本文档介绍如何通过使用 DECIPHER 包中的 DesignPrimers 函数设计组特异性引物。作为案例研究,本教程重点关注链霉菌属不同物种的全测序基因组的内部转录间隔区 (ITS)。ITS 位于编码 16S 和 23S 核糖体 RNA 的基因之间的染色体上。本文档中的示例旨在从多种密切相关的链霉菌物种中寻找针对单一链霉菌物种的引物。但是,任何一组分成组的比对序列都可以使用类似的策略。例如,使用此程序设计的针对 16S 基因的属特异性引物可在 http://DECIPHER.codes 在线获取。分成组的比对 DNA 序列数据库用作该程序的输入。首先,使用 TileSeqs 函数将序列预处理为重叠的图块,这些图块将作为引物设计的模板 DNA。其次,DesignPrimers 函数确定满足某些设计约束的所有可能引物集,例如在特定实验条件下有效扩增目标组的能力。接下来,对完整的引物集进行评分,以确定其与属于
免疫系统是为了抵消不可预测的威胁,但它依靠可预测的活动周期来正常运行。免疫功能中的每日节奏是一个不断扩展的研究领域,许多人源自基于遗传的计时机制,称为昼夜节律。挑战是如何利用这些生物节奏来改善医疗干预措施。在这里,我们回顾了最近的文献,记录了昼夜节律如何组织基本的先天和适应性免疫活动,昼夜节律的免疫学后果和睡眠破坏以及该领域的知识差距。然后,我们考虑将昼夜节律与疫苗接种联系起来的证据,这是免疫功能的重要临床实现。最后,我们讨论了将昼夜节律免疫转换为患者床边的实用步骤。
引物编辑器 (PE) 可以在不造成供体 DNA 或双链断裂的情况下安装所需的碱基编辑,已用于植物,原则上可以加速作物改良和育种。然而,它们在植物中的编辑效率通常较低。通过基于熔化温度设计序列来优化引物编辑向导 RNA (pegRNA)、使用双 pegRNA 和工程 PE 均已被证明可以提高 PE 效率。此外,基于水稻引物编辑实验数据开发了一个自动化 pegRNA 设计平台 PlantPegDesigner。在本方案中,我们介绍了使用 PlantPegDesigner 设计和优化 pegRNA、构建具有增强编辑效率的工程植物 PE 载体进行引物编辑、使用报告系统评估引物编辑效率以及通过深度扩增子测序比较 PE 的有效性和副产物的详细方案。利用该方案,研究人员可以在4 – 7天内构建优化的用于引物编辑的pegRNA,并在3个月内获得引物编辑的水稻或小麦植物。
收到日期:2022 年 4 月 14 日;修订日期:2022 年 5 月 31 日;接受日期:2022 年 5 月 31 日,出版日期:2022 年 5 月 31 日 DOI:10.6026/97320630018471 出版伦理声明:作者声明他们遵守 COPE 出版伦理指南,如 https://publicationethics.org/ 其他地方所述。作者还承诺,他们与任何其他第三方(政府或非政府机构)无关联,且与本出版物有任何形式的不道德问题有关。作者还声明,他们没有隐瞒有关本文的任何误导出版商的信息。 官方电子邮件声明:通讯作者声明,并非所有作者都可以获得其机构的终身官方电子邮件 许可声明:这是一篇开放获取文章,允许在任何媒体中不受限制地使用、分发和复制,前提是对原始作品进行适当的归功于。本文章根据 Creative Commons 署名许可条款发布。读者评论:BIOINFORMATION 上发表的文章开放供相关发表后评论和批评,这些评论和批评将立即发布,并附有原始文章的链接,无需支付开放获取费用。评论应简洁、连贯且具有批判性,字数不得超过 1000 字。
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<目的是>〇[实验1]我们将测试不使用玻璃过滤器或碱性的高速离心分离方法,该方法被设计为环境DNA分离方法,并验证其有用性。 〇[实验2]将验证为海龟设计的通用底漆的性能,并将验证其在环境DNA中的使用。 〇[实验3]创建每个鉴定底漆,包括日本乌龟和日本乌龟,并验证其有效性。 〇[实验4]创建软壳龟识别引物并验证其有效性。
为执行目的,缩放的监管文本关键要点(II),认证代理必须交换任何与合规性相关的信息,这些信息可靠地认证,取消或调查操作,包括验证供应链的Traceabiality和审计记录, (iii)…所有参与交易所的认证代理人仍然有责任保留[专有]信息的机密性。
摘要:尽管人们对基因疗法有着极大的兴趣,但核酸的系统递送仍然面临巨大的挑战。要成功施用核酸,一种方法是将它们封装在脂质纳米颗粒 (LNP) 中。然而,静脉内施用的 LNP 大量积聚在肝脏中,并被网状内皮系统 (RES) 吸收。在这里,我们在 LNP 之前施用一种旨在暂时占据肝细胞的脂质体,即纳米引物。这项研究表明,用纳米引物预处理小鼠会降低 RES 对 LNP 的吸收。通过在肝细胞中快速积累,纳米引物提高了包裹人促红细胞生成素 (hEPO) mRNA 或因子 VII (FVII) siRNA 的 LNP 的生物利用度,分别导致更多的 hEPO 产生(增加 32%)或 FVII 沉默(增加 49%)。纳米引物的使用为改善 RNA 疗法的系统输送提供了一种新策略。关键词:mRNA、siRNA、脂质纳米颗粒、纳米载体、核酸疗法、纳米引物、Kup 细胞