扩展数据图 1. 使用 RFdiffusion 设计 β 链配对支架。为了充分利用 RFdiffusion 的多样化生成潜力,同时鼓励在设计输出中使用 β 链界面,我们实现了一种界面调节算法,该算法可根据简单的用户输入生成 SS/ADJ 调节张量。该模型以张量的形式理解折叠调节,这些张量标记每个残基(a,顶部和左侧)的二级结构(蓝色)以及这些二级结构块的邻接关系(a,黄色中心)。用户指定的参数指定了以下信息:结合剂界面二级结构块(在本例中为 β 链)、该块的长度(b,结合剂张量 L 中的青色块)以及结合剂块相邻的靶位残基(b,靶位张量 T 中的青色块)。根据这些预定义参数,该算法随机采样结合剂界面二级结构块在残基索引空间中的位置,同时保持与指定靶位残基的确定邻接关系(绿色)。该用户定义的调节张量将扩散输出导向β链配对的结合物-靶标界面 (c)。此前,RFdiffusion 界面设计计算可以针对指定为靶标“热点”的特定残基,以指定要结合的靶标残基。而这种新的链间 SS/ADJ 调节功能,使用户能够在结合物支架生成过程中指定“β链热点”或“ɑ-螺旋热点”。基于扩展的结合物-靶标 SS/ADJ 张量调节的结合物支架输出,支持用户指定 β 链界面类型的设计。
摘要:我们表明,通过扩展主动推理框架,可以在目的论框架中制定目标导向的行动规划和生成。所提出的模型建立在变分递归神经网络模型上,具有三个基本特征。这些特征是:(1)可以为静态感官状态(例如要达到的目标图像)和动态过程(例如围绕物体移动)指定目标;(2)该模型不仅可以生成目标导向的行动计划,还可以通过感官观察来理解目标;(3)该模型根据从过去的感官观察推断出的当前状态的最佳估计,为给定目标生成未来的行动计划。通过在模拟移动代理以及执行对象操作的真实人形机器人上进行实验来评估所提出的模型。
多面体蛋白纳米局量作为疫苗平台取得了很大的成功(1-3),并且是生物制剂递送的有前途的车辆(4-7)。因此,人们对设计能够显示大量抗原或包装更大的更大的碳的更大且更复杂的结构有很大的兴趣。然而,常规的多面体是所有亚基都具有相同局部环境的最大闭合结构(8-11),因此访问更大,更复杂的封闭结构需要打破局部对称性。病毒通过在独特的环境(伪对称)(12)中放置化学不同但结构上相似的链条或利用相同的亚基来解决这个问题,或者利用在不同环境中采用不同构象的相同亚基(准对象)(13-15)(13 - 15),以访问具有更高的三角形(T)数量(13)结构(13),具有较大的亚基和互联剂和较大的子燃料。设计更大,更复杂的纳米焦点的一种有希望的途径是从定期的多面体纳米局(t = 1)开始,该纳米局(t = 1)是由对称的同构构构建块构建的,这些构建块的分离式环状布置是通过在假异构的异构体中代替这些构建块的隔离循环排列,然后通过将t = 4和大型结构与其他结构结合在一起,并与这些其他结构相结合。在这里,我们提供了这种设计方法的高级几何概述,以说明如何使用设计多样性和设计经济之间的权衡方向来实现不同的设计成果,正如在两篇随附的论文中实验证明的那样,Lee等人(16)和Dowling等人(17)。
1 机器人、人工智能与实时系统,慕尼黑工业大学信息学院,德国慕尼黑,2 于利希超级计算中心 (JSC) 神经科学模拟与数据实验室,高级模拟研究所,JARA,于利希研究中心有限公司,德国于利希,3 瑞士国家超级计算中心 (CSCS),苏黎世联邦理工学院,瑞士卢加诺,4 神经计算单元,冲绳科学技术研究生院,日本冲绳,5 机器人与人工智能卓越系,生物机器人研究所,Scuola Superiore Sant'Anna,意大利蓬泰代拉,6 计算机架构与技术系,格拉纳达大学信息与通信技术研究中心,西班牙格拉纳达,7 图像处理研究团队,日本理化学研究所先进光子学中心,和光,8 计算工程应用单元,信息系统与网络安全总部,理化学研究所,日本和光市、9 日本东京电气通信大学信息与工程研究生院、10 德国于利希研究中心、神经科学与医学研究所 (INM-6)、高级模拟研究所 (IAS-6)、JARA BRAIN 研究所 I、11 德国亚琛工业大学计算机科学 3-软件工程、12 日本神户理化学研究所计算科学中心
