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PyZebrascope：用于斑马鱼全脑神经活动成像的开源平台
了解神经元如何在大脑中相互作用以控制动物行为是神经科学的核心目标之一。荧光显微镜和基因编码钙指示剂的最新发展促成了斑马鱼全脑成像方法的建立，该方法以单细胞分辨率记录整个大脑体积的神经活动。全脑成像的开创性研究使用了定制的光片显微镜，其操作依赖于全球不可用的商业开发和维护的软件。因此，在研究界传播和开发这项技术一直具有挑战性。在这里，我们介绍了 PyZebrascope，这是一个开源 Python 平台，旨在使用光片显微镜对斑马鱼的神经活动进行成像。PyZebrascope 具有直观的用户界面，并支持全脑成像的基本功能，例如两个正交激发光束和眼睛损伤预防。其相机模块可以处理从相机采集到文件写入高达 800 MB/s 的图像数据吞吐量，同时保持稳定的 CPU 和内存使用率。其模块化架构允许包含用于显微镜控制和图像处理的高级算法。作为概念验证，我们实施了一种新颖的自动算法，通过将激发光束精确对准图像焦平面来最大化大脑中的图像分辨率。PyZebrascope 可以在虚拟现实环境中对鱼类行为进行全脑神经活动成像。因此，PyZebrascope 将有助于在神经科学界传播和开发光片显微镜技术，并加深我们对动物行为过程中全脑神经动力学的理解。
甲基parathion暴露诱导斑马鱼胚胎的发育毒性和心脏毒性
摘要：甲基parathion（MP）已被广泛用作食品保存和害虫管理的有机磷农药，导致其在水生环境中的积累。，MP对非目标物种的早期发育毒性，尤其是水生脊椎动物，尚未得到彻底研究。 在这项研究中，用2.5、5或10 mg/l的MP溶液处理斑马鱼胚胎，直到施肥后72小时（HPF）。 结果表明，MP暴露降低了斑马鱼胚胎的自发运动，孵化和存活率，并降低了诱导的降低异常异常，例如身体长度缩短，蛋黄水肿和脊柱曲率。 值得注意的是，发现MP会诱导心脏异常，包括心包水肿和心率降低。 暴露于MP会导致活性氧（ROS）的积累，超氧化物歧化酶（SOD）活性降低，过氧化氢酶（CAT）活性增加，丙二醛（MDA）水平升高，并导致Zebrafifififiahyde（MDA）水平并引起心脏凋亡。 此外，MP影响了与心脏发育相关基因的转录（VMHC，SOX9B，NPPA，TNNT2，BMP2B，BMP4）和与凋亡相关的基因（P53，BAX，BCL2）。 astaxanthin可以通过下调氧化应激来挽救MP诱导的心脏发育缺陷。 这些发现表明MP诱导心脏发育毒性，并提供了MP对水生生物的毒性的其他证据。，MP对非目标物种的早期发育毒性，尤其是水生脊椎动物，尚未得到彻底研究。在这项研究中，用2.5、5或10 mg/l的MP溶液处理斑马鱼胚胎，直到施肥后72小时（HPF）。结果表明，MP暴露降低了斑马鱼胚胎的自发运动，孵化和存活率，并降低了诱导的降低异常异常，例如身体长度缩短，蛋黄水肿和脊柱曲率。值得注意的是，发现MP会诱导心脏异常，包括心包水肿和心率降低。暴露于MP会导致活性氧（ROS）的积累，超氧化物歧化酶（SOD）活性降低，过氧化氢酶（CAT）活性增加，丙二醛（MDA）水平升高，并导致Zebrafifififiahyde（MDA）水平并引起心脏凋亡。此外，MP影响了与心脏发育相关基因的转录（VMHC，SOX9B，NPPA，TNNT2，BMP2B，BMP4）和与凋亡相关的基因（P53，BAX，BCL2）。astaxanthin可以通过下调氧化应激来挽救MP诱导的心脏发育缺陷。这些发现表明MP诱导心脏发育毒性，并提供了MP对水生生物的毒性的其他证据。
斑马鱼细胞外基质蛋白基因 efemp1 突变体作为脊柱骨关节炎的模型
1 列日大学 GIGA 研究所器官发生与再生实验室 (LOR)，比利时列日 4000； ratish.raman@uliege.be 2 GIGA CRC 体内成像，列日大学，Sart Tilman，4000 列日，比利时； m.external@uliege.be（人与生物圈计划）; christian.degueldre@uliege.be （光盘）; alain.plenevaux@uliege.be (AP) 3 拉里博伊西及雷医院，罕见骨病参考中心，INSERM U1132，巴黎西岱大学，F-75010 巴黎，法国； communication@hotmail.com（CCdS）； agnes.ostertag@inserm.fr （AO）; corinne.collet@aphp.fr（抄送）； martine.cohen-solal@inserm.fr (MC-S.) 4 肌肉骨骼创新研究实验室，列日大学医学跨学科研究中心，比利时列日 4000； christelle.sanchez@uliege.be （客户服务）； yhenrotin@uliege.be (YH) 5 UF de Génétique Moléculaire，Hospital Robert Debré，APHP，F-75019 Paris，法国 * 通信地址：m.muller@uliege.be;电话：+32-473993074
