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World File Search System寡核苷酸
增强了寡核苷酸反卷积
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方法开发人员的寡核苷酸设计指南
摘要简介：开发新方法对于在科学方面取得巨大的飞跃，开辟了新的研究途径至关重要，但是很少描述方法开发背后的过程。涵盖的区域：在过去的二十年中，我们使用寡核苷酸偶联的抗体来可视化蛋白质蛋白质相互作用，从而开发了几种新方法，例如原位PLA，Proxhcr和Molboolean。 在此，我们描述了这些方法的寡核苷酸系统背后的基本原理。 本文的主要目的是为研究人员提供有关我们在设计这些方法时如何看待的描述。 我们还详细描述了方法如何工作以及如何解释结果。 专家意见：了解该方法的工作方式对于选择适当的实验方法很重要。 我们还希望本文可能是年轻研究人员进入方法开发领域的灵感。 看到问题是开发解决方案的动力。涵盖的区域：在过去的二十年中，我们使用寡核苷酸偶联的抗体来可视化蛋白质蛋白质相互作用，从而开发了几种新方法，例如原位PLA，Proxhcr和Molboolean。在此，我们描述了这些方法的寡核苷酸系统背后的基本原理。本文的主要目的是为研究人员提供有关我们在设计这些方法时如何看待的描述。我们还详细描述了方法如何工作以及如何解释结果。专家意见：了解该方法的工作方式对于选择适当的实验方法很重要。我们还希望本文可能是年轻研究人员进入方法开发领域的灵感。看到问题是开发解决方案的动力。
合成 RNA 寡核苷酸的稳定性测试
摘要 在各种储存条件下测试了三种合成 RNA 寡核苷酸的功能，以模拟运输过程中可能遇到的次优温度。通过标准 T7 内切酶 I (T7EI) 错配检测分析中的 CRISPR-Cas9 基因编辑来测量寡核苷酸的功能。虽然建议在推荐温度 (-20°C) 下储存干燥的 RNA，但所有测试条件均不会对寡核苷酸诱导基因编辑的能力产生不利影响。
反义寡核苷酸疗法的机遇与挑战
4 年（表 1）。这种治疗方法使用由化学修饰核苷酸合成的小片段修饰 DNA 或 RNA。11,12 它们通过沃森-克里克碱基配对以序列特异性方式靶向 RNA，并可诱导靶向蛋白质敲低或蛋白质修复。与化学化合物相比，反义寡核苷酸疗法具有前所未有的特异性，例如，它们提供了靶向特定转录异构体或密切相关蛋白质家族中的特定成员的可能性。由于它们在基因水平上进行干预，因此它们为遗传疾病提供了治疗选择。在这篇综述中，我们将对治疗性 AON 进行高水平概述，包括赋予它们类药物特性所需的修改、递送和安全注意事项，并提供目前批准的反义寡核苷酸的例子。最后，我们将概述如何探索这些模式来治疗遗传性代谢疾病。
携带核苷抗代谢物的寡核苷酸为...
