。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证(未经同行评审证明)获得的是作者/资助者,他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人,该版本发布于2024年10月21日。 https://doi.org/10.1101/2024.01.18.576308 doi:Biorxiv Preprint
Machine learning prediction of enzyme optimum pH Japheth E. Gado, 1,2,3,4 Matthew Knotts, 4 Ada Y. Shaw, 4 Debora Marks, 4,5 Nicholas P. Gauthier, 4,6 Chris Sander, 4,5 Gregg T. Beckham 1,2,3* 1 Renewable Resources and Enabling Sciences Center, National Renewable Energy Laboratory, Golden, CO,美国2瓶财团,美国加利福尼亚州埃默里维尔的敏捷生物基础,美国4个系统生物学系,美国马萨诸塞州波士顿,哈佛医学院。5哈佛大学和麻省理工学院,美国马萨诸塞州剑桥市6数据科学系,达纳 - 法伯癌症研究所,美国马萨诸塞州波士顿 *通信:gregg.beckham@nrel.gov摘要pH和酶催化活性之间的关系,尤其是最佳pH(phopt),eNzyme ph(phopt)的关系至关重要。因此,预测PHOPT的计算方法将通过促进准确鉴定在特定pH水平上最佳起作用的酶,并阐明序列 - 功能功能关系,从而增强酶的发现和设计。在这项研究中,我们提出并评估了预测PHOPT,进行广泛的超参数优化以及培训11,000多个模型实例的各种机器学习方法。我们的结果表明,利用语言模型嵌入的模型在预测PHOPT时明显超过其他方法。我们提出了预测PHOPT的表现最好的模型Ephod,这使研究人员公开使用。从序列数据中,以ephod直接学习与PHOPT相关的结构和生物物理特征,包括残基与催化中心的接近度以及溶剂分子的可及性。总体而言,Ephod提出了PHOPT预测的有希望的进步,并有可能加快酶技术的发展。引言酶活性受反应环境的pH值的显着影响,通常由于催化失活和结构不稳定而超出特定pH范围的活性下降。1,2虽然大多数特征性的酶具有最佳的活性pH值(PHOPT)接近7.0的中性值,但某些酶在极度酸性或碱性条件下最佳起作用,酸性或碱性PHOPT值分别低至1.0或高达1.0或高至12.5。3–5在工业生物化学过程中,酶经常被使用或希望使用,远离其PHOPT,从而大大减少了活性。结果,人们对发现和工程酶具有增强的pH耐受性,以克服这些限制。
Mitotic chromatin marking governs asymmetric segregation of DNA damage Juliette Ferrand #1 , Juliette Dabin #1 , Odile Chevallier 1 , Matteo Kane-Charvin 1 , Ariana Kupai 2 , Joel Hrit 2 , Scott B. Rothbart 2 , Sophie E. Polo 1 † 1 Laboratory of Epigenome Integrity, Epigenetics & Cell Fate Centre, UMR7216 CNRS,巴黎大学,巴黎,法国2表观遗传学系,范·安德尔研究所,美国密歇根州大急流城。#同等贡献
