腺苷到肌苷 (A-to-I) 编辑是一种保守的真核 RNA 修饰,有助于发育、免疫反应和整体细胞功能。RNA 编辑模式在不同细胞和组织类型之间可能存在显著差异,而过度活跃的 A-to-I 特征则表明存在多种疾病,包括癌症和自身免疫性疾病。由于这些差异具有生物学和临床重要性,因此迫切需要有效的方法来测量细胞 RNA 中的整体 A-to-I 编辑水平。当前的标准方法依赖于 RNA-seq 来间接检测编辑位点,这需要大量时间和材料投入以及大量的计算分析。在这里,我们利用核酸内切酶 V (EndoV)(它特异性地与 RNA 中的肌苷结合)来开发基于蛋白质的化学发光生物测定法,以直接分析 A-to-I RNA 编辑活性。我们之前展示了 EndoV 可以在 RNA 测序之前结合并丰富 A-to-I 编辑的转录本,现在我们利用这一活性构建 EndoV 连接免疫吸附测定 (EndoVLISA),作为一种快速的、基于板的化学发光方法,用于测量细胞 RNA 中的全局 A-to-I 编辑特征。我们首先使用化学合成的寡核苷酸优化和验证我们的测定方法,说明对 RNA 中的肌苷具有高度选择性和灵敏度的检测。然后,我们展示了对处理过的细胞系中肌苷含量的快速检测,证明了与当前标准 RNA 测序方法相当的性能。最后,我们部署了 EndoVLISA 来分析正常和患病人体组织中的差异 A-to-I RNA 编辑特征,说明了我们的平台作为诊断生物测定的实用性。总之,EndoVLISA 方法经济高效、简单易用,并且使用常见的实验室设备,为研究 A-to-I 编辑提供了一种高度可用的新方法。此外,多孔板格式使其成为第一个适用于直接高通量量化 A-to-I 编辑的检测方法,可用于疾病检测和药物开发。
在外部束放射治疗期间,患者暴露于次级辐射源,导致具有潜在的长期不良影响的非领域剂量。了解光子和电子能谱对于评估现代放射疗法的次要效应至关重要。这项研究旨在评估几个小放射治疗场的光子和电子功能光谱和平均能量以及范围边缘的平均能量。该研究使用了三个常用的线性加速器生成的6 mV光子光束,使用了国际原子能局(IAEA)相空间文件来产生小型和标准场。在三个线性加速器和预先固定的6 mV光谱的多个深度和轴距离处计算平均光子和电子能。研究发现,光子功能光谱在很大程度上取决于空间位置,并且随着深度,距离距离,范围距离,范围大小和Linac模型的函数的显着变化。此外,电子的行为是深度依赖性的,在该领域的边缘之外,在该领域,表面附近的平均电子能量大于内部区域,尤其是在小型领域,导致表面剂量增强。
方法论:RNA与全血或骨髓分离并反转录。所得的cDNA经过多重PCR扩增,旨在扩增P190,P210或P230 BCR-ABL1融合转录本,涉及ABL1外显子2。ABL1参考基因也被放大以进行标本质量控制并确保RNA的完整性。PCR产物通过毛细管电泳解决,并评估存在表明阳性结果的扩增子的存在。阳性普通P210或P190结果将触发定量P210或P190测试,以提供定量水平作为监测治疗反应的诊断基线。p210的成绩单水平报告为国际量表百分比(%is)。P190转录水平报告为归一化拷贝数(NCN)。这些定量结果被整合到最终报告中。如果初始定性测试为阴性,或者检测到罕见的P230,则不会进行反射测试。
定向金属沉积 (DMD) 是一种很有前途的金属增材制造技术,其中零件是通过使用沿预定义轨迹移动的激光束融合注入的金属粉末颗粒来制造的。刀具路径通常包括曲线或边缘部分,机器轴需要相应地减速和加速。因此,局部施加的激光能量和粉末密度在沉积过程中会发生变化,导致局部过度沉积和过热。这些偏差还受到刀具路径几何形状和工艺持续时间的影响:先前的沉积可能会在时间和空间上影响相近的刀具路径段,导致局部热量积聚,并形成与使用相同参数沉积的其他段中产生的轮廓和微观结构不同的轮廓和微观结构,这是由于几何形状和温度相关的集水轮廓所致。为了防止这些现象,需要轻量级和可扩展的模型来预测可变刀具路径的工艺行为。在本文中,我们提出了一种基于人工智能的方法来处理 Inconel 718 的工艺复杂性和多种刀具路径变化。考虑到先前定义的刀具路径,使用人工神经网络 (ANN) 来预测沉积高度。通过打印包含多个曲率和几何形状的随机刀具路径,生成了训练数据。基于训练后的模型,可以成功预测整个刀具路径的显著局部几何偏差,并且可以通过相应地调整工艺参数来预测。
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Fanny Leenhardt,Matthieu Gracia,Catherine Perrin,Claudia Muracciole-Bich,BénédicteMarion等。液相色谱 - 潮流质谱测定法,用于在药物相互作用的临床背景下人类血浆中CDK4/6抑制剂定量。药物和生物医学分析杂志,2020,188,pp.113438。10.1016/j.jpba.2020.113438。HAL-03003807V2
