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农业强化减少了推定植物的选择...
小麦的复杂进化史已经塑造了其相关的根微生物群落。但是，考虑农业强化的影响是有限的。这项研究调查了内源性（基因组多倍体化）和外源性（化肥的引入）因素如何形成有益根瘤菌的选择。，我们结合了与培养的依赖性和依赖性方法，分析根瘤菌群落组成及其在根 - 土壤界面上的相关功能，来自一系列祖先和现代小麦基因型，随着和不添加化学肥料而生长。在受控的盆栽实验中，受精和土壤室（根际，根茎）是塑造根瘤菌群落组成的主要因素，而小麦基因组从二倍体到异源倍倍倍化植物的扩展导致了下一个最大的变化。根茎衍生的可培养的细菌收集植物生长促进（PGP）的特征表明，施肥会降低大多倍小麦中假定的植物生长促进性根瘤菌的丰度，但在野生小麦祖细胞中没有。这些分离株的分类学分类表明，这些差异在很大程度上是由代表多倍体小麦中细菌杆菌的有益根细菌选择的选择驱动的。此外，与二倍体野生小麦相比，六倍小麦有益细菌种群的复杂性大大降低。因此，我们建议以肥料依赖性的方式驯化与PGP功能的根相关细菌属可能会受到损害，这是指导未来的植物育种计划的潜在至关重要的发现，以在不断变化的环境中改善作物生产系统。
基因组分辨的元文字组学揭示了合成微生物群中保守的根定植决定因素
摘要：近年来，协作机器人已成为行业4.0的主要动力之一。与工业机器人相比，自动化的导向车辆（AGV）更具生产力，灵活，多功能和更安全。它们在智能工厂被用于运输货物。今天，许多工业机器人的生产商和开发商都进入了AGV领域。但是，他们在设计AGV系统（例如设计过程的复杂性和不连续性）以及定义分散系统决策的困难方面面临着一些挑战。在本文中，我们提出了一种基于群体机器人技术的新的集成设计方法，以应对功能，物理和软件集成的挑战。此方法包括两个阶段：一个自上而下的阶段，从需求规范到使用系统建模语言（SYSML）的功能和结构建模；在机器人操作系统（ROS）中进行模型集成和实现的自下而上阶段。选择了自动导向车辆（AGV）系统的案例研究以验证我们的设计方法，并说明了其对AGV的有效设计的贡献。这种提出的方法的新颖性是SYSML和ROS的结合，以解决AGV系统的不同设计级别之间的可追溯性管理，以实现功能，物理和软件集成。
对 B 组链球菌阴道定植的细胞免疫反应的表征 1
。CC-BY-NC 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2025 年 2 月 2 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2025.01.29.635275 doi：bioRxiv 预印本
我们呼吁欧盟制定植物性食品行动计划
1 世卫组织国际情况说明书《健康饮食》（2020 年） 2 JRC 出版物《缩小蛋白质缺口——驱动因素、协同作用和权衡》（2024 年） 3 Alexander 等人《人类占用土地生产食物：饮食的作用》。《全球环境变化》（2016 年） 4 农业总司《欧盟豆类情况说明书》（2020 年） 5 https://ec.europa.eu/eurostat/web/products-eurostat-news/-/ddn-20220104-1 6 卫生指标与评估研究所，《全球疾病负担研究》（2019 年），请参阅：https://www.thelancet.com/gbd/summaries 7 伤残调整生命年 (DALY)；请参阅 https://knowledge4policy.ec.europa.eu/health-promotion-knowledge-gateway/legumes-pulses_en 8 影响研究所，欧盟动物源性食品的外部成本 (2023) 9 同上 10 粮农组织对健康饮食对健康和气候变化效益的评估 (2020) 11 丹麦食品、农业和渔业部 (2024)（丹麦语） 12 荷兰国家公共卫生和环境研究所 (2024)（荷兰语） 13 芬兰国家健康和福利研究所 (2024)（芬兰语） 14 西班牙消费部 (2022) 15 德国营养学会 (2024)
不同念珠菌物种口腔定植不同念珠菌物种口腔定植
摘要目的本研究旨在比较有或没有可移动义齿的患者中存在的不同念珠菌物种，以鉴定突尼斯人种群中义齿磨损后生物膜组成的变化。材料和方法进行了一项横断面研究，包括一组佩戴可移植假牙（测试组）的患者和一个没有假牙的对照组。在测试组中，获得了两个真菌学样本：一个来自假义的凹陷，另一个来自带有义齿的骨核区域。对照组，从口腔粘膜中收集了真菌学样本。收集的拭子是在Chromagar念珠菌培养基上培养的，酵母计数被定量为菌落形成单位（CFU）。念珠菌物种是通过发色源分析鉴定的。统计分析使用Kolmogorov - Smirnov的测试评估了定量变量的正态性。为了比较测试组和对照组之间的平均值和等级，独立样本t-检验和曼恩 - 惠特尼的U检验分别采用了。定性变量。统计显着性以p <0.05的关键不确定性值确定。结果总共有150名参与者参与了这项研究，每组中有75名患者。穿着丙烯酸可移除义齿可增加检测到的念珠菌物种的数量（p <0.001），并显着增加了念珠菌属的整体生长。（p¼0.001）。特别是，在义齿佩戴者中，念珠菌和念珠菌的CFU数量升高（P <0.001）。