rouridine）;阿拉伯核苷，例如阿拉伯派（Cytarabine，araC）[4]，吉西他滨或2'，2'-二氟 - Ro-2'-脱氧胞丁胺[5]（图1）和几种嘌呤[6]和氟达拉滨[7]。它们的作用机理涉及核苷-5'-单磷酸盐作为主要活性化合物的形成。核苷单磷酸可以转化为相应的核苷-5'-T-二磷酸，然后通过DNA或RNA聚合酶将其掺入DNA或RNA中，并明显地[8]。一方面，修饰的DNA或RNA产生突变产生非功能基因组[9]。另一方面，核苷-5'-单磷酸可以直接与涉及核苷酸代谢的酶相互作用，从而导致核苷酸池的修饰。这反过来将散发突变的DNA和RNA的量。对于Exmape，Floxuridine单磷酸盐与胸苷酸合酶的辅助中心反应，从而产生不可恢复的共价键[10，11]。这种自杀的共价反应抑制了这种酶，从而减少了核苷酸池中胸苷磷酸盐。这种还原引入了无胸腺氨酸的细胞死亡[12，13]。另外，FDU，ARAC和吉西他滨修饰DNA，并可以吸收DNA拓扑异构酶[14]。
寡核苷酸作为脑疾病的治疗工具
*通讯作者电子邮件：Analia.bortolozzi@iibb.csic.es（A。Bortolozzi）。地址：IIBB-CSIC神经化学和神经药理学系，Rossello 161，6楼6楼，08036西班牙巴塞罗那。Tel +34 93 363 8313，传真+34 93 363 8301
寡核苷酸合成的P（V）平台
摘要：测试了单个或有机肥料中两种生物隔离剂的性能，以确定它们对植物生长和植物生长的影响和在正常和不利的领域条件下的影响，例如低pH值和低含量的羊膜菌P. arbuscular mycorrhiza fungi（glomus of Glormus; amf; amf; amf; DSM16656在两年的土壤pH值和可用养分的两年实验中应用于大麦。谷物产量； p，n，k和mg的内容；测量和土壤微生物参数。通过矿物肥料，有机肥料，AMF和K. radicincitans的施用，谷物产量和养分的含量显着增加，以及在正常生长条件下，有机肥料与AMF和K. radicincitans的合并应用在正常生长条件下。在低ph和低P条件下，只有有机肥料与K. radicincitans和AMF的有机肥料合并的合并可以增加对照中大麦的谷物产量和营养成分。
NMR表征模型治疗性寡核苷酸
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-vcdxr orcid：https：//orcid.org/000000-0001-6613-9601 content content content content content contem许可证：CC BY-NC-ND 4.0
反义寡核苷酸的强大世界：从实验室到临床
对生物机制的理解使得开发第一种靶向疗法成为可能。这些疗法最初针对的是导致疾病或与疾病特别相关的蛋白质。对 ER 在乳腺癌中的作用的理解以及对其阻断机制的识别推动了针对所谓“激素依赖性”乳腺癌（ER 阳性、雌激素受体阳性）的激素疗法的开发。他莫昔芬现在是 ER 阳性乳腺癌的标准治疗方法。它通过竞争性抑制雌二醇与其受体的结合起作用（Jordan，2003 年）。针对特定表位的单克隆抗体也构成了一类非常重要的靶向疗法。它们彻底改变了哮喘等炎症性疾病的治疗（Pelaia 等人，2017 年）。然而，对导致疾病的基因变异的识别为使用靶向疗法提供了主要动力。例如，相互易位t(9; 22)，即费城染色体，是慢性粒细胞白血病 (CML) 的标志。因此，t(9;22) 易位最先用于确诊 CML (Heisterkamp 等，1990 年；Rowley，1973 年)。这种易位会产生异常的融合基因 (BCR-ABL)。由此产生的 BCR-ABL 融合蛋白由于其组成性酪氨酸激酶活性而具有致癌特性 (Lugo、Pendergast、Muller 和 Witte，1990 年)。与蛋白激酶催化位点结合的 ATP 竞争性抑制剂的开发导致了一种特异性疗法：伊马替尼或 Gleevec ®，从而彻底改变了 CML 和其他疾病的治疗方式 (Kantarjian 和 Talpaz，2001 年)。同样，致癌 NTRK（神经营养性原肌球蛋白相关激酶）融合基因的鉴定最近导致了特异性抑制剂（larotrectinib 或 Vitrakvi ®、entrectinib 或 Rozlytrek ®）的开发，用于治疗成人和儿童的 NTRK 阳性癌症（Cocco、Scaltriti & Drilon，2018 年）。