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甲基化状态启动子MGMT确定基于神经胶质MRI的深度学习方法
MGMT启动子甲基化是一个表观遗传事件。 表观遗传事件在功能上是相关的，但不涉及核苷酸序列的变化。 因此，虽然MGMT启动子甲基是一个重要的预后标记，但它并不能定义胶质瘤的分离子集。 MGMT是一种DNA修复酶，可保护鼻孔和gliomacellsalsymacellsylatingchemotherapeen剂。 MGMT启动子的甲基化是表观遗传沉默的一个例子，导致MGMT酶功能损失及其对神经胶质瘤细胞的保护作用。 MGMT启动子甲基化在用替莫唑胺（TMZ）治疗的患者中产生的表面益处。。MGMT启动子甲基化是一个表观遗传事件。表观遗传事件在功能上是相关的，但不涉及核苷酸序列的变化。因此，虽然MGMT启动子甲基是一个重要的预后标记，但它并不能定义胶质瘤的分离子集。MGMT是一种DNA修复酶，可保护鼻孔和gliomacellsalsymacellsylatingchemotherapeen剂。MGMT启动子的甲基化是表观遗传沉默的一个例子，导致MGMT酶功能损失及其对神经胶质瘤细胞的保护作用。MGMT启动子甲基化在用替莫唑胺（TMZ）治疗的患者中产生的表面益处。1随后的Stupp等人2的工作表明，在接受放射线和替莫唑胺的患者中，MGMT促进甲基化改善了中值的中位数生存期（相比之下，甲基化的中位数（21.7 vs 12.7个月）。2
对基于 CRISPR 的转录激活因子进行系统比较，揭示增强子-启动子相互作用的基因调控特征
基于核酸酶失活 CRISPR/Cas (dCas) 的系统已成为一种强大的技术，可以综合重塑人类表观基因组和基因表达。尽管这些平台的采用越来越多，但它们的相对效力和机制差异尚未完全表征，特别是在人类增强子-启动子对中。在这里，我们系统地比较了最广泛采用的基于 dCas9 的转录激活因子，以及由与人类 CBP 蛋白催化核心融合的 dCas9 组成的激活因子，以及人类增强子-启动子对。我们发现这些平台在不同人类细胞类型中显示出不同的相对表达水平，并且它们的转录激活效率因效应域、效应子募集结构、靶位点和细胞类型而异。我们还表明，每种基于 dCas9 的激活剂都可以诱导增强子 RNA (eRNA) 的产生，并且这种 eRNA 诱导与同源启动子的下游 mRNA 表达呈正相关。此外，我们使用基于 dCas9 的激活剂来证明人类增强子和启动子之间可以存在内在的转录和表观遗传互惠性，并且可以通过将基于 dCas9 的转录激活剂靶向增强子来合成驱动增强子介导的下游启动子的追踪和参与。总之，我们的研究为增强子介导的人类基因表达控制和基于 dCas9 的激活剂的使用提供了新的见解。
建立小鼠和人类神经干细胞中增强子-启动子长距离相互作用之间的桥梁，以了解增强子在神经发育疾病中的作用
摘要：全基因组关联研究已充分证实了复杂人类疾病中的非编码变异，并认为它涉及调节元件，例如增强子，其变异会影响致病基因的表达。调节元件通常远离它们所调节的基因，或位于与所调节基因不同的基因的内含子内，因此很难识别出受特定增强子变异影响的基因。增强子通过长距离物理相互作用（环路）与其靶基因启动子相连。在我们的研究中，我们将通过长距离相互作用与启动子相连的 10,000 多个增强子重新映射到人类基因组上，我们之前已通过 RNApolII-ChIA-PET 分析在小鼠脑源性神经干细胞中识别出这些增强子，并结合 ChIP-seq 映射携带表观遗传增强子标记的 DNA/染色质区域。这些相互作用被认为与功能相关。我们在人类基因组中发现，数千个 DNA 区域与相互作用的小鼠 DNA 区域（增强子和连接启动子）同源。我们进一步注释了这些人类区域与序列变体（单核苷酸多态性，SNP；拷贝数变体，CNV）的重叠，这些变体之前与人类神经发育疾病有关。我们记录了各种与人类神经发育疾病相关的遗传变异影响参与长距离相互作用的增强子的案例：之前由全基因组关联研究确定与精神分裂症、躁郁症和智力相关的 SNP 位于我们的人类同源增强子内，并改变转录因子识别位点。同样，与自闭症谱系疾病和其他神经发育障碍相关的 CNV 与我们的人类同源增强子重叠。其中一些增强子（在小鼠中）与已经与人类疾病相关的基因的同源物相连，从而强化了该基因确实与疾病有关的假设。其他增强子与此前与该疾病无关的基因有关，表明它们可能参与致病过程。我们的观察结果为进一步探索神经疾病提供了资源，同时现在已广泛开展了全基因组范围的神经疾病患者 DNA 变异识别。
2022; 18(11): 4497-4512。doi: 10.7150/ijbs.73428 研究论文 烟雾诱导的 SAV1 基因启动子高甲基化破坏 YAP 负反馈和 P
YAP (基因符号YAP1) 作为一种潜在的致癌蛋白，与多种肿瘤的恶性程度呈正相关。然而，在多种正常组织细胞中单独过表达YAP并不能诱导肿瘤形成，其潜在机制尚不清楚。本文表明，YAP激活直接诱导其负调节因子SAV1的转录构成负反馈回路，该回路在维持肺上皮细胞稳态中起着至关重要的作用，在非小细胞肺癌（NSCLC）中失调。值得注意的是，吸烟促进SAV1启动子区域的高甲基化，通过失活Hippo通路破坏YAP负反馈。此外，外源性过表达SAV1可以充当运输蛋白，激活Hippo信号并同时抑制WNT通路以减少癌细胞生长。此外，利用肺癌类器官，我们发现慢病毒介导的 SAV1 基因转移联合甲基化抑制剂和 YAP-TEAD 抑制剂是肺癌患者（尤其是吸烟人群）的潜在可行临床用药方案。因此，这种 SAV1 介导的反馈回路提供了一种有效的机制来建立 YAP 调控的稳健性和稳态，并可作为吸烟 NSCLC 人群基因治疗的潜在靶点。
