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C3 / Padres Pedal the Cause 2020“FEN1 核酸酶 - ...
尤文氏肉瘤 (ES) 是由致癌的 EWS-FLI1 融合蛋白引起的，该融合蛋白是由 t (11; 22) 染色体易位引起的。EWS-FLI1 将 BRCA1 隔离在转录复合物中，以防止其进行同源重组 (HR)。与这种 HR 缺陷一致，癌细胞系药物敏感性项目发现 ES 细胞对 PARP 抑制剂敏感。HR 是抑制 DNA 复制错误以维持基因组完整性的众多途径之一。酵母遗传学已经阐明了包括 HR 在内的途径之间的合成致死关系，这些关系可以解决停滞的复制叉，并且可以作为癌症治疗的靶点。在酵母中，在滞后链 DNA 合成中起作用的 RAD27（人类 FEN1）核酸内切酶的突变与 HR 基因的突变一起是合成致死的。我们已经证明，这种合成致死关系是保守的，因为人类 BRCA 突变癌细胞对 FEN1 抑制高度敏感。有趣的是，我们发现 PARP 抑制剂抗性的 ES 细胞系 (SK-ES-1) 对我们专有的 FEN1 抑制剂的敏感性与 BRCA 突变癌细胞一样。通过挖掘大规模 CRIPSR 筛选数据库，我们发现 FEN1 对所有五种测试的 ES 细胞系都具有独特的必要性。为了评估 FEN1 作为 ES 治疗的潜在靶点，该合作试点项目将进行三项研究：1) 将 FEN1 抑制剂结果扩展到一组 ES 细胞系，并与 PARP 抑制剂和临床相关化疗药物进行比较研究；2) 使用 siRNA 敲低 FEN1 来验证 FEN1 抑制剂研究；3) 确定 EWS-FLI1 融合蛋白如何促进 ES 细胞对 FEN1 的依赖。
利用 ARCUS 巨核酸酶消除乙肝病毒的基因编辑方法
图 3：HBV-ARCUS-POL 核酸酶在各代中表现出更高的特异性 • 含有一个部分整合的 HBV 基因组的 HepG2 细胞被转染了高水平的 HBV-ARCUS- POL 核酸酶以及 DNA“标签”。分离 gDNA 并使用 Oligo Capture NGS 评估脱靶编辑。 • 每个蓝点代表一个潜在的切割位点，X 轴表示恢复的读取次数，点的颜色表示每个位点与预期的 22bp 目标位点相比的错配数。 • 最有可能真实的脱靶位点是那些具有大量读取次数或错配较少的位点。这些包含在黄色轮廓框内。橙色圆圈表示已整合到 HepG2 细胞系基因组中的预期目标位点。
基于核酸酶的基因驱动，一种用于昆虫媒介控制的创新工具：该技术的优势与挑战
人类的几种严重疾病仅通过昆虫叮咬传播，因为昆虫会寻找血液来源来获取营养并哺育卵子以完成自己的生命周期。总的来说，这些昆虫“媒介”每年通过它们传播的寄生虫或病毒性疾病造成超过 70 万人死亡（世界卫生组织 2017 年），包括疟疾、登革热、淋巴丝虫病、恰加斯病、盘尾丝虫病、利什曼病、基孔肯雅病、寨卡病毒、黄热病和日本脑炎。对于这些疾病中最严重的疾病，例如分别由伊蚊和按蚊传播的登革热和疟疾，目前尚无高效疫苗，降低疾病负担的成功案例主要归功于媒介控制（Bhatt 等人 2015 年；世界卫生组织 2019 年）。消除任何疾病可能需要采取综合措施，既要减少病媒种群的传播潜力，又要清除人类寄生虫宿主。然而，病媒控制直接带来的收益和疾病负担的减少意味着大量的研究和投资都集中在一系列减少蚊子数量的策略上。
使用 CRISPR ID 型核酸酶对哺乳动物进行基因组编辑
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2020 年 3 月 18 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.03.14.991976 doi：bioRxiv preprint
基因组编辑-Alt -R为CAS12A（CPF1）超核酸酶-Net
图1。Alt-R A.S. CAS12A超蛋白在TTTV目标位点选择方面表现出卓越的性能。 DOTS代表了216个指南的等级编辑效率，该指南靶向TTTV（深色阴影）或TTTN（浅色阴影）PAM站点，并且在输送到HEK-293细胞（96个位点）和陪同下（96个位点）和陪同细胞（96个位点）和野生型CAS12A V3（绿色）V3（绿色）或Cas12a Ultra（蓝色）。 如Alt-R CRISPR-CAS12A用户指南中所指示的RNP 人类细胞使用4D-Nucleofector™System（LONZA）的RNP电穿孔。 使用NGS（Rhampseq Amplicon测序）进行电穿孔后48小时编辑效率。Alt-R A.S. CAS12A超蛋白在TTTV目标位点选择方面表现出卓越的性能。DOTS代表了216个指南的等级编辑效率，该指南靶向TTTV（深色阴影）或TTTN（浅色阴影）PAM站点，并且在输送到HEK-293细胞（96个位点）和陪同下（96个位点）和陪同细胞（96个位点）和野生型CAS12A V3（绿色）V3（绿色）或Cas12a Ultra（蓝色）。人类细胞使用4D-Nucleofector™System（LONZA）的RNP电穿孔。使用NGS（Rhampseq Amplicon测序）进行电穿孔后48小时编辑效率。编辑效率。
IDT Alt-R Sp HiFi Cas9 核酸酶 V3 (CRS-10083-FL 03/19)
图 1. Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 促进近野生型靶向编辑效力并显著减少脱靶位点编辑。RNP 复合物由 Alt-R Sp Cas9 Nuclease V3 或 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 与靶向 EMX1 基因的 Alt-R crRNA:tracrRNA 复合物结合形成。RNP 复合物 (4 µM) 通过 Nucleofection™ 方法 (Lonza) 递送到 HEK-293 细胞中。通过下一代测序 (rhAmpSeq 扩增子测序，IDT) 测量了靶位点和 9 个已知脱靶位点处的插入/缺失形成 (在 y 轴上以对数标度表示)。
锌指核酸酶的应用
EXZACT™ 精准技术消除了植物基因组改造中的猜测。EXZACT™ 基于专有的锌指蛋白 (ZFP) 设计，是一种多功能且强大的工具包，可用于对植物进行靶向基因组改造。EXZACT™ 能够针对几乎任何 DNA 序列，从而使发现者和开发者能够快速准确地添加、删除或编辑基因。使用 EXZACT™，植物研究人员可以测试假设、开发遗传特性并将其引入植物，同时避免传统 DNA 工程工具带来的意外影响。EXZACT™ 加快了特性开发时间并降低了农产品成本，并为作物特性研发建立了新的行业标准。了解更多信息，请访问 www.exzactprecisiontechnology.com。