在肿瘤学中，针对复发性点突变的特异性抑制剂也得到了广泛开发（Martini、Vecchione、Siena、Tejpar & Bardelli，2012 年；Skoulidis & Heymach，2019 年）。在某些情况下，会产生很少或根本不产生蛋白质。胰岛素就是这种情况，胰岛素依赖型糖尿病（I 型）患者缺乏这种酶。患者接受胰岛素疗法治疗，通过施用替代蛋白质来忠实重现胰岛素生理分泌的效果。 1982 年，第一种人类胰岛素蛋白上市，开创了一种新模式：可以修改激素蛋白的序列，使其药代动力学特性与患者的生理需求相匹配（McCall & Farhy，2013 年）。除了这些“蛋白质特异性”疗法外，还开发了针对 DNA（脱氧核糖核酸）的方法。至于蛋白质，最初的治疗尝试是基于对 DNA 的整体改变，例如通过使用烷化剂。这些药物会诱导非特异性共价键的产生，从而产生 DNA 加合物。它们会破坏复制和转录，这解释了它们在癌症治疗中的用途（Noll、Mason 和 Miller，2006 年）。插入也是小平面分子与 DNA 的一种特殊结合模式。它们会改变 DNA 的构象，破坏 DNA 和 RNA 聚合酶的活性（Binaschi、Zunino 和 Capranico，1995 年）。靶向 DNA 的分子并不局限于肿瘤学应用。例如，甲氨蝶呤是一种在细胞周期 S 期抑制核酸合成的抗代谢物，它已经取代了传统上使用的银盐用于治疗类风湿性关节炎（Browning、Rice、Lee 和 Baker，1947 年）。除了这些以非特异性方式与 DNA 相互作用的分子之外，人们还设想了针对性策略，以纠正导致疾病的有害基因。这种方法被称为基因疗法（Kaufmann、Büning、Galy、Schambach 和 Grez，2013 年）。一个非常有前景的例子（正在申请上市许可 [MA]）涉及治疗 β 地中海贫血症，这是一种血红蛋白遗传性疾病。在这里，患者的干细胞被分离并被改造以替换有害基因，这样它们就可以产生正常的血红蛋白。然后将改造后的细胞注射回患者体内（Cavazzana-Calvo 等人，2010 年；Thompson 等人，2018 年）。这些令人惊叹的方法可以用于治疗许多疾病，包括糖尿病，尽管它们的实施非常复杂。最后，长期以来被认为是简单中间分子的 mRNA 最近已成为感兴趣的治疗靶点。 mRNA 是精细转录和转录后调控的位点，与许多疾病有关。因此，近年来 RNA 分子也受到关注，因为这些分子与蛋白质和 DNA 一样，是开发靶向疗法的候选分子（Disney、Dwyer 和 Childs-Dis-ney，2018 年）。第一种反义寡核苷酸 (ASO) 就是在这种背景下出现的。ASO 是单链合成 RNA 或 DNA 分子，平均长度为 12 至 25 个核苷酸。它们的序列与其靶标的序列互补，以确保特异性。因此，ASO 的序列由其靶标的序列决定。此外，这些分子可以定位在细胞质和细胞核中，从而可以到达细胞质和/或细胞核靶标（参见 Potaczek、Garn、Unger 和 Renz，2016 年的综述）。 ASO 经过化学改性，免受核酸酶的作用（否则会降解它们），并允许它们穿过质膜而无需矢量化。根据这些变化，ASO 可分为三代（如下所述）（图 1）。ASO 的化学性质很重要，因为它决定了其作用方式（降解目标 RNA 或掩盖位点而不降解）。因此，ASO 可以进行广泛的调节，
Alt-R HDR 设计工具和 HDR 供体寡核苷酸
图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 （A）供体寡核苷酸修改的示意图。 （B）每次修改的 HDR 效率。使用 4D-Nucleofector™ 系统（Lonza）将四个靶向基因位点的 RNP 复合物（2 µM）与 0.5 µM 单链 HDR 供体寡核苷酸通过电穿孔共转染到 Jurkat 和 HeLa 细胞中。使用的 RNP 复合物是 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3，以及 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA。 使用了三种类型的供体寡核苷酸：未经任何修饰的寡核苷酸（未修饰的）、具有硫代磷酸酯键的寡核苷酸（PS 修饰的）和具有 Alt-R HDR 修饰的寡核苷酸（Alt-R HDR 修饰的）。 电穿孔后 48 小时 (HeLa) 或 72 小时 (Jurkat) 提取基因组 DNA。通过在 Illumina™ MiSeq™ 系统 (v2 化学、150 bp 双端读取) 上进行扩增子测序来测量 HDR 效率。