背景:炎症性肠病(IBD)是一种影响肠道的持续性,非特异性炎症。牛皮癣是皮肤的长期炎症性疾病。IBD和牛皮癣之间存在合并症的相关性,但是合并症的特定发病机理尚不清楚。材料和方法:在这项研究中,我们分析了来自基因表达综合(GEO)数据库的数据集,并通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定了IBD和牛皮癣的共享基因。然后,应用三种机器学习算法来识别共享的诊断基因。接下来,用ROC曲线评估了共享诊断基因的验证,并确定了AUC。随后,进行了单个样品基因集富集分析(SSGSEA)和免疫浸润分析。此外,我们在药物签名数据库(DSIGDB)中获得了潜在的药物,例如Coremine数据库中的7种传统中药,这可能会对IBD和牛皮癣的合并症具有治疗作用。最后,我们通过RT-PCR,Western印迹和免疫组织化学(IHC)方法证实了结肠炎和牛皮癣小鼠组织中共有诊断基因的表达。结果:结果表明,AQP9的两种疾病具有最高的诊断值。AQP9的AUC值为UC的AUC值为93.681%,CD的AUC值为89.629%,在内部验证数据集中,牛皮癣的AUC值为78.689%。在外部验证数据集中,AQP9的AUC值为UC的AUC值为90.394%,CD的AUC值为93.909%,牛皮癣的AUC值为90.909%,为82.906%。免疫浸润分析和SSGSEA表明,AQP9可能通过参与NF-kappab信号通路并调节免疫细胞分化来影响IBD和牛皮癣的疾病过程。此外,与对照组相比,AQP9的表达水平始终验证,在IBD中显示上调和牛皮癣下调。结论:这项研究揭示了IBD和牛皮癣合并症的共享诊断基因和潜在机制,为探索合并症机制和治疗目标的未来研究提供了新的方向。
临床级矢量批次的效力评估对于支持与腺相关病毒(AAV)媒介的释放至关重要,这对于将来的营销授权是必需的。我们已经开发并验证了基于细胞的定量效力测定法,该测定法检测了AAV8-H-H UGT1A1载体的转基因表达和活性,该载体目前正在临床评估中,用于治疗Crigler-Najjar综合征。在体外评估了AAV8-H UGT1A1的效力。在人肝癌7(HUH7)细胞转导后,通过通过胆红素共结合测定法对转基因阳性细胞进行了转基因阳性细胞。将各种AAV8-HUGT1A1批次的体外效力与体内的效力进行了比较。在AAV8-H UGT1A1转导后,表达UGT1A1的细胞的定量显示了线性剂量响应的相对(r 2 = 0.98),具有足够的内内和日期可重复的可重复性(coviation of Variation [CV] = 11.0%和22.0%和22.0%和22.6%,按照一致,胆红素的偶联显示了线性剂量反应关系(r 2 = 0.99),在低剂量范围内具有足够的日期内和日期可重复性(CV = 15.7%和19.7%)。两者在体外效能分析都可靠地转化为AAV8-H UGT1A1矢量批次的体内效率。对AAV8-H UGT1A1的基于细胞的效力分析充分确定了转基因UGT1A1的表达和活性,这与体内效率一致。这种新颖的方法适合确定载体的效力以支持临床级载体释放。
建议引用推荐引用kay,亚历山大; Vasiliu,ANCA;卢西亚的Carratala-Castro; Mtafya,Bariki;门德斯·雷耶斯(Mendez Reyes),何塞·尤伯托(Jose Euberto); Maphalala,Nontobeko;穆加姆,希尔西亚; Mulengwa,Durbbin;尼斯,塔拉;贝伦的萨维德拉;巴查,杰森; Maphalala,Gugu; Mejia,Rojelio; Mtetwa,Godwin; Acacio,Sozinho; Manjate,Patricia; Mambuque,Edson; Nosisa的志Ba;诺克万达哥达; Ziyane,Mangaliso; Ntinginya,Nyanda Elias;兰格,克里斯托夫;基尔奇纳(H Lester); Dinardo,Andrew R; Garcia-Basteiro,Alberto L;曼达拉卡斯,安娜·玛丽亚;和Stool4TB全球合作伙伴关系,“基于粪便的定量PCR测定法对青少年和成人的结核病诊断:一项跨国,前瞻性诊断准确性研究”(2024)。教职员工出版物。1687。https://digitalcommons.library.tmc.edu/baylor_docs/1687