XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System宿主
人工智能引导发现病毒大流行的不变宿主反应
作者：Debashis Sahoo 1-3 † *、Gajanan D. Katkar 4 *、Soni Khandelwal 1 、Mahdi Behroozikhah 2 、Amanraj Claire 4 、Vanessa Castillo 4 、Courtney Tindle 4 、MacKenzie Fuller 4 、Sahar Taheri 2 、Thomas F. Rogers 5-6 、Nathan Beutler 5 、Sydney I.拉米雷斯 10, 11, 斯蒂芬 A. 罗林斯 11, 维克多·普勒托里斯 14, 大卫·M.·史密斯 11, 丹尼斯·R.伯顿 5, 7-8, 劳拉·E.克罗蒂·亚历山大 9, 杰森·杜兰 15, 谢恩·克罗蒂 10, 11, 詹妮弗·M.丹 10, 11, 苏米塔·达斯 11† 和普拉迪普塔戈什4,13 † 附属机构：1 加州大学圣地亚哥分校儿科系。2 加州大学圣地亚哥分校雅各布工程学院计算机科学与工程系。3 加州大学圣地亚哥分校摩尔斯癌症中心。4 加州大学圣地亚哥分校细胞与分子医学系。5 美国斯克里普斯研究所免疫学与微生物学系，加利福尼亚州拉霍亚 92037。6 美国加州大学圣地亚哥分校医学系传染病科，加利福尼亚州拉霍亚 92037。7 美国斯克里普斯研究所 IAVI 中和抗体中心，加利福尼亚州拉霍亚 92037。8 美国斯克里普斯研究所 HIV/AIDS 疫苗开发联盟 (CHAVD)，加利福尼亚州拉霍亚 92037。 9 加利福尼亚州拉霍亚，退伍军人事务部 (VA) 圣地亚哥医疗系统肺部重症监护科；加利福尼亚州拉霍亚，加利福尼亚大学圣地亚哥分校（UCSD）医学系肺部、重症监护和睡眠医学分部 10 美国加利福尼亚州拉霍亚，拉霍亚免疫学研究所 (LJI) 传染病和疫苗研究中心。11 美国加利福尼亚州拉霍亚，加利福尼亚大学圣地亚哥分校（UCSD）医学系、传染病和全球公共卫生分部。12 加利福尼亚大学圣地亚哥分校病理学系。13 加利福尼亚大学圣地亚哥分校医学系。14 加利福尼亚大学圣地亚哥分校外科系。15 加州大学圣地亚哥分校医学中心内科系心脏病学分部，拉霍亚 92037 * 同等贡献 † 共同通讯加州大学圣地亚哥分校儿科系助理教授；9500 Gilman Drive, MC 0730, Leichtag Building 132；La Jolla, CA 92093-0831。电话：858-246-1803：传真：858-246- 0019：电子邮件：dsahoo@ucsd.edu Soumita Das，博士；加州大学圣地亚哥分校病理学系副教授；9500 Gilman Drive, George E. Palade Bldg, Rm 256；La Jolla, CA 92093。电话：858-246-2062：电子邮件：sodas@ucsd.edu Pradipta Ghosh，医学博士；加州大学圣地亚哥分校医学和细胞与分子医学系教授； 9500 Gilman Drive (MC 0651)，George E. Palade Bldg，232 室；La Jolla, CA 92093。电话：858-822-7633：电子邮件：prghosh@ucsd.edu
微生物代谢产物与宿主免疫之间的串扰
f i g u r e 1肠道菌群衍生的代谢产物和免疫系统的相互作用。源自饮食纤维细菌代谢的短链脂肪酸，通过结合膜受体（GPR41，GPR43，GPR109A）或抑制组蛋白脱乙酰基酶（HDACS）抑制炎症。次生胆汁酸是由原发性胆汁酸的细菌转化产生的，与膜TGR5（GPBAR1）或核FXR受体结合并抑制炎症。色氨酸代谢产物通过芳基烃受体（AHR）和妊娠X受体（PXR）受体调节免疫细胞的功能。微生物核衍生的组胺通过组胺2受体（H2R）调节免疫反应。p- cresol硫酸盐（PC），源自L-酪氨酸的微生物代谢，uncouples EGFR -TLR -4交叉说话并减轻炎症。多胺是由摄入的氨基酸代谢产生的，可以通过仍有待确定的受体/途径减少促炎信号传导。微生物群衍生的鞘脂可以通过鞘氨醇1-磷酸受体（S1PR）或与CD1D相互作用来调节免疫反应。
