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孟加拉国小型奶牛中芽囊原虫的发生和亚型分布
芽囊原虫是一种广泛分布的原生动物，已知可引起人类和动物（包括全球范围内的牛）的消化系统疾病。这种寄生虫表现出大量的遗传变异，在哺乳动物和鸟类中分为 42 个已知亚型 (ST)。其中 16 个亚型在牛中被鉴定，14 个是人畜共患的。本研究探讨了芽囊原虫的分布和遗传变异及其在奶牛中的人畜共患潜力。在孟加拉国的两个产奶区：Sirajganj（n=100）和 Pabna（n=100），从小规模奶牛犊（年龄 <6 个月）采集了 200 个新鲜粪便样本。采用基于针对小亚基核糖体 RNA（SSU rRNA）基因的 PCR 检测的分子研究来筛查和亚型粪便样本中的寄生虫。分析显示，10% 的牛感染了芽囊原虫，来自 Sirajganj 的样本中 8% 的阳性病例和来自 Pabna 的样本中的 12%。考虑了性别、年龄、品种组和粪便稠度等各种因素，但这些因素在统计上并不显著。在 20 个阳性的芽囊原虫分离株中，仅鉴定出三种亚型，即 ST10、ST21 和 ST26，其中 ST10 亚型最为普遍。值得注意的是，在粪便样本中未检测到人畜共患亚型，表明缺乏人畜共患意义。这些研究结果为牛芽囊原虫感染的分子流行病学提供了见解，表明该病在研究区域内的遗传多样性较低。需要进一步研究以确定孟加拉国牛中芽囊原虫的确切频率和基因组成及其人畜共患潜力。关键词：芽囊原虫、流行病学、亚型、小型奶牛、孟加拉国。
恶性疟原虫组氨酸富集蛋白 2 缺失的遗传特征及其对印度奥里萨邦疟疾干预的影响
摘要。通过恶性疟原虫 (P. falciparum) 富含组氨酸的蛋白质 2 (pfhrp2) 基因缺失而导致的诊断逃逸是全球消除疟疾工作的主要潜在障碍。我们调查了印度奥里萨邦 15 个疟疾流行村 pfhrp2 基因缺失的流行情况，并模拟了它们对正在进行的国内疟疾干预计划的影响。我们发现 61.6% 的亚潜伏性恶性疟原虫感染（即快速诊断测试 [RDT] 阴性和聚合酶链反应 [PCR] 阳性）有 pfhrp2 基因缺失，这些缺失主要位于外显子 2 区域（96.2%），并且主要在发热个体的样本中发现（82.6%）。在携带完整 pfhrp2 外显子 2 基因座的亚专利感染个体样本子集中，我们对 DNA 测序和蛋白质多样性特征进行了表征。我们的分析揭示了新的氨基酸重复基序（231 – 293 个氨基酸），这些变异重复序列与 RDT 1 /PCR 1 样本的重复序列不同。我们还在 pfhrp2 基因缺失的背景下评估了国家资助的大规模筛查和治疗干预。我们发现，与单独进行 RDT 治疗相比，大规模筛查和治疗结合其他干预措施（例如分发长效杀虫蚊帐、室内滞留喷洒）降低了携带 pfhrp2 缺失的恶性疟原虫（调整后的相对风险比 [aRRR] = 0.3；95% CI = 0.1 – 1.0）和携带完整 pfhrp2 基因的恶性疟原虫（aRRR = 0.4；95% CI = 0.2 – 1.1）的相对感染风险。总之，我们的研究结果强调，在印度朝着 2030 年消除疟疾的目标迈进之际，需要替代的诊断目标和工具。
基于自动 QSAR 的主动学习对接，用于鉴定恶性疟原虫 Hsp90 的潜在抑制剂作为抗疟药物
疟疾主要由恶性疟原虫引起，仍然是一个严重的公共卫生问题，因此需要开发新的抗疟药物。恶性疟原虫热休克蛋白 90 (Hsp90) 对寄生虫的生存不可或缺，也是一种很有前途的药物靶点。针对 N 端结构域的 ATP 结合口袋的抑制剂具有抗疟原虫作用。我们提出了一种从头主动学习 (AL) 驱动的方法，结合对接来预测具有独特支架和对 PfHsp90 优先选择性的抑制剂。预测在 ATP 结合口袋处与 PfHsp90 结合并具有抗疟原虫活性的参考化合物被用于生成 10,000 种独特衍生物并建立自动定量结构活性关系 (QSAR) 模型。进行滑动对接以预测衍生物和从 ChEMBL 数据库获得的 15,000 多种化合物的对接得分。对模型进行反复训练和测试，直到最佳的基于 Kennel 的偏最小二乘 (KPLS) 回归模型达到收敛，该模型的训练集回归系数 R2 = 0.75，测试集的平方相关预测 Q2 = 0.62。使用诱导拟合对接和分子动力学模拟重新评分使我们能够优先考虑 15 种 ATP/ADP 类设计理念以供购买。