468081000 Alectinib Alk 1256580-46-7 100 mg 467951000 AZ191 DYRK1B 1594092-37-1 100 mg 467941000 bafetinib bcr-bcr-bcr-abl, BI-2536 PLK1,PLK2,PLK3 755038-02-9 100 mg 467971000 BIX-02188 MAP2K5 334949-59-59-6 100 MG 468111000 BLU9931 FGFR4 1538604-68-0 100 mg 467981000 CFI-400945 PLK4 1338806-73-7 100毫克-673451PDGFRß343787-29-1100 mg 468181000 filgotinib jak1 1206161-97-8 100 mg 468021000 gne791000 lrrk2 1351761-8 100 mg 100 mg 100 mg 468191000 GNF-5 BCR-ABL 778277-15-9 100 mg 468201000 GSK481 RIPK1 1622849-58-4 100 mg 468211000 GSK583 RIPK2 34-7 100 mg 468261000 P505-15 SYK 1370261-96-3 100 mg 468271000 SCH772984 MAPK1,MAPK3 942183-80-4 100 MG 468061000 SPEBRUTINIB BTK 1202757-89-8 100 毫克 467881000 UNC2025 MERTK,FLT3 1429881-91-3 100 毫克 467891000 VE-821 ATR 1232410-49-9 100 毫克
组蛋白翻译后修饰(如甲基化或乙酰化)的动态特性使得通过操纵相关的表观遗传机制来改变与疾病相关的表观遗传状态成为可能。一种方法是通过小分子扰动。表观遗传读取域的化学探针对于提高我们对调节其靶标的生物学后果的理解至关重要,同时也使得开发新的基于探针的试剂成为可能。通过在读取域探针上附加功能句柄,可以创建试剂的化学工具箱,以促进表观遗传复合物的化学沉淀,评估探针选择性,开发体外筛选试验,可视化细胞靶标定位,实现靶标降解并以高度可控的方式将表观遗传机制招募到基因组内的某个位置。
工具化合物(也称为化学探针)通常是为了研究调节细胞测定中靶标的生物学后果。这样的化合物可能没有开发化合物的所有必要特性,但是它们通常是由化学塑造的,以回答特定的生物学问题(目标参与,选择性,细胞中的位置等)。以下原理适用于工具化合物:5质量化学探针应具有:(1)足够的效力和选择性,可以自信地将其体外谱与其细胞活性联系起来; (2)足够的化学和物理特性数据(例如渗透性,稳定性),以确保其细胞数据的质量; (3)
每种药物的耐药细胞系(红色标记)将接受化学探针库处理,以识别化疗增敏剂。在 384 孔板中,类器官细胞将单独接受化合物库处理,或与亚致死剂量的治疗药物联合使用。我们将识别仅在联合使用时才显示毒性的化学探针(图 1C)。在准备筛选时,确认了 384 孔板中的接种一致性(图 1D)。为了进行质量控制(Z 因子和 Z-Prime 因子),每个筛选板将包含阳性和阴性对照。单一药物和联合使用后的活力数据
1. Yiannopoulou KG,Papageorgiou SG。阿尔茨海默病的当前和未来治疗:最新进展。J Cent Nerv Syst Dis。2020;12:1179573520907397。2. Krahn AI,Wells C,Drewry DH,Beitel LK,Durcan TM,Axtman AD。定义神经激酶组:针对神经退行性疾病的小分子药物发现策略和机会。ACS Chem Neurosci。2020;11:1871-1886。3. Cummings J,Lee G,Ritter A,Sabbagh M,Zhong K。阿尔茨海默病药物开发渠道:2020。Alzheimers Dement(纽约)。2020;6:e12050。 4. https://www.nia.nih.gov/research/amp-ad 5. Hodes RJ、Buckholtz N. 加速药物伙伴关系:阿尔茨海默病 (AMP-AD) 知识门户通过开放数据共享帮助发现阿尔茨海默病药物。Expert Opin Ther Targets。2016;20:389-391。 6. Mullard A. NIH 启动开放科学阿尔茨海默病计划。Nat Rev Drug Discov。2019;18:895。 7. Lee WH. 开放获取靶标验证是加速药物发现的更有效方法。PLoS Biol。2015;13:e1002164。 8. Frye SV. 化学探针的艺术。Nat Chem Biol。2010;6:159-161。 9. Arrowsmith CH、Audia JE、Austin C 等人。化学探针的前景和危险。自然化学生物学。2015;11:536-541。10. Wells CI、Drewry DH、Pickett JE 等人。开发一种针对多效性激酶 CK2 的强效选择性化学探针。