Asteraceae是最大的被子植物家族,因其出色的药用,园艺和观赏价值引起了广泛的关注。然而,关于星形科植物的研究由于复杂的遗传背景而面临挑战。随着测序技术的持续发展,从星状科物种中积累了大量的基因组和遗传资源。这促使对这个多样化的植物群中对全面的基因组分析的需求。为了满足这种需求,我们开发了Asteraceae基因组学数据库(AGD; http://cbcb.cdutcm.edu.cn/agd/)。AGD充当集中和系统的资源,赋予了各种领域的研究人员,例如基因注释,基因家族分析,进化生物学和遗传育种。AGD不仅包含高质量的基因组序列和细胞器基因组数据,而且还提供了广泛的分析工具,包括BLAST,JBROWSE,SSR FINDER,HMMSEARZER,HMMSEARCH,HEMMAP,HEATMAP,PRIMER3,PLANTIMSISMASH和CRISPRCASFINDER。这些工具使用户能够方便地查询,分析和比较各种星际科中的基因组信息。AGD的建立在推进Asteraceae基因组学,促进遗传育种并通过为研究人员提供全面且用户友好的基因组资源平台来维护生物多样性方面具有巨大的意义。
1 Dulal Borthakur,美国夏威夷大学马诺阿分校分子生物科学与生物工程系,1955 East-West Road,檀香山,HI 96822,美国 2 密歇根理工大学森林资源与环境科学学院,霍顿,MI 49931,美国 3 哥廷根大学森林科学与森林生态学院森林遗传学与林木育种系,Büsgenweg 2,37077 哥廷根,德国 4 北京林业大学生物科学与技术学院国家林木育种与生态修复工程研究中心,北京 100083,中国 5 北卡罗来纳州立大学树木改良合作计划,罗利,NC 27695,美国 6 庆熙大学植物与环境新资源系,1732 Deogyeong-daero,龙仁 17104,韩国东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室,哈尔滨 150040 8 中国林业科学研究院林木遗传育种国家重点实验室,北京 100093 9 瑞典于默奥大学于默奥植物科学中心生态与环境科学系,于默奥 90187 10 黑龙江大学生命科学学院,哈尔滨 150080 11 中南林业科技大学经济林木培育与保护教育部重点实验室,湖南长沙 410004 所有作者的贡献相同,并按姓氏字母顺序列出,通讯作者除外。 * 通讯作者,电子邮件:hairong@mtu.edu
自然系统和其他环境变化的持续退化使我们的社会在我们与地球的未来关系方面处于十字路口。虽然一种健康的概念描述了人类健康与环境健康之间的联系是如何联系起来的,但其中许多复杂的相互依存关系仍然没有得到很好的理解。在这里,我们描述了实时基因组分析的出现如何使一个健康受益,以及它如何使及时,深入的生态系统健康评估。我们将纳米孔测序引入了目前允许实时基因组分析的唯一破坏性技术,并且已经在全球范围内用于改善基因组测序的可访问性和多功能性。我们展示了有关人畜共患病,粮食安全,环境微生物组,新兴病原体及其抗菌素抗性的实时基因组研究,以及环境健康本身(从为野生动物保护的基因组资源创造到监测生物多样性,入侵性物种,侵入性物种和野生动物的贩运。我们强调为什么在一个健康的背景下公平访问实时基因组学的途径将是少年,并讨论相关的实用,法律和道德局限性。
目前,科学进步众所周知,癌症(癌症)是由于体细胞基因组突变而发生的,这是由于遗传和各种环境因素突变创建与原始蛋白不同的异常蛋白质,导致异常癌细胞并成长为癌症已经扩展,扩散到各种器官,导致患者死亡这种意识是人类基因组项目的一部分,该项目始于 div>1986,并在 div>中成功成功教授 div>2003在支持下能源部国家卫生办公室美国和国际合作,被用作参考基因组序列,这将有助于了解完成所有癌症乳腺癌是一个公共卫生问题全世界的重要国家乳腺癌基因组于2017年出版。教授 div>2012和5月 div>教授 div>255 8之后,在药物和新治疗的开发中都有许多持续研究,以区分患者。和更准确的预后
