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遗物物种Baronia Brevicornis的基因组学阐明了其人口统计学历史和跨燕尾蝴蝶的基因组大小的演变
coelacanth，Gingko，Tuatara等遗物是以前在生态和分类学上更多样化的谱系的残余物。它提出了为什么它们目前贫穷，生态限制并且通常容易灭绝的问题。估计杂合性水平和人口统计学历史可以指导我们对遗物物种的进化史和保护性的理解。然而，与脊椎动物相比，很少有研究重点是遗物无脊椎动物。我们对Baronia brevicornis（鳞翅目：木瓜科）的基因组进行了测序，该基因组是一种濒危物种，是所有燕尾蝴蝶的姐妹物种，是所有现存蝴蝶中最古老的谱系。从干燥的标本中，我们能够同时生成长阅读和短读数据，并作为男爵的基因组为406 MB的基因组。与其他燕尾黄油蝇相比，我们发现了相当高的杂合性（0.58％），这与其濒危和危险状态形成鲜明对比。考虑到重组与突变的高比例，人口统计学分析表明，在过去一百万年前开始的有效人口规模急剧下降。此外，男爵基因组用于研究乳头状科中的基因组大小变异。基因组大小主要是通过可转座的元素活动来解释的，这表明大基因组似乎是燕尾蝴蝶中的一个衍生特征，因为最近的可转座元素活动是最近的，并且涉及物种之间不同的可替代元素类。第一个男爵基因组提供了一种资源，用于协助旗舰和遗物昆虫物种的保护以及了解吞咽基因组进化。
从厌氧木质素中分离的 Sodalis ligni 菌株 159R
摘要 具有木质素解聚、分解代谢或两者兼有能力的新型细菌分离物可能与木质纤维素生物燃料应用有关。在本研究中，我们旨在识别能够解决微生物介导的生物技术所面临的经济挑战（例如需要曝气和混合）的厌氧细菌。利用从温带森林土壤中接种并在缺氧条件下以有机溶剂木质素作为唯一碳源进行富集的菌体，我们成功分离出一种新型细菌，命名为 159R。根据 16S rRNA 基因，该分离物属于 Bruguierivoracaceae 科的 Sodalis 属。全基因组测序显示基因组大小为 6.38 Mbp，GC 含量为 55 mol%。为了确定 159R 的系统发育位置，使用 (i) 其最亲属的 16S rRNA 基因、(ii) 100 个基因的多位点序列分析 (MLSA)、(iii) 49 个直系同源群 (COG) 结构域簇和 (iv) 400 个保守蛋白质重建了它的系统发育。分离株 159R 与枯木相关的 Sodalis 行会密切相关，而与采采蝇和其他昆虫内共生体行会关系较弱。估计的基于基因组序列的数字 DNA-DNA 杂交 (dDDH)、基因组保守蛋白质百分比 (POCP) 以及 159R 与 Sodalis 进化枝物种之间的比对分析进一步支持分离株 159R 属于 Sodalis 属的一部分和 Sodalis ligni 的一个菌株。我们建议将之命名为 Sodalis ligni str。 159R (=DSM 110549 = ATCC TSD-177)。
关于意识的各种问题
心理学 110 2006 年秋季 关于意识的各种问题 1. 什么是意识？花几分钟时间思考一下意识的定义特征或要求是什么。 （在回答下一个问题之前回答这个问题会更有趣。如果您改变主意了，可以回来回答——但是在回答下一个问题之前，试着想出一些答案。） 2. 我记得我 2 岁左右之前的事情很少。那段时间我有意识吗？我怎么知道的？ 3. 狗有意识吗？你为什么这么认为？ 4. 问题 3 中假设的狗身上的跳蚤有意识吗？跳蚤的行为与你对前面几个问题的回答相比如何？ 5. 大多数花都向着光生长。有些甚至会移动并“吃掉”动物（例如捕蝇草）。它们有意识吗？ 6. 不久前，一台计算机在国际象棋中击败了加里卡斯帕罗夫（现任世界冠军）。其他计算机可以学习、“观察”和模拟其他人类行为。这些计算机中有具有意识的吗？如果没有，计算机将来有可能具有意识吗？ 7. 本讲义的背面列出了关于意识的三种不同观点。请一名小组成员代表每种观点（如果您不这么认为也没关系）进行小组讨论。尝试就哪种观点最有说服力达成一致。写下来并说明您认为这是最佳选择的原因。 8. 举一些“无意识”心理过程的例子。 9. 无意识过程会影响行为吗？请举出您能想到的任何例子。 10. 感知需要意识吗？潜意识感知存在吗？
