XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System模拟方法
加密安全性和公共密钥基础架构Salus模拟方法报告
本报告总结了密歇根州立大学（MSU）进行的可持续生物燃料原料生产分析中使用的方法。对于每种生物燃料原料（玉米和大豆），MSU估计了与采用气候智能实践相关的场景的温室气体（GHG）排放，包括No-Till，No-Till，减少耕作，冬季覆盖农作物和94个主要土地资源领域（MLRAS）（MLRAS）（MLRAS）（MLRAS）（跨越40个州），跨越40个州。请注意，USDA FD-CIC工具中仅包括秋季应用程序场景（在玉米肥料管理下）的结果。其余场景的结果用于与科罗拉多州立大学产生的日期模拟进行比较。有关这些模型运行的更多信息，请参见DayCent方法论报告。
设计针对 SARS-COV-2 的下一代多表位疫苗 (MEV)：免疫信息学和计算机模拟方法
。CC-BY 4.0 国际许可（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2020 年 3 月 22 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.02.28.970343 doi：bioRxiv 预印本
针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 Mpro 的凝血调节剂用于治疗 COVID-19：一种计算机模拟方法
PyRx-virtual 筛选工具用于与协议对接：（i）检查 SARS-CoV-2 Mpro 蛋白质结构（PDB 6Y2E）中缺失的原子、键和接触，去除水分子并使用以下参数进行能量最小化，力场：Amber ff14SB，最陡下降步长：100，最陡下降步长：0.02 Å，共轭梯度步长：10，共轭梯度步长：0.02 Å，使用 Chimera 版本 1.14 上的分子建模工具包 (MMTK) 包。（4）该最小化结构用作对接分析的受体。（ii）将最小化结构保存为 pdb 文件并导入 PyRx 软件。（iii）配体也以 pdb 格式导入。Autodock Tools 模块用于生成 pdbqt 输入文件。 (iv) 使用 Autodock Vina 算法对选定的配体进行对接。在 Autodock Vina 中，网格框设置为覆盖 Mpro 的活性位点，其尺寸为 Å：中心 (x, y, z) = (-16.46, -26.70, 1.58)，尺寸 (x, y, z) = (23.34, 19.09, 10.98)。然后以 8 的详尽度运行对接模拟。使用 Autodock Vina 模块内置评分功能预测的最低结合亲和力分数 (kcal/mol) 评估对接结果。
苦瓜果实的生物活性化合物和乳腺癌相关酶的潜在抑制作用：计算机模拟方法
乳腺癌发病率正在上升，尤其是在女性中。正在进行的研究重点是寻找这种癌症的有效治疗方法。几个世纪以来，人们一直利用植物的治疗特性，其化学化合物为多种疾病的药物开发提供了启示。这项研究旨在探索苦瓜 (MC) 果实中存在的某些生物活性化合物的潜力，这些化合物已知可以抑制乳腺癌肿瘤的生长。具体来说，该研究利用计算机模拟方法深入研究了它们与与乳腺癌发展有关的关键酶——表皮生长因子受体 (EFGR) 和 nudix 连接的 X-5 部分 (NUDT5) 的相互作用。为此，首先使用 iGemdock、DockThor 和 SwissDock 进行首次评估，并观察到生物活性化合物的结合亲和力。在这三次对接中，化合物 16 (Momordicoside L) 在 EGFR 和 NUDT5 中表现出比标准分子更好的结果。因此，对化合物 16 在 HER2 和 HER3 中的结合亲和力进行了对接，结果显示化合物 16 具有显著的结合亲和力，尤其是对 HER2。结果表明化合物 16 是 EGFR、HER2、HER3 和 NUDT5 的有效抑制剂候选物，为进一步的研究铺平了道路。
