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全基因组测序可以从单个子弹力的干血点标本
摘要：干斑（DBS）的收集促进了新生儿筛查，以了解世界各地医疗保健系统中各种罕见但非常严重的条件。可从DBS样品中取出不同大小（1.5–6 mm）的子拳头，以用作一系列生化测定的输入。DNA测序工作流中的进步允许直接从外周血，唾液和DBS等输入中生成全基因组测序（WGS）文库。我们比较了从直接从DBS生成的库获得的WGS指标与从外周血提取的DNA产生的库，这是这种类型的测定的标准输入。我们通过更改打孔号和大小作为测定的输入来探索DBS作为WGS的输入的灵活性。我们表明，WGS库可以从各种DBS输入中成功生成，包括单个3 mm或6 mm的冲孔，在检测基因变异的许多重要性指标中都观察到了同等的数据质量。我们观察到DBS和周围血管提取的DNA的性能在检测可能的病原基因变异的样品中，从患有囊性纤维化或苯基酮尿尿的个体中的样品中没有差异。wgs可以直接从DBS进行，这是快速发现临床相关的，疾病的基因变异的有力方法。
CRISPR/Cas9 介导的显性 COL6A1 致病变异的等位基因特异性破坏可改善患者成纤维细胞中的胶原蛋白 VI 网络
1 西班牙 Esplugues de Llobregat 08950，Santa Rosa 39-57，Institut de Recerca Sant Joan de Déu，神经肌肉疾病应用研究实验室，神经肌肉病理学科，神经儿科服务部； mariacarmen.badosa@sjd.es （CB）; alejandro.hernandez@uib.es（AH-D.）; daniel.natera@sjd.es（DN-dB）; carlos.ortez@sjd.es （科罗拉多州）; andres.nascimento@sjd.es（AN）; cecilia.jimenez@sjd.es (CJ-M.) 2 罕见疾病网络生物医学研究中心 (CIBERER), Av.西班牙马德里 28029 蒙福特德莱莫斯 3-5； matmorinro@yahoo.es （MM）; dgrinberg@ub.edu （总干事）； sbalcells@ub.edu （SB）； mopelayo@hotmail.com (M. Á .M.-P.) 3 Institut de Recerca Sant Joan de Déu, Santa Rosa 39-57, 08950 Esplugues de Llobregat, 西班牙； monica.roldan@sjd.es 4 遗传服务，Ram ón ny Cajal 大学医院，Ram ón ny Cajal 卫生研究所，Ctra。 Hive Old Km。 9,100, 28034 马德里，西班牙； sergio.fernandez@hrc.es 5 巴塞罗那大学生物医学研究所（IBUB）生物学院遗传学、微生物学和统计学系，巴塞罗那大学，Av. Diagonal 643, 08028 巴塞罗那，西班牙 6 共聚焦显微镜和细胞成像部门，遗传和分子医学服务中心，罕见病儿科研究所 (IPER)，Sant Joan de Déu 医院，Passeig Sant Joan de Deu, 2, 0895 通讯：通讯：lopez@sjd.es
TruSight 肿瘤学综合 - accessdata.fda.gov
– 如果肿瘤含量（按面积计算）低于 20%，则可能无法可靠地检测到体细胞驱动突变。 • 尚未评估 TSO Comprehensive 在接受器官或组织移植的患者样本中的表现。 • 尚未确定变异等位基因频率 (VAF) 低于 5% 的小 DNA 肿瘤分析变异的准确性。 • 仅在脑组织中确定了 RNA 中 EGFRvIII 剪接变异的准确性。 尚未确定其他组织类型中 EGFRvIII 的准确性。 • 已在细胞系中确定了插入 1-2 个碱基对和二核苷酸重复的检测限 (LoD) • 污染检测可能受以下因素影响： – 在高度重排的基因组中，存在缺失和杂合性缺失，TSO Comprehensive 软件可能会错误地
中学 - 指南 - 粮农组织知识库
家畜的改良以满足人类的需求取决于遗传变异——既包括品种内的变异，也包括品种间的变异。遗传变异是动物育种者的基本材料。正是这种变异被用来塑造我们的家畜物种以满足我们的需求，而变异的丧失将限制满足不可预测的未来需求的可用选项。虽然品种内变异的丧失不断通过引入新的变异来抵消（Franklin，1981；Hill 和 Keightley，1988），但以品种间差异形式出现的遗传变异无法轻易再生。每个品种或品系都是突变和遗传漂变的产物，也是单独的适应和进化的产物，通常经过许多世纪，气候、地方性寄生虫和疾病、可用营养和人类强加的标准施加了不同的选择压力。因此，每个品种都包含一组独特的基因。
hap1，一种使用CRISPR-CAS9
