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线粒体DNA氧化，甲基化和双极抑郁症的拷贝数改变
情绪障碍，包括重度抑郁症（MDD）和双相情感障碍（BD），是普遍且致残的精神疾病（1）。情绪障碍的患者表现出由遗传和环境因素的复杂相互作用引起的症状（2-4）。尽管有很多发现，涉及各个级别的结构和功能改变，从微结构和分子途径到神经网络，但对抑郁症基本机制的理解仍然很少（4）。最近的证据表明，情绪障碍与几种机制有关，包括表观遗传调节和氧化应激，这可以触发基因组材料中的各种修饰，例如DNA甲基化或氧化（3，5，6）。表观遗传调节包括控制基因表达的机制，而DNA核苷酸序列没有任何变化。越来越多的报告表明表观遗传机制，例如DNA甲基化，组蛋白修饰和非编码RNA可能在情绪障碍的发病机理以及对药理干预措施的反应中起关键作用（3、5、7、8）。在表观遗传机理中，DNA甲基化是情绪障碍中最广泛的研究，涉及将甲基添加到DNA分子中。DNA甲基化改变经常在抑郁症患者中显示（9）。除了甲基化变化外，DNA还易于自由基氧化，从而导致氧化引起的DNA损伤。以前的证据支持氧化诱导的DNA损伤在抑郁症的发病机理中存在（10 - 13）。但是，这些发现仅基于核遗传物质在内的核DNA和RNA的修改。线粒体是半自治的细胞器，其中包含其自己的，圆形的，母体遗传和双链（即重和轻链）线粒体DNA（mtDNA），并用作人体的主要能量供应。mtDNA编码属于电子传输链复合物，22个转移RNA和2个核糖体RNA的13个多肽，并包含一个非编码区域，其中包括位移环（D-Loop）（14，15）。mtDNA的改变可能会导致线粒体基因表达的变化，从而影响人体的线粒体功能和生物能调节，从而导致线粒体功能障碍（16）。线粒体功能障碍已被确定为抑郁症各个方面的关键机制之一，例如精神症状和神经认知异常以及早期衰老（17，18）。先前的研究报告了MDD和BD（19，20）中线粒体代谢产物，基因或蛋白质水平的异常，并提出了类似的线粒体功能障碍，这些疾病之间的线粒体功能障碍（21 - 23）。尽管mtDNA比核DNA更容易受到基因组修饰的影响（例如甲基化和氧化）（24，25），但识别mtDNA修饰，
不同葡萄品种的年轻和成熟叶片中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数
摘要。亚细胞细胞器（植物）的DNA矩阵的拷贝数可以作为光合作用和氧化磷酸化过程的强度的指标。我们评估了三种葡萄品种的年轻和成熟叶子中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数（RCN）：“ Traminer Pink”，“ Chardonnay”和“ Syrah”和“ Syrah”，在田间条件下生长。叶样品（5-10 mg），以进行随后的总DNA提取。使用LightCycler 480 SYBR Green I Master Mix（Lifescience，Roche）和LightCycler 96自动分析仪（Roche Life Science）进行QRT-PCR反应。使用GAPDH基因（染色体DNA）确定NAD1基因（线粒体DNA）和RPS16基因（叶绿体DNA）的相对拷贝数。使用2 -∆ CT 2- ∆ΔCT算法进行定量评估。已经确定，叶绿体和线粒体DNA的相对拷贝数（RCN）值变化，并取决于葡萄的品种和叶片成熟度。RCN在成熟的葡萄叶中的光合作用强度和成熟葡萄叶片的氧化磷酸化强度更高。在评估宏观能力平衡（MEB）指标时，可以得出结论，通过光合作用过程在叶绿体中获得的能量的2％至4％用于生产年轻叶子和成熟叶片中各种葡萄品种的线粒体中的宏观能。我们开发的实验方案可以成功用作测试系统，以评估各种葡萄品种的潜在产量。
精神分裂症同卵双胞胎的线粒体 DNA 拷贝数和异质体不一致
精神分裂症 (SZ) 是一种严重、复杂且常见的精神疾病，具有高遗传性 (80%)、成人发病年龄和同卵双胞胎 (MZ) 中的高度不一致 (∼ 50%)。对家族性和非家族性病例的大量研究表明 SZ 中存在许多分离突变和从头改变，其中可能包括线粒体基因组的改变。然而，尚未发现单一的普遍致病变异，突显了其广泛的遗传异质性。本报告特别关注使用血液对一组独特的同卵双胞胎不一致 (MZD) 中 SZ 的线粒体基因组变化进行评估。将六对 MZD 双胞胎和两组父母 (N = 16) 的基因组 DNA 与 Affymetrix Human SNP Array 6.0 杂交，以评估线粒体 DNA 拷贝数 (mtDNA-CN)。对 MZD 对及其父母的子集进行了全基因组测序 (WGS) 和定量聚合酶链式反应 (qPCR)，并用于得出 mtDNA-CN 估计值。进一步分析了 WGS 数据以生成异质体 (HP) 估计值。我们的结果表明，正如预期的那样，配对内和母子差异的 mtDNA-CN 估计值小于涉及无关个体的比较。MZD 双胞胎的 mtDNA-CN 估计值不一致，并且在所有技术中 mtDNA-CN 差异的方向性一致。此外，qPCR 在基于相关性估计 mtDNA-CN 方面表现优于 Affymetrix。在 MZD 双胞胎之间未检测到可靠的 HP 差异。观察到的 MZD 内 mtDNA-CN 差异代表合子后体细胞变化，可能导致 MZ 双胞胎在疾病（包括 SZ）方面不一致。
