XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System基因
没有证据表明T1190中意外的转基因插入 - 用于快速周期育种的转基因苹果 - 遵循整个基因组测序
快速循环繁殖使用转基因早期流动植物，作为杂种父母，促进了多年生作物的繁殖繁殖计划的缩短。使用表达银桦树的BPMADS4基因的转基因基因型T1190建立了苹果的快速周期育种。在这项研究中，T1190及其非转基因的野生型引脚（F1-Offspring'pinova'和'iDared'的F1-OffSpring通过Illumina短阅读测序在两个单独的实验中进行了测序，导致T1190和167×PIS的平均测序深度为182×。测序显示8,450次读取，其中包含≥20bp的序列与植物转化载体相同。这些读数被组装成125个重叠群，检查了它们是否包含转基因插入或不使用五步程序。一个重叠群的序列表示T1190染色体4上已知的T-DNA插入。其余重叠群的序列在T1190和销钉中同样存在，它们具有与载体序列身份的部分同样存在于Apple参考基因组中，或者它们似乎是由内生污染而不是其他转基因插入的。因此，我们得出的结论是，转基因苹果植物T1190仅包含一个位于4号染色体上的转基因插入，并且没有进一步的部分插入转换载体。
分析方法用于基于重组腺相关病毒的基因疗法的过程和产品表征
优化具有一致质量的重组腺相关病毒（RAAV）的上游和下游过程取决于快速介绍关键质量属性（CQAS）的能力。在RAAV产生的背景下，将病毒滴度，衣壳含量和聚集鉴定为潜在的CQA，影响RAAV介导的基因治疗产物的效力，纯度和安全性。 测量这些属性的分析方法通常会遭受较长的周转时间或较低的吞吐量来开发过程，尽管快速，高通量方法开始开发和商业化。 这些方法在学术或工业实践中尚未确定，并且很少数据。 在这里，我们审查了对Raav质量量化的量化和即将到来的分析方法。 此外，我们确定从传统方法过渡到新方法的关键挑战是后者缺乏学术和工业经验。 本文献综述为选择质量属性的分析方法提供了ASA指南，以在RAAV介导的基因疗法的过程开发过程中快速，高通量过程表征。将病毒滴度，衣壳含量和聚集鉴定为潜在的CQA，影响RAAV介导的基因治疗产物的效力，纯度和安全性。测量这些属性的分析方法通常会遭受较长的周转时间或较低的吞吐量来开发过程，尽管快速，高通量方法开始开发和商业化。这些方法在学术或工业实践中尚未确定，并且很少数据。在这里，我们审查了对Raav质量量化的量化和即将到来的分析方法。此外，我们确定从传统方法过渡到新方法的关键挑战是后者缺乏学术和工业经验。本文献综述为选择质量属性的分析方法提供了ASA指南，以在RAAV介导的基因疗法的过程开发过程中快速，高通量过程表征。
基因治疗和基因组编辑的标准
Judith 是 FDA、CBER 组织和先进疗法办公室 (OTAT) 的国际监管专家。她在 OTAT 的主要职责是促进细胞、组织和基因疗法监管要求的国际协调，并领导 OTAT 监管产品的标准制定活动。在标准方面，她与国家标准与技术研究所和标准协调机构密切合作，以促进先进疗法的标准制定。她代表 FDA 参加 ISO 技术委员会 276、生物技术、ASTM F04 组织工程产品委员会和肠外药物协会标准委员会。她在国际监管要求协调方面的工作包括担任国际药品监管机构计划细胞治疗工作组和基因治疗工作组的秘书处。她是亚太经合组织监管协调小组委员会先进疗法优先工作领域的联合主席，并担任东北大学监管卓越中心和杜克大学医学院-新加坡国立大学监管卓越计划的教员。
共同基因组团结以改善全球健康平等
本文强调了在逻辑上流行的逻辑和扩大人类基因组编辑实践之间的两个关键异步，这阻碍了将新技术的有效转换为公共物品的有效和有序的转换。首先是许多非西方国家所采用的“基因组主权”框架，这些国家可能会加剧全球研究中的数据偏见，并将政策关注远离实现非歧视性和公平性基因组医疗所需的必要结构变化。另一个是参与“大规模科学”的全球缺乏效率：规范新的社会利益组合的挑战，这些挑战通常在传统机构之外，并由“政策购物”提供了争议或实验性研究。这两个问题都表明，基因组研究并不代表一个定义的科学共享，而是一个需要主动“共同”的领域，目的是促进基因组团结，以协调在国家边界内部和跨国家边界内的负责任研究。
