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慢性淋巴细胞白血病的多组学水平
慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 是一种淋巴增生性恶性肿瘤，其特征是功能成熟但不健全的 B 细胞增殖。它是西方人群中最常见的白血病类型，约占新发白血病病例的 25%。尽管最近的进展（例如依鲁替尼和维奈克拉治疗）改善了患者的前景，但侵袭性 CLL 形式（例如 Richter 转化）仍然是一项重大挑战。这种差异可能是由于在多组学水平上导致 CLL 发展的因素存在异质性。然而，关于 CLL 组学的信息是零散的，阻碍了基于多组学的潜在治疗方案研究。为了解决这个问题，我们在这篇综述中汇总并介绍了该疾病各个组学水平的一些重要方面。本文献分析的目的是从不同的组学水平描述 CLL 研究的例子，包括基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、蛋白质组学、表观蛋白质组学、代谢组学、糖组学和脂质组学，以及通过多组学方法确定的研究。该综述包括 102 个 CLL 相关基因及其相关基因组学信息。虽然单组学研究产生了大量有用的数据，但它们忽略了疾病中存在的大量复杂生物相互作用。由于多组学研究整合了几个不同的数据层，它们可能更适合 CLL 等复杂疾病，并且迄今为止已经取得了令人鼓舞的结果。未来的多组学研究可能有助于临床医生根据 CLL 亚型改善治疗选择，并允许识别新的生物标志物和治疗靶点。
措施混合物很重要：多组分植物保护是必不可少的，对于应对病原微生物的巨大基因组可塑性和突变率
谷物尚未被观察到，因为经典的R-基因是易于克服的。的确，病原体种群的大量基因组变异性可能是由可转座元素，高突变和重组率以及有丝质和梅西斯期间不正确的染色体分离引起的，共同导致迅速发展的新毒力表型感染了以前的抵抗植物（Mouller et and and and and and and 2017）。 如今，人们对植物发作过程中真菌和细菌病原体采用的分子机制已被充分了解。 植物表现出对大多数微生物的免疫力，由不同的耐药层介导。 与病原体相关的分子模式（PAMP）接触时，植物免疫系统的第一层被植物模式识别受体（PRR）激活，这对于病原体至关重要，因此可以使结构性不变的分子（例如壳聚糖和分支的β-葡聚糖luculucan fungulucan fungulucan fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fingal fungals fragments fragments fragments fragments或capterial flagellin of to nisty Inders of and pamp）激活。 由于pAMP识别而建立了PAMP触发的免疫力（PTI）。 然而，成功的病原体已经开发出了通过修饰细胞表面和pAMP暴露和/或通过分泌效应子来避免pAMP识别的机制（Oliveiragarcia and Valent 2015）。 对抗药性遗传学的分子理解的显着突破是Harold H. Flor的X射线诱变实验与异源性亚麻生锈菌菌孢子（Flor 1958），最终引起了基因基因假设。 这一假设表明微生物气相（AVR-）基因产物被植物识别2017）。如今，人们对植物发作过程中真菌和细菌病原体采用的分子机制已被充分了解。植物表现出对大多数微生物的免疫力，由不同的耐药层介导。与病原体相关的分子模式（PAMP）接触时，植物免疫系统的第一层被植物模式识别受体（PRR）激活，这对于病原体至关重要，因此可以使结构性不变的分子（例如壳聚糖和分支的β-葡聚糖luculucan fungulucan fungulucan fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fingal fungals fragments fragments fragments fragments或capterial flagellin of to nisty Inders of and pamp）激活。由于pAMP识别而建立了PAMP触发的免疫力（PTI）。成功的病原体已经开发出了通过修饰细胞表面和pAMP暴露和/或通过分泌效应子来避免pAMP识别的机制（Oliveiragarcia and Valent 2015）。对抗药性遗传学的分子理解的显着突破是Harold H. Flor的X射线诱变实验与异源性亚麻生锈菌菌孢子（Flor 1958），最终引起了基因基因假设。这一假设表明微生物气相（AVR-）基因产物被植物识别