这些化合物对恶性疟原虫 NF54 菌株表现出中等活性，IC 50 值为 ÿ 6 μ M，对 PfHsp90 表现出中等至弱亲和力（KD 范围：13.5–19.9 μ M），与报道的 ADP 亲和力相当。最有效的化合物是 FTN-T5（PfN54 IC 50：1.44 μ M；HepG2/CHO 细胞 SI ÿ 29），它以中等亲和力（KD：7.7 μ M）与 PfHsp90 结合，为优化工作提供了起点。我们的工作证明了 AL 在快速识别用于药物发现的新分子（即命中识别）方面具有巨大实用性。FTN-T5 的效力对于设计物种选择性抑制剂以开发更有效的抗疟药物至关重要。
对疟原虫传播所必需的生育基因进行系统性筛查，揭示了不同真核生物性别的保守方面
Claire Sayers，1、2、3 Vikash Pandey，1、2 Arjun Balakrishnan，1、2 Katharine Michie，4 Dennis Svedberg，5、7 Mirjam Hunziker，1、2 Mercedes Pardo，6 Jyoti Choudhary，6 Ronnie Berntsson，5、7 和 Oliver Billker 1、2、8、* 1 瑞典分子感染医学实验室，于默奥大学，于默奥，瑞典 2 于默奥大学分子生物学系，于默奥，瑞典 3 新南威尔士大学生物医学学院，悉尼，新南威尔士州，澳大利亚 4 新南威尔士大学 Mark Wainwright 分析中心，悉尼，新南威尔士州，澳大利亚 5 于默奥大学医学生物化学和生物物理学系，于默奥，瑞典 6 癌症研究所研究，英国伦敦 Chester Beatty 实验室 7 瑞典于默奥大学瓦伦堡分子医学中心 8 主要联系人 *通信地址：oliver.billker@umu.se https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.10.008
恶性疟原虫分子监测为莫桑比克国家疟疾控制计划战略提供信息：协议
摘要 引言 疟疾分子监测有可能产生有关影响抗疟干预效果的生物威胁的信息。本研究旨在简化监测活动，为莫桑比克国家疟疾控制计划（2023-2030 年）控制和消除疟疾的新战略计划提供信息。 方法与分析 这项前瞻性基因组监测研究旨在生成恶性疟原虫基因数据，以监测由于 pfhrp2/3 缺失和抗疟药物耐药性分子标记导致的诊断失败，确定传播源并为莫桑比克即将引入的新型抗疟方法（化学预防和儿童疟疾疫苗接种）的实施提供信息。该研究将于 2024 年至 2026 年期间进行，将采用三种抽样方案：在该国 10 个省进行多集群概率卫生设施调查，以检测 pfhrp2/3 缺失和抗疟药物耐药性标志物；对南部旨在消除疟疾的代表地区的所有临床病例进行密集抽样，以确定疟疾输入特征和传播源；并在孕妇首次产前保健就诊时对她们进行疟疾检测，以评估疟疾负担和分子趋势。该研究采用多重扩增子测序方法，针对提供基因组多样性和相关性信息的微单倍型，以及关键的耐药性相关基因、pfhrp2/3 缺失和疟疾疫苗目标。关键基因组信息将以可视化方式显示在仪表板中，该仪表板集成到基于区域卫生信息系统 V.2 的疟疾信息存储系统中，供程序使用。伦理与传播该方案由莫桑比克国家伦理委员会 (Comité Nacional de Bioética para Saúde，编号：680/CNBS/23) 审查和批准。项目结果将使用研究专用手册向所有利益相关者展示，并发表在开放获取期刊上。试验注册号 NCT06529237。
出版商更正：疟原虫色素通过激活人类 iPSC 衍生的神经元中的 DNA 损伤、p38 MAPK 和神经退行性通路诱发疟疾
开放存取本文采用知识共享署名4.0国际许可证，允许以任何媒体或格式使用、共享、改编、分发和复制，只要您给予原作者和来源适当的信任，提供知识共享许可证的链接，并表明是否做了更改。本文中的图像或其他第三方资料包含在文章的知识共享许可证中，除非在资料的致谢中另有说明。如果资料未包含在文章的知识共享许可证中，并且您的预期用途不被法定规定允许或超出了允许的用途，您将需要直接从版权所有者处获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/。
疟原虫环子孢子蛋白，一种新型 NF-κB...