合成基因优化的计算工具
1. 易用性：咨询非技术学者，了解他们对每种工具的熟悉程度 2. 程序操作系统：多个操作系统上的程序分别在每个操作系统上进行测试。仅列出可运行的操作系统 3. 维护/更新：这些程序是否仍在更新也通过文档注明
通过合成生物学和基因组工程增强噬菌体疗法
目前，噬菌体的抗菌和治疗效果有限，主要是由于噬菌体抗性的快速出现以及大多数噬菌体分离株无法结合和感染多种临床菌株。在这里，我们讨论了如何通过基因工程的最新进展来改进噬菌体疗法。首先，我们概述了如何设计受体结合蛋白及其相关结构域以重定向噬菌体的特异性并避免抗性。接下来，我们总结了如何将噬菌体重新编程为原核基因治疗载体，以递送抗菌“有效载荷”蛋白（例如序列特异性核酸酶）以靶向复杂微生物群中的特定细胞。最后，我们描述了大数据和新型人工智能驱动的方法，这些方法可能会指导未来改进合成噬菌体的设计。
花粉数量和核糖体基因表达在花粉数量减少 1 基因的基因组编辑突变体中发生改变
花粉粒的数量在物种内和物种间存在差异。然而，与雄蕊细胞分化方面的研究相比，人们对这一数量性状的分子基础知之甚少。最近，通过拟南芥的全基因组关联研究，分离出了第一个负责花粉数量变异的基因 REDUCED POLLEN NUMBER1 (RDP1)，并表现出自然选择的特征。该基因编码酵母 Mrt4 (mRNA 转换 4) 的同源物，它是大核糖体亚基的组装因子。然而，没有进一步的数据将核糖体功能与花粉发育联系起来。在这里，我们使用标准 A. thaliana 登录号 Col-0 表征了 RDP1 基因。由 CRISPR/Cas9 产生的移码突变体 rdp1-3 揭示了 RDP1 在开花中的多效性作用，从而表明该基因是花粉发育以外的多种过程所必需的。我们发现，天然的 Col-0 等位基因导致 Bor-4 等位基因的花粉数量减少，这是通过定量互补测试评估的，该测试比转基因实验更敏感。结合通过序列比对确定的 Col-0 中的历史重组事件，这些结果表明 RDP1 的编码序列是导致自然表型变异的候选区域。为了阐明 RDP1 参与的生物学过程，我们进行了转录组分析。我们发现负责核糖体大亚基组装/生物合成的基因在差异调控基因中富集，这支持了 rdp1-3 突变体中核糖体生物合成受到干扰的假设。在花粉发育基因中，编码碱性螺旋-环-螺旋 (bHLH) 转录因子的三个关键基因（ABORTED MICROSPORES ( AMS )、bHLH010 和 bHLH089 ）以及 AMS 的直接下游基因在 rdp1-3 突变体中下调。总之，我们的结果表明核糖体通过 RDP1 在花粉发育中发挥特殊功能，RDP1 含有受选择的天然变体。
基因工程的现象学研究
CRISPR 及其应用 目前，CRISPR 是基因工程领域的一项革命性实践，由于其在生物医学研究中的长期影响尚不确定，因此主要局限于临床研究。CRISPR 是成簇的规律间隔回文重复序列的缩写，是一种基因编辑技术，可让研究人员纠正基因组中的错误。该过程可以快速、廉价且相对精确地打开或关闭细胞和生物体中的基因（Redman，2014）。然而，虽然这个概念看似简单，但执行起来却要复杂得多。例如，研究人员最近尝试编辑影响血细胞并且最常与镰状细胞性贫血相关的 β 珠蛋白 (HBB) 基因。他们使用 CRISPR/Cas9 作为“分子剪刀”，以 HBB 为目标切割单链 DNA 的特定部分，从而创建没有突变的基因的纠正副本。在研究人员尝试编辑的 86 个胚胎中，只有 4 个成功了。研究人员还发现，分子剪刀剪断了研究人员从未打算触及的其他基因（Saey，2015）。除了雷德曼的研究，她还强调，临床研究已经证明了 CRISPR 能够修复小鼠体内有缺陷的 DNA，从而有效治愈它们的遗传疾病。这一成功表明，在人类胚胎中进行类似修改的潜力。除了纠正基因突变外，CRISPR 还被用于各种临床应用，包括用于治疗癌症和其他疾病（如杜氏肌营养不良症 (DMD) 和血红蛋白病）的基因疗法（雷德曼，2014）。虽然 CRISPR 前景广阔，但也存在重大风险。CRISPR 的意外后果