成年干细胞对于组织更新和再生很重要。然而,在大多数成人系统中,干细胞如何采用不同的功能状态并支持空间构造的组织结构仍然难以捉摸。在这里,我们阐述了成年斑马鱼大脑中神经干细胞的多样性,该器官以明显的分区和高再生能力为特征。我们将解剖大脑区域的单细胞转录组与大量平行的谱系跟踪和体内RNA代谢标记结合在一起,以分析时空中神经干细胞的调节。我们检测到了大量的神经干细胞,其中一些亚型仅限于单个大脑区域,而其他亚型则在整个大脑中被发现。全球干细胞状态与神经源分化有关,不同的态与增殖和非增殖性分化有关。我们的工作揭示了成人干细胞组织的原理,并为神经干细胞亚型的功能操纵建立了资源。