通过计算机模拟方法研究 12 种黄酮类化合物作为阿尔茨海默氏症抑制剂的潜力
神经退行性疾病 (NDD) 是一种与年龄相关的疾病，其特征是大脑功能逐渐衰退。这种疾病影响了全球 8% 以上的成年人口，主要是阿尔茨海默病 (AD)。目前，NDD 治疗旨在缓解现有症状，因此迫切需要有效的药物。黄酮类化合物具有显著的药理特性，可用作神经保护剂。本研究旨在通过抑制乙酰胆碱酯酶 (AChE) 和单胺氧化酶 B (MAO-B) 受体来确定黄酮类化合物对抗 AD 的活性。该方法利用 AutoDockTools 4.2.6 程序进行分子对接研究。使用 SwissADME 进行药理特性分析，同时在 pkCSM 网络服务器中检查药代动力学和毒性。结果表明，α-香树脂醇和松脂醇分别是最有潜力的 AChE 和 MAO-B 抑制剂。化合物具有较低的能量结合值、抑制常数和与配体天然氨基酸残基的高相似性百分比。物理化学和药代动力学特性分析表明，这两种化合物可被人体接受且无毒性。这项研究表明，化合物α-香树脂醇和松脂醇可能成为治疗剂，主要作用是抑制AD进展中的AChE和MAO-B。
准定量合并的小信号分析，以预测DC-DC
摘要：本文提出了一种准量化的小信号模拟方法，以预测DC-DC降压转换器的低频辐射发射。通过小信号分析有效地替换瞬态分析的模拟方法，并讨论了对低频辐射发射的环境影响。通过为TPS54560类型开关IC进行的评估板上执行的测量和模拟来提出该方法的效率和准确性。模拟结果非常适合DC-DC转换器模块的辐射发射性能。使用拟议的方法，可以在不使用时间消耗瞬态分析的情况下实现快速准确的参数结果。关键字：电磁兼容性，模拟，辐射发射，DC-DC转换器
二氢嘧啶酮衍生物作为环氧合酶-2（COX-2）抑制剂的生物活性：一种计算机模拟方法
炎症是免疫系统对有害刺激（如病原体、受损细胞、有毒化合物或辐射）的反应 1，其特征是发红、肿胀、发热、疼痛和组织功能丧失。 2 如果长期持续，可能会变成慢性，从而导致组织损伤和细胞死亡，引起各种退行性 3 和神经退行性疾病。 4 据世界卫生组织称，慢性炎症是世界上最主要的死亡原因。 5 预计未来 30 年与慢性炎症相关的疾病将继续增加。在世界范围内，五分之三的人死于与慢性炎症相关的疾病，例如中风、慢性呼吸道疾病、心脏病、癌症、肥胖症和糖尿病。 6 – 8
复合量子模拟
在本文中，我们提供了一个框架，用于将多种量子模拟方法（例如 Trotter-Suzuki 公式和 QDrift）组合成单个复合通道，该通道基于较旧的合并思想来减少门数。我们方法背后的核心思想是使用分区方案，将汉密尔顿项分配给模拟中通道的 Trotter 或 QDrift 部分。这使我们能够使用 QDrift 模拟小但众多的项，同时使用高阶 Trotter-Suzuki 公式模拟较大的项。我们证明了复合通道和理想模拟通道之间菱形距离的严格界限，并展示了在什么条件下，实现复合通道的成本由组成它的方法渐近上界，无论是概率分区还是确定性分区。最后，我们讨论了确定分区方案的策略以及在同一框架内合并不同模拟方法的方法。
MGraphDTA：用于解释药物靶标结合的深度多尺度图神经网络†
为了找到一种对特定蛋白质有效且安全的药物，药理学家必须测试数千种化合物。5然而，药物靶标相互作用（DTA）的实验测量既耗时又耗资源。DTA预测的计算机模拟方法因其效率高、成本低而备受关注。现有的计算机模拟方法主要可分为三类：基于结构的方法、基于特征的方法和深度学习方法。基于结构的方法可以通过考虑小分子和蛋白质的三维结构来探索潜在的结合位点。对接是一种成熟的基于结构的方法，它使用多种模式定义和评分函数来最小化结合的自由能。分子动力学模拟是另一种流行的基于结构的方法，它可以提供有关单个粒子运动随时间变化的最终细节。6然而，基于结构的方法非常耗时，如果蛋白质的三维结构未知，则无法使用。7