抽象目的 - 人类正在走向不朽的生活吗?如果是这样,哪些社会领域在实现这一目标中发挥了积极作用?为了理解这一点,该研究探讨了永生与健康和医疗旅游业之间的关系,以寻求它们之间的潜在关系,并最终询问有关这些旅游部门增长的困难问题,以及对他们进行更大监管的潜在需求。设计/方法论/方法 - 采用务实的哲学方法,并通过检查次要来源以及已发表的材料和报告的精致信息,该研究介绍了原始的理论知识以及探索旅游业和人类永生的模型。调查结果 - 本文认为,当今健康和医疗市场的持续增长可能导致一个世界,在我们的世界中,人类主义者和半机器人都在我们的世界中,甚至从智人接管。该研究提出了一个模型,强调了健康和医疗旅游市场的潜在作用,这说明了未来消费者服务的潜力,这些服务可能会进一步推动寻找永生的搜索。因此,这种市场和消费者的欲望是如何(在)直接支持人文对(非人类)不朽生存的渴望的。独创性/价值 - 如今,个人受到健康实践,医疗和化妆品的驱动,并愿意环游世界,以寻找能够执行所需程序或寻求价格更便宜的公司。这项研究提供了对这些复杂关系的新见解,并绘制了健康与医疗实践之间的隶属关系以及不朽的概念。
摘要 - 成人海马的亚晶体区(SGZ)中的神经发生,可以通过多种手段来刺激,包括通过将实验动物暴露于丰富的环境中,从而提供额外的鼻子,社交和运动刺激。在丰富的动物中产生的有形健康和认知益处,包括改善对精神病,神经学和神经退行性疾病的建模,这可能会影响人类,这可能部分是由于神经元的产生增强所致。神经元反应富集的关键因素是释放脑衍生的神经营养因子(BDNF)和有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联反应的激活,这可能导致刺激Neuroogenese或Neuroogenese的刺激。有丝分裂原和应激激活的蛋白激酶1(MSK1)是BDNF和MAPK下游的一种核酶,可调节转录。MSK1先前已经与缺乏MSK1蛋白的小鼠的研究有关基础和刺激的神经发生。在本研究中,使用仅缺乏MSK1激酶活性的小鼠,我们表明SGZ(KI-67染色)的细胞增殖速率没有由MSK1激酶DEAD(KD)突变造成的,并且与控制后水平的水平没有分歧。然而,与野生型小鼠相比,在标准housed和富集的MSK1 KD小鼠中,双铁蛋白(DCX)阳性细胞的数量都更大。2020年作者。由Elsevier Ltd代表IBRO出版。这是CC BY-NC-ND许可证(http://crea-tivecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)下的开放访问文章。这些观察结果表明,尽管MSK1不影响神经元前体的增殖基础速率,但MSK1负责调节注定成为神经元的细胞数量,可能是对新神经元数量的稳态控制,而新神经元的数量则是整合到齿状gyrus中的新神经元的数量。
有丝分裂MTH1抑制剂TH1579是一种双重抑制剂,可抑制有丝分裂和掺入氧化DNA损伤并导致特定于癌症的细胞死亡。通过CGAS刺激途径,DNA损害剂会增强对免疫检查点抑制剂(ICI)处理的反应。这项研究研究了TH1579是否可以通过其免疫调节特性改善免疫检查点阻滞的效率。用有丝分裂的MTH1I TH1579处理了各种人和鼠类癌细胞系,并通过流量细胞仪和实时QPCR分析了PD-L1和T细胞与燃料相关的趋化因子的表达。合成小鼠模型,以检查TH1579和PD-L1阻滞的综合作用。在我们的研究中,我们发现TH1579在人类癌细胞系中的蛋白质和mRNA水平上都上调了PD-L1的表达。但是,在鼠细胞系中,增加的增加不太明显。在合成小鼠黑色素瘤模型中的一个体内实验表明,与媒介物或atezolizumab单疗法相比,Th1579的治疗显着提高了Atezolizumab(一种抗PD-L1抗体)Atezolizumab(一种抗PD-L1抗体)。此外,Th1579表现出免疫调节特性,以CGAS丁字途径依赖性方式升高了细胞因子,例如IFN-β和包括CCL5和CXCL10在内的趋化因子和趋化因子。总而言之,TH1579具有通过调节免疫检查点相关蛋白和途径来改善ICI处理的潜力。