免疫介导人类钩虫锡兰钩虫的宿主特异性
钩虫感染影响全球数百万人，导致营养不良和贫血等慢性疾病。在钩虫物种中，锡兰钩虫是一种普遍存在的物种，能够感染各种宿主，包括人类、猫、狗和仓鼠。令人惊讶的是，尽管小鼠与仓鼠有密切的系统发育关系，但它却无法在小鼠体内建立。本研究调查了锡兰钩虫在免疫缺陷 NSG 小鼠中的发育情况，以确定免疫系统对宿主限制的贡献。感染在感染后第 19 天 (PI) 开始，并表现出产卵量增加，这种现象至少持续了 PI 160 天。从受感染 NSG 小鼠释放的卵中饲养的感染性锡兰钩虫幼虫对仓鼠具有传染性，并且能够繁殖，这表明 NSG 小鼠中的成年小鼠正在产生可存活的后代。相比之下，锡兰钩虫在杂交瑞士韦伯斯特小鼠中发育有限。此外，与犬钩虫密切相关的犬钩虫无法感染 NSG 小鼠并在其体内发育，这表明即使在密切相关的物种中，不同的机制也可能决定宿主特异性。这是首次报道任何钩虫物种在小鼠体内完成其生命周期，并表明免疫系统在决定 A. ceylanicum 的宿主特异性方面起着重要作用。
使用大肠杆菌作为宿主进行重组胰岛素生产的挑战
在马来西亚，糖尿病 (DM) 的患病率取决于性别、年龄和种族等因素，其中女性、老年人和印度族群的糖尿病患病率最高。在构成研究样本的 103,063 名参与者中，基于人群的研究中按性别划分的糖尿病患病率男性为 13.80%，女性为 14.54%，而糖尿病前期的患病率女性为 11.40%，男性为 10.98%（Akhtar 等人，2022 年）。就年龄而言，从本研究可以看出，随着年龄的增长，糖尿病的患病率呈明显上升趋势，从 20-29 岁年龄组的 3.16% 上升到 30-45 岁年龄组的 13.71%，46-59 岁年龄组的 25.66%，60 岁及以上年龄组的 33.45% (Akhtar et al., 2022)。种族和民族也会影响糖尿病的患病率。在所有种族中，印度人亚群的糖尿病患病率最高，为 25.10%，其次是马来人（15.25%）、华人（12.87%）、土著人（8.62%）和其他（6.91%）。马来西亚口服降糖药 (OHA) 市场规模在 2025 年达到 2.8222 亿美元，预测期内 (2025-2030) 的复合年增长率超过 3%。药物主要属于以下类别：双胍类、α-葡萄糖苷酶抑制剂、多巴胺-d2 受体激动剂、钠-葡萄糖协同转运体-2 (SGLT-2) 抑制剂、二肽基肽酶-4 (DPP-4) 抑制剂、磺酰脲类和格列奈类 (马来西亚口服抗糖尿病药物市场规模 | Mordor Intelligence，2025 年)。
根据基因组特征与宿主的距离推断环境噬菌体的生命周期
摘要：未培养噬菌体对环境的影响取决于其首选的生命周期（溶菌性或溶源性）。然而，我们预测它的能力非常有限。我们旨在通过比较溶菌性和溶源性噬菌体的基因组特征与其宿主的相似性来区分溶菌性和溶源性噬菌体，反映它们的共同进化。我们测试了两种方法：（1）四聚体相对频率的相似性，（2）基于精确的 k = 14 寡核苷酸匹配的无比对比较。首先，我们探索了 5126 种参考细菌宿主菌株和 284 种相关噬菌体，并找到了使用两种基于寡核苷酸的方法区分溶源性和溶菌性噬菌体的近似阈值。对 6482 个质粒的分析揭示了不同宿主属之间以及在某些情况下远距离细菌类群之间水平基因转移的可能性。随后，我们通过实验分析了 138 株肺炎克雷伯菌及其 41 种噬菌体的组合，发现实验室中与这些菌株相互作用次数最多的噬菌体与肺炎克雷伯菌的基因组距离最短。然后，我们将我们的方法应用于来自温泉生物膜的 24 个单细胞，其中包含 41 个未培养的噬菌体-宿主对，结果与在此环境中检测到的噬菌体的溶源生命周期相一致。总之，基于寡核苷酸的基因组分析方法可用于预测 (1) 环境噬菌体的生命周期、(2) 培养物保藏中宿主范围最广的噬菌体，以及 (3) 质粒的潜在水平基因转移。