多组扰动seq解锁对转录组和表观基因组的综合扰动效果的可扩展发现
单细胞CRISPR筛选将遗传扰动与转录状态联系起来，但是将这些诱导的变化与其调节基础相连的高通量方法受到限制。在这里，我们引入了多种颗粒式seq，扩展了单细胞CRISPR筛选，以同时测量扰动诱导的基因表达和染色质访问性的变化。我们在人RPE-1细胞中的13个染色质重塑剂的CRISPRI筛选中应用多个颗粒式seq，通过改进的方法通过捕获来自核RNA的条形码转录的改进方法，使SGRNA身份有效地分配到单核。我们将表达和可及性测量组织到描述扰动对细胞状态的综合效果的一致程序中，发现ARID1A和SUZ12敲低诱导了富含发育特征的程序。扰动的假次分析将可访问性的变化与基因表达的变化联系起来，突出了多模式pro填充的价值。 总体而言，我们的方法提供了一个可扩展的实现系统，以剖析调节逻辑基础细胞状态。扰动的假次分析将可访问性的变化与基因表达的变化联系起来，突出了多模式pro填充的价值。总体而言，我们的方法提供了一个可扩展的实现系统，以剖析调节逻辑基础细胞状态。
综合多组学分析以确定卵巢癌风险区域的遗传和功能机制
Eileen O. Dareng，2，141 Simon G. Coetzee，1，141 Jonathan P. Tyrer，4，141 Pei-Chen Peng，1，141 Will Will Will，3，141 Stephanie Chen，1，5 Brian D. Davis，1 5 Ver，12 Natalia N. Antonenkova，13 Gerasimos Aravantinos，14 Elisa V. Bandera，15 Laura E. Beane Freeman，16 Matthias W. Beeghly，17 Ali Beeghly，19岁，19岁，20 Marcus Q. Bernardini，Bernardini，21 Line line Bog bjorge，23 Amanda Blally，23 Amanda lata，23 Amanda，23 Amanda lat。 Ton，27 James D. Brenton，28 Agnieszka Budzilowska，29，Ralf I. Campbell，33 1，32 Rikki Cannioto，33 Jenny Chang-Claude，34，35 Stephen J. Chanock，16 Kexin Chen，16 Kexin Chen，36 Georgia Chenevia Anna F. 39，42 Joe Dennis，2 Jennifer A. Doherty，43 Thilo Dork，26 Andreas du Bois，44，45 Matthias Durst，46 Diana M. Eccles，47 Gabrielle Ene，Gabrielle Ene，21 Peter A. Giles，51，52，53 Marc T. Goodman，54 Jacek Gronwald，55 Christopher A. Haiman，56 Niclas HaLich Kansson，57 Florian Heitz，44，45，55 Hildebrand Kang，65，66 Beth Y. Karlan，67 Anthony N. Karnezis，68 Linda E. Kelemen，69
QIAGEN 推出全新文库制备试剂盒，助力多组学研究并推进精准医疗
研究人员还可以使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成仅含 DNA 或仅含 RNA 的文库。这是市场上第一款可兼容多种输入样本的 NGS 多模态试剂盒，包括血液、福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本和无细胞 DNA (cfDNA)。这在转化研究中尤其重要，例如在癌症研究中，可能会有不同类型的样本。该试剂盒灵敏度高，可检测 DNA 和 RNA 稀有变异。使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成的 DNA 和 RNA 文库可直接与不同的测序平台兼容，例如 Illumina 仪器和 Element Aviti，并且可以通过增加转换步骤在其他测序仪上进行测序（Complete Genomics/MGI、Singular Genomics 和 Ultima Genomics）。
