霉病和延长保质期，而 SlMYB31 表达导致果皮蜡质增厚，延缓水分流失并延长果实保质期。有趣的是，pSlPR10 和另外两个较弱的番茄外果皮优先启动子在转基因拟南芥 (Arabidopsis thaliana) 植物的子房中表现出一致的表达特异性，这不仅为番茄外果皮和拟南芥子房之间的进化同源性提供了线索，而且为研究拟南芥子房生物学提供了有用的启动子。总的来说，这项研究报告了一种理想的启动子，能够在番茄外果皮和拟南芥雌蕊中实现靶基因表达，并证明了其在番茄果实品质遗传改良中的实用性。
在SARS-COV-2复制和转录复合物中鉴定RNA聚合酶（NSP12）和解旋酶（NSP13）的抑制剂（NSP12）和解旋酶（NSP13）的 6G-增强新的智慧城市：调查 国际电力和能源系统杂志 结直肠癌启动子甲基化改变会影响谷氨酸离子受体AMPA型亚基4的表达4在结肠组织中潜在相关的替代同工型 使用二氧化碳激光器的浅表性腹膜子宫内膜异位症蒸发：长期单中心体验 keras/tensorflow用于免疫障碍的药物设计 酶抑制与药物化学杂志 根据鲁索利尼开始和治疗期间贫血的严重程度，骨髓纤维化患者的爆炸阶段发生率
冠状病毒含有RNA病毒中最大的基因组之一，编码与蛋白水解加工，基因组复制和转录有关的14-16个非结构性蛋白质（NSP），以及四种构建成熟Virion的核心的结构蛋白。由于跨冠状病毒的保护，NSP形成了一组有前途的药物靶标，因为它们的抑制作用直接影响病毒复制，因此会影响感染的进展。显示出一种由一种RNA依赖性RNA聚合酶（NSP12），一个NSP7，两个NSP8辅助亚基和两个解旋酶（NSP13）酶形成的最小但功能齐全的复制和转录复合物。我们的方法涉及NSP12和NSP13，以使多个起点干扰病毒感染的进展。在这里，我们报告了一种合并的体外重新利用筛选方法，确定了新的和确认报告的SARS-COV-2 NSP12和NSP13抑制剂。
结直肠癌启动子甲基化改变会影响谷氨酸离子受体AMPA型亚基4的表达4在结肠组织中潜在相关的替代同工型
摘要：背景：腹腔镜程序期间激光使用的验证，尤其是1980年代后期的坎德·尼扎特（Camran Nezhat）的验证。激光器在没有出血的情况下提供组织蒸发的精度和深度控制。手术干预仍然是控制子宫内膜异位症与不育的核心，尤其是对于对激素治疗无反应的患者。方法：这项回顾性队列研究包括200例接受腹腔镜激光蒸发的肤浅子宫内膜异位症（SPE）。手术，并在所有情况下都获得了子宫内膜异位症的组织证实。疼痛评分和SF-36问卷结构域。生育能力。结果：术后观察到疼痛评分和SF -36问卷结构域的显着改善（P值<0.01），表明生活质量的增强。在有积极怀孕的不育患者中，手术治疗显示手术后的总体妊娠率为93.7％（P值<0.01），包括75.7％的天然妊娠和24.3％IVF。激光蒸发实现了精确的病变去除，其组织损伤最小，手术时间短，失血最小。结论：腹腔镜激光汽化是对SPE的有效治疗方法，可缓解疼痛，改善生活质量和有利的生育能力。需要进一步的研究以在控制疼痛和生育方面验证这些结果。