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真核生物核糖体中药物结合残基的自然变异
标题 真核核糖体中药物结合残基的天然变异 作者 Lewis I. Chan 1,& 、Chinenye L. Ekemezie 1,& 、Karla Helena-Bueno 1 、Charlotte R. Brown 1 、Tom A. Williams 2,* Sergey V. Melnikov 1,* 附属机构 1 纽卡斯尔大学生物科学研究所，英国泰恩河畔纽卡斯尔，NE2 4HH 2 布里斯托尔大学生物科学学院，英国布里斯托尔，BS8 1TQ & 贡献相同 通讯 * 通讯地址：tom.a.williams@bristol.ac.uk 和 sergey.melnikov@newcastle.ac.uk 摘要 针对真核核糖体的药物作为研究工具和针对癌症、真菌和其他致病性的潜在疗法正变得越来越重要真核生物。然而，由于缺乏比较研究，我们目前不知道有多少真核生物拥有与人类相同的核糖体药物结合位点，以及有多少与人类有显著差异。目前，这种知识上的差距因真核生物基因组中存在假基因而加剧，由于我们无法区分真正的突变、假基因和测序伪影，使得这些比较分析具有挑战性。在本研究中，我们通过使用一种利用物种间进化关系的新方法解决了这个问题。使用这种方法，我们确定了 8,563 种代表性真核生物中 58 种核糖体药物结合残基的序列变体，追溯了这些变异的进化历史，从 20 亿年前真核生物的出现到它们随后分化成不同的谱系。出乎意料的是，我们发现酵母和人类（通常用作研究核糖体/药物相互作用的模型真核生物）与大多数其他真核生物不同，因为 rRNA 替换主要发生在动物和真菌中，但在大多数其他真核生物中不存在。此外，我们证明了以前在常见病原体利什曼原虫和疟原虫中发现的结构变异，这些变异被视为少数真核生物物种所特有的，但实际上为大量真核生物所共有。值得注意的是，一些真核生物谱系的核糖体药物结合位点与人类的差异比人类与细菌的差异更大。总体而言，我们的研究提供了真核生物核糖体药物结合位点进化的最完整概述（在单个物种、单个残基和单个药物的水平上），确定了与人类相比具有结构不同的核糖体药物结合位点的真核生物谱系。这些发现为利用核糖体靶向药物作为研究工具和开发针对真核寄生虫的谱系特异性抑制剂开辟了新的途径。
Mirage：用于审查和审核生成文本对图的多模型接口AI
虽然生成的AI系统在Di-Verse应用中广受欢迎，但它们产生有害产出的潜力限制了它们在不同应用中的可信度和可用性。近年来，人们对吸引多元化的AI用户参与可能影响其生活的生成AI的兴趣越来越大。为此，我们提出Mirage作为基于Web的工具，AI用户可以通过审核AI生成的图像来比较来自多个AI文本图像（T2I）模型的输出，并以结构化的方式报告其发现。我们使用Mirage对五个细节进行了初步的用户研究，发现Mirage用户可以利用自己的生活经验和身份来浮出水面，以在审查Multiple T2i模型的输出时围绕有害偏见浮出水面，与仅审查一个偏差。
探索原核生物，噬菌体和移动遗传元素的反防御系统的多样性
。cc-by-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年8月21日。 https://doi.org/10.1101/2024.08.21.608784 doi：biorxiv preprint
探索原核生物、噬菌体和移动遗传元件的抗防御系统的多样性
。CC-BY-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 8 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.08.21.608784 doi：bioRxiv 预印本
底物摄取模式形状的海洋原核生物微生物组中的小众分离
