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World File Search System生物群落
估计与从大麻茎中恢复DNA有关的偏差，以进行微生物群落研究
摘要工业大麻植物大麻是纺织品和生物复合材料应用的植物纤维的来源。收获后，植物的茎被布置在地面上，并由自然存在于土壤和茎上的微生物（细菌和真菌）定植。通过产生降解植物壁聚合物的水解酶，将纤维束结合在一起的自然水泥被去除，从而促进其解离（递减过程），这是生产高性能纤维所必需的。要研究屈曲微生物群落的时间动力学（密度水平，多样性和结构），必须从茎中提取基因组DNA的可靠方案。然而，尽管对最终结果的重要性至关重要，但对核酸提取的方法学方面的关注很少。选择了三个方案并测试了三个方案：商业套件（用于土壤的FastDNA™自旋套件），GNS-GII程序和Genosol平台的自定义程序。在土壤和两种不同的大麻茎上进行了比较分析。通过评估提取的DNA的数量和质量以及细菌和真菌种群的丰度和分类法来衡量每种方法的效率。与其他两个方案相比，Genosol方案在基因组DNA的数量和质量方面提供了有趣的产量。然而，两种提取程序（FastDNA™旋转试剂盒和Genosol方案）之间微生物多样性中没有观察到重大差异。基于这些结果，FastDNA™自旋试剂盒或Genosol程序似乎适用于研究重度过程的细菌和真菌群落。应注意的是，这项工作已经证明了评估与大麻茎中DNA恢复相关的偏见的重要性。
在极端，与天文学相关的缺氧地点蓬勃发展的完整微生物群落的分类学和功能分析
方法：在MASE项目（太空探索的火星类似物）中，我们选择了代表性的缺氧类似环境（多年冻土，盐矿，酸性湖泊和河流，硫磺弹簧），以对其微生物群落进行全面分析。我们通过基于丙嗪的扩增子和shot弹枪元基因组测序评估了完整细胞的微生物组谱，并补充了广泛的培养工作。结果：从微生物组分析中对MASE部位蓬勃发展的完整微生物群落检索到的信息，加上31种模型微生物的分离以及15个高质量基因组的15种模型微生物的分离，使我们能够观察到原理途径，与中度环境相比，在MASE位点上阐明了特定的微生物功能。微生物的特征是令人印象深刻的机制来承受物理和化学压力。我们的所有分析级别揭示了微生物群落对复杂有机物的强烈和无所不在的依赖性。此外，我们确定了一个在所有地点蓬勃发展的34个多生物群的极端耐药性世界。
生态位印记了忍冬属植物微生物群落的结构和网络
植物相关微生物群由多种但分类结构不同的群落（如细菌、真菌和古菌）组成，被认为是宿主植物的第二基因组，在不同植物物种之间存在差异（Brown 等人，2020 年）。植物与微生物之间的相互作用赋予植物宿主适应性优势，包括养分循环、促进生长、抗逆性和抗病原体性（Trivedi 等人，2020 年）。最近针对根系和根际土壤的研究表明，微生物群落的组装和结构受各种生物和非生物因素的影响，包括植物遗传和年龄、土壤类型和土壤特性（如 pH 值和营养物质）（Yu 等人，2018 年）。据报道，微生物群落的组装和网络
微生物群落中细菌的靶向基因组编辑
。CC-BY-NC 4.0 国际许可，根据 未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 7 月 17 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.07.17.209189 doi：bioRxiv preprint
土壤特性和气候影响地中海雨养谷物种植系统中的杂草菌根真菌和土壤微生物群落
d蛋白石海岸大学，环境化学和生活12（UCEIV）的互动单位（UCEIV），UR4492，SFR CONDORCET FR CNRS 3417，50 RUE FERDINAND BUISSON，62228，62228，13 CALAIS，法国。14 *蛋白石海岸大学的环境化学和相互作用单位（UCEIV）（UCEIV），UR4492，SFR CONDORCET FR CNRS 3417，50 RUE FERDINAND BUISSON，16 622228 RUE FERDINAND BUISSON，CALAIS CALAIS。17
沿海沉积物的间质微生物群落由纳米章节主导
