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研究文章 胱天蛋白酶对不同 DNA 底物的整合可通过与 Cas9 融合在体外靶向 R 环
CRISPR 系统通过 Cas1–Cas2 蛋白复合物催化的 DNA 捕获和整合建立针对移动遗传元件的适应性免疫。最近的研究表明，CRISPR 重复序列和适应模块起源于一种称为 Casposons 的新型 DNA 转座子。Casposons 编码一种称为 Casposase 的 Cas1 同源物，它单独整合到含有来自 Casposons 的末端倒置重复序列 (TIR) 的靶分子单链和双链 DNA 中。最近的一项研究表明，Methanosarcina mazei casposase 能够整合随机 DNA 寡核苷酸，在本研究中我们使用了 Acidoprofundum boonei casposase，从中我们还观察到了混杂的底物整合。在这里，我们首先表明 Acidoprofundum boonei casposase 的底物灵活性扩展到没有 TIR 的 DNA 随机整合，包括功能基因的整合。然后，我们利用这一点研究将casposase催化的DNA整合反应靶向特定的DNA位点，从而允许插入特定的DNA有效载荷。Casposase-Cas9融合蛋白经过设计，在体外具有催化能力，可以从短合成DNA或基因（有或没有TIR）生成RNA引导的DNA整合产物。然而，由于casposase部分的竞争性背景活性，DNA整合仍可能在无人引导的情况下发生。Casposase-dCas9在大肠杆菌细胞中的表达有效地靶向了染色体和质粒lacZ，这通过降低的β-半乳糖苷酶活性显示出来，但未检测到DNA整合。casposase的混杂底物整合特性使其成为潜在的DNA插入工具。Casposase-dCas9融合蛋白可以作为开发不依赖于同源性指导的DNA修复的DNA插入基因编辑的原型。
基于菠菜的光催化剂，用于在基于聚酰亚胺基底物上的微观电路
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对神经形态底物的脑启发学习
摘要 - 非形态硬件努力模仿大脑样神经网络，因此有望在时间数据流上进行可扩展的低功率信息处理。然而，要解决现实世界中的问题，需要培训这些网络。然而，对神经形态底物的培训会由于特征的特征和基于梯度的学习算法所需的非本地计算而产生显着的挑战。本文为神经形态底物设计实用的在线学习算法设计了数学框架。特别是，我们显示了实时复发学习（RTRL）之间的直接联系，这是一种用于计算常规复发神经网络（RNN）（RNN）的在线算法，以及用于培训跨度尖峰神经网络（SNNS）的生物学上可行的学习规则。此外，我们激励基于障碍物雅各布人的稀疏近似，从而降低了该算法的计算复杂性，减少了非本地信息的要求，并凭经验可以提高学习良好的学习性能，从而提高了其对神经形状子形态的适用性。总而言之，我们的框架弥合了深度学习中突触可塑性与基于梯度的方法之间的差距，并为未来神经形态硬件系统的强大信息处理奠定了基础。
减少填充底物的底物的有限元方法...
摘要：在本文中，我们通过使用FEM（有限元方法）计算了裸底物和芯片附着的底物的经纱，并比较并分析了芯片附件对翘曲的影响。另外，分析了底物的层厚度对还原经经的影响，并通过Taguchi方法的信号效率比分析了层厚度的条件。根据分析结果，固定芯片时，底物中经纱的方向可能会发生变化。此外，随着包装顶部和底部之间CTE（热膨胀系数）的差异（热膨胀系数）的差异也会降低，并且在加载芯片后包装的刚度会增加。此外，根据对未连接芯片的底物的影响分析，为了减少芯片，为了减少经轴，电路层CU1和CU4的内层首先受到控制，然后集中在焊料底部的焊料厚度上，以及在Cu1和Cu2之间的预钻层的厚度。
整体评估用于商业Champignon（Agaricus bisporus）种植的底物中的微生物组动力学
已量化。堆肥和壳体中的细菌多样性在整个农作物周期中都增加了，这两种底物的联系都会增加。被PLFA所反映的，总生物生物量似乎与作物的菌丝体负相关。agaricus bisporus是定植底物中的主要真菌物种，替代了杰出的Hascomycota，并伴随着漆酶活性的持续增加，这被认为是Champignon菌丝体生长过程中蛋白质合成的主要产物。从第二阶段开始，真菌作物的代谢机制降解了木质素和碳水化合物，而这些成分几乎不会在壳体中降解，这反映了壳体在滋养作物方面的较小作用。这项研究中采用的技术为商业Champignon底物中不断变化的微生物组成提供了整体和详细的表征。所产生的知识将有助于改善堆肥配方（基础材料的选择），并通过以量身定制的生物刺激物的形式进行堆肥生产，例如，通过生物技术干预措施，并设计了以环境可持续的生物为基础的套管材料。