PyZebraScope：用于斑马鱼全脑神经活动成像的开源平台
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 2 月 15 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.02.13.480249 doi：bioRxiv 预印本
生物抑制素1.1有助于对斑马鱼幼虫的先天探索
药理学实验表明，神经肽可以有效调整神经元活性并调节运动输出模式。但是，它们在塑造先天运动方面的功能通常仍然难以捉摸。例如，先前已证明生长抑素在脑室中注射时会诱导运动，但是当在体外沐浴在脊髓中时，可以抑制虚拟的运动。在这里，我们通过在斑马鱼中淘汰生长抑素1.1（SST1.1）来研究生长抑素在先天运动中的作用。我们在数百个突变体和对照兄弟姐妹幼虫中自动化并仔细分析了数十万次爆发的运动运动学。我们发现SST1.1的缺失不会影响声学 - 卵形逃生反应，而是导致异常探索。SST1.1突变幼虫在更高速度的距离上游动并进行更大的尾弯，表明生长抑素1.1抑制了自发的运动。我们的研究完全表明，生长抑素1.1天生有助于减慢自发的运动。
斑马鱼：一种未充分利用的工具，用于在主机中发现 -
K01AG049152，R01AG062588，R01AG057234，P30AG062422，P01AG019724，U19AG079774，P01AG19772403，P5023501，P5023501，K23AG0727272727272727272727272727682727314，R0000735514，R000014，R000014，RRO000016827271，RRO00007AG06，RO00 rc0073514，RRRY00AG0682 1ZIAAG000539-01; NIH未诊断的疾病计划，未诊断的疾病网络； Hudsonalpha基金会记忆和移动基金；雨水慈善基金会； NIH国家药物滥用研究所，赠款/奖励号：75N95022C00031; Larry L. Hillblom基金会，赠款/奖励号：2016-A-005-SUP； Bluefield项目可以治愈额颞痴呆；阿尔茨海默氏症协会；全球大脑健康研究所；法国基金会；玛丽·奥克利基金会； NIH壁内培训和教育办公室； Chan-Zuckerberg倡议的神经退行性挑战网络； NIH国家神经系统疾病与中风研究所，赠款/奖励号：U54NS123985； NIH国家通用医学科学研究所，赠款/奖励号：FI2GM142475
马俊恒 (助理教授)
造血：脊椎动物正常造血的基因调控和人类血液系统恶性肿瘤的分子基础，特别是利用斑马鱼模型对新的造血基因或疾病相关基因突变进行功能评估。 斑马鱼疾病模型：建立人类遗传疾病（包括血液系统恶性肿瘤和先天性疾病）的斑马鱼模型，旨在建立一个全面的斑马鱼平台，用于高通量疾病建模以及大规模筛选新型治疗药物，实现转化医学。开发包括体内基因组编辑、转基因和高分辨率成像在内的先进研究技术。 自噬与细胞衰老：利用斑马鱼模型研究胚胎发育过程中的自噬，特别是自噬在造血和细胞衰老中的复杂作用。
篝畿20 ￣）25 鱼簪学科学院寄生虫病研克所
冯学胜 、郑秀娟、 司秋生、林云璐 (上海医科大学觅疫学教研室，上海200032，中国) 常 远 范佩芳、虞建良、张淑人 、刘新垣 (中国科学院上海生物化学研究所，上海200031，中国) 艮口 ] 提要 用蛋tt工狂方法对天然型重组白细胞介素 (rIL-2)~ 行改造，研{6|的两种新型 rtL一2， 125一Ser-rlL-2和125． Ala-rlL-2均能维持NK 细 胞及CTLL一2细胞的增殖或长期传代，这种作用可被 抗rlL-2的单克隆抗体破坏．新型rlL一2还能增强 NK 细胞的话性，并显着提高肝密搔润性淋巴细胞 (TIL)的抗癌活性．这说明新型rlL一2的生物举活性 与天然型flL_2基本一致．可应用于肿瘤的免疫治疫
用于斑马鱼组织特异性基因破坏的 CRISPR/Cas9 载体系统
CRISPR/Cas9 基因组编辑技术极大地促进了多种生物体内和体外基因的靶向失活。在斑马鱼中，只需将向导 RNA (gRNA) 和 Cas9 mRNA 注射到单细胞阶段胚胎中，即可快速生成敲除系。在这里，我们报告了一种简单且可扩展的基于 CRISPR 的载体系统，用于斑马鱼的组织特异性基因失活。作为原理证明，我们使用带有 gata1 启动子的载体来驱动 Cas9 表达，以沉默与血红素生物合成有关的 urod 基因，特别是在红细胞谱系中。Urod 靶向在斑马鱼胚胎中产生了红色荧光红细胞，重现了在 yquem 突变体中观察到的表型。虽然 F0 胚胎表现出嵌合基因破坏，但这种表型在稳定的 F1 鱼中似乎非常明显。该载体系统构成了空间控制基因敲除的独特工具，大大拓宽了斑马鱼功能丧失研究的范围。
成人斑马鱼的神经行为筛查有效的CRISPR/CAS9诱变
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版本的版权持有人发布于2021年2月2日。 https://doi.org/10.1101/2021.02.01.429280 doi：biorxiv preprint