许多研究表明,有丝分裂率可能是黑色素瘤患者预后不良的预测因素。这项研究的目的是研究有丝分裂率是否与其他预后临床和解剖学特征有关。调整了其他解剖学特征后,我们验证了有丝分裂数量的预后价值,确定该变量在哪种人群亚组中可能对3年死亡率具有更大的预后意义。Veneto癌症注册中心(Registro tumori del Veneto-RTV),这是一个基于人口的高分辨率数据集,涵盖了约490万居民的区域人口,作为该分析的临床数据源。纳入标准包括2015年RTV记录的所有入侵性皮肤恶性黑色素瘤的事件(1,050例)和2017年(1,205例)(1,205例)。有丝分裂类别由Kaplan - Meier曲线表示,用于短期整体生存。COX回归计算了多变量模型中的危险比,以评估不同有丝分裂速率截止的独立预后作用。The results indicate that the mitotic rate is associated with other survival prognostic factors: the variables comprising the TNM stage (e.g., tumor thickness, ulceration, lymph node sta- tus and presence of metastasis) and the characteristics that are not included in the TNM stage (e.g., age, site of tumor, type of morphology, growth pattern and TIL).此外,这项研究表明,即使对这些预后因素进行了调整,也会每mm 2
为了分析有丝分裂过程中细胞结构的分析,需要纳米分辨率来可视化纺锤体中微管的组织。在这里,我们提出了一种详细的方案,可用于在培养物中生长的细胞中整个有丝分裂纺锤体的3D重建。为此,我们将富含有丝分裂阶段的哺乳动物细胞附着在蓝宝石盘上。我们的协议进一步涉及通过高压冻结,冻结固定和树脂嵌入的冷冻污染。然后,我们使用荧光光学显微镜在树脂包裹的样品中选择有丝分裂细胞。接下来是大规模电子断层扫描,以重建3D中所选的有丝分裂纺锤体。然后,生成和缝合的电子断层图用于半自动分段微管,以进行纺锤体组织的随后定量分析。因此,通过提供详细的相关光和电子显微镜(CLEM)方法,我们为细胞生物学家提供了一种工具集来简化纺锤体微管的3D可视化和分析(http://kiewisz.shinyapps.io/asga)。此外,我们指的是一个最近启动的平台,该平台允许交互式显示3D重建有丝分裂纺锤体(https://cfci.shinyapps.io/asga_3dviewer/)。
缩写ACC,腺样囊性癌;芯片,染色质免疫沉淀; CHIP-SEQ,染色质免疫沉淀测序; dab,二氨基苯甲胺; dox,多西环素; EV,空矢量; FDR,错误发现率; GFP,绿色荧光蛋白;去,基因本体论; GSEA,基因集富集分析; HEGF,人类表皮生长因子; Mac,基于模型的芯片序列分析; MBS,MYB绑定站点; NES,归一化富集评分; NSG,正常的唾液腺; p adj,p值调整; PDX,患者衍生的异种移植物; penstrep,青霉素 - 链霉素; RLU,相对光单元; RMA,强大的多阵列平均值; RNA-seq,RNA测序; RT-QPCR,实时定量PCR; siRNA,小干扰RNA; TMA,组织微阵列; TSS,转录开始站点;谁,世界卫生组织; XPDX,Xenostart患者衍生的异种移植物。
在有丝分裂过程中拆除了保护和组织基因组的核包膜。在秀丽隐杆线虫合子中,父母原核的核包络崩溃(NEBD)在有丝分裂过程中是空间和节气调节的,以促进母体和父亲基因组的统一。核孔复合物(NPC)拆卸是NEBD的决定性步骤,对于核通透性至关重要。通过结合实时成像,生物化学和磷蛋白质组学,我们表明NPC拆卸是一个逐步的过程,它可以将类似polo的激酶1(PLK-1)(PLK-1) - 依赖性和独立步骤。plk-1靶向多个NPC子分类,包括细胞质丝,中央通道和内环。PLK-1被募集到并磷酸化几种多价接头核孔蛋白的内在无序区域(IDR)。值得注意的是,尽管磷脂在人和秀丽隐杆线虫核孔之间并不保守,但它们位于这两个物种的IDR中。我们的结果表明,靶向多价接头核孔的IDR是有丝分裂过程中NPC拆卸的进化保守的驱动器。