使用下一代测序（NGS）技术对复杂人类疾病（如癌症）的突变景观的表征发挥了作用。但是，尽管鉴定出疾病遗传变异的鉴定，但其功能尚未完全阐明，以便对患者护理产生明显的影响。单倍体人细胞模型已成为功能基因研究的首选工具，因为它们仅包含一个基因组副本，因此可以显示遗传变异的未掩盖表型。在过去的几年中，人类近二倍体细胞系HAP1已被广泛合并为功能遗传研究最喜欢的细胞系模型之一。它的快速营业额加上这样一个事实，即仅需要修改一个等位基因才能表达随后的所需表型，使该人类细胞系成为CRISPR-CAS9技术进行基因编辑的有价值的工具。本综述研究了使用CRISPR-CAS9系统在功能遗传研究和高通量遗传筛选中HAP1细胞系模型的最新用途。它涵盖了其用于开发新的和相关的疾病模型以进一步阐明基因功能的用途，并创建了新的方法来了解人类疾病的遗传基础。我们将涵盖在HAP1上使用CRISPR-CAS9技术的优势和潜力，以轻松，有效地研究基因功能的功能解释和人类单核苷酸遗传变异的识别NGS技术及其对临床实践和患者护理的变化的影响。
个性化抗高血压药物选择是否可行？
原发性高血压是一种复杂的多因素疾病过程，涉及中枢神经系统、心脏、血管、肾脏和内分泌机制网络，受到遗传和环境因素的影响。8 遗传因素对血压表型的影响包括单核苷酸变异，目前这种变异可解释估计的血压遗传率（30% 至 50%）的约 27%，但每个单核苷酸变异的贡献都很小，并可解释 SBP 表型变异的 5.7%。9 影响血压的其他因素包括环境诱导和健康的社会决定因素，它们相互作用并与个体的遗传背景相互作用，导致高血压。8 环境因素对血压的影响包括体重、有益心脏健康的饮食质量、钠和钾的摄入量、运动和酒精摄入量。 1,8,10健康的社会决定因素包括财富和收入、教育、职业和就业、医疗保健等。10
CRISPR 干扰克隆变异的富含 GC 的非编码 RNA 家族，导致恶性疟原虫中 var 基因普遍受到抑制
摘要 人类疟原虫恶性疟原虫利用 PfEMP1 编码 var 基因家族的互斥表达来逃避宿主免疫系统。尽管在分子层面上对默认沉默机制的理解取得了进展，但独特表达的 var 成员的激活机制仍然难以捉摸。富含 GC 的非编码 RNA (ncRNA) 基因家族与表达 var 基因的疟原虫物种共同进化。在这里，我们表明这个 ncRNA 家族以克隆变异的方式转录，当 ncRNA 位于活性 var 基因相邻和上游时，单个成员的主要转录发生。我们开发了一种特定的 CRISPR 干扰 (CRISPRi) 策略，可以抑制所有富含 GC 的成员的转录。缺乏富含 GC 的 ncRNA 转录导致环状期寄生虫中整个 var 基因家族的下调。令人惊讶的是，在成熟的血液阶段寄生虫中，富含 GC 的 ncRNA CRISPRi 影响了其他克隆变异基因家族的转录模式，包括所有 Pfmc-2TM 成员的下调。我们为富含 GC 的 ncRNA 转录在 var 基因激活中的关键作用提供了证据，并发现了与寄生虫毒力有关的各种克隆变异多基因家族的转录控制之间的分子联系。这项工作为阐明控制恶性疟原虫免疫逃避和发病机制的分子过程开辟了新途径。
利用遗传疾病中的端粒到端粒参考提高光学基因组图谱的分辨率
参考基因组是比较个人基因组以推断临床变异的基线标准。广泛使用的参考基因组 GRCh38 包含间隙和未解析的碱基，尤其是在复杂区域，这可能会影响变异的发现。相比之下，无间隙端粒到端粒 CHM13 (T2T-CHM13) 参考基因组可用于评估基因组的困难区域。光学基因组图谱 (OGM) 是一种用于结构变异识别的成像技术，与传统细胞遗传学方法相比，其分辨率有所提高。我们的研究展示了 T2T-CHM13 参考基因组在复杂区域中增强结构变异 (SV) 检测的实用性。我们通过两个临床病例说明了这一点，其中与 T2T-CHM13 的改进比对导致关键 SV 的置信度得分显著提高。我们展示了更新后的 T2T-CHM13 参考的临床诊断结果有所改善，并提倡采用它。
2024 年研究日 - 数字化计划
Roddy Walsh 博士是心血管和基因组学研究所的讲师，今年 10 月加入 City St George's。Walsh 博士研究遗传性心脏病的遗传病因，特别关注心肌病和心律失常综合征，这些疾病至少影响 1/200 的人，并可能导致年轻人心源性猝死和心力衰竭。他的研究重点是开发确定基因和变异致病性的方法，探索这些心脏病日益复杂的遗传结构 - 包括非罕见遗传风险变异的贡献、心脏病基因的显性和隐性范围以及通过基因组测序确定的罕见非编码变异的作用。Walsh 博士与世界各地的研究小组合作，重点研究研究不足的人群（埃及、泰国等）的基因组学研究。他在伦敦帝国理工学院完成了博士学位，研究肥厚性心肌病的遗传学，随后在荷兰阿姆斯特丹 UMC 工作。
表达数量性状基因座分析的简要指南
近几十年来，全基因组关联研究 (GWAS) 通过识别人类群体中存在的因果变异，增进了我们对疾病和复杂性状遗传基础的理解 ( Buniello 等人，2019 年；Visscher 等人，2017 年；Wang 等人，2022 年；)。为了揭示潜在机制并发现潜在的治疗靶点，人们越来越需要解释遗传变异的功能相关性 ( Cano-Gamez 和 Trynka，2020 年)。随着高通量测序技术的快速发展，越来越多的研究采用了综合方法，将遗传信息与各种分子表型相结合，例如基因表达、剪接、蛋白质丰度和染色质修饰/可及性。这些综合策略为分子数量性状基因座 (molQTL) 作图（ Aguet 等，2023）铺平了道路，这是一种强大的统计框架，可以识别与分子表型数量变异相关的基因座，从而深入了解遗传变异的功能后果。