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World File Search System拷贝数
TPQCI：一种基于拓扑的潜在方法，用于量化拷贝数变化的功能影响
通讯作者：私下生物统计学系印第安纳大学医学院和理查德·M·费尔班克斯公共卫生学院410 W 10th St.，Suite 3000印第安纳波利斯，印第安纳州印第安纳州，46202电子邮件：xioochun@iu.edu.edu.edu.edu电话：317-274-2696
不同葡萄品种的年轻和成熟叶片中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数
摘要。亚细胞细胞器（植物）的DNA矩阵的拷贝数可以作为光合作用和氧化磷酸化过程的强度的指标。我们评估了三种葡萄品种的年轻和成熟叶子中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数（RCN）：“ Traminer Pink”，“ Chardonnay”和“ Syrah”和“ Syrah”，在田间条件下生长。叶样品（5-10 mg），以进行随后的总DNA提取。使用LightCycler 480 SYBR Green I Master Mix（Lifescience，Roche）和LightCycler 96自动分析仪（Roche Life Science）进行QRT-PCR反应。使用GAPDH基因（染色体DNA）确定NAD1基因（线粒体DNA）和RPS16基因（叶绿体DNA）的相对拷贝数。使用2 -∆ CT 2- ∆ΔCT算法进行定量评估。已经确定，叶绿体和线粒体DNA的相对拷贝数（RCN）值变化，并取决于葡萄的品种和叶片成熟度。RCN在成熟的葡萄叶中的光合作用强度和成熟葡萄叶片的氧化磷酸化强度更高。在评估宏观能力平衡（MEB）指标时，可以得出结论，通过光合作用过程在叶绿体中获得的能量的2％至4％用于生产年轻叶子和成熟叶片中各种葡萄品种的线粒体中的宏观能。我们开发的实验方案可以成功用作测试系统，以评估各种葡萄品种的潜在产量。
DNA甲基化剖面的异质性和10782成人型胶质母细胞瘤的拷贝数变化，IDH-WildType
我们确定了10782个上传到网页www.moleculacularneuropathology.org的甲基化数据集，海德堡脑肿瘤分类器版本v12.8的校准得分≥0.9。这些甲基化类别的特征是诊断胶质母细胞瘤是根据WHO 2021定义在每个类中遇到的最常见的分类。此外，为这项研究选择的甲基化类别主要含有成年患者。无监督的聚类证实，根据WHO 2021年的定义，含有最有可能接受诊断胶质母细胞瘤的肿瘤的九种甲基化类别。拷贝数分析和对具有典型数值改变的基因的关注，揭示了九种甲基化类别之间的明显差异。尽管在过去十年中已经取得了巨大的诊断精度进展，但我们的数据清楚地表明，胶质母细胞瘤，IDH-WildType仍然是一个需要进一步分层的异质群体。
使用唯一分子标识符从下一代测序中改进高分辨率拷贝数变化分析
摘要背景：最近，涉及致癌途径涉及的基因的拷贝数变化（CNV）引起了人们对管理疾病可疑性的越来越多的关注。CNV是肿瘤细胞基因组中最重要的体细胞像差之一。癌基因激活和肿瘤抑制基因失活通常归因于许多癌症类型和阶段的拷贝数增益/扩增或缺失。下一代测序方案的最新进展允许将唯一分子标识符（UMI）添加到每个读取中。每个靶向的DNA片段都用添加到测序引物中的独特随机核苷酸序列标记。umi通过使每个DNA分子在不同的读取群中使每个DNA分子与CNV检测特别有用。结果：在这里，我们提出了分子拷贝数改变（MCNA），这是一种新的甲基动态，允许使用UMI检测拷贝数变化。该算法由四个主要步骤组成：UMI计数矩阵的构建，使用控制样品构建伪参考，log-Ratios的计算，分割以及最后的统计推断异常分段断裂。我们证明了MCNA在患有弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的数据集上取得了成功，我们强调MCNA结果与比较基因组杂交具有很强的相关性。结论：我们提供了MCNA，这是一种新的CNV检测方法，可在https：// gitla b.com/pierr ejuli en.viail ly/mcNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA许可下免费获得。MCNA可以通过使用UMI显着提高CNV变化的检测准确性。
使用液滴数字聚合酶链反应