TSH和CTBP相互作用坐标果蝇眼发育
保守转录因子的不同组合调节眼睛前体细胞的分裂，然后在果蝇（果蝇）幼虫前体组织中诱导感光细胞规范，称为眼盘。在第三龄幼虫寿命中，由凹入细胞层制成的形态发生沟（MF）起源于眼盘后缘，并朝着眼盘前侧传播。MF前面的细胞处于增殖阶段，其后部细胞开始分化为感光体。分化的视网膜细胞形成果蝇中化合物成年眼睛的单位。先前的研究表明，锌指转录因子（TSH）促进了MF前方的细胞分裂。C末端结合蛋白（CTBP）是一种保守的转录共抑制剂，可限制眼盘中的细胞分裂。有趣的是，我们的免疫沉淀分析表明，TSH和CTBP分子在眼盘中相互作用。因此，我们的研究目标是确定分子相互作用是否与果蝇中的眼睛发育途径相关。我们已经开发了蝇菌株，在MF前部的分裂细胞中TSH＆CTBP过表达。结果，我们发现苍蝇中没有TSH过度表达的苍蝇中没有或微小的成年眼睛，并且在CTBP过表达的苍蝇中出现了微妙的较大的成年眼。接下来，我们计划通过过度表达TSH＆CTBP来评估其相互作用对眼表型的影响来制作双突变体。结果将有助于确定由TSH和CTBP调节的眼睛发育过程。
昆虫基因组编辑：CRISPR 技术及其前景
摘要 ：昆虫是最大的动物群之一，由于其多样性、在农业和家庭手工业中的经济意义以及作为传粉者和各种疾病媒介的生态功能而发挥着至关重要的作用。遗传学的重大进步为许多昆虫物种的基因身份和序列提供了大量信息。这些遗传资源促进了旨在开发改良遗传性状的基因组编辑研究。昆虫不育技术（SIT）就是这样一种策略，它已有效地用于北美的螺旋蝇，并继续用于管理昆虫害虫。通过 RNA 干扰（RNAi）进行的基因沉默是模型昆虫研究中的基本基因组工具，也已应用于各种生物学研究。然而，它在害虫中的效率各不相同，限制了它的广泛使用。其他基因编辑方法包括使用锌指核酸酶 (ZFN) 和转录激活因子样效应物核酸酶 (TALEN) 诱导 DNA 中的双链断裂 (DSB)，从而刺激目标序列的非同源末端连接或同源定向修复。最近，CRISPR/Cas9（成簇的规律间隔短回文重复序列/CRISPR 相关蛋白 9）系统已迅速成为跨多个领域的变革性基因组编辑方法，包括农业、昆虫抗性管理、环境安全、人类健康和工业。本文概述了昆虫中使用的各种基因组编辑技术，特别关注尖端 CRISPR/Cas 系统的应用和未来潜力，该系统有望超越其他基因组编辑方法。
棉叶卷曲病毒遗传学研究的回顾
文章历史记录：24-045收到：20024年5月12日修订：21-JUL-20124被接受：2024年7月27日，摘要Clcuv是对全球棉花生产的威胁。棉花叶卷曲疾病是中国，巴基斯坦，印度，菲律宾和泰国等棉花生产国的风险。该病毒负责降低产量，以及骨数量及其体重的减少以及植物尺寸的总体减少。clcud是由单核病毒以及Alpha和Beta卫星引起的。有许多Clcuv菌株，例如棉叶卷曲的Kokhran病毒（Clcukov），棉叶卷曲的Alabad病毒（Clcualv），棉花叶卷卷拉贾斯坦病毒（Clcurav），棉质叶卷曲curl Multan病毒（clcumuv），棉质叶叶curl gezir gezira virus。粉虱，bemisia tabaci负责Clcud的转移。