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鉴定弥漫性大 B 细胞淋巴瘤中的关键拷贝数驱动基因 ATP1B1 以及药物的潜在靶点
淋巴瘤是起源于淋巴造血系统的恶性肿瘤，分为霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤。现有数据调查估计，2020年全球新发病例509,590例，淋巴瘤死亡人数超过248,724例（1）。弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是最常见的非霍奇金淋巴瘤，约占所有病例的30%，其中还包括特定亚型或疾病实体（2）。在目前的临床诊断和治疗策略中，R-CHOP（瑞妥昔单抗、环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松）是首选的治疗方案，具有良好的抑制疾病发展的能力（3）。许多患者要么复发，要么出现原发性难治性疾病并最终死于该病（4,5）。为DLBCL的检测和治疗提供新的诊疗思路，需要开展DLBCL生物标志物相关研究，并进一步探究相关分子机制，为DLBCL的临床治疗提供新的诊疗策略。
犬弥漫性大 B 细胞淋巴瘤基因组图谱表征揭示复发性 H3K27M 突变与无进展生存相关
弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL) 是一种侵袭性造血肿瘤，会影响人类和狗。虽然之前对犬 DLBCL (cDLBCL) 的研究大大提高了我们对该疾病的了解，但这些研究的大部分都依赖于全外显子组测序，而全外显子组测序在检测编码区以外的拷贝数畸变和其他基因组变化方面的能力有限。此外，许多此类研究缺乏足够的临床随访数据，因此很难在遗传变异和患者结果之间建立有意义的关联。我们的研究旨在使用全基因组测序来描述 cDLBCL 的突变情况，这些样本来自之前参加临床试验的 43 只狗，并且有纵向随访。我们专注于识别与编码点突变、拷贝数畸变显著或反复突变的基因，以及它们与患者结果的关联。我们确定了 26 个反复突变的基因、18 个拷贝数增加和 8 个拷贝数丢失。与之前的研究一致，最常见的突变基因包括 TRAF3 、 FBXW7 、 POT1 、 TP53 、 SETD2 、 DDX3X 和 TBL1XR1 。最显著的拷贝数增加发生在 13 号染色体上，与 MYC 和 KIT 等关键致癌基因重叠，而最常见的缺失是 26 号染色体上的局部缺失，包括 IGL 、 PRAME 、 GNAZ 、 RAB36 、 RSPH14 和 ZNF280B 。值得注意的是，我们的复发性突变基因集中显著富集了参与表观遗传调控的基因。特别是，我们在两个组蛋白基因 H3C8 和 LOC119877878 中发现了热点突变，导致 H3K27M 改变，预计会导致基因表达失调。最后，生存分析显示，H3C8 中的 H3K27M 突变与无进展生存的风险比增加有关。拷贝数异常与生存无关。这些发现强调了表观遗传失调在 cDLBCL 中的关键作用，并确认狗是研究新型组蛋白修饰治疗策略的生物活性的相关大型动物模型。
16S DNA定量标准微生物组
的不同DNA中，并作为模板进行了绝对定量的16S rRNA植物群分析。从获得的标准物质导线中制备了校准曲线，并计算了百日咳芽孢杆菌的16S rRNA基因的拷贝数，并对不同来源的DNA平均计算了百日咳的拷贝数。这表明该产品可用于比较不同样品之间的细菌体积和控制每个分析测试的准确性。
通过计算机分析实现医用大麻基因组编辑的明智设计；基因家族和变异表征
我们访问并挖掘了大量的参考基因组数据集，以确定拷贝数变异和相关的 SNP 变异，以获得基因型独立编辑的最佳靶编辑位点。基因组中存在拷贝数变异和高度多态性的基因序列，使使用 CRISPR、锌指和 TALEN 进行基因组编辑在技术上变得困难。通过核苷酸和氨基酸比对并进行比较序列分析来确定等位基因或额外基因拷贝的评估。根据确定的基因拷贝数和 SNP 的存在，使用多种在线 CRISPR 设计工具设计针对每个基因、伴随等位基因和所有相关途径中的同源物的 sgRNA，以创建敲除以供进一步研究。使用 MultiTargeter 为高度同源序列设计通用 sgRNA，并使用 Sequencher 进行可视化，创建独特的 sgRNA，避免 SNP 和共享核苷酸位置，靶向最佳编辑位点。