地下沿海沉积物中的微生物群落高度多样，并且在营养循环中起着重要作用。，虽然沙质沉积物中的微生物的主要部分呈足为Epipsammon（附着在沙粒上），但只有一小部分在间质毛孔中繁殖。到目前为止，对这些自由生活微生物群落的组成知之甚少。在这项研究中进行了研究，在沙滩的地下中，我们比较了沉积物中的古细菌和细菌群落结构，以及应用16S rRNA基因测序的相应毛孔水。我们发现，根据孔隙空间的不同，自由生活原核生物的比例仅为0.2-2.3％。间质微生物群落显示出一个小的重叠，附着的分数为4-7％，并且包含在孔道中仅发现的75-81％ASV的独特组成。它们比各自的沉积物级分更多样化，并且显示出更高的古细菌比。古细菌主要隶属于Dpann Superphylum的纳米章，相对丰富的间隙群落相对丰富。细菌分数包括与候选门辐射（CPR）有关的几种物种。已知两种原核生物谱系都有小细胞尺寸，包括尚未尚未识别的代谢功能的尚未培养的物种。我们的发现得到了对相邻潮汐平坦的调查，显示出类似的趋势。因此，我们的结果表明在沿海沉积物的地下存在不同的间质微生物群落。这种尚未培养的纳米章的自然富集和心肺复苏群的成员为靶向元基因组分析甚至隔离这些群体成员提供了进一步代谢表征的机会。
污染梯度塑造与AE相关的微生物群落。城市社区花园中的白化幼虫栖息地
©作者2024。由牛津大学出版社代表FEMS出版。这是根据Creative Commons Attribution许可条款（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）分发的一篇开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地重复使用，分发和再现，前提是适当地引用了原始工作。
土壤和水微生物群落：可持续植物疾病控制的新型抗生素的来源
。CC-BY 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年2月10日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2025.02.06.636970 doi：Biorxiv Preprint
微生物群落和硫酸盐还原
摘要：将分子分析和培养依赖性分离均组合在一起，以研究硫酸盐还原原核生物的多样性，并探索它们在全尺度厌氧消化体（Marrakech，Morocco）中的作用。在全球尺度上，使用16S rRNA基因测序，蛋白质细菌，杆菌植物，坚果，肌动杆菌，协同效应和euryarchaeota是最主要的门。古细菌的丰度（3.1–5.7％）与温度有关。MCRA基因范围为2.18×10 5到1.47×10 7基因拷贝。含有硫酸盐的总序列的5％的硫酸盐还原性的原核生物是peptococaccaceae，syntrophaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfovibrionaceaceae，syntrophobacteraceae，symtrophobacteraceae，desulfrophobacteraceae，desulfurellelaceae，desulfurellaceae，desulfobaceae。此外，DSRB基因的范围为2.18×10 5到1.92×10 7基因拷贝。结果表明，在厌氧消化过程中，对硫酸盐还原细菌的多样性和功能的探索可能在减少硫酸盐产量（一种不可能的副产品）中起关键作用。
古微生物学：追踪过去微生物的生命，从单一物种到整个微生物群落
由于它们通常形状和结构难以辨别，因此无法通过形态学检查对化石微生物类群进行精确识别 (Xie & Kershaw, 2012 )。此外，即使是对化石记录中得到很好体现的类群，如有孔虫门，由于存在由裸露的未化石物种组成的演化支，因此仅基于化石数据也无法正确解释它们随时间的演化模式 (Pawlowski et al., 2003 )。因此，与古老的动植物群 (McElwain & Punyasena, 2007 ; Raup & Sepkoski, 1982 ; Signor, 1994 ) 不同，可分类的古生物标本的稀有性只能揭示过去真实的微生物多样性的一小部分，并且难以研究不同地质时代的微生物演化、多样化和功能意义。