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World File Search System检测方法
请引用本文：Girish and Sheltzer，（2020）。一种用于识别癌症遗传依赖性的 CRISPR 竞争检测方法，Bio-protocol 10 (14): e3
请以以下方式引用本文：Girish and Sheltzer，（2020）。一种用于识别癌症遗传依赖性的 CRISPR 竞争检测方法，Bio-protocol 10 (14): e3682。DOI：10.21769/BioProtoc.3682。
开发质量的定量检测方法
背景和目的：患有原发性硬化性胆管炎（PSC）的人具有可变且经常进行性疾病的病程，与胆道和实质变化有关。这些变化通常通过磁共振成像（MRI）评估，包括磁共振胆管造影术（MRCP）的定性评估。我们的目的是研究新型客观定量MRCP指标与预后分数和患者结局的关联。方法：我们进行了一项回顾性研究，其中包括77个具有基线MRCP图像的大型Duct PSC的个体，后处理后处理以使用MRCP+ TM获得胆管的定量测量。参与者的分析得分，通过振动控制的瞬态弹性图和生化指数在基线时收集。不良结果 - 无生存率是在12年内没有代偿性肝硬化，肝移植（LT）或与肝脏相关的死亡的。通过COX回归建模评估了MRCP+衍生指标的预后价值。结果：记录了总计386例患者，16例代偿性，2例LT和5例与肝有关的死亡。基线时，约有50％的患者被分类为患疾病并发症的风险。MRCP+指标，尤其是描述胆管扩张严重程度的指标，与所有预后因素相关。单变量分析表明，代表管道直径，扩张和狭窄和/或扩张的导管百分比的MRCP+指标与生存有关。©2022作者。在多变量调整的分析中，中位导管直径与存活率显着相关（危险比10.9，95％CI 1.3 - 90.3）。结论：PSC患者中的MRCP+指标与生化，弹性和放射学预后分数相关，并可以预测无效的生存率。lay摘要：在这项研究中，我们在患有原发性硬化性胆管炎（PSC）的患者中评估了由软件工具（MRCP+）自动提供的新型客观定量MRCP指标与预后分数和患者结果的关联。我们观察到，PSC患者的MRCP+指标与生化，弹性和放射学预后分数相关，并且可以预测无效的生存率。由Elsevier B.V.代表欧洲肝脏研究协会（EASL）出版。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
基于对比学习的水下图像增强和检测方法
摘要：水下图像遭受颜色失真和细节的损失，这严重影响了水下机器人的视觉感知能力。为了提高检测准确性，提出了一个多任务学习框架，以基于对比度学习的水下图像增强和对象检测提出了多任务学习框架，这不仅会产生视觉上友好的图像，还可以提高对象检测精度，从而实现对象检测任务的图像增强图像。为了解决不清楚目标纹理特征的问题，用于检测任务的区域生成模块用于构建用于对比性学习的正面和负面图像块，以确保目标区域更接近特征空间中的原始图像。此外，检测到的梯度信息用于指导图像增强方向，有益于目标检测。此外，提出了一种基于循环生成对抗网络的图像翻译方法来学习和保留图像增强的清晰图像特征，从而消除了对配对的水下图像的需求并减少了数据要求。最后，在EUVP，U45和UIEB数据集上对增强算法进行了验证，并且在RUOD，URPC2020和RUIE数据集上验证了检测算法。实验结果表明，所提出的算法可以在主观视觉中有效纠正颜色失真，同时保留原始图像和目标的结构纹理。就客观指标而言，峰值信噪比达到24.57 dB，结构相似性达到0.88。在更快的R-CNN（基于区域的卷积神经网络）和Yolov7（您只看一次，版本7）算法后，检测精度平均提高了2％。关键字：水下图像增强；对比学习；循环生成对抗网络；对象检测
使用三种靶向检测方法对晚期非小细胞肺癌患者样本的循环游离 DNA 进行常规分子筛查配对比较
1 克劳德·伯纳德里昂第一大学制药与生物科学研究所 (ISPB)，69373 里昂，法国 2 里昂南医院生物化学与分子生物学系，里昂民间临终关怀院，69495 Pierre-Bénite，法国 3 里昂癌症学创新中心 (CICLY) EA 3738，里昂南医学与助产学院，克劳德·伯纳德里昂第一大学，69921 Oullins，法国 4 里昂民间临终关怀院癌症研究所循环癌症 (CIRCAN) 计划，69495 Pierre-Bénite，法国 5 里昂南医学与助产学院，克劳德·伯纳德里昂第一大学，69921 Oullins，法国 6 里昂南肺病学系急性呼吸道疾病与胸部肿瘤学Hospital, Hospices Civils de Lyon, 69495 Pierre-Bénite, France 7 细胞和分子放射生物学实验室 UMR CNRS5822/IP2I，南里昂医学与医学学院，Claude Bernard University Lyon I, 69921 Oullins, France 8 生物信息学系，Hospices Civils de Lyon, 69008 Lyon, France 9 INOVOTION, 38700 拉特龙什, 法国 * 通讯地址: lea.payen-gay@chu-lyon.fr
基于适体夹层和等温哑铃指数扩增的创新定量检测方法的开发