两项遗传队列研究显示，性格特征与根据基因组序列估算出的血线粒体 DNA 拷贝数始终相关
背景：组织和血液中的线粒体 DNA 拷贝数 (mtDNAcn) 可能在糖尿病和重度抑郁等情况下发生改变，并可能在衰老和长寿中发挥作用。然而，人们对 mtDNAcn 与情绪状态、代谢健康和长寿相关的人格特质之间的关联知之甚少。本研究检验了血液 mtDNAcn 与人格特质相关并介导人格与死亡率之间关联的假设。方法：我们使用修订版 NEO 人格量表 (NEO-PI-R) 评估了五大人格领域和方面，使用流行病学研究中心抑郁量表 (CES-D) 评估了抑郁症状，从全基因组测序中估计了 mtDNAcn 水平，并追踪了巴尔的摩老龄化纵向研究参与者的死亡率。结果在 SardiNIA 项目中得到了复制。结果：我们发现 mtDNAcn 与神经质领域及其方面呈负相关，与其他四个领域的方面呈正相关。这些影响的方向和大小在 SardiNIA 队列中得到了复制，并且在两个样本中对潜在混杂因素的调整都很稳健。与神经质的发现一致，抑郁症状越高，mtDNAcn 越低。最后，mtDNAcn 介导了人格与死亡风险之间的关联。
HNO97 电池产品说明书 | 300129
HNO97 细胞系源自口腔鳞状细胞癌，这是头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 的一个亚型。该细胞系的特征是各种染色体异常，包括 3p25-pter、3q、5p、9q22-qter、10p、10q、11cen-p14、20p 和 20q 等区域的 DNA 拷贝数增加，以及 18q 区域的拷贝数显著减少。这些基因改变与侵袭性 HNSCC 中经常观察到的基因改变一致，并且与肿瘤进展中的关键致癌基因有关，包括与细胞周期调控和增殖有关的基因。
MYC驱动的线粒体DNA拷贝数的增加发生了早期，并且在整个前列腺癌进展中持续存在
胶质母细胞瘤（GBM）是最致命的脑癌，GBM干细胞（GSC）驱动治疗性耐药性和复发性。靶向GSC提供了预防肿瘤复发和改善预后的有希望的策略。我们识别SUV39H1，一种组蛋白-3，赖氨酸-9甲基转移酶，对于GSC维持和GBM进展至关重要。SUV39H1在GBM中被上调，单细胞RNA-Seq由于超增强剂介导的激活而在GSC中的表达主要显示。GSC中Suv39H1的敲低损害了它们的增殖和茎。 全细胞RNA-seq分析表明，SUV39H1调节G 2 /M细胞周期进展，干细胞维持和GSC中的细胞死亡途径。 通过将RNA-Seq数据与ATAC-SEQ数据集成在一起，我们进一步证明了SUV39H1的敲低改变了与这些途径相关的关键基因中的染色质可及性。 Chaetocin是SUV39H1抑制剂，模仿SUV39H1敲低的作用，将GSC的茎和敏化细胞降低到Temozolomide，这是标准GBM化学疗法。 在患者衍生的异种移植模型中，靶向SUV39H1抑制了GSC驱动的肿瘤生长。 在临床上，高SUV39H1表达与胶质瘤预后不良相关，支持其作为治疗靶点的相关性。 这项研究将SUV39H1确定为GSC维护的关键调节剂，并且是改善GBM治疗和患者结局的有前途的治疗靶标。GSC中Suv39H1的敲低损害了它们的增殖和茎。全细胞RNA-seq分析表明，SUV39H1调节G 2 /M细胞周期进展，干细胞维持和GSC中的细胞死亡途径。通过将RNA-Seq数据与ATAC-SEQ数据集成在一起，我们进一步证明了SUV39H1的敲低改变了与这些途径相关的关键基因中的染色质可及性。Chaetocin是SUV39H1抑制剂，模仿SUV39H1敲低的作用，将GSC的茎和敏化细胞降低到Temozolomide，这是标准GBM化学疗法。在患者衍生的异种移植模型中，靶向SUV39H1抑制了GSC驱动的肿瘤生长。在临床上，高SUV39H1表达与胶质瘤预后不良相关，支持其作为治疗靶点的相关性。这项研究将SUV39H1确定为GSC维护的关键调节剂，并且是改善GBM治疗和患者结局的有前途的治疗靶标。