发表后，有人在 PubPeer 平台上对已发表图片的完整性表示担忧，特别是在图 2A 中发现了潜在的重复图片。随后，该稿件的作者联系了 POR 编辑部，要求更正有问题的图表。在作者提供原始数据后，主编认为文章的结论和断言没有得到所提供材料的结果的充分支持；因此，该文章已被撤回。此次撤回已得到 POR 主编的批准。作者收到了有关撤回的通知并有机会作出回应。出版商已记录此通信。
使用化学和遗传方法评估利什曼原虫肌醇磷酸神经酰胺合酶作为药物靶点
摘要：有效疫苗的缺乏和对当前治疗方法的耐药性的产生凸显了对新型抗利什曼原虫药物的迫切需求。鞘脂代谢被认为是利什曼原虫特异性靶点的有希望的来源，因为这些脂质是真核生物质膜的关键结构成分，并参与不同的细胞事件。肌醇磷酸神经酰胺 (IPC) 是利什曼原虫中的主要鞘脂，是 IPC 合酶 (IPCS) 介导的反应的产物。抗组胺药富马酸氯马斯汀已被确定为 L. major 中的 IPCS 抑制剂和体内强效的抗利什曼原虫。在这里，我们试图进一步研究这种化合物在更易处理的物种 L. mexicana 中的靶点，采用结合基因组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学技术以及分子和生化研究的方法。虽然数据表明对富马酸氯马斯汀的反应基本保持不变，但发现了鞘脂代谢以外的意外干扰。此外，虽然删除编码 Lmx IPCS 的基因在体外影响不大，但它确实影响了富马酸氯马斯汀的疗效，更重要的是，影响了体内致病性。总之，这些数据表明氯马斯汀确实抑制了 Lmx IPCS 并导致相关的代谢紊乱，但其主要目标可能在其他地方。关键词：利什曼原虫、肌醇磷酸神经酰胺合酶、富马酸氯马斯汀、多组学、CRISPR-Cas9、热蛋白质组学分析
分子对接筛选、计算机药物设计和 10-脒基苯并萘啶作为恶性疟原虫有效抑制剂的 ADME 预测
摘要：由于抗药性的不断出现和蚊媒的适应性，疟疾的管理和控制仍然具有挑战性。这需要不断发现有效的抗疟药物。恶性疟原虫的乳酸脱氢酶 (Pf LDH) 是寄生虫能量产生的重要催化剂。Pf LDH 是抗疟药物设计和发现的重要靶点，因为抑制它会导致寄生虫死亡。在本研究中，通过分子对接筛选了 15 种对氯喹敏感和氯喹抗性的恶性疟原虫菌株有效的 10-脒基苯并萘啶分子，以找到 Pf LDH 的主要抑制剂。化合物的结合亲和力范围为 -5.5 至 -7.8kcal/mol。对结合亲和力最高的化合物进行修饰，设计了九种新型 10-脒基苯并萘啶。设计的化合物对靶标具有更好的结合亲和力，范围从 -7.8 到 -8.8kcal/mol，其中四种化合物的结合亲和力优于 10-脒基苯并萘啶抗疟药 Pyronaridine。此外，通过计算机模拟预测了设计化合物的 ADME 特性，并使用 Lipinski 的五规则和 Veber 的二规则研究了它们的药物相似性。根据这些规则，化合物 D1、D2、D3、D4、D5 和 D8 是潜在的口服候选药物。化合物 D2、D3 和 D8 具有良好的结合亲和力和 ADME 特性，因此可以开发成针对 Pf LDH 的强效抗疟药。这项工作的结果可用于开发能够抑制 Pf LDH 的活性抗疟药。关键词：分子对接，10-脒基苯并萘啶，恶性疟原虫乳酸脱氢酶，ADME 特性，计算机药物设计 1. 简介 疟疾是世界热带和亚热带地区常见的一种传染病，在非洲很流行，2022 年全球 94% 的病例都发生在非洲 [1]。该地区疟疾负担最重的原因可能是卫生条件差，导致媒介（雌性按蚊）繁殖，从而将寄生虫（疟原虫）在人与人之间传播。根据世卫组织 2023 年世界疟疾报告，尼日利亚占全球疟疾病例和死亡人数的 27% 和 31%，是世界上疟疾病例和死亡人数最多的国家 [1]。恶性疟原虫
针对恶性疟原虫多样性和抗性的灵敏和模块化扩增子测序，用于研究和公共卫生
。CC-BY-NC 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 8 月 25 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.08.22.609145 doi：bioRxiv 预印本