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Optimutu：具有优化阈值的分类学意识到OTU聚类和用于元编码数据的生物信息学工作流程
要将以环境得出的元编码数据转换为社区矩阵进行生态分析，必须首先将序列聚集到操作分类单元（OTU）中。此任务对于包括大量带有不完整参考库的数据，包括大量的分类单元。OptimoTU提供了一种具有分类学意识的OTU聚类方法。它使用一组分类学识别的参考序列来选择最佳的遗传距离阈值，以将每个祖先分类群分组为最与后代分类单元最匹配的集群。然后，查询序列根据初步分类学标识和其祖先分类群的优化阈值聚类。该过程遵循分类学层次结构，从而将所有查询序列的所有查询序列完全分类为命名的分类学组以及占位符“ Pseudotaxa”，这些序列适合无法分类为相应等级的命名分类单元的序列。Optimutu聚类算法是作为R软件包实现的，在C ++中实现了速度的计算密集步骤，并合并了成对序列对齐的开源库库。距离也可以在外部计算，并且可以从UNIX管道中读取，从而允许大型数据集聚类，在该数据集中，整个距离矩阵将不方便地存储在内存中。Optimutu生物信息学管道包括一个完整的工作流程，用于配对端的Illumina测序数据，其中包含了质量过滤，DeNoising，Wratifact删除，分类学分类以及与Optimotu的OTU集群。开发了用于高性能计算簇的OptimoTU管道，并将其缩放到每个样品和数万个样本的数据集中。
速度编辑
摘要 CRISPR/Cas9 系统可实现无疤痕、无标记的基因组编辑。目前，用于裂殖酵母 Schizosaccharomyces pombe 的 CRISPR/Cas9 系统依赖于繁琐且耗时的克隆程序，将特定的 sgRNA 靶序列引入 Cas9 表达质粒中。此外，据报道，当从强 adh1 启动子持续过表达 Cas9 核酸内切酶时，它会对裂殖酵母产生毒性。为了克服这些问题，我们开发了一种改进的系统 SpEDIT，它使用从中等强度 adh15 启动子表达的针对 S. pombe 进行密码子优化的合成 Cas9 序列。SpEDIT 系统表现出灵活的模块化设计，其中 sgRNA 与自切割丁型肝炎病毒 (HDV) 核酶的 3' 端融合，从而允许 tRNA 基因序列中的 RNA 聚合酶 III 驱动 sgRNA 盒的表达。最后，在 GFP 占位符两侧加入 Bsa I 型 IIS 限制酶位点，可实现 Golden Gate 介导的一步式 GFP 替换和合成的 sgRNA 表达。SpEDIT 系统通过转化异步培养细胞，在 ade6 + 或 ura4 + 基因中生成靶点突变体，可实现 100% 的诱变效率。SpEDIT 还允许以最小的努力获得插入、标记和删除事件。还可以轻松实现两个独立非同源基因位点的同时编辑。重要的是，与目前可用的 S. pombe 编辑系统相比，SpEDIT 系统显示出更低的毒性。因此，SpEDIT 提供了一种有效且用户友好的 CRISPR/Cas9 程序，可显著改善裂殖酵母的基因组编辑工具箱。
一种用于裂殖酵母的快速有效的 CRISPR/Cas9 方法[...