Colossal 的标志性复活灭绝项目将是复活猛犸象,或者更具体地说,复活一头具有猛犸象所有核心生物学特征的耐寒大象。它将像猛犸象一样行走、看起来像猛犸象、听起来像猛犸象,但最重要的是,它将能够栖息在猛犸象灭绝后遗弃的生态系统中。
基于锚点的大规模多视图聚类因其在处理海量数据集方面的有效性而引起了广泛关注。然而,当前的方法主要通过探索锚点图或投影矩阵之间的全局相关性来寻找用于聚类的共识嵌入特征。在本文中,我们提出了一种简单而有效的可扩展多视图张量聚类(S 2 MVTC)方法,我们的重点是学习视图内和跨视图的嵌入特征的相关性。具体而言,我们首先通过将不同视图的嵌入特征堆叠到张量中并旋转它来构造嵌入特征张量。此外,我们构建了一种新颖的张量低频近似(TLFA)算子,它将图相似性结合到嵌入特征学习中,有效地实现不同视图内嵌入特征的平滑表示。此外,对嵌入特征应用共识约束以确保视图间语义一致性。在六个大规模多视图数据集上的实验结果表明,S 2 MVTC 在聚类性能和 CPU 执行时间方面明显优于最先进的算法,尤其是在处理海量数据时。S 2 MVTC 的代码已公开发布在 https://github.com/longzhen520/S2MVTC。
为生物搜索中使用的显微镜图像仍然是一个重要的挑战,尤其是对于跨越数百万图像的大规模实验。这项工作探讨了经过越来越较大的模型骨架和显微镜数据集训练时,弱监督的clasifirers和自我监管的蒙版自动编码器(MAE)的缩放属性。我们的结果表明,基于VIT的MAE在一系列任务上的表现优于弱监督的分类器,在召回从公共数据库中策划的已知生物学关系时,相对实现的相对效果高达11.5%。此外,我们开发了一种新的通道敏捷的MAE架构(CA-MAE),该体系结构允许在推理时输入不同数字和通道的图像。我们证明,在不同的实验条件下,在不同的实验条件下,CA-MAE通过推断和评估在显微镜图像数据集(Jump-CP)上有效地概括了,与我们的训练数据(RPI-93M)相比,通道结构不同。我们的发现促使人们继续研究对显微镜数据进行自我监督学习,以创建强大的细胞生物学基础模型,这些模型有可能促进药物发现及其他方面的进步。与此工作发布的相关代码和选择模型可以在以下网址找到:https://github.com/ recursionpharma/maes_microscopy。
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挑战禁飞区。联军空军的优势是压倒性的。然而,他可以在北部和南部实施其他军事战略,这会给我们带来困难。首先,伊拉克人可以加大对伊拉克南部沼泽地区什叶派的地面攻击,看看联军愿意为保卫什叶派付出多大努力。禁飞区将减轻南部的一些苦难,但不一定能阻止该地区的炮火和坦克袭击。幸运的是,对什叶派进行更多的地面攻击可能会变得无效。南部沼泽地的大量湖泊和溪流使地形非常适合重型装甲。萨达姆还可以选择增加对伊拉克北部库尔德人的攻击。这样的举动对我们和目标库尔德人来说都可能更加困难。
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