细胞化学生物学。2021;28:546-558。11. Wells C、Couñago RM、Limas JC 等人。SGC-AAK1-1:一种针对 AAK1 和 BMP2K 的化学探针。ACS Med Chem Lett。2019;11:340-345。12. Asquith CRM、Berger BT、Wan J 等人。SGC-GAK-1:一种针对细胞周期蛋白 G 相关激酶(GAK)的化学探针。J Med Chem。 2019;62:2830-2836。13. Picado A、Chaikuad A、Wells CI 等人。暗激酶 STK17B 的化学探针通过独特的 P 环构象获得其效力和高选择性。J Med Chem。2020;63:14626-14646。14. Brown PJ、Müller S。用于表观遗传靶标的开放获取化学探针。未来医学化学。2015;7:1901-1917。15. Barnash KD、Lamb KN、Stuckey JI 等人。通过靶标类别定向组合重利用进行 Chromodomain 配体优化。ACS Chem Biol。2016;11:2475-2483。 16. Elkins JM、Fedele V、Szklarz M 等人。已发表激酶抑制剂集的综合表征。Nat Biotechnol。2016;34:95-103。17. Drewry DH、Wells CI、Andrews DM 等人。蛋白激酶公共化学基因组学集及征文进展。PLoS One。2017;12:e0181585。18. Drewry DH、Wells CI、Zuercher WJ、Willson TM。极端开放科学视角:公司无限制共享化合物。SLAS Discov。2019;24:505-514。19. Wells CI、Al-Ali H、Andrews DM 等人。激酶化学基因组集 (KCGS):用于激酶脆弱性识别的开放科学资源。Int J Mol Sci。2021;22:566。20. Müller S、Ackloo S、Arrowsmith CH 等人。为开放科学捐赠化学探针。Elife。2018;7:e34311。21. 勃林格殷格翰国际公司。https://opnme.com/ 22. Basu A、Bodycombe NE、Cheah JH、等人。一种用于识别小分子靶向的癌症遗传和谱系依赖性的交互式资源。细胞。2013;154:1151-1161。23. Clemons PA、Bittker JA、Wagner FF 等人。筛选中使用信息集:关于识别新探针的有效策略的观点。SLAS Discov。2021:24725552211019410。24. Antolin AA、Tym JE、Komianou A、Collins I、Workman P、Al-Lazikani B。客观、定量、数据驱动的化学探针评估。细胞化学生物学。2018;25:194-205。
在U-2 OS-Crispr-Nup96-SNAP 33中,在基因座NUP96中的SNAP标记的整合允许荧光底物或其他化学探针的特定且共价连接,这些探针可用于想象活细胞和其他生化测试。此功能使其成为测试核质转运的分子动力学的宝贵工具,对与NPC相关的病理学的理解以及筛选影响NPC功能的治疗化合物。细胞系还保留了U-2 OS母系的特征,包括高水平的遗传稳定性和易于繁殖的易变,这要归功于它适合于高性能筛查和细胞生物学的扩展测试。
目前的小分子药物仅针对 10-15% 的人类蛋白质组。其余 85-90% 的人类蛋白质通常被认为是“不可药用的”。扩大人类蛋白质作为药物开发潜在靶标的比例的有效方法是使用小有机分子调节蛋白质-蛋白质相互作用。我们的研究重点是开发创新方法,以有效设计蛋白质-蛋白质相互作用的小有机抑制剂。这些方法用于指导预选蛋白质-蛋白质相互作用的高效抑制剂的合成和功能表征。所得的小有机分子可用作化学探针来研究生物学问题,并可作为药物开发的先导结构。通过化学和生物学方法的跨学科结合,我们目前的研究包括以下主题:
CCDD 的使命是通过将癌症基因组和癌症生物学信息转化为药物来开发个性化药物,造福患者。我们实施创新的药物发现技术,发现基于新机制的药物,并尽可能快地从实验室开发到假设检验的早期临床试验。我们广泛发表我们的工作成果,并与学术界、生物技术公司和制药行业建立了广泛的合作网络。我们的团队致力于发现小分子候选药物,并开发高质量的化学探针以支持新的癌症生物学研究。癌症治疗学部位于 ICR Sutton 校区新建成的价值 7500 万英镑的癌症药物发现中心大楼的先进实验室中。
图2:用硫酰基反应性烷基化碘乙酰氨酰胺(IAA)以7个不同的浓度(范围为0至1,000 µM)处理八种癌细胞系,以阻断肽映射的抑制半胱氨酸残基。IAA与半胱氨酸结合Desthiobiotin iodoacetamide(DBIA)化学探针之间的竞争反应使DBIA标记的肽以剂量反应的方式富集。样品进行准备并在质谱仪(MS)上运行,其中肽信号的损失表明成功的IAA竞争。我们将四参数对数模型模型拟合到每个半胱氨酸的剂量响应数据。当模型在溶液上收敛(有剂量反应)时,我们将半胱氨酸标记为反应性,当没有剂量反应时,我们将其标记为无反应性。