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World File Search System生物群落
内部和渗透性碳酸盐中的不同微生物群落支持甲烷和新型PMMO多样性的长期厌氧氧化
图1来自DEL MAR和SMM800的甲烷渗氧化甲烷的厌氧甲烷氧化活性。原位AOM指标和CH 3 D速率测量值表征低到高AOM活性碳酸盐。a）渗透碳酸盐收集站点Del Mar（浅绿色标记）和圣莫尼卡Mound 800（SMM800，深绿色标记）位于相距129公里。从Google Maps获得的地图。b）生物地球化学渗透碳酸盐设置。c）c）del mar露头，R1和R2的原位图像起源于顶部，R3和R4，从较近的沉积物。d）R9，来自附近的Del Mar区域，硫化垫有氧化垫。e）烟囱和f）原塑料是两个类似化学的结构，是从圣莫尼卡丘800的不同侧收集的。烟囱恢复后用甲烷积极冒泡。对于比例尺，图像中的红色激光点相距29厘米。g）基于：CH 3 D + SO 4 2-HCO 3- + HS- + HDO，在与单氧化甲烷的缺氧孵育中测量的厌氧甲烷激活率（NMOL D CM -3 D -1）。我们在五个时间点上测量了水的ΔD，除非另有说明，否则从线性增加的速率计算了速率。错误条显示了从线性回归计算出的K的标准误差。分别将带有不同颜色的R9，R9.1和R9.2的两个子样本孵育为AOM速率。无法重建用于费率的R9件的方向。在最后一个时间点（T4）硫化物进行测量，并在R9.1，Chimlet顶部，中间，底部和原子质表面中检测到。在检测下，冲浪。*在T4上仅检测到背景高于背景的氘，表明R2和R3。，B.D。的非线性增加。表面，int。内部，BTM。底部
tidytacos：用于分析微生物群落分类学组成的R包
Tidytacos（整洁的分类组合）软件包是用于探索微生物社区数据的R软件包。这样的社区数据由Agplicon测序产生的读取计数组成（例如，16S rRNA基因的区域或元基因组（shot弹枪）测序。tidytacos基于哈德利·威克姆（Hadley Wickham）引入的整洁原则，该原理以一致的格式存储（Wickham等，2023）。具体来说，Tidytacos使用整洁的格式和语法来选择，转换和准备微生物社区数据以进行可视化和分析。此外，它为流行和鲜为人知的分析和微生物社区数据的可视化提供了一系列功能。Tidytacos是为各种专业知识的研究人员而设计的，既可以提高微生物社区数据的可访问性，又可以轻松地转换数据，以实现新颖的可视化和分析方法。
大西洋流域河流微生物群落的生物地理分布
1 IHCantabria—坎塔布里亚大学环境水力学研究所，坎塔布里亚大学，西班牙桑坦德 | 2 西班牙维哥高等科学研究委员会海洋研究所 | 3 生物多样性研究所，IMIB（奥维耶多大学-CSIC-阿斯图里亚斯大学），西班牙米耶雷斯 | 4 雷恩大学，UMR CNRS Ecobio，雷恩 Cedex，法国 | 5 农业环境与生物科学研究与技术中心、CITAB/Inov4Agro、特拉斯-奥斯-蒙特斯和上杜罗大学、UTAD、维拉雷亚尔、葡萄牙 | 6 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学基因组学、生物多样性和生态系统 BIOPOLIS 项目 | 7 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学 CIBIO 生物多样性和遗传资源研究中心 | 8 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学生物多样性和进化生物学 InBIO 研究网络 | 9 英国北爱尔兰贝尔法斯特农业与食品生物科学研究所
人体微生物群落失衡与衰老的关系及研究进展
体内炎症，进而影响免疫系统并加速衰老和相关的全身性疾病的发生和发展。近年来，借助高级分子生物学技术，该领域的研究一直在不断加深，并且诸如益生菌，益生元和粪便菌群移植等介入措施也显示出某些潜力。但是，在精确的干预策略，长期效果评估和安全保证方面，挑战仍然存在。将来需要进行更多的研究，以实现健康衰老的目标。
抗生素、氧化铁和硫酸钠对实验室建造的城市固体废物微环境中微生物群落组成的影响
城市固体废物 (MSW) 填埋场代表着尚未充分探索的微生物生态系统。填埋场中含有不同数量的抗生素和建筑和拆除 (C&D) 废物，这些废物有可能因杀生物剂或氧化还原活性成分而改变微生物代谢，而这些影响在很大程度上尚未得到充分探索。为了规避 MSW 异质性的挑战，我们对模拟的 MSW 微观世界进行了一项 65 天的时间序列研究，以评估微生物组的变化，使用 16S rRNA 测序来响应 1) Fe(OH) 3 和 2) Na 2 SO 4 来代表 C&D 废物的氧化还原活性成分以及 3) 抗生素。Fe(OH) 3 的添加改变了整体群落组成，增加了 Shannon 多样性和 Chao1 丰富度。添加七种抗生素的混合物（每种 1000 ng/L）会改变群落组成，而不会影响多样性指标。添加硫酸盐对微生物群落组成或多样性影响不大。这些结果表明，新鲜 MSW 中的微生物群落组成可能会受到铁废物涌入和单一抗生素应用的显著影响。