van der waals底物上3D半导体的催化介导的外观
在开发新的设备和功能时，在不同结构和键合的材料之间形成了良好的控制界面。特别重要的是二维材料和三维半导体或金属之间的外延或低缺陷密度接口，其中界面结构在场效果中影响电导率以及光电设备的电导率，纺丝和典型的超元诱导的纤维传递。外延，因此已经证明了范德华键入底物上的几种金属的界面结构。在这种底物上的半导体外延很难控制，例如在石墨烯上Si和GE的化学蒸气沉积过程中。在这里，我们展示了一种催化介导的het-伴随的方法，以实现三维半导体的外延生长，例如van der waals键入的材料，例如石墨烯和六边形硼硝基。外在通过固体金属纳米晶体从底物“转移”到半导体纳米晶体，很容易在底物上排列并催化半导体的对准核的形成。原位透射电子显微镜使我们能够阐明此过程的反应途径，并表明固体金属纳米晶体可以在温度明显低的温度下催化半导体的生长，而不是直接化学蒸气沉积或由液体催化剂液滴介导的沉积。我们将GE和SI增长作为模型系统讨论，以探讨这种异互隔开的细节及其对更广泛材料的适用性。
自适应景观平坦化允许设计两种酶：底物结合和催化能力
设计酶具有基础和技术意义。实验定向进化仍然有很大的局限性，计算方法是一条补充途径。设计的酶应满足多个标准：稳定性、底物结合、过渡态结合。这种多目标设计在计算上具有挑战性。最近的两项研究使用自适应重要性抽样蒙特卡罗重新设计蛋白质以进行配体结合。通过首先平坦化载脂蛋白的能量景观，他们获得了结合状态的正设计和非结合状态的负设计。我们现在已将该方法扩展到设计一种酶以进行特定的过渡态结合，即其催化能力。我们考虑了甲硫氨酰-tRNA 合成酶 (MetRS)，它将甲硫氨酸 (Met) 附着到其同源 tRNA 上，从而建立密码子身份。此前，MetRS 和其他合成酶已通过实验定向进化重新设计，以接受非规范氨基酸作为底物，从而导致遗传密码扩展。在这里，我们通过计算重新设计了 MetRS，使其能够结合多种配体：Met 类似物叠氮亮氨酸、甲硫氨酰腺苷酸 (MetAMP) 以及形成 MetAMP 生成过渡态的活化配体。通过设计计算恢复了已知具有叠氮亮氨酸活性的酶突变体，并对预测结合 MetAMP 的 17 种突变体进行了实验表征，发现它们均具有活性。预测具有低活化自由能的突变体在 MetAMP 生成中被发现具有活性，并且预测的反应速率与实验值非常吻合。我们建议本方法应成为计算酶设计的范例。
新型免疫调节药物和新底物
沙利度胺、来那度胺和泊马度胺是一类免疫调节药物，可有效治疗多发性骨髓瘤、5q 染色体缺失的骨髓增生异常综合征 (MDS) 和其他血液系统恶性肿瘤。最近的研究表明，IMiDs 与 CRL4 E3 连接酶的底物受体 CRBN 结合，诱导多发性骨髓瘤细胞中 IKZF1 和 IKZF3 的泛素化和降解，从而发挥其抗骨髓瘤活性。同样，来那度胺通过诱导 5q 染色体缺失的 MDS 中 CK1 α 的泛素化和降解发挥治疗作用。最近，为了获得更好的临床疗效，已经设计出新的沙利度胺类似物，包括 CC-122、CC-220 和 CC-885。此外，还发现了许多 IMiDs 的新底物。蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 是一类双功能分子，越来越多地被用作靶向其他难以处理的细胞蛋白的策略。PROTAC 似乎对新型疗法具有广泛的意义。在这篇综述中，我们总结了新一代免疫调节化合物、它们的潜在新底物以及设计新型 PROTAC 药物的新策略。
根皮素既是酪氨酸酶的底物，又是酪氨酸酶的抑制剂
酪氨酸酶是人体内控制黑色素生成的限速酶，黑色素生成过量可导致多种皮肤病。本文利用光谱、分子对接、抗氧化分析和色谱分析等方法研究了根皮素对酪氨酸酶的抑制动力学及其结合机制。光谱结果表明根皮素通过多相动力学过程以混合型方式可逆地抑制酪氨酸酶，其IC 50 为169.36 m mol/L。结果表明根皮素对酪氨酸酶固有荧光有较强的猝灭能力，主要通过静态猝灭过程，表明形成了稳定的根皮素-酪氨酸酶复合物。分子对接结果表明根皮素的主要构象与酪氨酸酶活性位点的门户结合。此外，抗氧化试验表明，根皮素具有强大的抗氧化能力，能够像抗坏血酸一样将 o-多巴醌还原为 L-多巴。有趣的是，光谱和色谱分析结果表明，根皮素是酪氨酸酶的底物，但也是抑制剂。提出了可能的抑制机制，这将有助于设计和寻找酪氨酸酶抑制剂。© 2019 由 Elsevier BV 出版
纳米结构的镍 - 果胶 - 荷兰合金在钛底物上生长的
能源系统和工程系，大江吉布克科学技术学院（DGIST），50-1 Sang-ri，Hyeongpung-Myeon，Dalseong-Gun，Dalseong-Gun，Daegu，Daegu，42988，