人类增强子和启动子序列的兼容性规则
它们的活性如何结合起来控制 RNA 表达仍不清楚。在这里，我们设计了一种高通量报告基因检测方法，称为 ExP STARR-seq（增强子 x 启动子自转录活性调控区测序），并用它来检查人类 K562 细胞中 1,000 个增强子和 1,000 个启动子序列的组合兼容性。我们确定了增强子-启动子兼容性的简单规则：大多数增强子以相似的量激活所有启动子，并且内在增强子和启动子活性相乘地结合起来决定 RNA 输出（R 2 =0.82）。此外，两类增强子和启动子显示出微妙的优先效应。管家基因的启动子含有内置的激活基序，例如 GABPA 和 YY1 等因子，这降低了启动子对远端增强子的反应性。可变表达基因的启动子缺乏这些基序，对增强子表现出更强的反应性。总之，对增强子-启动子兼容性的系统评估表明，通过增强子和启动子类别调整的乘法模型可以控制人类基因组中的基因转录。
通过内源启动子进行有效的定向诱变……
和缺失分别以+和-表示。i 使用酶StuI对T0纯合突变体进行限制性消化筛选。野生型Solanum etuberosum产生消化的PCR带（蓝色箭头），而突变植物产生对StuI消化有抗性的PCR带。J、k CR-SeSP5G突变体在短日照条件下开花，而野生型在短日照条件下不能开花。比例尺：1厘米；NF，无花。
通过 CRISPR/Cas9 创建的天然启动子-基因融合……
本文已接受出版并经过完整的同行评审，但尚未经过文字编辑、排版、分页和校对过程，这可能会导致此版本与记录版本之间存在差异。请引用本文 doi：10.1002/1873-3468.14365
利用基于病毒的向导 RNA 递送系统对小麦进行多重启动子和基因编辑
c GUG-C413-1-12-48-3 GW2T2 A: caaGCTCGCGCCCTGCTACCCGGGGGctg WT 301 (AABBDD) B: caaGCTCGCGCCCTGCTACCCGGGGGctg WT 209 D: caaGCTCGCGCCCTGCTACCCGGGGGctg WT 369 UPL3T11 A: gggCAAGGAGCAGCAGGAGCCCTCGGaga WT 10948 (AaBbDD) gggCAAGGAGCAGCAGGAG-CCTCGGaga-1 7316 B: gggCAAGGAGCAGCAGGAGCCCTCGGaga WT 6854 gggCAAGGAGCAGCAGGAG-CCTCGGaga-1 5787 D: gggCAAGGAGCAGCAGGAGCCCTCGGaga WT 15964 gggCAAGGAGCAGCAGGAG-CCTCGGaga -1 2494 GW7T6 A：gacTCCATCAACCGGGACTCGGGAGGgtt WT 58（AabbDd）gacTCCATCAACC ------------ Ggtt -12 73 B：gacTCCATCAACCGGGACT - GGGAGGgtt -1 208 D：gacTCCATCAACCGGGACTCGGGAGGgtt WT 109 gacTCCATCAACCGGGA -- CGGGAGGgtt -2 106
ASCL1 和 NEUROD1 依赖基因的启动子是 SCLC 细胞中 lurbinectedin 的特定靶点
小细胞肺癌 (SCLC) 是一种恶性神经内分泌肿瘤，预后较差。本文重点研究神经内分泌 SCLC 亚型 SCLC-A 和 SCLC-N，其转录依赖性由 ASCL 1 和 NEUROD 1 转录因子驱动，这些转录因子靶向 E-box 基序以激活高达 40% 的总基因，根据 ATAC 和 H 3 K 27 Ac 标记，这些基因的启动子保持在稳定开放的染色质环境中。海洋因子 lurbinectedin 利用了这一优势，它优先靶向位于转录起始位点下游的 CpG 岛，从而阻止 RNAPII 延长并促进其降解。这消除了 ASCL 1 和 NEUROD 1 及其依赖基因（如 BCL 2 、 INSM 1 、 MYC 和 AURKA ）的表达，这些基因负责相关的 SCLC 致瘤特性（如抑制细胞凋亡和细胞存活）以及其部分神经内分泌特征。总之，我们展示了这些细胞的转录成瘾如何成为它们的致命弱点，以及 lurbinectedin 如何有效地利用这一点作为一种新的 SCLC 治疗手段。
通过 CRISPR/Cas9 靶向编辑木薯中的 MeSWEET10a 启动子来改造抗细菌性枯萎病植物
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2022 年 3 月 4 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.03.02.482644 doi：bioRxiv 预印本