海洋异养原核物主要使用转运蛋白占据环境底物。靶向特定底物的转移者的模式塑造了异养原核生物在海洋有机循环中的生态作用。在这里，我们报告了由于分类学变化而导致的原核生物转运蛋白表达的大小分级模式，这是由针对ATP结合盒（ABC）转运蛋白和TONB依赖性转运蛋白（TBDTS）的多种“ OMICS”方法揭示的。底物特异性分析表明，海洋SAR11，杜鹃花和大洋螺旋藻使用ABC转运蛋白在自由生活的部分中使用有机氮，而替代词，细菌植物和sphingomonadales和sphingomonadales在碳纤维上使用TBDTS上的有机含量和含碳纤维有机物。转运蛋白的表达还支持深海原核生物的不同生活方式。我们的结果表明，有机物中的转运蛋白差异反映了原核生物介导的有机物循环中明显的小众分离。
orca：预测圆形原核生物染色体中的复制起源
基因与复制的起源的接近性在细菌中的复制和转录相关过程中起关键作用。潜在来源位置的计算预测在起源发现中具有重要作用，从而严重降低了实验成本。我们将ORCA（复制评估的起源）作为可视化核苷酸差异的快速且轻巧的工具，并预测了复制起源的位置。orca使用核苷酸差异，DNAA盒区域和靶基因位置的分析来找到潜在的起源位点，并具有随机的森林分类器来预测这些位点可能是起源的。orca的预测和可视化功能使其成为有助于实验确定复制起源的有价值方法。orca用Python-3.11编写，以最少的精力处理任何操作系统，并且可以处理大型数据库。完整的实施详细信息在补充材料中提供，源代码可在GitHub上免费获得：https：//github.com/zoyavanmeel/orca。
光核生产放射性同位素
世界各地放射性同位素在医学中的应用正在稳步增长。在医学中使用的放射性同位素中，锝-99m（99m Tc）目前在临床上应用最广泛。因此，99 Mo/99m Tc 发生器的钼-99（99 Mo）供应对于核医学部门的运作至关重要。自 2007-2009 年全球 99 Mo 供应危机以来，许多国家已开始研究生产 99 Mo 和 99m Tc 的替代途径。这些努力已被证明是有用的，开辟了新的生产途径。2017 年，国际原子能机构启动了一项协调研究项目，题为“生产锝-99m (Tc-99m) 的新方法和 Tc-99m 发生器”，以确定技术方面，特别是使用高功率电子直线加速器生产 99 Mo。
水老化和有机碳源的质量驱动活性巴旋原核生物微生物组的小众分区
由于有机物（OM）源（1000 - 4000 m深度）的稀缺性，原核生物代谢被认为集中在源自表面的颗粒上。然而，活跃的巴旋原核生物群落的结构及其在环境梯度之间的变化如何仍未开发。结合16S rRNA基因和转录本测序，宏基因组学和底物摄取潜在测量值，我们旨在探讨水质量的衰老和OM影响的质量如何影响活性微生物组的结构，以及对社区功能的潜在影响。我们发现，在富含顽固性OM的较老的水质量中，分类群具有自由生活的生活方式对活性微生物组的相对贡献，这表明这些原核生物也可能在海洋广阔地区的沐浴型代谢中发挥作用。表现出较低的潜在代谢率，并且具有有限数量的两分量感觉系统，这表明它们具有较小的感知能力和对环境提示的反应。相比之下，与颗粒相关的原核生物携带的基因用于颗粒定植和碳水化合物利用，这些基因在具有自由生活的生活方式的原核生物中没有。一致地，我们观察到，与较高比例不稳定OM的水域相比，居住在较旧水域的原核生性群落显示出降低的颗粒能力，并具有更高的使用复杂碳源的能力。我们的结果提供了涉足贝类活性原核微生物组区域化的证据，并根据OM的质量揭示了细分市场分配。
水老化和有机碳源的质量驱动活性巴旋原核生物微生物组的小众分区
由于有机物（OM）源（1000 - 4000 m深度）的稀缺性，原核生物代谢被认为集中在源自表面的颗粒上。然而，活跃的巴旋原核生物群落的结构及其在环境梯度之间的变化如何仍未开发。结合16S rRNA基因和转录本测序，宏基因组学和底物摄取潜在测量值，我们旨在探讨水质量的衰老和OM影响的质量如何影响活性微生物组的结构，以及对社区功能的潜在影响。我们发现，在富含顽固性OM的较老的水质量中，分类群具有自由生活的生活方式对活性微生物组的相对贡献，这表明这些原核生物也可能在海洋广阔地区的沐浴型代谢中发挥作用。表现出较低的潜在代谢率，并且具有有限数量的两分量感觉系统，这表明它们具有较小的感知能力和对环境提示的反应。相比之下，与颗粒相关的原核生物携带的基因用于颗粒定植和碳水化合物利用，这些基因在具有自由生活的生活方式的原核生物中没有。一致地，我们观察到，与较高比例不稳定OM的水域相比，居住在较旧水域的原核生性群落显示出降低的颗粒能力，并具有更高的使用复杂碳源的能力。我们的结果提供了涉足贝类活性原核微生物组区域化的证据，并根据OM的质量揭示了细分市场分配。