冬季温度和降水驱动阈值的阈值在九个全球气候区域和相关生物群落
在全球范围内，冬季温度正在上升，积雪正在缩小或完全消失。div>以前的研究和发表的文献综述，尚不清楚全球生物群落是否会在冬季温度和降水中跨越重要的阈值，从而导致重大的生态变化。在这里，我们将广泛使用的Köppen-Geiger气候分类系统与最糟糕的案例结合了全球每月温度和降水的预计变化，以说明到本世纪末，跨地球的多个气候区如何体验到冬季条件。然后，我们检查这些变化如何影响相应生物群落内的生态系统。我们的分析表明，在北极，北方和凉爽的温带区域中，极度冷（<-20°C）的潜在普遍损失。我们还表明了温度温度和旱地地区的冰冻温度可能消失（<0°C）和大幅下降。
2025; 13：10-23。 doi：10.7150/jgen.106245从土壤到表面的研究论文：探索绿色基础设施对微生物群落的影响I
高的微生物多样性为环境和人类健康带来了广泛的好处，这有助于生态系统稳定性，营养循环和病原体抑制。在建筑环境中，建筑设计，人类活动和清洁方案等因素会影响微生物群落。这项研究使用16S rRNA基因扩增子测序和浅shot弹枪测序研究了景观设计对日本东京“有远见的实验室”展览中微生物多样性和功能的影响。尽管样本量有限，但研究表明，与其他博物馆地区相比，有远见的实验室样品可能显示出更高的微生物多样性。潜在的不同微生物群落结构可能与采样位置相关。，尽管如此，在样品中毒力因子或抗菌抗性基因中仍未观察到一致的模式。代谢功能分析显示出不同的谱，表明可能受到策划景观可能影响的多种生态相互作用。这表明策划的景观设计可能有可能增强微生物多样性，突出了可能创造更健康，更可持续的建筑环境的途径。然而，毒力因子和抗菌抗性基因缺乏一致的模式强调了微生物群落动力学的复杂性。
合成微生物群落的跨系统底漆
合成社区的设计和使用，是散布微生物群落内部以及这些社区及其寄主之间复杂相互作用的最有希望的策略之一。与自然社区相比，这些简化的联盟为研究生态相互作用的范围提供了机会，并促进了可重复性并促进跨学科科学。但是，Syncom方法的有效实施需要有关这些模型系统的开发和应用的几个重要考虑因素。在临床，农业或环境环境中设计和部署联合体时，也有新兴的道德考虑。在这里，我们概述了当前在开发，实施和评估不同系统中的触体的最佳实践，包括关注Syncom研究的重要道德考虑。
用于将基因型映射到合成微生物群落功能的数据驱动建模框架
1 威斯康星大学麦迪逊分校生物化学系，美国威斯康星州麦迪逊 53706 2 杜克大学生物医学工程系，美国北卡罗来纳州达勒姆 27708 3 系统生物学研究所，美国华盛顿州西雅图 98109 4 华盛顿大学分子工程研究生课程，美国华盛顿州西雅图 98195 5 华盛顿大学生物工程系，美国华盛顿州西雅图 98195 6 华盛顿大学基因组科学系，美国华盛顿州西雅图 98195 7 华盛顿大学电子科学研究所，美国华盛顿州西雅图 98195 8 威斯康星大学麦迪逊分校化学与生物工程系，美国威斯康星州麦迪逊 53706 9 威斯康星大学麦迪逊分校细菌学系，美国威斯康星州麦迪逊 53706 10 威斯康星大学麦迪逊分校生物医学工程系美国威斯康星州麦迪逊 53706
卵巢早衰患者卵泡液的微生物群落和代谢特征
卵巢早衰（POI）是一种临床综合征，特征为40岁前卵巢活动减少，伴有闭经或月经不调等月经紊乱，促性腺激素水平高而雌激素水平低。任何阶段POI的根本原因可能是原始卵泡数量减少、细胞凋亡或卵泡破坏增加以及对促性腺激素刺激的反应无效（1、2）。遗传因素、免疫、医学因素、炎症等是已知的POI风险因素。然而，超过50%的POI病例原因不明（3-6）。最近发现肠道菌群可以影响卵巢功能（7）。POI 患者的肠道菌群发生显著变化，表现为厚壁菌门、拟杆菌门和粪杆菌门的丰富度降低，变形菌门和拟杆菌门的丰富度增加。生态失衡和肠道菌群多样性的降低会降低 β-葡萄糖醛酸酶的活性，导致雌激素活性降低 (8)。肠道菌群与血清雌激素、促卵泡激素、黄体生成素和抗苗勒氏管激素水平存在相关性 (9 – 11)。肠道菌群失衡也与自身免疫性 POI 有关。肠道菌群失衡不仅影响B淋巴细胞的活化和自身抗体的产生，还会诱导先天免疫细胞的异常活化，导致促炎性细胞因子的上调。肠道菌群与免疫系统平衡的破坏会加剧POI的进展（12）。卵泡液（FF）是卵母细胞发育的直接微环境，并非无菌。它由卵巢的血浆渗出液和局部分泌物组成，富含单糖、蛋白质、类固醇激素、细胞因子和生长因子。因此，FF被认为是微生物的优良生长培养基（13）。研究表明，不孕女性的卵泡液中微生物群的组成和丰富度存在显著差异，这些变化是