CRISPR/CAS9基因组编辑用于破坏HeLa细胞中的CXCR4基因座。CXCR4编码与CXCL12趋化因子相互作用的细胞表面趋化因子受体,并在免疫系统中起重要作用。在本实验中,使用指南IT SGRNA筛选试剂盒测试了针对CXCR4基因座的四个不同的SGRNA。简要地,使用指南SGRNA在体外转录试剂盒中合成了针对CXCR4基因的SGRNA。一个包含SGRNA靶序列的PCR片段与重组Cas9蛋白和每个SGRNA混合。通过琼脂糖凝胶电泳分析裂解反应。光密度法(Cong等,2013)表明SGRNA3的裂解效率最低(图2)。
产品规格测定PCR扩增测定分析规范扩增了500bp片段的蛋白质基因组DNA源:纯净的大肠杆菌的重组菌株纯化了携带工程veraseq 2.0基因的大肠杆菌。质量控制分析:2x Veraseq PCR混合物的功能通过其从基因组DNA扩增500bp片段的能力来评估。PCR之后,500bp片段通过琼脂糖凝胶电泳可视化。污染测试:VERASEQ在组装前进行了测试,发现没有污染的内切酶。通过SDS-PAGE确定的酶纯度> 99%,并且通过qPCR确认可忽略不计的基因组DNA污染。稀释前后验证了特定的活动。
1。通过使用清洁剂通过施加大量压力来“挤出” DNA,将所讨论的DNA与核中其余的细胞材料分离出来。2。使用一种或多种限制性酶将DNA切成几个不同大小的部分。3。通过“大小分馏”对DNA片进行排序,是通过凝胶电泳来完成的。(将DNA倒入凝胶中,例如琼脂糖,并向凝胶施加电荷,底部的正电荷在顶部的负电荷。由于DNA的电荷略有负电荷,因此DNA的部分将被吸引到凝胶底部。但是,较小的碎片将能够比较大的碎片更快,从而向下移动。因此,不同尺寸的DNA将按大小分开,较小的碎片向底部和较大的碎片朝上。 )
图6。使用Qiagen多路复用PCR加套件有效的19-PLEX PCR。使用Qiagen Multiplex PCR Plus套件的标准条件进行了19个目标(99-955 bp)的多重PCR,而无需进一步优化(QIAGEN)或使用供应商A II的各种热启动DNA聚合酶。使用琼脂糖凝胶进行分析。B分析使用Qiaxcel高级系统。Qiagen多路复用PCR加套件可导致所有目标的特定扩增,而无需优化。尽管使用不同的酶浓度进行了长时间的优化,但使用Supper A II的试剂盒的多重PCR也会导致片段缺失,即使使用较高的浓度也是如此。m:gelpilot 100 bp加梯子。
图3。增加MGCL₂浓度对目标下90%的扩增的影响。富裕的s。金黄色葡萄球菌gDNA靶序列使用Phusion Plus Plus DNA聚合酶在Proflex PCR系统上进行扩增。每个20 µL反应含有10 ng的s。金黄色葡萄球菌和另外1 mm,1.5 mm,2 mm或2.5 mmmgcl₂。热循环条件:98°C的30秒;在98°C,最佳退火温度下10秒的10秒循环(表4),在64°C时为1分钟/kb;在64°C下5分钟。PCR产品以2%E-Gel 48含Sybr安全染色的琼脂糖凝胶运行。车道M:E-GEL 1 KB Plus Express DNA梯子。
• 高性能:从琼脂糖凝胶中提取和纯化 DNA 时,可获得高产量(高达 5 μg)和高纯度,同时能够去除污染物和残留盐。• 高浓度:以非常小的体积洗脱,仅需 5 μl 即可洗脱,从而获得高度浓缩的 DNA。• 节省时间:仅需 10 分钟的旋转和孵育时间的简短协议即可完成工作流程。• 独特的柱设计:旋转柱采用独特设计,能够以少量洗脱,并最大限度地减少缓冲液保留和污染物携带。• 优化的缓冲液:缓冲系统经过优化,无需调整 pH 值或添加异丙醇。• 应用兼容性:纯化的 DNA 可用于下游分子应用,例如限制性消化、DNA 测序、连接、扩增和其他酶促反应。
检测靶基因表达水平的方法。Western印迹细胞,并且可以在离心后取出细胞上清液以确定靶蛋白的浓度。然后可以获得过表达细胞和对照细胞之间蛋白质表达的差异。rt-PCR可以根据核酸提取试剂盒提取细胞RNA的过程,并且可以在逆转录和PCR扩增后获得靶基因产物。通过琼脂糖凝胶电泳和凝胶成像系统检测并观察靶基因的表达结果。流式细胞仪接种细胞(5×10 5细胞/ml)成6孔板,并将其培养24小时。在细胞中添加实验所需的抗体或刺激因子,并孵育几个小时。最后,流式细胞仪可用于检测细胞周期和凋亡等。统计分析实验数据可以使用SPSS,GraphPad Prism,Flow JO和Excel等软件进行分析。
