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生物技术在促进巴基斯坦作物改良、加强粮食安全和减少贫困方面具有巨大潜力。巴基斯坦是生物技术和基因工程领域的新兴国家之一。巴基斯坦生物技术研究最早的里程碑是 1987 年在费萨拉巴德建立国家生物技术和基因工程研究所 (NIBGE)。该研究所于 2007 年开发出第一种转基因作物“Bt 棉花”。土壤传播的细菌苏云金芽孢杆菌的 Bt 基因被引入棉花，可调节现代棉花品种的抗虫性。在巴基斯坦，大多数利用现代生物技术的作物改良活动都集中在棉花上，棉花是巴基斯坦五大作物之一。90% 以上的栽培棉花都是转基因的。除此之外，芸苔属植物、鹰嘴豆、辣椒、土豆、甘蔗、烟草、番茄和大豆也已开始转基因种植。
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