可以进行无数的测量，以最大程度地减少病毒对棉花植物的影响，去除替代寄主，早期播种，使用适当的肥料来健康植物生长，农药消除有害生物的种群（白蝇）。还设计了一些遗传学和生物技术方法来控制和发展对病毒的抗性。此外，可以通过CRISPR-CAS技术通过病原体衍生的抗性或基因编辑来产生转基因品种来产生抗性。将来，我们将能够生产具有更好抵抗疾病和更好产量的新植物品种。在本综述中讨论了Clcuv蔓延所涉及的遗传成分，其向量，传播，受影响区域，不同的菌株和管理策略。关键词：clcuv，遗传成分，α-卫星，β卫星，bemisia tabaci，管理
提高基因组技术和临床意识会加速发现与疾病相关的串联重复序列
破译非编码基因组的调节功能是现代生物学的巨大挑战。模型物种长期以来一直处于生物发现和生物医学创新的最前沿，但是我们对顺式调节逻辑的了解仍然不完整（Manolio等人。2017）。许多重要的问题 - 主要：我们应该如何以组织特异性的方式变异蝇剂以改变其活性？哪些小鼠疾病基因的调节变体功能性？我们如何预测地编辑ge-Nome来有效指导实验？回答这些问题需要解释任何基因组变体的特定效应，包括对染色质状态，组蛋白修饰和转录因子（TFS）的结合的变化。在整个基因组变异范围内应对这一挑战需要从实验研究（例如CHIP-SEQ数据）中概括以了解调控代码，从而可以预测任何基因组变体的效果。这些影响必须在特定的文本中预测，包括发育阶段，细胞和组织类型以及药物治疗。模型生物的现有方法未达到这个目标。一种常见的方法是扫描具有位置重量矩阵的高度保守的结合位点。然而，这种主题的上下文信息有限，并且未能考虑经常描绘组蛋白标记或征用访问性的多个相互作用因素（Zhou and Troyanskaya 2015; Wagih等>2018）。2015; Avsec等。2021）。相反，基于序列的深度学习模型已成功地用于人类基因组学中，以从大规模测序数据中学习这种特定于文本的顺式调节代码，而无需使用手工设计的功能。特别是，这些模型中使用的许多连续的卷积层使它们可以学习相对复杂的主题，我们认为它们之间的相互作用（Lecun等人。这种灵活性，结合了允许这些模型的效率
烟碱乙酰胆碱受体α6通过果蝇中的IMD途径有助于抗病毒免疫
摘要：目前，靶向烟碱乙酰胆碱受体（NACHR）的杀虫剂已被广泛使用。对杀虫剂的杀伤力作用的研究发现，它们可以影响昆虫的病毒量。杀虫剂影响昆虫病毒负荷的机制尚不清楚。在这里，我们表明靶向杀虫剂的NACHR可以通过免疫缺陷（IMD）途径影响病毒复制。我们证明，低剂量的尖型（6.8 ng/ml），充当果蝇的拮抗剂，是果蝇的拮抗剂烟碱乙酰胆碱受体α6（Dα6），显着升高了成年成年成年型成年型成人乳糖质滴虫的drosophilophila sigmavirus（dmelophila melanogaster）。相反，高剂量的Spinosad（50 ng/ml）充当Dα6的激动剂，大大降低了病毒载量。在Dα6 -Knockout Flies中不存在这种病毒水平的双向调节，这表示Spinosad作用通过Dα6的特异性。此外，Dα6的敲低导致IMD途径中基因表达降低，包括Dredd，IMD，Resish和下游抗菌肽基因ATTA和ATTB，表明先天性免疫反应降低。随后的研究表明，温和蝇与Dα6-柔软的双突变体之间的病毒滴度没有显着差异，这表明IMD途径在抗病毒防御中的作用取决于Dα6。总的来说，我们的发现阐明了NACHR信号传导与IMD途径之间的复杂相互作用，从而介导抗病毒免疫，突出了nachR靶向化合物的潜力，以无意中影响昆虫宿主中的病毒动力学。这些知识可能会为综合的害虫管理策略的发展提供信息，这些策略考虑了杀虫剂使用的更广泛的生态影响。
先天免疫响应转录因子可爱...