HAL 是一个多学科开放存取档案库，用于存放和传播科学研究文献，无论这些文献是否已出版。这些文献可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
在建筑饮用水系统中量化肺炎军团菌的定量：比较QPCR和基于培养的检测方法的荟萃分析
定量聚合酶链反应（QPCR）提供了一种快速，自动化和强大的现场方法，用于量化肺炎乳杆菌在构建饮用水系统中，补充并有可能替代传统的基于文化的技术。然而，由于发现与可行，传染性细菌无关的基因组副本，它在评估人类健康风险中的应用使人们越来越多。本研究通过QPCR和基于培养的方法研究了肺炎乳杆菌测量的关系，旨在建立QPCR与培养的浓度比率，以告知相关的健康风险。合格的研究使用成对水样品中的分子和基于培养的方法收集了有关肺炎乳杆菌浓度的定量数据。我们开发了一个泊松对数正态比率模型和一个随机效应荟萃分析模型，以分析跨站点内部和跨站点的QPCR培养比的变化。在系统评价中的17项研究中，有7项，包括23个特定地点数据集，用于荟萃分析。我们的发现表明这些比率通常从1：1到100：1不等，在所有地点的比率接近1：1。因此，采用默认的1：1转换因子似乎是必要的，作为一种谨慎的方法，将QPCR浓度转换为可培养的浓度，以用于健康风险模型，例如量化微生物风险评估（QMRA）。如果这种方法可能过于保守，则可活力-QPCR可以提高基于QPCR的QMRA的准确性。标准化QPCR和基于培养的方法以及影响肺炎乳杆菌可培养性的特定地点环境因素将改善对两种方法之间关系的理解。此处介绍的比率模型超出了简单的相关性分析，从而促进了关系中时间和空间异质性的研究。该分析是QMRA和分子生物学整合的一步，针对肺炎乳杆菌的框架适用于在环境中监测的其他病原体。
黄泥龟（Kinosternon flavescens）快速 eDNA 检测方法的开发与验证：美国南德克萨斯州的一项实地研究
淡水龟种群的保护依赖于精准有效的监测技术。环境 DNA (eDNA) 分析是识别水生生态系统中隐蔽和难以捉摸的龟种的潜在方法。eDNA 分析有助于确定保护工作的重点区域并监测种群水平随时间的变化。本研究旨在评估一种快速 eDNA 检测方法对黄泥龟 (Kinosternon flavescens，一种在美国某些州濒临灭绝的指示种) 的有效性，该龟栖息于南德克萨斯州卡梅伦县的当地牛轭湖（例如 resacas）。一种针对物种的嵌套 PCR 检测旨在增强对黄泥龟种群的检测。我们从卡梅伦县的五个地点采集了水样以检测黄泥龟 eDNA。结果显示，在五个调查地点中有两个地点有黄泥龟存在。我们的研究表明，eDNA 监测对黄泥龟种群具有巨大潜力。该研究还提供了使用 eDNA 监测保护黄泥龟物种的见解，并为未来的研究和保护举措提供了建议。
使用基于标记扩增子的 NGS 检测方法通过液体活检基因组分析确定具有可操作突变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的预后
基于循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的分子分析正在通过多基因下一代测序 (NGS) 面板在晚期癌症患者的临床实践中迅速获得关注。然而，临床结果仍然描述不详，需要通过对血浆 ctDNA 中检测到基因组改变的患者进行个性化治疗来进一步验证。在这里，我们描述了通过 ctDNA 液体活检检测 InVisionFirst ® -Lung 在血浆中发现可操作改变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的结果、3 个月时的疾病控制率 (DCR) 和无进展生存期 (PFS)。对 81 名晚期 NSCLC 患者进行了汇总回顾性分析，这些患者具有预测对目前 FDA 批准药物有反应的所有类型的改变：致敏常见 EGFR 突变（78%，n = 63）和 T790M（73%，46/63）、ALK / ROS1 基因融合（17%，n = 14）和 BRAF V600E 突变（5%，n = 4）。所有患者均通过先前的组织基因组分析确认了液体活检中检测到的可操作驱动改变，并且所有患者都接受了个性化治疗。在接受匹配靶向治疗的 82 名患者中，10% 为一线患者，41% 为二线患者，49% 为二线以上患者。 73% (46/63) 的患者在 TKI 复发时被检测到获得性 T790M，所有潜在患者 (34/46) 均根据 ctDNA 结果开始奥希替尼治疗。81 名可评估患者的 3 个月 DCR 为 86%。中位 PFS 为 14.8 个月 (12.1-22.9 个月)。基线 ctDNA 等位基因驱动基因分数与个性化治疗的反应率无关 (p = 0.29)。ctDNA 分子分析是一种准确可靠的工具，可用于检测晚期 NSCLC 患者中临床相关的分子改变。靶向治疗的临床结果支持将基于扩增子的 NGS ctDNA 分析液体活检用于晚期 NSCLC 患者的一线和复发检测。
基于超高压处理牛乳微生物的无损检测方法初探
微生物在牛奶中的失活效应是确保产品质量的重要因素。超高压力处理技术已被广泛使用，因为它可以更好地维护食物的原始颜色，香气，味道和营养成分。为了提高检测效率并有效地适应市场，将非破坏性测试技术引入超高压力灭菌非常重要。本文