亚克隆体细胞拷贝数变异在复发性骨肉瘤中出现并占主导地位 Michael D. Kinnaman 1,2 , Simone Zaccaria 3,4 , Alvin Makohon-
摘要 ◥ 人们在骨肉瘤中进行了多项大规模基因组分析，以确定肿瘤发生、治疗反应和疾病复发的基因组驱动因素。肿瘤内空间和时间的异质性也可能在促进肿瘤生长和治疗耐药性方面发挥作用。我们对 8 名复发或难治性骨肉瘤患者的 37 个肿瘤样本进行了纵向全基因组测序。每位患者至少有一个来自原发部位和转移或复发部位的样本。除一名患者外，所有患者均发现了亚克隆拷贝数变异。在 5 名患者中，来自原发性肿瘤的亚克隆出现并在随后的复发中占主导地位。在 7 名具有多个克隆的患者中，6 名患者的治疗耐药性克隆中 MYC 增益/扩增富集。在耐药拷贝数克隆中还观察到了其他潜在驱动基因（如 CCNE1 、 RAD21 、 VEGFA 和 IGF1R ）的扩增。染色体重复时间分析显示，复杂的基因组重排通常发生在诊断之前，支持宏观进化的进化模型，其中大量基因组畸变在短时间内获得，然后进行克隆选择，而不是持续进化。复发性肿瘤的突变特征分析表明，同源修复缺陷 (HRD) 相关的 SBS3 在每个
无症状和有症状 COVID-19 患者血浆线粒体 DNA 拷贝数比较
简介：自 COVID-19 大流行开始以来，已报告 COVID-19 患者的临床表现范围广泛，从无症状感染到轻度或重度疾病和死亡。研究表明了几种可能影响 COVID-19 临床结果的因素。促炎状态和抗病毒反应受损被认为是重症 COVID-19 的主要促成因素。考虑到线粒体在调节对病原体的免疫反应、促炎信号传导和细胞死亡方面发挥着重要作用，它在 SARS-CoV-2 感染中受到了广泛关注。最近的研究表明，高水平的无细胞线粒体 DNA（cf-mtDNA）与 COVID-19 重症监护病房 (ICU) 入院和死亡风险增加有关。然而，关于 SARS-CoV-2 感染中 cf-mtDNA 的研究很少，主要集中于重症 COVID-19 病例。在本研究中，我们调查了 COVID-19 患者的 cf -mtDNA 拷贝数，并比较了无症状病例和有症状病例，并评估了临床价值。我们还确定了研究组中的 cf -核 DNA (cf -nDNA) 拷贝数和线粒体转录因子 A (TFAM) mRNA 水平。
核糖体DNA拷贝数与人类和其他哺乳动物的体重有关
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2023年8月6日。 https://doi.org/10.1101/2023.08.03.551775 doi：Biorxiv Preprint
疾病建模和药理学拯救常染色体显性视网膜炎1与Rho拷贝数变化相关的色素2 3 4 sangeetha k
疾病模型和药理学营救对常染色体显性视网膜炎1与Rho拷贝数变化相关的色素2 3 4 Sangeetha Kandoi 1,2，Cassandra Martinez 1,2 1,2，Kevin Xu Chen 2，Miika Mehine 3，Miika Mehine 3，Brian C. Ophthalmology, University of California San Francisco, CA, USA 8 2 Eli and Edythe Broad Center of Regeneration Medicine & Stem Cell Research, 9 University of California San Francisco, CA, USA 10 3 Blueprint Genetics, Helsinki, Finland 11 4 Section on Cellular Differentiation, Division of Translational Medicine, Eunice Kennedy 12 Shriver National Institute of Child Health and Human Development, National Institutes of 13 Health,美国医学博士贝塞斯达。