治疗用品管理局 (TGA) 已采纳欧洲药品管理局指南,使用药物基因组学方法评估药物,这些指南与澳大利亚产品信息相对应。市场上有许多药物基因组学测试。如果要广泛使用这些技术,则需要制定法规,包括处方指南、测试和使用标签。在澳大利亚,少数药物基因组学测试可享受医疗保险退款。有关特定药物基因组学测试的实用性的更多信息,请访问 PharmGKB 网站。
课程名称 临床基因组学基础 学期 2024 年春季 先修和共同必修课程 无 课程负责人 Carolyn Applegate,MGC,CGC 遗传咨询师经理 电子邮件:cdapplegate@jhmi.edu 课程网站 https://jhu.instructure.com/courses/58618 课程描述 本课程提供遗传助理在实验室或诊所工作时使用的遗传学基本背景和工具。主题包括过去和现在遗传对医疗保健的贡献概述、细胞生物学和遗传学、基因检测技术和应用以及临床遗传服务。本课程将以对遗传和基因组学固有的流行文化和道德考虑的讨论结束。本课程旨在概述生物学、医学、基因检测和遗传咨询的各种概念,以便学生掌握背景知识来了解他们特定工作职责。 课程目标 在本课程结束时,您应该能够:
豆科植物是人类饮食的重要组成部分,为牲畜提供饲料,并通过生物固氮补充土壤肥力。全球对食用豆科植物的需求正在增加,因为它们可以补充谷物的蛋白质需求,并且具有很高的可消化蛋白质百分比。气候变化增加了干旱胁迫的频率和强度,对生产造成了严重的限制,尤其是在生产大多数豆科植物的雨养地区。在过去的半个世纪里,豆科植物的遗传改良与其他作物一样,主要基于谱系和基于性能的选择。为了在雨养条件下更快地实现豆科植物的遗传增益,本综述提出了将现代基因组学方法、高通量表型组学和模拟建模相结合,以支持作物改良,从而产生具有适当农艺性能的改良品种。选择强度、世代间隔和育种操作效率的提高有望进一步提高实验地块的遗传增益。改善农民的种子获取途径,再加上农民田地中适当的农艺方案,将带来更高的遗传增益。增强遗传增益,不仅包括生产力,还包括营养和市场特性,将提高农业的盈利能力和负担得起的营养食品的供应,特别是在发展中国家。
基因组注释是一项具有挑战性的工作,其目的不仅是描述蛋白质编码和非编码基因目录,还包括参与基因表达调控、维持基因组完整性和跨代基因组传递的其他功能元件。最近的技术发展通过提供转录、翻译、染色质状态和三维构象等的大规模评估,极大地改进了注释过程。因此,可以轻松获得各种生化活动的全基因组图谱。然而,生化活性并不等同于生物功能,许多活性基因组元件实际上可能是可有可无的。基因组编辑技术可以更直接地测试生物功能,但仍然成本高昂、耗时,并且在很大程度上局限于可以在实验室中观察到的表型。在这种情况下,进化方法对于功能基因组注释来说是一项重要的资产,它可以识别在净化选择下保留现有功能的基因组区域,或在获得新生物学角色后在正向选择下保留的基因组区域。虽然进化分析无法确定精确的生物学功能,但它们可用于测试多个层面的功能,通过评估对初级 DNA 或 RNA 序列、二级 RNA 结构、转录水平或模式、转录因子结合位点等的选择压力。。。在这里,我回顾了系统基因组学方法对基因组注释的已证实和潜在贡献,重点关注如何将这些方法与分子生物学和遗传学的见解相结合,以提供功能基因组景观的全面图像。
生物医学基因组学分析插件主要用于癌症和疾病研究,以分析下一代测序 (NGS) 数据。生物医学基因组学分析插件提供各种专业工具、人类和模型物种的参考数据以及全面的模板工作流程集合,涵盖从初始数据处理和质量保证到数据分析、注释和报告的所有步骤。
药物基因组学研究、功能后果不明的罕见变异的药物基因组学复杂性、环境 / 营养因素的影响以及世界各地人口的多样性。在这方面,药物遗传学和药物基因组学 (PGx) 是旨在为患者制定个性化治疗方案的新兴领域。这两个学科的目标有重叠,后者比前者更新、更广泛。药物遗传学主要关注可能影响药物反应的单个基因变异(基因-药物对),而药物基因组学则关注所有基因(基因组)如何与药物作用相互作用 [1]。临床研究证明,药物基因组学检测在提高患者用药依从性方面具有成本效益,从而减少了因药物不良反应而入院的人数 [2、3]。此外,近年来,一个新的有前途的领域致力于研究环境因素如何影响与药物反应相关的基因的差异表达;这个新领域被称为药物表观遗传学[ 4 ]。在本章中,我们重点介绍这些领域的基本概念和里程碑。