共济失调是一种罕见的人类疾病，意味着没有协调。是由A-T基因的突变引起的，A-T基因是导致激酶的EN编码的。Purkinje和颗粒神经元在小脑中逐渐退化，影响手指，手臂，腿部，言语，听力和眼睛以及视线。共济失调可以是遗传性的或零星的。有七种类型的共济失调，其症状各不相同，但具有关于身体运动缺乏协调性和弱化的IM Mune系统的共同点，使该人容易受到许多疾病和早期死亡的影响。共济失调的人的预期寿命最早可能是20多岁的或60多岁的，尽管他们的生活很常见。对共济失调知之甚少，并且无法治愈这种轻松的方法。围绕协调丧失的治疗是基本的，因为它仅限于使用自适应辅助装置，并且需要采取多种类型的药物来治疗每种症状，例如分别进行语音，抑郁，震颤等。atm（ataxia telangiectasia突变）是果蝇中必不可少的果蝇蝇基因，代码与人类中的激酶结构相似。它在氧化应激，免疫力，DNA损伤控制，RNA生物发生等中起关键作用。了解A-T中神经退行性的潜在病理，果蝇Melanogaster被用作本研究的模型生物。研究人员使用了对温度敏感的ATM等位基因（ATM8）和RNA干扰（RNAI），以有条件地使神经胶质细胞中的ATM失活。因此，有三个主要实验组：纯合子ATM8突变体（ATM8），杂合子ATM8突变体（ATM8/+）和repo-ATMI（敲低）。这些表型激活了神经胶质细胞中的先天免疫反应，从而在阿尔茨海MER病的苍蝇模型中引起感光细胞神经退行性，这表明先天免疫反应（IMD和TOLL途径）激活与神经变性之间存在致病关系。
PLOS ONE - ARCA – Fiocruz
白蛉亚科 (Phlebotominae) 是由对公共卫生至关重要的昆虫组成的。使用分子分类学等互补工具对于种间划界和/或发现隐秘物种是必不可少的。在此，我们评估了 DNA 条形码工具在巴西亚马逊西南部识别不同物种方面的应用。为此，我们在巴西阿克里州巴西利亚市 BR-317 高速公路沿线的森林碎片中收集了白蛉。使用细胞色素 c 氧化酶亚基 I ( COI ) 基因片段对样本进行 DNA 条形码编码。分析序列以生成 K2P 成对遗传距离和邻接树。还使用自动条形码间隙发现 (ABGD) 方法将白蛉条形码聚类为分子操作分类单元 (MOTU)。共生成了 59 个 COI 序列，包含 22 个名义物种和 10 个属。其中，11 个物种之前未曾测序过，因此对科学来说是新的 COI 序列。种内遗传距离在 0 到 4.9% 之间，Pintomyia serrana 表现出最高的遗传距离值，此外还被划分为三个 MOTU。至于与最近邻居的距离，所有物种相对于最大种内距离都表现出更高的值，此外在邻里连接分析中形成了得到良好支持的聚类。DNA 条形码方法可用于对巴西阿克里州的沙蝇进行分子鉴定，并且可有效检测五个物种的隐蔽多样性，这可在未来的研究中使用综合方法予以证实。我们还为 Trichophoromyia auraensis、Nyssomyia shawi 和 Psychodopygus paraensis 生成了新的 COI 条形码，它们可能在巴西亚马逊地区利什曼原虫的传播中发挥作用。