异基因干细胞移植后多重耐药菌定植患者的抗生素降阶梯策略
多重耐药 (MDR) 细菌的定植和相关的血流感染 (BSI) 与血液系统恶性肿瘤患者在强化化疗和异基因干细胞移植 (allo-SCT) 后的高死亡率相关。在这项回顾性研究中，我们分析了异基因 SCT 前定植 MDR 细菌（主要是耐卡巴培南肺炎克雷伯菌，KPC）的患者的预后。我们还研究了在这些患者中采用抗菌降阶梯疗法的可行性和安全性。自 2021 年以来，我们科室已有 106 名患者接受异基因 SCT，其中 34 名（32%）在异基因 SCT 前被 MDR 细菌定植。在植入前期间，84% 的患者接受了针对 MDR 细菌的经验性抗生素疗法 (EAT)，16% 的患者接受了常规 EAT 治疗。 MDR 易位率为零，总的降阶梯治疗率为 79%，其中不明原因发热 (FUO) 患者降阶梯治疗率为 75%。在异基因 SCT 前直肠拭子检测结果为 MDR 阳性的患者队列（n = 18）中，降阶梯治疗率为 100%。整个 MDR 患者群体的 30 天和 100 天全因死亡率分别为 6% (2/34) 和 12% (4/34)。第 +30 天感染相关死亡率为 3%。在本研究中，我们确认了异基因 SCT 后对既往有 MDR 感染的患者采用降阶梯治疗方法的安全性。这可以减少 EAT 抗生素的暴露时间，从而降低选择压力。
副溶血性弧菌在微塑料表面定植的体外研究
微塑料 (MP) 是一种较小的塑料，在水生环境中普遍存在。先前的研究报告称，从公共市场和养虾场收集的虾类的胃肠道中存在 MP。有报道称，包括潜在致病菌在内的生物膜群落可以附着在 MP 表面。MP 摄入后会带来重大的健康和经济风险，包括可能接触副溶血弧菌 (Vp)——一种在 MP 表面高浓度发现的显著虾病原体——增加虾的疾病风险并可能进入人类食物链。在这项研究中，对来自菲律宾布拉坎省虾场和不同湿货市场的凡纳滨对虾进行了 MP 污染测试以及 Vp 在 MP 表面的附着和定植测试，并进行了体外测试。分离的 MP 经过化学消化和浮选分离，然后用立体显微镜成像并根据其形态特征进行表征。分离的假定 MP 经常以不规则形状的碎片形式观察到。衰减全反射-傅里叶变换红外光谱结果证实，只有来自 Hagonoy 和 Meycauayan 湿货市场的南美白对虾获得的 MP 才会表现出与聚乙烯 (PE) 基塑料典型的 CH 拉伸振动相对应的特征吸收带。在一组原始的 PE 基塑料（一个表面较光滑（PE1），一个表面较粗糙（PE2））上观察到 Vp 的附着。扫描电子显微镜图像证实了 Vp 附着在这些 MP 表面，并显示最早在孵育 1 小时后就可以看到定植。PE2 导致粘附细菌的数量高于 PE1，这表明表面粗糙度在 MP 上的细菌定植中起着重要作用。然而，观察到的这种差异并不具有统计学意义，这表明还应考虑温度、pH、盐度和营养物质可用性等其他参数。这项研究表明，采样地点的虾受到了 MPs 的污染，并且基于 PE 的 MPs 可以成为 Vp 的定殖场所。
大麦二萜类植物抗毒素抑制禾谷镰刀菌感染但增强大麦根部根腐病菌定植
植物免疫是一个多层次的过程，包括识别病原体的模式或效应物以引发防御反应。这些包括诱导通常会限制病原体毒力的多种防御代谢物。在这里，我们在代谢物水平上研究了大麦根与真菌病原体根腐病菌 ( Bs ) 和禾谷镰刀菌 ( Fg ) 之间的相互作用。我们发现大麦烷是一组以前未描述过的具有抗菌特性的罗丹烷相关二萜类化合物，是这些相互作用中的关键参与者。Bs 和 Fg 感染大麦根会引发 600 kb 基因簇中的大麦烷合成。在酵母和本氏烟中异源重建生物合成途径产生了几种大麦烷，包括功能最丰富的产品之一 19-b-羟基大麦三烯酸 (19-OH-HTA)。该簇二萜合酶基因的大麦突变体无法产生大麦烷，但出乎意料的是，Bs 的定植率却降低了。相比之下，另一种大麦和小麦真菌病原体禾谷镰刀菌在完全缺乏大麦烷的突变体中的定植率要高 4 倍。因此，19-OH-HTA 可增强 Bs 的发芽和生长，而抑制其他致病真菌，包括 Fg。显微镜和转录组学数据分析表明，大麦烷可延缓 Bs 的坏死营养期。综上所述，这些结果表明，诸如 Bs 之类的适应性病原体可以破坏植物的代谢防御，以促进根部定植。
系统鉴定植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活域
Niklas F.C. Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯 ），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.） https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.）https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007