重组腺相关病毒（RAAV）是通常用于基因治疗的病毒载体。残留的宿主细胞DNA是一种与感染和致癌性风险有关的杂质。因此，需要对其进行监控以进行质量控制。我们旨在开发针对18S核糖体RNA（RRNA）基因的液滴数字聚合酶链反应（DDPCR）方法，以定量残留宿主细胞DNA。使用两组共享C-末端的启动对确定18S rRNA基因的拷贝数。对于将18S rRNA基因的拷贝数转化为基因组DNA的质量浓度，HEK293基因组DNA中18S rRNA基因的准确拷贝数通过与三个参考基因的拷贝数（EIF5B，DCK和HBB的拷贝数进行比较）确定。结果表明，回收了88.6–97.9.9％的HEK293基因组DNA，被回收到RAAV制剂中。将基于DDPCR的分析应用于RAAV制剂，以定量残留的宿主细胞DNA作为杂质。我们的发现表明该测定可用于RAAV产品中残留宿主细胞DNA的定量和尺寸分布。
基于唾液的无细胞线粒体DNA水平是一种独立的预后生物标志物，适用于头颈鳞状细胞癌
摘要：无细胞核DNA的拷贝数（CF-NDNA）和无细胞的线粒体DNA（CF-MTDNA）的变化显示出在头部和颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中表现出了有希望的诊断公用事业。考虑到没有用于HNSCC监视的客观预后工具，本研究旨在评估基于唾液的CF-NDNA和CF-MTDNA在预测HNSCC患者总体存活方面的实用性。这项研究包括94例患者的HNSCC诊断，平均随访时间为32.04个月（±19.1）。从每位患者中收集了基于唾液的液体活检。使用多重定量PCR来确定CF-NDNA和CF-MTDNA的绝对数量。使用Kaplan -Meier估计量和COX比例危害回归模型来评估总体生存。死者患者的CF-NDNA和CF-MTDNA的绝对拷贝数在统计学上明显高于审查患者中的CF-NDNA和CF-MTDNA的绝对拷贝数（p <0.05）。CF-NDNA或CF-MTDNA水平升高的个体与总体生存率明显差有关（P≤0.05）。单变量分析表明，只有CF-MTDNA的绝对拷贝数是总生存期的唯一预测指标。然而，多元分析表明，CF-NDNA的所有绝对拷贝数，CF-MTDNA的绝对拷贝数和HNSCC阶段都是总体存活率的预测指标。我们的研究证实了唾液是一种可靠且无创的数据来源，可用于预测HNSCC患者的总体存活，其中CF-MTDNA水平是唯一的预测因子。
组织或循环肿瘤 DNA 下一代测序对晚期癌症中 ERBB2 拷贝数增加的阳性预测值
样本采集时的中位年龄为 56 岁（四分位距 45-65 岁），69.5% 为女性，种族为 73% 白人、7% 亚裔、12% 黑人、11% 未知，9% 为西班牙裔（表 1）。 ERBB2 CNG 见于 18 种癌症亚型（图 1），其中最常见的恶性肿瘤是：乳腺癌 (n = 68)、非小细胞肺癌 (NSCLC, n = 25)、结直肠癌 (n = 18)、胃食管癌 (n = 17, 15 例腺癌, 2 例鳞状细胞癌)、胰腺癌 (n = 11)、子宫癌 (n = 11)、膀胱 / 上尿路癌 (n = 7)、卵巢 / 输卵管癌 (n = 4)、胆道癌 (n = 3) 和小细胞肺癌 (SCLC, n = 3)（图 1）。ERBB2 CNG 也见于肛门癌、原发性癌不明、宫颈癌、黑色素瘤、神经内分泌癌、肾细胞癌和唾液腺癌患者（各 n = 1）。如果进行组织 NGS 检测，用于 IHC 和 NGS 检测的活检部位为肝脏（37%）、淋巴结（18%）、肺（12%）、骨（7%）、中枢神经系统（5%）、皮肤（5%），其余来自其他部位，最常见的是乳房。
嵌合性染色体变异/体细胞拷贝数变异：复杂疾病遗传关联研究的新前沿
全基因组关联研究已发现许多与复杂疾病相关的常见和罕见种系遗传变异，包括单核苷酸多态性 (SNP)、拷贝数变异 (CNV) 和其他组成结构变异。然而，很大一部分疾病易感性仍无法解释，通常称为缺失遗传性。一个越来越受关注的领域是受精后出现的遗传变异，称为嵌合体突变，发生在细胞分裂过程中。携带有害突变的细胞可能通过修复机制、细胞凋亡或免疫监视被消除，而其他细胞可以将其突变传递给子细胞。因此，在早期胚胎发育过程中，每次细胞分裂都会保留一个或多个合子后突变。随着发育的进展，这些突变不断积累，导致细胞间基因组景观多样化。因此，大多数细胞最终携带独特的基因组。虽然许多嵌合体突变可能是中性的，但某些突变可能是致病的。嵌合体可发生在体细胞和生殖细胞中，体细胞嵌合体最近因其在神经遗传疾病中的潜在作用而受到关注。合子后突变涵盖所有主要的突变类型，包括染色体非整倍体、大规模结构异常、CNV、小插入/缺失和单核苷酸变异。其中，嵌合性染色体改变，也称为体细胞CNV（sCNV），通常是由于胚胎发生过程中的染色体不稳定性造成的。这些突变主要发生在合子后或胚胎发育早期，偶尔由合子后对减数分裂错误的部分挽救而引起，导致细胞亚群携带这些突变。值得注意的是，sCNV 在人类神经元中大量存在（1）。大脑主要从外胚层发育而来，而血细胞起源于中胚层。细胞比例高的体细胞突变更有可能发生在发育早期。如果这些突变出现得足够早，例如在原肠胚形成期间或之前，它们可能同时存在于脑细胞和血细胞中。随着个体年龄的增长，克隆性造血会导致血细胞中积累大量高细胞分数体细胞突变，而这些突变可能不存在于其他组织中。因此，分析年轻个体血液的基因组数据可以识别与大脑共有的体细胞突变，为了解脑部疾病的遗传易感性提供有价值的见解（图 1）。目前至少有 8 个实验平台可用于检测 sCNV。表 1 比较了这些分子检测的分辨率、优点和缺点。其中，