没有宿主基因组修饰的有效遗传代码扩展
补充非经典氨基酸（NCAA）可以产生具有新功能的蛋白质序列，但是现有的NCAA融合策略却遭受了低效率和上下文依赖性的影响。我们将密码子的用法视为先前未经认可的使用非本地密码子扩展有效遗传代码的贡献者。仅依靠具有天然核糖体的常规大肠杆菌菌株，我们开发了一种新型的基于质粒的密码子压缩策略，该策略可最大程度地降低上下文依赖性并改善四倍体密码子的NCAA掺入。我们确认该策略与所有已知的遗传密码扩展资源兼容，这使我们能够识别12个相互正交的tRNA – SYNTHENTAPES PAIRS。通过这些发现启用，我们进化并优化了五个tRNA – Synthetase Pairs，以在正交四曲板密码子处融合了NCAA的广泛曲目。最后，我们将这些资源扩展到一个体内生物合成平台，该平台可以很容易地创建> 100个新的肽大环，最多可达三个独特的NCAA。鉴于我们的方法和简化资源的一般性，我们的发现将加速多重遗传代码扩展，并能够发现化学多样的生物分子以用于研究人员定义的应用。
肠道微生物群和宿主免疫之间的串扰
摘要：肠道微生物及其代谢产物积极参与宿主免疫的发展和调节，这可能会影响疾病易感性。在此，我们回顾了肠道微生物群 - 免疫轴的最新研究进步。我们详细讨论了肠道微生物群是如何成为新生儿免疫发育的转化点，如新发现的典型，例如在子宫肠道代谢组和断奶反应中，例如母体印记，例如母体印记。我们描述了肠道菌群如何塑造先天性和适应性免疫，重点是代谢物短链脂肪酸和二胆酸。我们还全面描述了微生物群 - 免疫轴的破坏如何导致免疫介导的疾病，例如胃肠道感染，炎症性肠道疾病，心脏内代谢性疾病，心血管疾病，糖尿病，糖尿病，糖尿病和高度疾病，自动育种，自动繁殖（例如心脏血管疾病）高敏性（例如哮喘和过敏），心理疾病（例如焦虑症）和癌症（例如结肠直肠和肝癌）。我们进一步涵盖了粪便微生物群移植，益生菌，益生元和饮食多酚在重塑肠道菌群及其治疗潜力中的作用。继续，我们研究了肠道菌群如何调节免疫疗法，包括免疫检查点抑制剂，JAK抑制剂和抗TNF疗法。我们最后提到了宏基因组学，无菌模型和微生物群的当前挑战，以对肠道微生物群如何调节免疫力有基本的了解。总的来说，这篇综述提出了从微生物组靶向干预措施的角度改善免疫疗法的效率。
kshv重编程宿主能量代谢用于发病机理
肺癌被称为全球最致命的癌症之一，与前列腺，乳房，大脑和结直肠癌的癌症相比，造成更多的死亡（1）。非小细胞肺癌（NSCLC）占所有肺癌病例的约85％（2）。人类表皮生长因子2（HER2）是一种罕见的致癌驱动因素，在1％至3％的NSCLC患者中改变了（3）。HER2改变的主要类型包括基因插入突变，基因扩增和蛋白质过表达（4）。化学疗法仍然是HER2改变的NSCLC患者治疗的重要组成部分，尽管HER2阳性肿瘤对化学放疗相对不敏感（5，6）。几种靶向HER2靶向的酪氨酸激酶抑制剂（TKI）和抗体也已被测试以治疗这些患者。然而，总体响应率（ORR）不令人满意，Her2靶向的TKIS（例如Neratinib，Lapatinib和Afatinib）仅为7.4％（7）。需要针对HER2改变的NSCLC患者进行更多的治疗策略。对免疫疗法和化学疗法在肺癌治疗和HER2改变治疗中的结合知之甚少。因此，我们将HER2突变或扩增和免疫疗法结合化疗的五个晚期NSCLC病例描述为第一线治疗。我们希望此病例系列将为这类患者提供新的临床治疗见解。
药物反应和毒性宿主决定因素的研究指南
个性化癌症治疗方法的潜力需要对决定反应的宿主和肿瘤因素有全面的了解。肿瘤学经常研究药物反应和毒性的宿主决定因素。越来越多的研究强调了宿主变异在确定药物疗效和毒性方面的重要性。本文档中包含的信息旨在提供与潜在宿主生物标志物有关的基本信息，这些信息可以在临床研究中探讨。对药物基因组，表观基因组，代谢组和宏基因组分析提供了表型数据，样本收集和处理以及估计成本的概述。还提供了合并主机决定符研究的协议的模型语言。研究的相关研究的特定输入可从Deanna Kroetz（deanna.kroetz@ucsf.edu）获得。