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它们的活性如何结合起来控制 RNA 表达仍不清楚。在这里，我们设计了一种高通量报告基因检测方法，称为 ExP STARR-seq（增强子 x 启动子自转录活性调控区测序），并用它来检查人类 K562 细胞中 1,000 个增强子和 1,000 个启动子序列的组合兼容性。我们确定了增强子-启动子兼容性的简单规则：大多数增强子以相似的量激活所有启动子，并且内在增强子和启动子活性相乘地结合起来决定 RNA 输出（R 2 =0.82）。此外，两类增强子和启动子显示出微妙的优先效应。管家基因的启动子含有内置的激活基序，例如 GABPA 和 YY1 等因子，这降低了启动子对远端增强子的反应性。可变表达基因的启动子缺乏这些基序，对增强子表现出更强的反应性。总之，对增强子-启动子兼容性的系统评估表明，通过增强子和启动子类别调整的乘法模型可以控制人类基因组中的基因转录。
人类增强子和启动子序列的兼容性规则
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