男性摄入的白藜芦醇摄入量增加了源自老鼠的线粒体DNA拷贝数和端粒的长度
摘要。本研究检查了雄性白藜芦醇摄入是否影响了由年轻和老年男性小鼠父亲的胚泡中的线粒体DNA拷贝数（MT-CN）和端粒长度（TL）。C57BL/6N雄性小鼠在14-23和48-58周龄时使用含有0.1 mM白藜芦醇的水或水的水或水。从超卵形雌性小鼠的输卵管（8-15周大）的输卵管中收集两细胞阶段的胚胎，并培养3天直到胚泡阶段。 通过实时聚合酶链反应测量 MT-CN和TL水平。 白藜芦醇摄入量不会影响体重或消耗。 白藜芦醇摄入量增加了肝脏中SIRT1的表达水平，血清的抗氧化能力和心脏延伸的TL，而精子中心脏或TL中MT-CN没有显着差异。 老年小鼠的胚泡发育速率明显低于年轻小鼠，白藜芦醇摄入量增加了源自年轻和老年男性的胚泡总数。 白藜芦醇摄入量不会影响源自年轻小鼠的胚泡胚胎的囊泡体中的MT-CN或TL，但在源自老年父亲的胚泡的胚泡中，MT-CN和TL都显着增加了MT-CN和TL。 总而言之，白藜芦醇摄入量增加了源自老年雄性小鼠的胚泡中的MT-CN和TL水平。 关键词：胚胎，线粒体，父亲衰老，白藜芦醇，端粒两细胞阶段的胚胎，并培养3天直到胚泡阶段。MT-CN和TL水平。白藜芦醇摄入量不会影响体重或消耗。白藜芦醇摄入量增加了肝脏中SIRT1的表达水平，血清的抗氧化能力和心脏延伸的TL，而精子中心脏或TL中MT-CN没有显着差异。老年小鼠的胚泡发育速率明显低于年轻小鼠，白藜芦醇摄入量增加了源自年轻和老年男性的胚泡总数。白藜芦醇摄入量不会影响源自年轻小鼠的胚泡胚胎的囊泡体中的MT-CN或TL，但在源自老年父亲的胚泡的胚泡中，MT-CN和TL都显着增加了MT-CN和TL。总而言之，白藜芦醇摄入量增加了源自老年雄性小鼠的胚泡中的MT-CN和TL水平。关键词：胚胎，线粒体，父亲衰老，白藜芦醇，端粒
疾病建模和药理学拯救常染色体显性视网膜炎1与Rho拷贝数变化相关的色素2 3 4 sangeetha k
疾病模型和药理学营救对常染色体显性视网膜炎1与Rho拷贝数变化相关的色素2 3 4 Sangeetha Kandoi 1,2，Cassandra Martinez 1,2 1,2，Kevin Xu Chen 2，Miika Mehine 3，Miika Mehine 3，Brian C. Ophthalmology, University of California San Francisco, CA, USA 8 2 Eli and Edythe Broad Center of Regeneration Medicine & Stem Cell Research, 9 University of California San Francisco, CA, USA 10 3 Blueprint Genetics, Helsinki, Finland 11 4 Section on Cellular Differentiation, Division of Translational Medicine, Eunice Kennedy 12 Shriver National Institute of Child Health and Human Development, National Institutes of 13 Health,美国医学博士贝塞斯达。14 15 16通讯作者：Deepak A. Lamba。35 Medical Center Way，IRM，旧金山17 CA 94143。电子邮件：deepak.lamba@ucsf.edu 18 19 20 21 22资金信息：NEI R01 EY032197和CIRM DISC0-14449（D.A.L），U24 23 EY 029891（D.A.L和J.L.L和J.L.D） 25核心NIH/NEI P30 EY002162，以及从研究中获得26盲人的无限制赠款，纽约，纽约，27 28 29商业关系披露：30 Sangeetha Kandoi -31 Cassandra Martinez -Cassandra Martinez-无32 Kevin Xu Chen -33 Kevin Xu Chen -None 33 Miika Mehine -33 Miika Mehine -34 Brian C.无37 38 39 40 41 42 43 44 45 46