14 15 16通讯作者：Deepak A. Lamba。35 Medical Center Way，IRM，旧金山17 CA 94143。电子邮件：deepak.lamba@ucsf.edu 18 19 20 21 22资金信息：NEI R01 EY032197和CIRM DISC0-14449（D.A.L），U24 23 EY 029891（D.A.L和J.L.L和J.L.D） 25核心NIH/NEI P30 EY002162，以及从研究中获得26盲人的无限制赠款，纽约，纽约，27 28 29商业关系披露：30 Sangeetha Kandoi -31 Cassandra Martinez -Cassandra Martinez-无32 Kevin Xu Chen -33 Kevin Xu Chen -None 33 Miika Mehine -33 Miika Mehine -34 Brian C.无37 38 39 40 41 42 43 44 45 46
组织或循环肿瘤 DNA 下一代测序对晚期癌症中 ERBB2 拷贝数增加的阳性预测值
样本采集时的中位年龄为 56 岁（四分位距 45-65 岁），69.5% 为女性，种族为 73% 白人、7% 亚裔、12% 黑人、11% 未知，9% 为西班牙裔（表 1）。 ERBB2 CNG 见于 18 种癌症亚型（图 1），其中最常见的恶性肿瘤是：乳腺癌 (n = 68)、非小细胞肺癌 (NSCLC, n = 25)、结直肠癌 (n = 18)、胃食管癌 (n = 17, 15 例腺癌, 2 例鳞状细胞癌)、胰腺癌 (n = 11)、子宫癌 (n = 11)、膀胱 / 上尿路癌 (n = 7)、卵巢 / 输卵管癌 (n = 4)、胆道癌 (n = 3) 和小细胞肺癌 (SCLC, n = 3)（图 1）。ERBB2 CNG 也见于肛门癌、原发性癌不明、宫颈癌、黑色素瘤、神经内分泌癌、肾细胞癌和唾液腺癌患者（各 n = 1）。如果进行组织 NGS 检测，用于 IHC 和 NGS 检测的活检部位为肝脏（37%）、淋巴结（18%）、肺（12%）、骨（7%）、中枢神经系统（5%）、皮肤（5%），其余来自其他部位，最常见的是乳房。
两项遗传队列研究显示，性格特征与根据基因组序列估算出的血线粒体 DNA 拷贝数始终相关
背景：组织和血液中的线粒体 DNA 拷贝数 (mtDNAcn) 可能在糖尿病和重度抑郁等情况下发生改变，并可能在衰老和长寿中发挥作用。然而，人们对 mtDNAcn 与情绪状态、代谢健康和长寿相关的人格特质之间的关联知之甚少。本研究检验了血液 mtDNAcn 与人格特质相关并介导人格与死亡率之间关联的假设。方法：我们使用修订版 NEO 人格量表 (NEO-PI-R) 评估了五大人格领域和方面，使用流行病学研究中心抑郁量表 (CES-D) 评估了抑郁症状，从全基因组测序中估计了 mtDNAcn 水平，并追踪了巴尔的摩老龄化纵向研究参与者的死亡率。结果在 SardiNIA 项目中得到了复制。结果：我们发现 mtDNAcn 与神经质领域及其方面呈负相关，与其他四个领域的方面呈正相关。这些影响的方向和大小在 SardiNIA 队列中得到了复制，并且在两个样本中对潜在混杂因素的调整都很稳健。与神经质的发现一致，抑郁症状越高，mtDNAcn 越低。最后，mtDNAcn 介导了人格与死亡风险之间的关联。
鉴定弥漫性大 B 细胞淋巴瘤中的关键拷贝数驱动基因 ATP1B1 以及药物的潜在靶点
淋巴瘤是起源于淋巴造血系统的恶性肿瘤，分为霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤。现有数据调查估计，2020年全球新发病例509,590例，淋巴瘤死亡人数超过248,724例（1）。弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是最常见的非霍奇金淋巴瘤，约占所有病例的30%，其中还包括特定亚型或疾病实体（2）。在目前的临床诊断和治疗策略中，R-CHOP（瑞妥昔单抗、环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松）是首选的治疗方案，具有良好的抑制疾病发展的能力（3）。许多患者要么复发，要么出现原发性难治性疾病并最终死于该病（4,5）。为DLBCL的检测和治疗提供新的诊疗思路，需要开展DLBCL生物标志物相关研究，并进一步探究相关分子机制，为DLBCL的临床治疗提供新的诊疗策略。