多组分脂质乳液对极低出生体重婴儿脑容量的影响
在生命的早期优化营养的早期营养中的抽象目的是衰减早产的不良神经系统后果并有可能改善神经发育结果的关键机会。我们假设在肠胃外营养（PN）中使用多组分脂质乳液（MLE）与在极低的出生体重（ELBW）婴儿中等效年龄（TEA）的脑磁共振上的小脑脑磁共振上的较大体积有关。研究设计，我们分析了妊娠28周的早产儿和/或出生体重<1,000 g在我们以前的试验中随机分配的一群早产儿中的大脑磁共振成像（MRI），以接受MLE或大豆基脂质乳液（SLE）。该研究的主要结果是小脑体积（CEV），该小脑体积（CEV）是在茶中获得的MRI。次要结果包括总脑体积（TBV），上重量，脑干量和CEV校正了在TEA上获得的MRI评估的TBV。然后分析了34名婴儿的茶中的MRI：MLE组中的17个，SLE组为17。两个研究组之间进行MRI的月经后年龄（PMA）是可比的。MLE组中的CEV以及经PMA校正的CEV均高于SLE组。在考虑的其他大脑体积之间没有发现差异。结论我们的结果表明，在PN中使用MLE可以促进ELBW婴儿的CEV生长，并在TEA时以MRI价值促进。
癌症基因组学、多组学和计算生物学
Lunaphore 展位：4 网站：www.lunaphore.com 焦点：5月1日星期三 | 08:45-09:00 Clément Chevalier Lunaphore，瑞士和 Euplio Visco，ACD，意大利 “真正的空间多组学：当 RNA 以相同的动作遇到蛋白质时” 会议代表：Clément Chevalier、Raphaël Sandoz
基于血液的多组学引导检测对癌前胰腺肿瘤
在十年前，纵向多组分分析被开创以进行早期疾病检测和单独定制的精确健康干预措施。然而，高样本处理成本，广泛的多种形式调查以及复杂的数据分析使这种方法成为精确/个性化医学的方法。在这里，我们在案例报告中描述了一种更实用的方法，该方法使用了更少的测量，年度抽样和更快的决策。我们还展示了这种方法如何在完全表现出来之前检测出极为罕见且潜在的致命状况。特别是，我们在本案中描述了纵向多组学监测（LMOM）有助于检测癌前胰腺肿瘤的多态多组学监测（LMOM），并导致了成功的手术干预。该患者自2018年以来就参加了年度血液LMOM，在2021年6月和2022年的年度代谢组学和蛋白质组学结果中发生了巨大变化，促使胰腺癌的临床诊断测试促进了进一步的临床诊断测试。使用腹部磁共振成像，检测到患者胰腺尾部的2.6厘米病变。抽吸活检中的肿瘤流体的肿瘤流体具有正常癌囊抗原水平的10,000倍。手术切除肿瘤后，组织病理学发现确认它是癌前胰腺肿瘤。术后OMICS测试表明，大多数代谢物和蛋白质水平都恢复到患者的2018年水平。血液LMOM保证未来的程序化转化研究，具有精密医学的目标，并为癌症的诊断和治疗而定。此病例报告说明了血液LMOM对精确/个性化医学的潜力，以及对胰腺癌的潜在挽救生命的早期诊断的新思维方式。
大规模的多组分干预措施的影响减少质子泵抑制剂在综合医疗系统中过度使用：差异研究
方法设计，数据源和研究人群我们在美国退伍军人事务医疗系统中进行了差异分析，这是美国最大的综合医疗保健系统，拥有1255个医疗保健设施和1074个门诊站点。它包含18个区域卫生系统，称为退伍军人综合服务网络（VISNS），每个服务网络都有自己的卧床药房系统。退伍军人事务临床医生规定的药物几乎总是由退伍军人事务药店填写。VISN 17中的医疗和药房领导者，其中包括德克萨斯州的大多数退伍军人事务设施以及新墨西哥州和俄克拉荷马州的部分地区，开发了一项基于多组分药房的倡议，旨在减少PPI的过度使用，并于2013年8月至2013年8月将其推出Visn Wide。研究期跨越2009年2月至2019年1月，以捕捉实施前后4。5年的趋势。我们将研究期分为连续的六个月间隔。在每个间隔中，我们包括所有在前两年中至少与初级保健提供者进行两次访问的患者。我们使用退伍军人事务的公司数据仓库来获取人口统计，医疗，药房，实验室和住院/门诊遭遇数据。
网络医学信息多组学整合识别
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 3 月 30 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.03.27.586949 doi：bioRxiv 预印本