微生物相互作用无处不在，多样化且在任何生物群落的运作中都起着关键作用，并且在自然资源的全球回收中至关重要，即生物地球化学循环。微生物系统中最常见的相互作用是互惠互利的。两个人群之间的相互作用是根据人群和其中一个人对关联的积极受益还是一个或两个人群受到负面影响的分类。有多种类型的关系，例如互惠，寄生虫，敏化，共同主义和竞争，捕食，生物体之间的杂物。互助和寄生虫在微生物关系中进行了最广泛的研究。但是，基于彼此的相对优势，该关系基本上是3种类型：