摘要 CRISPR/Cas9 系统可实现无疤痕、无标记的基因组编辑。目前，用于裂殖酵母 Schizosaccharomyces pombe 的 CRISPR/Cas9 系统依赖于繁琐且耗时的克隆程序，将特定的 sgRNA 靶序列引入 Cas9 表达质粒中。此外，据报道，当从强 adh1 启动子持续过表达 Cas9 核酸内切酶时，它会对裂殖酵母产生毒性。为了克服这些问题，我们开发了一种改进的系统 SpEDIT，它使用从中等强度 adh15 启动子表达的针对 S. pombe 进行密码子优化的合成 Cas9 序列。SpEDIT 系统表现出灵活的模块化设计，其中 sgRNA 与自切割丁型肝炎病毒 (HDV) 核酶的 3' 端融合，从而允许 tRNA 基因序列中的 RNA 聚合酶 III 驱动 sgRNA 盒的表达。最后，在 GFP 占位符两侧加入 Bsa I 型 IIS 限制酶位点，可实现 Golden Gate 介导的一步式 GFP 替换和合成的 sgRNA 表达。SpEDIT 系统通过转化异步培养细胞，在 ade6 + 或 ura4 + 基因中生成靶点突变体，可实现 100% 的诱变效率。SpEDIT 还允许以最小的努力获得插入、标记和删除事件。还可以轻松实现两个独立非同源基因位点的同时编辑。重要的是，与目前可用的 S. pombe 编辑系统相比，SpEDIT 系统显示出更低的毒性。因此，SpEDIT 提供了一种有效且用户友好的 CRISPR/Cas9 程序，可显著改善裂殖酵母的基因组编辑工具箱。
SAPIENT 接口控制文档 - GOV.UK
在北约反无人驾驶飞机系统 (C-UAS) 技术互操作性演习 (TIE) 进行实验后，决定将 SAPIENT 从使用 XML（可扩展标记语言）消息格式改为使用 Google 的 Protobuf 消息格式。虽然 XML 是一种人类可读的格式，但 Protobuf 是一种二进制格式，这将使 SAPIENT 消息大小减少约 60%，这是许多国防用例中的关键要求。对 ICD 进行了一些结构性更改以支持 Protobuf 的引入，最显着的是使用枚举字段。版本 7 还引入了一些术语变化。ICD 版本 6 除了传感器（自动传感器模块 - ASM）外还引入了效应器，传感器和效应器现在在 ICD 中都称为“节点”。字段“sensorID”和“sourceID”已被“nodeID”和“destinationID”取代。某些字段的数据类型已更改（主要是从整数更改为字符串），这主要影响标识符 (ID) 字段；这些字段现在是通用唯一标识符 (UUID v4) 或通用唯一字典排序标识符 (ULID)。ULID 包含一个日期/时间元素，使其更容易排序，并用于 ID 可能定期更新的地方，例如检测。通常使用 UUID 和 ULID 将消除使用节点 ID 预先分配 SAPIENT 系统的需要，并防止 SAPINET 采用分层架构时 ID 之间发生冲突。此版本中的最后一个重要变化是在检测消息中引入了速度字段。与早期版本相比，ICD 中的字段也发生了一些变化。一些已添加为未来功能占位符的字段通常已被删除。为清晰起见，某些字段已重命名（例如，AlertAck 和 TaskAck 消息中的状态已重命名为“alert_status”和“task_status”）。术语“heartbeat”已被删除，取而代之的是“Status”，以提高文档的一致性。“destination_id”字段已移至消息的顶层。这意味着 .proto 文件中的注册确认消息现在为空。这被认为是不受欢迎的，因此已向消息添加接受/拒绝标志。在电磁 (EM) 发射方面，SAPIENT 分类法的结构也发生了一些变化。EM 发射现在是顶级类。分类法不被视为 ICD 的规范部分。SAPIENT 接口管理面板 (SIMP) 欢迎就此版本中引入的任何更改如何运作以及为有效促进这些功能而提供的任何修改提供反馈。
您所需要的只是无序数据：用于广谱头部障碍检测的逆向监督学习
积液 487 0.963（0.952, 0.975） 0.920（0.897, 0.945） 0.890（0.872, 0.907） 蛛网膜下腔出血 485 0.976（0.967, 0.985） 0.928（0.905, 0.953） 0.922（0.906, 0.938） 硬膜下血肿 482 0.958（0.946, 0.971） 0.898（0.873, 0.925） 0.890（0.872, 0.909） 气头畸形 474 0.967（0.956, 0.979） 0.922 (0.899, 0.947) 0.915 (0.899, 0.933) 脑实质出血 474 0.955 (0.943, 0.969) 0.901 (0.876, 0.928) 0.890 (0.873, 0.908) 多发性脑梗塞 465 0.865 (0.844, 0.887) 0.738 (0.699, 0.776) 0.866 (0.847, 0.886) 放射冠性脑梗塞 459 0.667 (0.636, 0.698) 0.560 (0.514, 0.606) 0.688 (0.662, 0.716) 腔隙性梗塞 456 0.687 (0.657, 0.719) 0.667 (0.623, 0.713) 0.596 (0.568, 0.624) 基底神经节缺血 454 0.861 (0.839, 0.885) 0.731 (0.692, 0.773) 0.865 (0.847, 0.885) 基底神经节脑梗塞 453 0.716 (0.687, 0.747) 0.561 (0.512, 0.609) 0.778 (0.754, 0.802) 缺血 444 0.928 (0.914, 0.945) 0.867 (0.838, 0.899) 0.837 (0.816, 0.858) 钙化 442 0.825 (0.801, 0.852) 0.692 (0.647, 0.738) 0.836 (0.814, 0.858) 软化灶 436 0.917 (0.900, 0.935) 0.853 (0.821, 0.890) 0.833 (0.811, 0.856) 挫伤 424 0.954 (0.940, 0.969) 0.906 (0.880, 0.934) 0.897 (0.879, 0.914) 尾状核头部脑梗死 422 0.898 (0.878, 0.916) 0.820 (0.784, 0.855) 0.813 (0.790, 0.836) 脑室周围脑梗死 397 0.803 (0.777, 0.829) 0.713 (0.668, 0.758) 0.733 (0.707, 0.759) 结节 362 0.819 (0.792, 0.846) 0.671 (0.624, 0.721) 0.830 (0.810, 0.852)脑室内出血 323 0.986 (0.978, 0.995) 0.944 (0.923, 0.969) 0.942 (0.929, 0.957) 脑肿胀 315 0.952 (0.938, 0.969) 0.898 (0.867, 0.933) 0.880 (0.862, 0.900) 硬化 272 0.840 (0.810, 0.872) 0.746 (0.695, 0.801) 0.823 (0.799, 0.844) 占位性病变 261 0.925 (0.904, 0.946) 0.862 (0.820, 0.904) 0.847 (0.827, 0.869) 硬膜外血肿 252 0.947 (0.927, 0.967) 0.893 (0.857, 0.929) 0.892 (0.875, 0.912) 脑水肿 216 0.965 (0.952, 0.981) 0.903 (0.866, 0.944) 0.900 (0.882, 0.918) 轻微出血 212 0.966 (0.953, 0.982) 0.910 (0.873, 0.953) 0.892 (0.874, 0.911) 丘脑脑梗死 205 0.713 (0.671, 0.754) 0.610 (0.546, 0.673) 0.690 (0.662, 0.717) 软组织肿胀 203 0.937 (0.916, 0.962) 0.877 (0.833, 0.926) 0.852 (0.831, 0.873) 动脉硬化 196 0.810 (0.771, 0.849) 0.668 (0.602, 0.735) 0.831 (0.809, 0.853) 实质性血肿 176 0.982 (0.971, 0.995) 0.949 (0.920, 0.983) 0.938 (0.924, 0.952) 半卵圆中心脑梗塞 151 0.733 (0.690, 0.781) 0.702 (0.636, 0.775) 0.663 (0.635, 0.693) 顶叶脑梗塞 148 0.788 (0.742, 0.836) 0.622 (0.541, 0.703) 0.874 (0.856, 0.894) 额叶脑梗塞 123 0.729 (0.674, 0.787) 0.537 (0.447, 0.626) 0.880 (0.862, 0.899) 蛛网膜囊肿 119 0.844 (0.806, 0.886) 0.714 (0.639, 0.798) 0.831 (0.809, 0.852) 脑积水 108 0.999 (0.998, 1.000) 0.991 (0.981, 1.000) 0.969 (0.961, 0.980) 脑白质变性 107 0.831 (0.787, 0.878) 0.682 (0.598, 0.776) 0.851 (0.830, 0.871) 室旁缺血 104 0.875 (0.834, 0.921) 0.702 (0.615, 0.798) 0.938 (0.925, 0.953) 透明隔腔 102 0.842 (0.801, 0.887) 0.814 (0.745, 0.892) 0.689 (0.662, 0.716) 皮下血肿 102 0.896 (0.857, 0.936) 0.843 (0.775, 0.912) 0.816 (0.793, 0.837) 颞叶骨折 101 0.915 (0.875, 0.959) 0.871 (0.812, 0.941) 0.831 (0.809, 0.854) 额叶缺血 92 0.842 (0.795, 0.893) 0.815 (0.739, 0.891) 0.753 (0.729, 0.778) 硬膜下出血 89 0.985 (0.971, 1.000) 0.955 (0.921, 1.000) 0.943 (0.930, 0.957) 脑室扩大 83 0.992 (0.985, 1.000) 0.976 (0.952, 1.000) 0.817 (0.795, 0.839) 顶骨骨折 83 0.909 (0.864, 0.960) 0.880 (0.807, 0.952) 0.831 (0.809, 0.854) 枕骨骨折 82 0.922 (0.881, 0.971) 0.878 (0.817, 0.951) 0.867 (0.847, 0.886) 枕叶脑梗塞 73 0.918 (0.877, 0.962) 0.849 (0.767, 0.932) 0.841 (0.819, 0.862) 额骨骨折 71 0.875 (0.821, 0.936) 0.817 (0.732, 0.915) 0.760 (0.736, 0.784) 骨瘤 70 0.844 (0.790, 0.906) 0.743 (0.643, 0.843) 0.865 (0.845, 0.886)